脱氧核糖核酸拓扑异构酶Ⅱβ结合蛋白1与肿瘤的研究进展

脱氧核糖核酸(DNA)损伤应答(DDR)是维持内稳态及肿瘤发展重要机制之一。DNA拓扑异构酶Ⅱβ结合蛋白1(TopBP1)在维持基因组稳定性及调控DDR相关信号通路中扮演着关键角色。最新研究发现,TopBP1通过多种分子机制促进肿瘤细胞的生长、转移及耐药,并且与肿瘤发病风险及预后显著相关。本文对TopBP1在乳腺及妇科、呼吸及消化系统肿瘤中的最新研究进展进行综述,以期深入了解TopBP1在不同肿瘤中的作用机制,推动其转化为临床标志物或药物干预靶点,并为基于DDR的抗癌策略提供新思路。

胰岛素样生长因子Ⅱ信使核糖核酸结合蛋白3和上游移码蛋白1对支架内再狭窄的预测价值

目的探讨血管内皮细胞生长因子(VEGF)的胰岛素样生长因子Ⅱ信使核糖核酸(mRNA)结合蛋白3(IMP3)、上游移码蛋白1(UPF1)对急性冠状动脉综合征(ACS)患者行经皮冠状动脉介入治疗(PCI)术后发生支架内再狭窄(ISR)的预测价值。方法选取2021年2月至2023年2月于青岛大学附属医院接受PCI的ACS患者138例,依据冠状动脉造影显示的血管再狭窄情况分为ISR组21例和非ISR组117例。比较2组患者一般临床资料、实验室检查结果、超声心动图数据,检测IMP3、UPF1及VEGF水平。采用多因素logistic回归分析PCI术后支架表面再内皮化的影响因素,用ROC曲线分析VEGF、IMP3及UPF1对ISR的预测价值。结果ISR组患者血清VEGF、IMP3水平低于非ISR组,血清UPF1水平高于非ISR组(P<0.05,P<0.01)。多因素logistic回归分析显示,VEGF(OR=1.095,95%CI:1.034~1.151,P=0.001)、IMP3(OR=3.413,95%CI:1.824~6.381,P=0.014)是PCI术后支架表面再内皮化的保护因素,UPF1(OR=0.252,95%CI:0.047~0.965,P=0.006)是PCI术后支架表面再内皮化的危险因素。Pearson相关性分析显示,IMP3与VEGF呈正相关(r=0.665,P=0.000),UPF1与VEGF呈负相关(r=-0.580,P=0.000)。ROC曲线分析显示,UPF1和IMP3及VEGF联合是预测ISR的最优指标,曲线下面积为0.899(95%CI:0.796~1.000,P=0.000),敏感性为85.71%,特异性为83.33%。结论IMP3可通过促进VEGF表达,抑制ISR的发生;UPF1可抑制VEGF的表达,导致ISR的发生。UPF1和IMP3及VEGF联合可有效预测PCI术后ISR的发生,具有良好的预测价值。

乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸载量前S2蛋白阳性率与慢性乙型肝炎患者肝纤四项指标的相关性分析

目的分析慢性乙型肝炎病毒脱氧核糖核酸(HBV-DNA)载量、前S2蛋白(Pre S2)阳性率与乙型肝炎患者肝纤4项指标的相关性。方法选取上饶市第二人民医院2019年1月—2021年12月收治的68例乙肝患者为研究对象,测定其血清HBV-DNA载量、Pre S2阳性率及血清肝纤指标[层粘连蛋白(LN)、透明质酸(HA)、Ⅳ型胶原(ⅣC)、Ⅲ型前胶原肽(PⅢ)]水平,按照HBV-DNA载量与Pre S2检测结果,将患者分为低载量组、中载量组、高载量组及Pre S2阳性组与Pre S2阴性组,比较各组肝纤指标水平,并进行相关性分析。结果高载量组血清LN、HA、PⅢ水平明显低于中载量组与低载量组,且中载量组明显低于低载量组(P<0.05),3组ⅣC水平比较差异无统计学意义(P>0.05);高载量组Pre S2阳性率明显高于其余2组(P<0.05),中载量组明显高于低载量组(P<0.05)。Pre S2阳性组患者血清LN、HA及PⅢ水平明显低于Pre S2阴性组(P<0.05),2组ⅣC水平比较差异无统计学意义(P>0.05)。相关性分析显示,HBV-DNA载量、Pre S2阳性率与LN、HA、PⅢ水平呈负相关(P<0.05)。结论慢性乙型肝炎患者HBV-DNA载量、Pre S2阳性率与LN、HA、PⅢ密切相关。

金属离子存在下5-氟尿嘧啶与脱氧核糖核酸、血清白蛋白的相互作用

用紫外光谱、荧光光谱、圆二色谱法等方法研究了抗癌药物５－氟尿嘧啶（５－ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌ，５－ＦＵ）与ＤＮＡ、血清蛋白的相互作用及某些二价金属离子对其作用的影响。求得了５－ＦＵ与ＨＳＡ、ＢＳＡ的结合常数。

脱氧核糖核酸-蛋白质相互作用产物的检测及其在胃癌组织中的应用

建立了无胶筛分毛细管电泳-激光诱导荧光(Non-gel sieving capillary electrophoresis with laser inducedfluorescence,NGS-CE-LIF)检测脱氧核糖核酸(DNA)-蛋白质相互作用产物的方法。考察了筛分介质聚环氧乙烷(Poly(ethylene oxide),PEO)浓度、分离温度、分离电压及缓冲液三羟甲基氨基甲烷硼酸(Tris-Borate-ED-TA,TBE)pH值等条件对pUC19 DNA/MspⅠ(HpaⅡ)DNA Marker和Protein Molecular Weight Marker(Broad)D532S相互作用产物的影响。结果表明,当PEO浓度为0.1%,TBE的pH为9.0,分离电压为15 kV,分离柱温15℃时,DNA-蛋白质相互作用产物得到有效分离。本方法应用于人胃癌组织p53基因扩增后的PCR产物和从相应组织中提取的蛋白质二者相互作用产物时,检测效率高,分离效果好。

血清高迁移率组蛋白B1、可溶性晚期糖基化终末产物受体、脱氧核糖核酸酶与TACE早期疗效相关性研究

目的探讨原发性肝癌患者血清高迁移率组蛋白B1(HMGB1)、人可溶性晚期糖基化终末产物(sRAGE)、脱氧核糖核酸酶(DNase)对TACE近期疗效的评估价值。方法对收住的42例患者(共计56次TACE治疗)分别在TACE术前、术后24 h采集外周静脉血标本,用ELISA法检测外周血清中HMGB1、sRAGE、DNase的表达水平。根据mRECIST标准进行TACE术后疗效评估,将完全缓解+部分缓解+疾病稳定的病例归为获益组,疾病进展者归为无效组。比较TACE术前、术后,获益组及无效组之间的血清HMGB1、sRAGE、Dnase的表达水平,并进行统计学分析。结果 TACE术前与术后24 h血清HMGB1、sRAGE、DNase表达水平比较差异有显著统计学意义(P=0.003,P=000,P=0.001),且术后较术前呈升高趋势。56例次TACE中,24例次为稳定(SD),2例次部分缓解(PR),30例次为肿瘤进展(PD),将SD和PR患者归为获益组(n=26),PD患者为无效组(n=30)。在TACE术前,获益组与无效组血清HMGB1、DNase表达水平比较差异无统计意义(P=0.395,P=0.091);在TACE术后24 h,血清HMGB1、DNase在获益组和无效组对比差异也无统计学意义(P=0.354,P=0.182)。而sRAGE在获益组与无效组之间的表达水平在术前差异无统计学意义(P=0.143),而在术后24 h,两组间sRAGE表达水平差异有统计学意义(P=0.030)。结论 1TACE术后血清HMGB1、sRAGE、DNase表达水平较术前升高;2中晚期肝癌患者外周血清中sRAGE与TACE疗效相关,可以作为TACE治疗肝癌疗效早期评估的指标。

蛋白质的微芯片电泳分离及其与脱氧核糖核酸迁移规律的比较

在自制的聚二甲基硅氧烷(PDMS)微芯片上,使用十二烷基磺酸钠(SDS)无胶筛分电泳分离体系(10g/L的羟乙基纤维素(HEC),1g/L的SDS,40mmol/L磷酸盐缓冲溶液,pH7.0),采用在线自校正激光诱导荧光检测方法,在6.4min内高效分离了异硫氰酸荧光素(FITC)衍生的6种蛋白质标准样品,连续6次电泳所得迁移时间的相对标准偏差(RSD)均小于10%。用自主建立的脱氧核糖核酸(DNA)定量分离模型对蛋白质迁移数据进行拟合,发现SDS-蛋白质复合物迁移规律与DNA相似,但迁移淌度与相对分子质量及电场强度之间的线性关系明显变差,可见原DNA分离模型要扩展到蛋白质范围必须对一些参数进行校正。

肝脱氧核糖核酸蛋白(DNP)溶液黏弹性对Maxwell方程拟合的研究

目的采用Maxwell黏弹性方程对猪肝脱氧核糖核酸蛋白(DNP)溶液的黏弹性进行检测,将实验数据与该方程进行了拟合与修正。方法从猪肝制备DNP,采用美国Brookfield公司的程序性DVⅡ流变仪测定样品的黏弹性,在Windows下应用该公司的软件,编制自动采样程序,作各种数据(切应力、切变率、温度、时间等)的自动采集、贮存与数据处理。结果1、DNP溶液表观黏度、切变率、氯化钠浓度三者关系为:表观黏度随氯化钠浓度增加而增加,而随切变率的增加而下降。2、DNP溶于3 mol/L氯化钠溶液样本,加载0.6 s-1切变率矩形波时,该应力上升线方程τ=τ0(1-e-t/λ)与实验结果符合;3、但当该切变率矩形波撤销后的应力衰减实验数值与该衰减线方程τ=τ_(0)e^(-t/λ)明显不符合;4、然而用如下修正方程τ=τ_(0)e^(-t/λ)+∆τ(1-e-t/λ)(∆τ为原方程式与实验数值平衡状态的差值),即与实验结果符合。结论1、Maxwell方程对该文采用DNP样本与条件其黏弹性在应力上升线上有良好的符合性。2、Maxwell方程是基于理想物质黏弹性体的,但该文实验生物材料并非理想物质,受力后有结构改变、滞后、损伤等,故其应力下降线有明显不可逆恢复的误差。3、该文在下降线方程右侧加上“不可逆应力损失项”即修正了以上误差,拟认为有理论与应用价值。4、不同的生物组织(如正常肝与肝癌)样本,在方程参数τ0、∆τ与λ的医学生物学价值有待进一步揭示。

黄芪注射液对淋巴细胞脱氧核糖核酸蛋白体转录活性影响

目的 :探讨黄芪注射液对淋巴细胞脱氧核糖核酸蛋白体转录活性影响。方法 :应用 KL型免疫图象分析系统 ,对体外培养的 T细胞核仁组成区相关蛋白 ( Ag-NORs)进行分析。结果 :培养液内含黄芪的 T细胞 Ag- NORs含量明显升高。结论 :黄芪能促进 T细胞增殖。

实验性慢性气管炎兔气管粘膜粘蛋白与脱氧核糖核酸代谢的初步研究

本文用亚硫酸钠与浓硫酸反应,产生SO2气体,给兔以500ppm浓度吸入5～9周后,经病理切片证明可形成慢性气管炎模型。取气管粘膜体外培养4小时,发现SO2吸入兔气管粘膜粘蛋白（MP）含量较正常对照组升高,而脱氧核糖核酸（DNA）含量较正常对照组降低。

恶性肿瘤患者外周血淋巴细胞脱氧核糖核酸核蛋白体转录活性的分析

目的探讨肿瘤患者外周血淋巴细胞脱氧核糖核酸核蛋白体 (rDNA)转录活性的变化对肿瘤诊断及监测的临床意义。方法利用CLAS 10 0 0型细胞图像分析系统及相关的细胞培养、银染等技术 ,分析了 2 0例健康人和 177例恶性肿瘤患者外周血淋巴细胞rDNA转录活性 ,结果以细胞核仁积分面积 /细胞核积分面积 (I S % )、细胞核仁积分光密度 /细胞核积分光密度 (L O D % )来表示。结果恶性肿瘤患者的rDNA转录活性明显降低 ,与健康人比较 ,差异有显著意义 (P <0 0 1)。结论外周血rDNA转录活性分析对恶性肿瘤的诊断及鉴别诊断有一定的参考价值 。

肝脱氧核糖核酸蛋白(DNP)的滞后环研究

目的利用低、中、高三个不同的三角波切变率(0 s^(-1)-2.4 s^(-1)-0 s^(-1)、0 s^(-1)-24 s^(-1)-0 s^(-1)和0 s^(-1)-60 s^(-1)-0 s^(-1))的滞后环技术,研究猪肝脱氧核糖核酸蛋白(DNP)悬浮液在三个不同NaCl浓度(在生理盐水基础上加0、1.5、3 mol/L)下的黏弹性与触变性的变化。方法从猪肝制备DNP,采用美国Brookfield公司的程序性DVⅡ流变仪测定DNP样品的滞后环,在Windows下应用该公司的软件,编制自动采样程序,作各种数据(切应力、切变率、温度、时间等)的自动采集、贮存与数据处理。结果在低切变率三角波(0 s^(-1)-2.4 s^(-1)-0 s^(-1))条件下,NaCl浓度提高促使DNP悬浮液具有较高的屈服应力,明显的逆时针滞后环,展示其主要向高黏弹性体方向变化的情景:在中、高切变率三角波(0 s^(-1)-24 s^(-1)-0 s^(-1)和0 s^(-1)-60 s^(-1)-0 s^(-1))条件下,除了上述的性质存在以外,NaCl浓度还促使DNP悬浮液具有较高的触变性,并具有明显的顺时针滞后环。结论NaCl浓度的增高,具有促进DNP水化作用,同时切变率的增高,也是促进DNP水化作用的因素,此两个因素增加了DNP的水化度,致使DNP分子膨胀与改变构型,使之具有较高的黏弹性与触变性。

脱氧核糖核酸荧光探针的研究进展

综述了不同种类的荧光探针与ＤＮＡ的结合方式及其在ＤＮＡ定量分析等方面的应用，并对荧光探针的研究前景进行了展望。

山姜素与脱氧核糖核酸的相互识别研究

应用荧光光谱法及紫外-可见光谱法研究了生理条件下(pH 7.4)山姜素(ALP)与DNA分子之间的相互识别。考察了不同温度下(25,32和39℃),DNA对山姜素荧光猝灭情况。实验发现,DNA能猝灭山姜素的内源性荧光,随着温度的升高,荧光猝灭常数KSV逐渐减小(KSV分别为3.288×103,2.923×103和2.467×103L·mol-1),并且DNA对山姜素的猝灭速率常数Kq要大于药物小分子与生物大分子之间的最大扩散所控制的碰撞猝灭常数,得出DNA对山姜素的荧光猝灭是单一的静态猝灭过程。DNA与山姜素相互作用紫外-可见光谱显示,DNA不能使得山姜素的吸收峰发生减色效应和红移现象,而山姜素也不能使溴化乙锭-DNA体系的荧光强度及最大荧光峰位置发生变化,即山姜素不和溴化乙锭竞争与DNA的结合位点。DNA热变性实验发现,解链DNA对山姜素的荧光猝灭程度要大于正常DNA的猝灭程度,由此推断山姜素与DNA不存在嵌插作用。同时,I-离子效应和盐效应表明,山姜素与DNA之间主要以沟槽模式相结合。

不可逆电活性药物米托蒽醌与脱氧核糖核酸的相互作用

研究了抗癌新药米托蒽醌 (MXT)的电化学行为及与脱氧核糖核酸 (DNA)的相互作用 ,推导了适用于研究不可逆电活性分子与DNA相互作用的电化学公式 ,运用该公式可以简便、快速地测定靶向分子与DNA的结合常数和结合位点数。实验发现 ,MXT与小牛胸腺DNA的结合以蒽醌母核的嵌插作用为主 ,同时 ,烃氨基侧链与骨架磷酸基团之间的静电吸引对母核起稳定作用 ,使化合物易于嵌入DNA的平面结构。MXT与DNA相互作用引起的峰电流的变化可以用于分析测定DNA。

脱氧核糖核酸与3-氨基-6-二甲氨基-2-甲基吩嗪盐酸盐反应机理的研究

采用UV光谱法 ,发现在pH 7～ 8的缓冲溶液中 ,脱氧核糖核酸 (DNA)与 3 氨基 6 二甲氨基 2 甲基吩嗪盐酸盐 (ZR)相互作用 ,生成红色配合物 ,此配合物的最大吸收峰为 5 2 0nm。反应前后的吸收光谱变化明显 ,配合物的吸收峰值红移 70nm。测得该配合物的表观摩尔吸光系数ε =1 5× 10 6mol-1·L·cm-1;最大结合数n =30 3。研究了体系的酸度、温度、时间等基本反应条件。离子强度的改变对体系的吸光度有明显的影响。实验研究了生物大分子与小分子探针的结合模式 ,认为该反应基本符合Scatchard模型。

光谱法研究氧氟沙星-铽络合物与脱氧核糖核酸的相互作用

以氧氟沙星 铽 (Tb3+ )作为荧光探针 ,利用荧光光谱、吸收光谱研究了氧氟沙星 铽 (Tb3+ )络合物与脱氧核糖核酸 (DNA)的相互作用。研究表明 :在实验条件下 ,脱氧核糖核酸能显著增强氧氟沙星 Tb3+ 体系的荧光 ,据此建立了脱氧核糖核酸的测定方法 ,线性范围为 5 .0× 1 0 - 6 ～ 1 .0× 1 0 - 4mol L ;检出限为 1 .7× 1 0 - 6mol L,通过人血清中DNA测定的回收率实验 ,结果令人满意。实验还表明 :氧氟沙星 Tb3+ 探针与DNA分子之间主要是沟槽式结合。

非肌层浸润膀胱癌组织中核糖核酸结合蛋白15及泛素特异性肽酶24表达的临床预后意义

目的研究非肌层浸润膀胱癌(NMIBC)组织中核糖核酸结合蛋白15(RBM15)、泛素特异性肽酶24(USP24)蛋白表达及与临床预后的关系。方法选取2018年1月—2020年1月西安市中心医院肿瘤科诊治NMIBC患者90例为研究对象。应用免疫组化法检测癌及癌旁组织中RBM15、USP24蛋白表达;比较不同临床病理特征NMIBC患者RBM15、USP24蛋白表达差异;Spearman秩相关分析膀胱癌组织中RBM15与USP24蛋白表达的相关性。随访3年,应用Kaplan-Meier曲线分析(Log-Rank检验)RBM15、USP24蛋白表达对无进展生存预后的影响;多因素COX模型分析NMIBC患者无进展生存预后的影响因素。结果膀胱癌组织中RBM15、USP24蛋白阳性率分别为66.67%(60/90)、74.44%(67/90),高于癌旁组织6.67%(6/90)、11.11%(10/90),差异有统计学意义(χ^(2)=69.761、73.739,P均<0.001)。NMIBC癌组织中RBM15与USP24表达呈正相关(r=0.716,P<0.001)。NMIBC癌组织中RBM15、USP24阳性率在肿瘤分期T1期、病理分级高级别中分别高于肿瘤分期Ta/Tis期、病理分级低级(χ^(2)/P=11.903/0.001,10.866/0.001;17.457/<0.001,11.433/0.001)。RBM15阳性组和阴性组3年无进展生存率分别为45.00%(27/60)和90.00%(27/30)。USP24阳性组和阴性组3年无进展生存率分别为50.75%(34/67)和86.96%(20/23)。RBM15阳性组、USP24阳性组累积无进展生存率明显低于RBM15阴性组、USP24阴性组(χ^(2)/P=8.057/0.005、15.379/<0.001)。COX模型分析结果表明,肿瘤分期T1期、病理分级高级别、RBM15阳性、USP24阳性是影响NMIBC患者无进展生存期的独立危险因素[OR(95%CI)=1.614(1.227~2.214),1.917(1.319~2.799),1.839(1.228~2.753),1.744(1.245~2.443)]。结论NMIBC癌组织中RBM15、USP24表达均升高,两者与肿瘤分期及病理分级有关,是影响NMIBC患者无进展生存期的独立危险因素。

肺炎支原体抗体免疫球蛋白G、免疫球蛋白M、脱氧核糖核酸检测在诊断儿童呼吸道感染中的应用价值

目的:探讨肺炎支原体(MP)抗体免疫球蛋白(Ig) G、免疫球蛋白(Ig)M、脱氧核糖核酸(DNA)检测在诊断儿童呼吸道感染中的应用价值。方法:选择2017年2月—2020年5月间开封市人民医院收治的80例呼吸道感染患儿为研究对象(<1岁12例,1~<4岁37例,4~<8岁21例,≥8岁10例),测定MP-IgG、MP-DNA、MP-IgM。分析不同年龄段患儿MP-IgG、MP-DNA、MP-IgM阳性率,分析各指标单一与联合诊断儿童呼吸道感染价值。结果:4~<8岁组和≥8岁组MP-IgG、MP-DNA阳性率高于<1岁组、1~<4岁组,MP-IgM阳性率高于<1岁组,MP-IgM阳性率低于1~<4岁组。1~<4岁组阳性率高于<1岁组。4~<8岁组与≥8岁组MP-IgG、MP-DNA、MP-IgM阳性率和<1岁组、与1~<4岁组MP-IgG、MP-DNA阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。MP-IgG+MP-DNA+MP-IgM诊断儿童呼吸道感染的AUC为0.778,敏感度和特异度分别为78.96%、96.21%,高于各指标单一诊断。结论:不同年龄段患儿免疫系统发育不同,会影响MP的免疫应答,MP-IgG、MP-DNA、MP-IgM联合诊断能够提高儿童呼吸道感染检出率。

一种基于深度学习的核酸结合蛋白多标签预测模型

核酸结合蛋白(nucleic acid-binding protein,NABP)包括DNA结合蛋白(DNA-binding protein,DBP)和RNA结合蛋白(RNA-binding protein,RBP),准确识别NABP有助于了解蛋白质的作用机制.为了解决NABP预测中的交叉预测问题,提出一种新的同时预测DBP和RBP的深度学习模型DeepDPRP,并采用多标签学习方法训练模型.利用双向长短期记忆网络从位置特异性得分矩阵中提取全局蛋白质序列特征,再用卷积神经网络从中捕捉更复杂的特征,同时结合基于结构模式的卷积模块以有效利用已发现的蛋白质结构特征.独立测试实验表明,DeepD‐PRP明显优于现有的核酸结合蛋白预测器,具有更高的性能和更低的交叉预测率.广泛的消融实验证明了该模型的有效性.