X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系TRAPPC2基因缺失突变的高通量测序分析

目的·研究一个X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDT)家系的致病基因及突变类型。方法·提取一个SEDT家系6名成员外周血基因组DNA。应用Clearseq遗传性疾病试剂盒靶向捕获先证者基因组样本中与罕见遗传性疾病相关的致病区域,并进行高通量测序,过滤去除高频突变。采用外显子组隐马尔科夫模型(exome hidden Markov model,XHMM)分析拷贝数变异(copy number variant,CNV),并进一步对6名家系成员基因缺失片段的拷贝数进行实时定量PCR分析。结果·高通量测序分析结果显示,先证者X染色体存在2.5 kb缺失(chrX:13732385~13734927),该区域覆盖转运蛋白复合体亚单位2(transport protein particle complex subunit 2,TRAPPC2)基因的第4~6个外显子。定量PCR结果证实先证者及其表哥均存在该缺失,先证者母亲为杂合缺失,先证者父亲、姐姐和表型正常的舅舅拷贝数均正常。结论·TRAPPC2基因第4~6个外显子片段的缺失为SEDT的致病性突变;同时高通量测序分析中运用XHMM算法可检测到致病基因多个外显子的缺失。

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良的研究进展

X-连锁脊椎骨骺发育不良（SEDL）是由基因突变引起的骨软骨发育不良,在儿童中后期发病,主要表现为短躯干性侏儒和继发性大关节炎,X线特征为椎体普遍变扁,椎体中后部呈典型驼峰状改变。SEDL基因被定位于Xp22,编码一个由140个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白质可能参与内质网到高尔基体之间的物质运输。人类基因组有7个SEDL假基因,其中一个的阅读框架几乎与SEDL基因完全相同。SEDL基因突变包括缺失、插入、转换和颠换以及剪接突变,显示出高度的遗传异质性。SEDL基因的克隆为基因诊断和治疗打下了基础。

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良遗传学研究进展

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(X-linked spondyloepiphyseal dysplasia tarda SEDL,OMIM313400)是一种罕见的遗传性骨软骨发育不良性疾病,遗传方式为X连锁隐性遗传。临床特点为轻中度非匀称性矮小和早发骨关节炎。SEDL的致病基因—SEDL基因定位于:Xp22.2,cDNA全长2836bp,编码含140个氨基酸残基的蛋白质,其功能尚未完全明确。51.2％的SEDL基因突变发生在外显子4和外显子5,有多种类型的突变可导致SEDL的临床表型,其中缺失突变最常见,占56.1％。SEDL基因型与临床表型之间有一定的相关性,但也存在表型异质性。

迟发性脊椎骨骺发育不良综合征一例

迟发性脊椎骨骺发育不良综合征（spondylo-epiphyseal dysplasia tarda,SEDT）是主要累及脊椎体和骨骺的进行性骨软骨发育不良性疾病,具有高度的遗传异质性[1-2],遗传方式有常染色体显性遗传、X-连锁隐性遗传和常染色体隐性遗传[1]。现将收治的1例SEDT的临床资料分析总结如下。

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良基因剪接受体突变对mRNA加工的影响

X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphysealdysplasiatarda,SEDL)是一种少见的由SEDL基因突变引起的骨软骨发育障碍性疾病,病变主要累及腰椎和近端承重大关节。为研究SEDL基因剪接受体突变(IVS22A→C)对mRNA加工的影响,从该突变所致SEDL患者,以及健康对照者外周血中提取总RNA,逆转录合成cDNA,以此为模板进行聚合酶链式反应(polymerasechainreaction,PCR),对PCR扩增产物采用双向直接测序和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyacrylamidegelelectrophoresis,PAGE)方法进行分析。测序结果发现IVS22A→C突变患者的一种cDNA外显子2与外显子4直接拼接,显示外显子3全部丢失;另一种cDNA外显子1与外显子4拼接,显示外显子2和外显子3均缺失;在健康对照者也发现了外显子2缺失的cDNA。PAGE发现患者和对照者都存在两种RTPCR产物,长度分别为567bp、425bp以及679bp、537bp,证实了测序结果。这说明SEDL基因第二内含子剪接受体突变(IVS22A→C)导致其外显子3在mRNA加工过程中全部丢失,由于SEDL基因的翻译起始位点位于外显子3,它的缺失可能使生成的mRNA不能被翻译,从而引起SEDL发生;外显子2位于5′UTR,它的缺失提示SEDL基因存在选择性剪接,正常人也存在缺失外显子2的cDNA,说明这种选择性剪接对临床表型的影响似乎并不大,它对基因表达水平和表达调控是否有影响还需要进一步研究。

中国南方一罕见迟发性脊椎骨骺发育不良大家系的表型和基因型的相关性研究

【目的】揭示一罕见遗传性矮小症家系的分子发病机制,阐明患者表型和基因型的相关性,为今后的产前、植入前基因诊断奠定基础。【方法】在临床初诊、系谱分析的基础上,首先采用高通量测序技术对先证者及其家庭核心成员的DNA样品进行全外显子组测序。通过生信分析找出候选基因,在确定候选基因及其新变异后,采用PCR、Sanger测序、RT-PCR、q-PCR等方法对该新变异的致病性进行系列鉴定。【结果】通过全外测序、Sanger测序验证和生物信息分析,确定TRAPPC2基因及其携带的c.94 delG突变为本病最可能的致病基因突变;通过RT-PCR,排除了IVSas(-1)delG的可能;通过q-PCR检测,证实该突变导致患者和携带者的TRAPPC2基因表达量显著低于正常人群(P<0.01),且蛋白高级结构预测分析显示正常蛋白和突变蛋白的空间结构存在明显差异。根据ACMG的标准,确定为致病性突变。【结论】先证者所患疾病为XR型迟发性脊椎骨骺发育不良(SEDT),TRAPPC2基因的c.94 delG,p.D32T,fsX6是一还未报道的新致病突变,是患者发病的内在原因,其基因型和表型有显著的相关性。该研究进一步丰富了TRAPPC2基因的突变谱,为今后的早期诊防和优生优育打下了良好基础。

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良一家系TRAPPC2基因变异分析

目的分析由TRAPPC2基因变异致X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(SEDT-XL)的临床及基因变异特点。方法回顾分析1个SEDT-XL家系的临床资料及基因检测结果。结果先证者,9岁2个月,因生长缓慢就诊,语言、运动及智力发育正常。身高115 cm(<-3SD),臂间距109 cm,上部量56 cm,下部量59 cm,体质量21 kg,招风耳,尖下颌,牙列不齐,颈短,脊柱侧弯,心肺腹未见异常。采集先证者及其父母和舅舅的外周血行全外显子测序,结果显示先证者TRAPPC2基因4号外显子区域存在1个半合子变异c.115 delC,导致氨基酸改变p.Q 39 Sfs*3。该半合子变异来自其母亲,其舅舅存在相同的半合子变异位点。结论TRAPPC2基因4号外显子区域c.115delC突变为该家系SEDT-XL的致病原因。

1个X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系的TRAPPC2基因突变分析

目的确定1个迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDT)家系的致病基因。方法收集先证者及家系的临床资料,提取先证者及亲属外周血DNA,用高通量测序技术对先证者的COL2A1、COL1A1、MATN3、TRAPPC2、FGFR3等189个骨骼相关基因的外显子编码区测序,对发现的致病突变进行Sanger测序验证,并对家系其他成员进行该突变的检测。结果在先证者TRAPPC2基因第5外显子上发现了1个移码突变c.271_275del CAAGA半合子缺失,为X-SEDT的致病性突变,同时发现患者母亲为该突变的携带者,而患者父亲和妹妹未检测到该突变。结论用靶向二代测序和Sanger测序结合的方法确定了1个X-SEDT家系的移码突变c.271_275del CAAGA半合子缺失,为临床遗传咨询提供了分子依据。

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系SEDL基因突变研究

目的 确定中国汉族人中一个 X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良 (spondyloepiphyseal dyspla-sia tarda,SEDL)大家系 SEDL 基因突变类型 ,探讨 SEDL 发病的分子基础。方法 用聚合酶链反应扩增产物双向直接测序方法检测了患者构成 SEDL 基因可读框的第 3～ 6外显子及相邻侧翼区的 DNA序列 ,将测序结果与 Gen Bank公布的 SEDL基因正常序列对比找出突变。然后在家系其他成员中证实该突变。结果 在 2例患者 ( 1 5、 3) SEDL 基因第 2内含子剪接受体处发现了 IVS2 - 2 A→ C突变 ,4个外显子的核苷酸序列未见改变。该突变在 4例女性携带者得到证实 ,她们的基因型表现为野生型与突变型杂合现象。家系中 2名未受累男性和 15名无关健康个体未检测到这一突变。在该家系还检测出 4个无症状的携带者。结论 首次发现 SEDL 基因 IVS2 - 2 A→C突变。该突变引起 SEDL基因第 2内含子 3′端剪接受体改变 ,使之不能与外显子 3正常剪接 ,可能是 SEDL 发病的分子基础。检测该突变可进行基因诊断 。

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良SEDL基因新突变

目的 研究X 连锁迟发性脊椎骨骺发育不良 (X linkedspondyloepiphysealdysplasiatarda ,SEDL)的发病机理。方法 应用聚合酶链反应 单链构象多态及变性聚丙烯酰胺测序凝胶电泳技术 ,并结合DNA序列分析方法 ,对 5例SEDL患者及 3 0名正常对照SEDL基因的全部编码外显子及其邻近序列进行突变分析。结果 在 1例SEDL患者中发现了致病突变 ,并经DNA序列分析证实 ,SEDL基因第 5内含子剪接受体处IVS5 2— 1delAG紧接第 6外显子 3 2 2— 3 3 2delTTTTCAATGAA共 13个碱基缺失。结论该突变系国内外尚未见报道的新突变 ,这一突变可引起SEDL。

X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系SEDL基因突变分析

目的鉴定中国西南地区一个4代迟发性脊椎骨骺发育不良大家系的分子遗传缺陷。方法采用X染色体荧光标记微卫星标记物进行连锁分析，并通过直接序列分析筛查SEDL基因突变。结果DXS987与DXS8051之间呈现连锁（最大LOD值：3．82；θ=0），致病基因定位于Xp22．2-Xp23．1；序列分析发现SEDL基因第4外显子发生点突变（c．239A〉G），导致在第80位编码氨基酸由组氨酸置换为精氨酸（H80R）。结论SEDL基因与此中国迟发性脊椎骨骺发育不良大家系表型完全连锁，并发现该基因新的致病突变（H80R）。

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良SEDL基因剪接受体突变导致潜在剪接位点激活(英文)

目的深入研究X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(Xlinkedspondyloepiphysealdysplasiatarda,SEDL)的发病机理,为最终防治本病提供依据。方法应用逆转录PCR及克隆测序方法对1例涉及SEDL基因第5内含子剪接受体缺失的SEDL患者进行mRNA表达研究。结果该患者存在2个不同片段长度的mRNA表达产物,与GenBank正常序列进行BLAST比较后发现,393bp的表达产物是第6外显子内一个新的潜在剪接位点激活后形成的产物;433bp的表达产物与8号染色体的部分基因组序列完全一致。结论SEDL基因第5内含子剪接受体位点及其后的第6外显子共13个碱基的缺失突变导致第6外显子内一个新的潜在剪接受体位点激活,使转录后的mRNA丢失了第6外显子内47bp的编码序列,并使紧接其后的2个密码子产生移码,导致翻译的提前终止(D109-S123del;S124fsX126)。另外,该突变可能激活了8号染色体上假基因SEDLP2的转录,从而部分地补偿了SEDL蛋白的功能。

X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系的早期产前基因诊断

目的联合应用性别鉴定、连锁分析和致病基因检测三种方法对X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良（spondyloepiphyseal dysplasia tarda，SEDL）家系进行产前基因诊断。方法收集1个SEDL家系的7位成员（先证者、3名携带者及3名健康成员）外周血2mL，抽取2位胎儿的羊水标本20mL。用聚合酶链反应扩增2位胎儿的SRY基因和AMEL基因进行性别鉴定；应用PCR扩增产物双向直接测序方法检测SEDL基因突变；利用与SEDL基因毗邻的微卫星遗传标记DXS16进行连锁分析。结果经SRY和AMEL基因性别鉴定2位胎儿均为男性，1位胎儿SEDL基因存在IVS2—2A→C突变，且具有与致病基因连锁的DXS16等位基因；另1名胎儿SEDL基因检测未发现上述突变，DXS16等位基因与呈野生型SEDL基因连锁。经随访，新生儿和引产胎儿的基因诊断结果与产前诊断一致。结论SEDL基因突变检测结合微卫星DXS16多态性连锁分析和性别鉴定可以准确有效地进行x连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系的产前诊断。

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系基因突变研究

目的研究X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良（X-linked spondyloepiphyseal dysplasia tarda，SEDL）患者的发病机理，并探讨该病的快速基因诊断方法。方法应用逆转录聚合酶链反应，结合序列分析方法，对一个X-SEDL家系2例患者及育龄女性进行SEDL基因突变分析。结果cDNA序列分析显示患者为G209A突变，并对突变所在第4外显子进行PCR扩增并测序进一步证实。患者女儿为该突变的携带者。结论由于SEDL基因较小，直接对患者提取总RNA，逆转录后直接进行PCR扩增、测序，可直接发现基因阅读框内的多种类型的突变，相对于针对每一个外显子单独扩增检测更加直接、快速。

X-连锁迟发性脊椎骨骺发育不良的基因诊断研究

目的 探讨应用连锁分析和基因测序方法对X 连锁迟发性脊椎骨骺发育不良 (Xlinkedspondylepiphysealdysplasiatarda,SEDL)进行基因诊断的可行性。方法 利用与SEDL基因毗邻的微卫星遗传标记DXS1 6多态性对一个SEDL大家系的 2 1名成员进行连锁分析 ,确定与该家系SEDL致病基因连锁的DXS1 6等位基因型 ,对家系中的年轻女性和年幼男性进行基因诊断。为探讨连锁分析诊断的准确性 ,随后对SEDL基因编码外显子 3～ 6进行PCR扩增产物双向直接测序以确定导致该家系发病的SEDL基因突变型 ,通过检测致病基因对待诊对象进行直接诊断。结果 2 1名家系成员的连锁分析结果显示与致病基因连锁的DXS1 6是D2 等位基因 ,6位待诊对象中Ⅳ1 4、Ⅳ1 9、Ⅳ2 1 、Ⅴ7各有一个DXS1 6D2 等位基因 ,表明她们是携带者 ;而Ⅳ2 3和Ⅴ4 不具有与致病基因连锁的DXS1 6等位基因 ,表明她 (他 )们是正常人。对 2 1名成员的DNA测序证实该家系的致病突变是首次发现的SEDL基因第 2内含子剪接受体处IVS2 2A→C突变。待诊对象Ⅳ1 4、Ⅳ1 9、Ⅳ2 1 、Ⅴ7携带该突变 ,Ⅳ2 3和Ⅴ4 基因型正常。基因测序和连锁分析的诊断结果完全一致。结论 连锁分析用于SEDL基因诊断简便、快速、花费少、与基因测序方法一样准确 ,解决了长期以来SEDL症状前患者和?