基于CGGA数据库构建的列线图模型预测胶质母细胞瘤患者预后分析

目的基于中国脑胶质瘤基因组图谱数据库(CGGA)资料分析,构建有效预测胶质母细胞瘤(GBM)患者预后的列线图模型,以期为临床治疗提供帮助。方法从CGGA数据库获取下载全基因转录组_693(mRNAseq_693)测序数据及临床数据,应用LASSO-COX回归分析影响因素及相关功能基因,将患者依据风险评分划分为高风险组、低风险组,对相关基因的功能注释并进行了基因本体(GO)和信号通路富集(KEGG)分析。构建列线图预测模型,以校准曲线评估列线图的性能。结果249例GBM患者中140例原发、109例复发,从23974个基因中筛选出237个基因升高(筛选标准:r/p>2且P<0.005),119个基因降低(筛选标准:r/p<0.5且P<0.005)。通过LASSOCOX降维分析筛选出9个候选基因(CPLX1、DPT、FAM225B、GNAS_AS1、GRM5、HAR1B、NGFR、RP11_403I13.4及RP11_498C9.13),并依据其相应的λ值来计算每位患者的RiskSocre评分,中位RiskSocre临界值为0.013。随着RiskSocre评分的增加,PRS、IDH突变状态、1p19q共缺失状态及9个候选基因表现出不对称分布特征。高危组复发占比、IDH野生占比、1p19q未缺失占比高于低危组(P<0.05)。Kaplan-Meier曲线表明,高危组患者的OS低于低危组患者(P<0.05)。GBM复发患者的RiskSocre评分显著增加,女性患者的RiskSocre评分略有增加;RiskSocre评分与年龄、术后放疗、术后化疗、IDH突变状态、1p19q共缺失状态、MGMTp启动子甲基化状态无相关性。GO分析表明,与RiskSocre评分最相关的生物学过程包括免疫应答,免疫应答调节和T细胞共刺激;KEGG分析表明,与RiskSocre评分最相关信号通路是T细胞受体信号通路,包括细胞粘附分子和抗原加工和呈递。GBM患者的(1年、2年、3年、5年和9年)肿瘤复发概率可通过个体化预测模型进行估计;校准曲线中的列线图和实际观测结果显示出令人满意的重叠,表明较佳的预测准确性。结论建立列线图模型,预测GBM患者的1年、2年、3年、5年和9年生存期,可作为临床指导术后治疗的潜在工具。

基于B/S随访模式的脑胶质瘤患者管理系统设计与开发

目的本文设计一种基于B/S随访模式的脑胶质瘤患者管理系统,用于提高脑胶质瘤个体化诊断和治疗水平。方法该系统采用ASP.NET开发平台,SQL Server数据库和CSS Java Script语言进行开发,设计以随访为中心,综合采集自然信息、临床信息、影像学信息、病理信息、手术信息、辅助治疗信息和随访信息的脑胶质瘤患者管理系统,实现数据的录入修改、查询统计功能,最终建立一套符合脑胶质瘤标准规范的患者数据集。结果本系统利用临床数据进行测试,界面设计简洁友好,随时随地都可以通过浏览器进行快速访问和有效的数据管理。结论通过本系统的开发,既满足了医院专业科室对于脑胶质瘤患者信息的管理需求,同时也推动脑胶质瘤疾病治疗的研究。

DLX5基因表达及潜在调控机制预示胶质母细胞瘤不良预后

目的初步探究人类无远端同源框基因家族5 (distal-less homeobox,DLX 5)是否与胶质瘤病人预后相关及可能机制。方法采用来自中国脑胶质瘤基因图谱数据库(CGGA)的83个原发胶质母细胞瘤(primary glioblastoma multiform,pGBM)病人进行全基因组表达芯片检测。结果在m RNA表达谱中鉴定出两组样本(称为G1组和G2组)。G1组富集基因主要与神经细胞分化和发育有关,G2组富集基因主要发挥免疫功能。在所有相关富集基因中,DLX5与病人预后显著相关(P <0.001,OR=1.255)。在83例pGBM病人中,DLX5高表达病人中位生存期47.8周,DLX5低表达病人中位生存期72.9周,DLX5高表达病人生存率较低(P <0.01)。在长生存期pGBM病人中,DLX5甲基化水平较高,且mi RNA表达水平与DLX5表达量有明显相关性。结论 DLX5高表达可作为pGBM病人不良预后标志物,为pGBM病人药物研发提供潜在靶点。

基于TCGA和CGGA数据库探究KIF15在胶质瘤中的表达及临床意义

目的 通过挖掘美国癌症基因图谱计划(TCGA)和中国脑胶质瘤基因图谱计划(CGGA)中胶质瘤基因谱数据库,分析KIF15在胶质瘤中的表达及临床意义。 方法 通过人类蛋白数据库探究KIF15在神经系统中的表达特征。获取TCGA和CGGA中胶质瘤患者肿瘤样本全基因转录组(mRNAseq)数据,分析KIF15在不同级别和病理类型胶质瘤中的转录水平差异,及其与患者中位生存期的关系。通过胶质瘤标本芯片进行KIF15的免疫组织化学染色,分析KIF15在胶质瘤不同级别中的蛋白水平差异,通过转录组数据分析KIF15与肿瘤增殖指标Ki67的相关性,并通过差异基因(DEGs)进行基因本体(GO)分析和信号通路富集(KEGG)分析探讨KIF15在胶质瘤中参与调控的分子信号通路。 结果 在中枢神经系统大脑中,各部位组织可检测到KIF15的蛋白水平和转录水平均较低。TCGA和CGGA转录组数据分析显示,胶质瘤WHO级别越高,KIF15的mRNA水平显著增高,WHO Ⅳ级相较于WHO Ⅱ级和Ⅲ级,差异有统计学意义(P<0.05);并且,在胶质母细胞瘤中KIF15的mRNA水平最高,相比较于星形胶质细胞、少突胶质细胞瘤、少突星形胶质细胞瘤、间变性星形胶质细胞瘤、间变性少突胶质细胞瘤,差异均有统计学意义(P<0.05)。KIF15高水平组患者的中位生存期较KIF15低水平组更短,差异有统计学意义(P<0.05)。胶质瘤组织芯片染色结果显示,WHO级别越高,胶质瘤组织染色强度评分趋向更高,WHO Ⅳ级胶质瘤评分以2、3分为主,而WHO Ⅱ级以0、1分为主。KIF15和Ki67的mRNA水平之间为显著性正相关关系,在TCGA转录组数据和CGGA转录组数据库中r值分别为0.725、0.706。TCGA转录组数据共筛选到707个DEGs,KIF15高水平组相比较于KIF15低水平组,表达水平升高的DEGs有328个,表达水平降低的DEGs有379个。GO分析显示这些DEGs参与的生物学过程前10位包括有细胞周期转换和细胞有丝分裂调控。分子信号通路KEGG分析显示DEGs参与的分子信号通路包括细胞周期、P53通路和DNA复制。 结论 KIF15在胶质瘤中高表达,并且高水平KIF15预示胶质瘤恶性程度高,患者生存期较差。KIF15参与调控了肿瘤细胞周期通路,可能是一个潜在的胶质瘤基因治疗靶点。