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北京黑猪HoxB簇基因多态性与脊椎数及胴体性状的关联分析
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作者 牛乃琪 苏艳芳 +3 位作者 杨曼 侯欣华 王立刚 张龙超 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期113-121,共9页
旨在对北京黑猪HoxB簇9个基因(HoxB1-7、9和13)的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)进行关联分析。本研究提取251头220日龄的健康北京黑猪耳组织DNA,对HoxB簇的9个基因通过引物设计、聚合酶链式反应(PCR)... 旨在对北京黑猪HoxB簇9个基因(HoxB1-7、9和13)的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)进行关联分析。本研究提取251头220日龄的健康北京黑猪耳组织DNA,对HoxB簇的9个基因通过引物设计、聚合酶链式反应(PCR)技术、Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型,并计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布,并与脊椎数和胴体性状进行关联分析。结果,本试验共筛选到4个基因共12个非编码区的(UTR)SNPs,包括HoxB2基因的1个5′UTR突变、HoxB5基因的2个3′UTR突变、HoxB9基因的2个3′UTR突变以及HoxB13基因的7个3′UTR突变。将12个SNPs分别与脊椎数和胴体性状使用Duncan′s多重检验统计分析发现,HoxB2基因的1个5′UTR突变(c.40 C>T)、HoxB5基因的2个3′UTR突变(c.1766 A>G、c.1767 A>G)均与性状关联不显著(P>0.05);而HoxB9基因中的1个3′UTR突变(c.2743 C>T)与胴体性状关联显著(P<0.05),HoxB13基因中的2个3′UTR突变(c.1863 G>A、c.1440 A>C)与脊椎数关联显著(P<0.05)。综上所述,9个HoxB簇基因中仅HoxB9基因中1个3′UTR突变c.2743 C>T与胴体性状关联显著(P<0.05),HoxB13基因2个3′UTR突变c.1863 G>A、c.1440 A>C均与脊椎数性状关联显著(P<0.05),这3个位点可作为北京黑猪脊椎数及胴体性状变异的候选基因功能位点。 展开更多
关键词 北京黑猪 HoxB9 HoxB13 脊椎数 胴体性状
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乌珠穆沁羊脊椎数变异的群体遗传特性研究 被引量:9
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作者 张立岭 吉尔嘎拉 +6 位作者 周卫 火焱 斯琴毕力格 额日登其木格 张世钦 包满那 其仁 《内蒙古畜牧科学》 1996年第4期1-3,共3页
乌珠穆沁羊的多胸椎(T14)和多腰椎(L7)个体比例大约为57%,其中T14L6型占17.4%,Tl3L7型占36.6%,T14L7型占3.l%。与普通绵羊一致的T13L6型个体只占42.9%。多脊椎羊经支配实验证明... 乌珠穆沁羊的多胸椎(T14)和多腰椎(L7)个体比例大约为57%,其中T14L6型占17.4%,Tl3L7型占36.6%,T14L7型占3.l%。与普通绵羊一致的T13L6型个体只占42.9%。多脊椎羊经支配实验证明是隐性突变纯合子,这种突变属于隐性有利突变,外显率为80%。T13与T14的基因频率分别为0.5203和0.4797,L6与L7的基因频率分别为0.3702和0.629S,都处于平衡态。这两种多脊椎基因在没有人工选择压力的条件下,固定的概率上限分别为0.4797和0.6298。 展开更多
关键词 乌珠穆沁羊 脊椎数 变异 群体结构 遗传
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北京黑猪NR6A1、VSX2、VRTN、LTBP2基因多态性与脊椎数及胴体性状的关联分析 被引量:3
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作者 牛乃琪 刘倩 +7 位作者 侯欣华 刘欣 王立刚 赵福平 高红梅 石丽君 王立贤 张龙超 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期2005-2014,共10页
旨在研究NR6A1、VSX2、VRTN、LTBP2基因在北京黑猪群体中基因的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)的关联。本研究提取410头(210±7)日龄健康北京黑猪耳组织DNA,通过PCR技术和Sanger测序技术对4个基因... 旨在研究NR6A1、VSX2、VRTN、LTBP2基因在北京黑猪群体中基因的多态性与脊椎数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)的关联。本研究提取410头(210±7)日龄健康北京黑猪耳组织DNA,通过PCR技术和Sanger测序技术对4个基因外显子区进行基因分型,计算变异位点基因型频率以及等位基因频率的分布,并与脊椎数和胴体性状进行关联分析。结果表明,在VSX2、VRTN、LTBP2三个基因中共筛选到15个SNPs,其中包含1个CDS区的同义突变和14个3′UTR突变。使用Duncan′s多重检验统计分析发现,VSX2基因中CDS区的1个突变c.536 G>A与脊椎数关联显著(P<0.05)。VRTN中3′UTR区共4个突变与性状关联显著(P<0.05),其中c.2598 A>G和c.2607 G>T与脊椎数、胴体长、胴体直长及胴体斜长关联显著,c.3087 G>C只与胴体斜长关联显著,c.3094 A>G与脊椎数及胴体斜长关联显著(P<0.05)。LTBP2上6个3′UTR突变位点(c.7158 A>G、c.6869 C>T、c.6319 G>C、c.6246 G>T、c.6170 A>G、c.6079 G>T)与脊椎数关联显著(P<0.05),但与胴体性状关联不显著。综上所述,VSX2、VRTN、LTBP2基因中共有10个SNPs与脊椎数性状关联显著(P<0.05),仅VRTN基因中4个SNPs与胴体性状关联显著(P<0.05)。这些关联显著的SNPs可以作为北京黑猪脊椎数及胴体性状变异的候选基因功能位点。 展开更多
关键词 北京黑猪 基因 脊椎数 胴体性状 关联
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TGFβ3基因多态位点及其与猪脊椎数性状的关联分析 被引量:4
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作者 岳静伟 郭红洲 +9 位作者 周伟伟 刘欣 王立刚 高红梅 侯欣华 张跃博 颜华 魏霞 张龙超 王立贤 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第3期738-744,共7页
本研究旨在探索转化生长因子β3(transforming growth factor beta 3,TGFβ3)基因在大白猪×民猪构建的F2代资源群体内的多态性,并分析其多态性与猪脊椎数性状的关系。试验采用PCR技术,以F0代个体的DNA为模板,筛选TGFβ3基因外显子... 本研究旨在探索转化生长因子β3(transforming growth factor beta 3,TGFβ3)基因在大白猪×民猪构建的F2代资源群体内的多态性,并分析其多态性与猪脊椎数性状的关系。试验采用PCR技术,以F0代个体的DNA为模板,筛选TGFβ3基因外显子区的SNP,并将筛选到的SNP在F2代群体中进行验证,进而分析SNP与猪脊椎数性状的关联性。结果发现,TGFβ3基因在F0代个体中仅筛选到1个SNP位点,即SSC7:105179474G>A,表现为两种基因型GG和GA。TGFβ3基因不同基因型与F2代个体脊椎数性状的关联分析表明,SSC7:105179474G>A与猪肋骨数、胸腰椎数之和呈极显著相关(P<0.01),与猪腰椎数无显著相关(P>0.05)。χ2适合性检验发现,该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。综上所述,TGFβ3基因可能是影响猪脊椎数性状的主效基因或与主效基因连锁,SSC7:105179474G>A位点有望作为提高猪脊椎数性状的分子遗传标记。 展开更多
关键词 TGFβ3基因 单核苷酸多态性 脊椎数
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枣庄黑盖猪群体中脊椎数候选基因的多态性与遗传分析 被引量:3
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作者 沈瑞玲 王彦平 +3 位作者 呼红梅 李广立 王继英 成建国 《养猪》 2018年第4期73-75,共3页
为了解枣庄黑盖猪种质特性,研究利用PCR和PCR-RFLP方法对影响脊椎数的2个候选基因NR6A1和VRTN在枣庄黑盖猪群体中的多态性进行检测,并应用生物学软件进行群体遗传分析及Hardy-Weinberg平衡检验。结果表明:枣庄黑盖猪群体中NR6A1基因c.57... 为了解枣庄黑盖猪种质特性,研究利用PCR和PCR-RFLP方法对影响脊椎数的2个候选基因NR6A1和VRTN在枣庄黑盖猪群体中的多态性进行检测,并应用生物学软件进行群体遗传分析及Hardy-Weinberg平衡检验。结果表明:枣庄黑盖猪群体中NR6A1基因c.575 A>G位点有AA、AG和GG 3种基因型,AA基因型为优势基因型,VRTN基因存在ins/ins、ins/-和-/-3种基因型,缺失型基因型(-/-)为优势基因型,而且NR6A1和VRTN基因突变位点为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态。由此可见枣庄黑盖猪以前没有对NRA61和VRTN基因的突变位点进行选育,利用分子标记辅助选择可快速提高这两个基因的有利基因型频率,从而提高黑盖猪群体的脊椎数。 展开更多
关键词 枣庄黑盖猪 脊椎数 NR6A1 VRTN 多态性 标记辅助选择
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猪脊椎数性状候选基因研究进展 被引量:2
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作者 唐娇 刘益丽 +2 位作者 谢书琼 马士龙 江明锋 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2022年第7期92-98,共7页
脊椎数性状是猪(Sus Scrofa)的重要经济性状,多脊椎现象是指胸腰椎总数增多。胸腰椎总数增多使猪的体型加长、产肉量增加、乳头数增多,使猪的经济价值大幅度提升。猪的脊椎数性状遗传力较高,这为选择和培育多脊椎新品系猪奠定了遗传基... 脊椎数性状是猪(Sus Scrofa)的重要经济性状,多脊椎现象是指胸腰椎总数增多。胸腰椎总数增多使猪的体型加长、产肉量增加、乳头数增多,使猪的经济价值大幅度提升。猪的脊椎数性状遗传力较高,这为选择和培育多脊椎新品系猪奠定了遗传基础。挖掘影响脊椎数性状候选基因,将其应用于分子辅助选育,可加快育成多脊椎新品种。目前猪脊椎数性状研究取得较多成果,本文就猪脊椎数性状、全基因组扫描和全基因组关联分析研究方法、猪脊椎数性状候选基因3方面内容进行阐述,以期为培育多脊椎猪提供参考。 展开更多
关键词 脊椎数性状 全基因组扫描 全基因组关联分析 候选基因
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VRTN和NR6A1基因的因果变异与北京黑猪脊椎数性状的关联分析 被引量:1
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作者 刘倩 岳静伟 +2 位作者 牛乃琪 王立贤 张龙超 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2021年第S01期218-221,共4页
为探索椎骨发育相关(Vertebrae Development Associated,VRTN)基因和核受体亚家族6A组成员1(Nuclear Receptor Subfamily 6 Group A Member 1,NR6A1)基因多态性与北京黑猪群体脊椎数的关联性,筛选脊椎数相关的重要分子标记,本研究利用PC... 为探索椎骨发育相关(Vertebrae Development Associated,VRTN)基因和核受体亚家族6A组成员1(Nuclear Receptor Subfamily 6 Group A Member 1,NR6A1)基因多态性与北京黑猪群体脊椎数的关联性,筛选脊椎数相关的重要分子标记,本研究利用PCR技术和测序技术检测北京黑猪与胸椎数相关的重要候选基因VRTN和NR6A1的单核苷酸多态性(SNPs)位点,开展群体遗传学分析,并与胸椎数和腰椎数进行关联分析。结果显示:VRTN g.20311;0312ins291突变位点在北京黑猪群体中表现为ins/ins、ins/-、-/-3种基因型;g.19034A>C突变位点在北京黑猪群体中表现为AA、AC和CC3种基因型;NR6A1c.748C-T突变位点在北京黑猪群体中仅表现为TT基因型;关联分析结果表明,VRTN g.20311;0312ins291位点与北京黑猪的胸椎数和腰椎数无显著相关;g.19034A>C位点在北京黑猪中野生型个体(AA)的胸椎数显著低于突变纯合个体(CC),突变杂合个体(AC)的胸椎数与野生型个体和突变纯合个体差异均不显著;野生型个体(AA)的腰椎数显著高于突变纯合个体(CC),突变杂合个体(AC)的腰椎数与野生型个体和突变纯合个体的腰椎数差异均不显著。综上,VRTN基因g.19034A>C位点可作为潜在的北京黑猪多胸椎数分子标记。 展开更多
关键词 北京黑猪 脊椎数 VRTN NR6A1
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科技发展看猪脊椎数变异研究进展
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作者 范寅 黄恩福 罗芬芳 《农业开发与装备》 2019年第12期75-77,共3页
猪是重要的经济动物,人类主要的肉类来源。猪是仅有的几种存在脊椎数变异的哺乳动物之一,西方商业猪群胸腰椎总数普遍在21~23根,中国地方猪种以19根为主,脊椎数目增加、脊柱变长致使背最长肌加长加粗、腹腔容积增大、个体更粗壮强健,体... 猪是重要的经济动物,人类主要的肉类来源。猪是仅有的几种存在脊椎数变异的哺乳动物之一,西方商业猪群胸腰椎总数普遍在21~23根,中国地方猪种以19根为主,脊椎数目增加、脊柱变长致使背最长肌加长加粗、腹腔容积增大、个体更粗壮强健,体重提高1%以上。一直以来中外研究人员都在积极进行猪脊椎数变异的遗传解析,从最早表型记录;到经典的建立家系,找寻主效QTL,增加微卫星等标记精细定位,找寻候选基因候选因果位点的道路;现如今测序技术的更新换代,单核苷酸多态微阵列芯片在农业动物中相继推出,复杂性状与遗传变异直接进行关联分析的统计方法在复杂性状遗传解析上发挥重大作用,以及功能基因组学的推进,猪脊椎数变异研究取得了一个个的成果,在1号和7号染色体上发现影响猪胸、腰椎数的因果突变位点,为培育猪多肋品系提供研究基础,为家猪遗传改良提供分子标记。 展开更多
关键词 脊椎数变异 遗传解析 分子标记
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长江刀鲚不同生态型间的某些形态差异 被引量:24
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作者 程万秀 唐文乔 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期33-40,共8页
为寻找和检验长江刀鲚(Coilia nasus)不同生态型间的形态差异,分析了江苏靖江、上海九段沙、浙江太湖和江西鄱阳湖4个种群906尾样本的脊椎骨数、臀鳍条数和上颌骨长。结果表明,即使是同一种群内的脊椎骨数和臀鳍条数变幅也较大,但均以... 为寻找和检验长江刀鲚(Coilia nasus)不同生态型间的形态差异,分析了江苏靖江、上海九段沙、浙江太湖和江西鄱阳湖4个种群906尾样本的脊椎骨数、臀鳍条数和上颌骨长。结果表明,即使是同一种群内的脊椎骨数和臀鳍条数变幅也较大,但均以靖江和九段沙种群的较多,众数分别为81、80和108、109;太湖和鄱阳湖种群的较少,分别为77、75和100、98。上颌骨长/头长也以靖江和九段沙种群的较大,均值为1.067和1.063;太湖和鄱阳湖种群则分别为1.014及0.831。单因素方差分析表明,除了靖江与九段沙种群之间,其他种群间的脊椎骨数和上颌骨长/头长的平均值均有显著或极显著差异;而臀鳍条数均不具有显著的种群差异。洄游型(包含靖江和九段沙)、太湖和鄱阳湖种群的Bayes判别成功率分别达92.9%、92.8%及99.5%,表明现有研究虽已认同短颌鲚(C.brachygnathus)和湖鲚(C.nasustaihuensis)同属于刀鲚,但三者之间还可以依据某些形态特征的组合进行区分。 展开更多
关键词 臀鳍条 脊椎 上颌骨长 生态型识别 长江 刀鲚
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Sex differences in anogenital distances and digit ratios in wild David's rock squirrels Sciurotamias davidianus 被引量:1
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作者 Dapeng ZHAO Zhuoyue CHEN Baoguo LI 《Current Zoology》 SCIE CAS CSCD 2014年第2期180-185,共6页
The prenatal hormonal environment plays an important role in organizing sex differences in the morphology, physiology and behavior of humans as well as other vertebrates. Currently, all related research on rodents has... The prenatal hormonal environment plays an important role in organizing sex differences in the morphology, physiology and behavior of humans as well as other vertebrates. Currently, all related research on rodents has been focused on Myomorpha. This study presents data on sex differences in the anogenital distance (AGD) and the ratio of the second to the fourth digit length (2D:4D) from 44 wild David's rock squirrels Sciurotamias davidianus captured from the Qinling Mountains, China. This was the first study of a species from Sciuromorpha. The AGD as well as body mass are sexually dimorphic. There are no sex differences or lateral asymmetry in 2D:4D. Significant correlation was not found between AGD and 2D:4D for any paw. The findings indicate that 2D:4D may not be fixed or influenced by the prenatal steroidal environment in David's rock squirrels [Current Zoology 60 (2): 180-185, 2014]. 展开更多
关键词 Anogenital distance 2D:4D Seiurotamias davidianus Sex dimorphism
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Taxonomic confusion of two tramp ant species: Iridomyrmex anceps and Ochetellus glaber are really species complexes 被引量:1
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作者 Benjamin D. HOFFMANN Alan N. ANDERSEN Xiang ZHANG 《Current Zoology》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第5期662-667,共6页
Many invasive invertebrates belong to unresolved species complexes, and have a history of misidentification and in-appropriate management. Here we detail confusion surrounding the taxonomy and identification of two do... Many invasive invertebrates belong to unresolved species complexes, and have a history of misidentification and in-appropriate management. Here we detail confusion surrounding the taxonomy and identification of two dolichoderine ant species, Iridomyrmex anceps Roger and OcheteUus glaber Mayr, which are commonly cited in the literature as having been spread widely by human commerce. We provide morphometric data and images strongly suggesting that these two "species" are instead com- plexes of species that are likely native to many regions where they are purportedly introduced. We take particular interest in the status of species referred to as L anceps and O. glaber in China, as this is the most northerly distribution of both genera. We con-clude by suggesting that many identifications of both species are likely to be unreliable, and we recommend against any manage- ment action aimed at controlling these species under the assumption that they are exotic [Current Zoology 57 (5): 662-667, 2011]. 展开更多
关键词 ANT EXOTIC Invasive INVERTEBRATE Management Tramp ant
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Origin of new genes after zygotic genome activation in vertebrate 被引量:1
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作者 Hai-Bo Xu Yong-Xin Li +4 位作者 Yan Li Newton O. Otecko Ya-Ping Zhang Bingyu Mao Dong-Dong Wu 《Journal of Molecular Cell Biology》 SCIE CAS CSCD 2018年第2期139-146,共8页
New genes are drivers of evolutionary innovation and phenotypic evolution. Expression of new genes in early development raises the possibility that new genes could originate and be recruited for functions in embryonic... New genes are drivers of evolutionary innovation and phenotypic evolution. Expression of new genes in early development raises the possibility that new genes could originate and be recruited for functions in embryonic development, but this remains undocu- mented. Here, based on temporal gene expression at different developmental stages in Xenopus tropicolis, we found that young protein-coding genes were significantly enriched for expression in developmental stages occurring after the midblastula trans- ition (MBT), and displayed a decreasing trend in abundance in the subsequent stages after MBT. To complement the finding, we demonstrate essential functional attributes of a young orphan gene, named as Fog2, in morphological development. Our data indicate that new genes could originate after MBT and be recruited for functions in embryonic development, and thus provide insights for better understanding of the origin, evolution, and function of new genes. 展开更多
关键词 young gene evolution zygotic genome activation new gene origin
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