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无精子症患者Y染色体序列标签位点-聚合酶链反应与二代测序检测的比较 被引量:1
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作者 张帆 刘永杰 代良 《临床检验杂志》 CAS 2021年第5期350-353,共4页
目的观察无精子症患者Y染色体序列标签位点-聚合酶链反应(STS-PCR)与二代测序(NGS)检测的差异。方法对133例无精子症患者,采用STS-PCR检测Y染色体AZF微缺失的15个STS位点,包括AZF a区的sY84/sY86、AZF b区的sY124/sY127/sY128/sY133/sY1... 目的观察无精子症患者Y染色体序列标签位点-聚合酶链反应(STS-PCR)与二代测序(NGS)检测的差异。方法对133例无精子症患者,采用STS-PCR检测Y染色体AZF微缺失的15个STS位点,包括AZF a区的sY84/sY86、AZF b区的sY124/sY127/sY128/sY133/sY134/sY143/sY1192、AZF c区的sY152/sY239/sY242/sY254/sY255、AZF b/c区的sY145,同时采用NGS检测Y染色体基因组拷贝数变异(CNVs),并统计分析两种检测方法的差异。结果133例无精子症患者中,Y染色体AZF微缺失异常17例(12.78%),其中缺失14个STS 1例,占5.88%;缺失12个STS 3例,占17.65%;缺失11个STS 1例,占5.88%;缺失6个STS 1例,占5.88%;缺失5个STS 1例,占5.88%;缺失4个STS 2例,占11.76%;缺失2个STS 1例,占5.88%;缺失1个STS 7例,占41.18%。Y染色体CNVs异常12例(9.02%),其中既重复又缺失3例,占25%;重复(dup)4例,占33.33%;缺失(del)5例,占41.67%。Y染色体AZF(15个STS)微缺失的结果与CNVs缺失结果相比,差异有统计学意义(P<0.05),而Y染色体AZF(经典6个STS)微缺失的结果与CNVs缺失结果相比,差异无统计学意义(P=0.357)。结论STS-PCR和NGS互有补充,前者不能检测出重复,后者可能漏检小片段缺失。在无精子症遗传因素的实验室检查中,可以考虑采用NGS作为筛选,而采用STS-PCR作为验证。 展开更多
关键词 列标签位点-聚合链反应 二代 无精子因子 拷贝数变异 Y染色体
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基于RAD重测序技术开发烟草品种SNP位点 被引量:6
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作者 任民 程立锐 +2 位作者 刘旦 蒋彩虹 杨爱国 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2018年第3期10-17,共8页
利用限制性内切酶位点标签(RAD)技术,通过对10份供试烟草材料的基因组简化重测序,发掘了烟草高通量SNP位点,为烟草基因组学提供标记信息。结果表明,本研究共获得了44.33 Gb的Clean data数据,平均覆盖度1.01 X,共鉴定到291 770个SNP位点,... 利用限制性内切酶位点标签(RAD)技术,通过对10份供试烟草材料的基因组简化重测序,发掘了烟草高通量SNP位点,为烟草基因组学提供标记信息。结果表明,本研究共获得了44.33 Gb的Clean data数据,平均覆盖度1.01 X,共鉴定到291 770个SNP位点,SNP位点间的平均间距为10.066±29.801 kb。发掘到的SNP位点能够覆盖整个基因组,但在不同染色体部位上的分布密度存在一定差异,在17号染色上半臂的存在一段大范围的SNP密集区域。SNP变异类型以转换为主,通过功能注释在基因区域发现45 049处SNP位点。利用SNP分型信息,计算了供试品种间的遗传距离,平均为0.29,台烟8号的遗传背景与其他品种相对最远。该结果将为烟草QTL定位、候选基因发掘、亲本组配等研究提供科研依据。 展开更多
关键词 烟草 限制性内切位点标签 单核苷酸多态性
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2株产IMP型碳青霉烯酶阴沟肠杆菌的耐药特点及全基因组测序分析 被引量:1
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作者 王华 宿俊彪 +3 位作者 庞丹 胡志德 王俊瑞 郑文琪 《临床与病理杂志》 CAS 2022年第6期1275-1283,共9页
目的:了解产IMP型碳青霉烯酶阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae,ECL)的耐药性及分子遗传特点,为其抗感染防控及相关深入研究提供理论依据。方法:收集2017年7月至2021年5月内蒙古自治区呼和浩特市两家三级医院分离的2株IMP阳性耐碳青霉烯... 目的:了解产IMP型碳青霉烯酶阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae,ECL)的耐药性及分子遗传特点,为其抗感染防控及相关深入研究提供理论依据。方法:收集2017年7月至2021年5月内蒙古自治区呼和浩特市两家三级医院分离的2株IMP阳性耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(carbapenemresi stantEnterobac tercloacae,CR ECL),分别命名为F Y-1和Y-2,采用VITEK-2Compact全自微生物鉴定药敏分析仪和基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱仪(matrix-assisted laser desorption/ionisationtime-of-flightmassspectrometr y,MALDI-TOFMS)进行菌种鉴定及复核。应用琼脂稀释法进行药敏试验。采用全基因组测序技术进行耐药相关分子、质粒同源性及全基因组遗传进化分析。结果:FY-1对头孢他啶/阿维巴坦、磷霉素和大部分β-内酰胺类抗生素均耐药,对多黏菌素B表现为中介,仅对妥布霉素、庆大霉素、环丙沙星、氯霉素、氨曲南和阿米卡星敏感。Y-2对除多黏菌素B、磷霉素和阿米卡星外的其他抗生素均表现为耐药。F Y-1和Y-2均含有1条染色体和3个环状质粒。FY-1含有耐药基因fos A、ACT-7、TEM-1B与blaI M P-1,及外排泵系统相关基因mdf(A)。Y-2携带耐药基因fos A、ACT-16、aac(6’)-Ib-cr、CTX-M-3、TEM-1B与blaI MP-8,及外排泵相关基因OqxA、OqxB和mdf(A)。FY-1和Y-2的IMP型碳青霉烯酶亚型分别为IMP-1和IMP-8,两者的blaI M P基因均位于质粒上,且2个质粒高度同源。FY-1和Y-2序列型分别为ST175和ST114,全基因组同源性分析提示菌株FY-1和Y-2的亲缘关系较近,两者分别与捷克共和国和荷兰分离的CR ECL具有密切的亲缘关系。结论:CR ECL的耐药形势严峻且菌株间的遗传关系密切,应加强泛耐药CRECL的耐药监测及相关分子生物学研究。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌 全基因组 位点列分型 IMP型碳青霉烯
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西藏绒山羊KAP6.2基因SNPs位点的检测及分析 被引量:2
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作者 周群 旦巴 +7 位作者 富国文 王绍卿 吴玉江 索朗达 巴贵 次仁德吉 德吉 樊月圆 《家畜生态学报》 北大核心 2019年第7期18-21,共4页
旨在研究绒毛品质相关基因KAP6.2在西藏绒山羊群体中的多态性,分析KAP6.2在不同山羊中的差异。采用聚合酶链反应-单链构象多态性和DNA测序等技术对随机选取的127只西藏绒山羊的 KAP6.2 基因进行突变位点检测及多态性指标分析。结果表明... 旨在研究绒毛品质相关基因KAP6.2在西藏绒山羊群体中的多态性,分析KAP6.2在不同山羊中的差异。采用聚合酶链反应-单链构象多态性和DNA测序等技术对随机选取的127只西藏绒山羊的 KAP6.2 基因进行突变位点检测及多态性指标分析。结果表明,西藏绒山羊 KAP6.2 基因存在两种基因型 AA和AB,其中等位基因A 为优势等位基因,多态信息含量为0.196 (属低度多态)。经测序并与GenBank中山羊KAP 6.2(No.AY316158)基因序列比对后共发现4处变异,分别为:178nt处24个碱基的缺失导致Ser48>Gly55氨基酸的丢失;113 nt处GT>CC突变导致氨基酸P.19Ser>Trp;121 nt处A>G突变为同义突变;168nt处C>T突变导致氨基酸P.41Thr>Tyr。这些氨基酸的突变很可能导致结构蛋白功能的改变,进而对西藏绒山羊的绒毛品质产生影响。通过研究影响西藏绒山羊绒毛品质的 KAP6.2 基因的多态性,深入了解其分子遗传基础,有利于利用分子遗传标记技术进行西藏绒山羊的选育。 展开更多
关键词 西藏绒山羊 KAP6.2基因 SNPs位点 聚合链反应-单链构象多态性 DNA
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HOGG1基因特异性锤头状核酶表达载体的构建及其在细胞中表达的研究 被引量:6
5
作者 张勤 张遵真 《现代预防医学》 CAS 北大核心 2005年第3期207-209,共3页
目的 :设计并合成人 8-羟基鸟嘌呤 -DNA糖苷酶 (HOGG1)特异性的锤头状核酶 (hammerheadribozyme)基因并构建其真核表达载体。初步探讨其在A5 4 9细胞中的瞬时表达效应。方法 :运用计算机软件人工设计并合成核酶基因 (RZ) ,将核酶基因克... 目的 :设计并合成人 8-羟基鸟嘌呤 -DNA糖苷酶 (HOGG1)特异性的锤头状核酶 (hammerheadribozyme)基因并构建其真核表达载体。初步探讨其在A5 4 9细胞中的瞬时表达效应。方法 :运用计算机软件人工设计并合成核酶基因 (RZ) ,将核酶基因克隆到真核表达载体pcDNA3 1(+)中 ,阳性重组子由BamHI和EcoRI酶切 ,琼脂糖凝胶电泳鉴定及DNA测序证实。大量抽提阳性重组子并在非脂质体转染试剂FuGENE 6的介导下引入人肺腺癌细胞株A5 4 9,RT -PCR(逆转录多聚酶链反应 )法半定量检测转染细胞中HOGG1mRNA表达的改变。结果 :经酶切电泳及DNA测序证实合成的核酶基因序列正确并已被准确克隆入pcDNA3 .1(+)的BamHI和EcoRI酶切位点之间 ,命名为pcDNA3 .1(+) -RZ。经RT -PCR法检测到转染核酶的靶细胞中HOGG1mRNA表达下降 36 % ,与空白细胞组差异有显著性。结论 :成功合成HOGG1特异性的锤头状核酶基因并构建了该基因的真核表达载体。核酶在A5 4 9细胞内对靶基因HOGG1具有抑制其表达的作用。 展开更多
关键词 HOGG1 锤头状核 真核表达载体 特异性 PCDNA3 基因 表达 重组子 位点 DNA
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AMSS-PCR在肺癌突变基因检测中的价值研究 被引量:1
6
作者 金柯 谢绚 +6 位作者 潘越江 王科喜 陈柏深 吴多光 沈卓坚 王铭辉 张惠忠 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期815-820,共6页
背景与目的肺癌驱动基因检测具有重要意义,目前检测方法多样,临床适用性有差异。本研究旨在比较基于扩增阻碍突变系统-聚合酶链反应(Amplification Refractory Mutation System-polymerase chain reaction,ARMS-PCR)技术的试剂盒与一代... 背景与目的肺癌驱动基因检测具有重要意义,目前检测方法多样,临床适用性有差异。本研究旨在比较基于扩增阻碍突变系统-聚合酶链反应(Amplification Refractory Mutation System-polymerase chain reaction,ARMS-PCR)技术的试剂盒与一代测序及ARMS-qPCR检测肺癌突变基因的敏感性和特异性,探究突变位点特异扩增法(Amplification Mutation Specific System, AMSS)-PCR技术在肺癌突变基因检测中的应用价值。方法对前期已行ARMS-PCR检测的肿瘤标本进行一代测序及试剂盒检测,比较各种方法的检测结果,并对检测结果进行统计学分析。结果本研究共收集了309例肺癌标本。试剂盒与一代测序符合率97.41%,ARMS-PCR的符合率97.73%。试剂盒与一代测序、试剂盒与实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction, qPCR)、qPCR与一代测序一致性检验的Kappa值分别为0.946、0.953、0.913。试剂盒以一代测序为参照的受试者工作特征曲线(receiver operatingcharacteristiccurve,ROC)曲线下面积为0.976,以qPCR为参照的ROC曲线下面积为0.975。结论 AMSSqPCR技术能够有效检测肺癌突变基因,具有较好的临床应用价值。 展开更多
关键词 一代 突变位点特异扩增法 扩增阻碍突变系统 实时定量聚合链式反应 肺癌突变基因检
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内皮型一氧化氮合酶与血管结构及功能的相关性 被引量:2
7
作者 韩鹂 孙雪梅 乔彤 《中国临床康复》 CSCD 北大核心 2005年第15期62-63,i001,共3页
目的:应用内部核糖体进入位点构建携带内皮型一氧化氮合酶和血管内皮生长因子的双基因表达载体,研究外源性基因内皮型一氧化氮合酶和血管内皮生长因子在人脐静脉内皮细胞ECV304中的转染表达,探讨内皮型一氧化氮合酶与血管结构及功能的... 目的:应用内部核糖体进入位点构建携带内皮型一氧化氮合酶和血管内皮生长因子的双基因表达载体,研究外源性基因内皮型一氧化氮合酶和血管内皮生长因子在人脐静脉内皮细胞ECV304中的转染表达,探讨内皮型一氧化氮合酶与血管结构及功能的相关性。方法:实验于2003-12/2004-12在南京鼓楼医院科研部完成。将Phcmvsp1a-enos中内皮型一氧化氮合酶基因和PcDNA-vegf中血管内皮生长因子基因定向克隆到真核表达载体PcDNA-ires中,构建重组质粒PcDNA-enos-ires-vegf,经酶切,聚合酶链反应扩增和部分DNA测序分析证实后,转染人脐静脉内皮细胞,硝酸还原酶法检测转染后细胞中一氧化氮和一氧化氮合酶活性,免疫组化和荧光双标记及westernblotting检测转染后细胞蛋白水平的表达,Trizol提取总RNA,反转录-聚合酶链反应测定转染后细胞mRNA水平的表达。结果:成功构建携带内皮型一氧化氮合酶和血管内皮生长因子的双基因表达载体PcDNA-enos-ires-vegf,双基因内皮型一氧化氮合酶和血管内皮生长因子在人脐静脉内皮细胞基因组中获得整合及表达。重组基因PcDNA-enos-ires-vegf组与对照组PcDNA-enos在一氧化氮含量和一氧化氮合成酶活性的表达差异无显著性意义。PcDNA-enos-ires-vegf转染细胞后转染效率为30%~40%。 展开更多
关键词 血管结构 相关性 人脐静脉内皮细胞 内皮型一氧化氮合基因 双基因表达载体 血管内皮生长因子基因 内部核糖体进入位点 一氧化氮合成活性 聚合链反应扩增 一氧化氮合活性 blotting DNA分析 western ECV304 真核表达载体
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HOGG1特异性锤头状核酶真核表达载体的构建及鉴定 被引量:1
8
作者 张勤 张遵真 衡正昌 《毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期111-113,共3页
目的 设计并合成人8 羟基鸟嘌呤 DNA糖苷酶(HOGG1)特异性的锤头状核酶(hammerheadribozyme)基因并构建其真核表达载体。鉴定含有核酶靶基因HOGG1cDNA保守序列的真核表达载体。方法 运用计算机软件人工设计并合成核酶基因(RZ) ,将核酶... 目的 设计并合成人8 羟基鸟嘌呤 DNA糖苷酶(HOGG1)特异性的锤头状核酶(hammerheadribozyme)基因并构建其真核表达载体。鉴定含有核酶靶基因HOGG1cDNA保守序列的真核表达载体。方法 运用计算机软件人工设计并合成核酶基因(RZ) ,将核酶基因克隆到真核表达载体pcDNA 3 1中,重组子由BamHI和EcoRI酶切,琼脂糖凝胶电泳鉴定及DNA测序证实。含有HOGG1基因cDNA保守序列的真核表达载体经BamHI和EcoRI酶切电泳鉴定。结果 RZ人工合成后与pcDNA 3 1连接,酶切电泳及DNA测序证实合成的核酶基因序列正确并已被准确克隆入pcDNA 3 1的BamHI和EcoRI位点之间,命名为pcDNA 3 1 RZ。1 3kb的HOGG1基因cDNA保守序列准确克隆于pcDNA 3 1的BamHI和EcoRI酶切位点之间,命名为pcDNA 3 1 HOGG1。结论 成功合成HOGG1特异性的锤头状核酶基因并构建了该基因的真核表达载体,以及核酶靶基因的真核表达载体。 展开更多
关键词 G1特异性 真核表达载体PCDNA3.1 鉴定 HOGG1 基因CDNA 8-羟基鸟嘌呤 琼脂糖凝胶电泳 锤头状核基因 DNA 保守 计算机软件 基因克隆 人工合成 基因 靶基因 糖苷 重组子 克隆人 设计 准确 位点
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互隔交链孢酚致DNA聚合酶β基因突变的实验研究 被引量:2
9
作者 朱涵 何炜 +1 位作者 赵国强 王书春 《河南职工医学院学报》 2005年第2期77-80,共4页
目的观察互隔交链孢酚对NIH/3T3细胞中DNA聚合酶β(DNApolβ)基因突变的影响,研究互隔交链孢酚致癌可能的机制。方法NIH/3T3细胞分为两组:①各正常细胞组;②AOH组,AOH浓度为8μmol·L-1。用RTPCR方法从细胞全RNA中扩增出DNA聚合酶... 目的观察互隔交链孢酚对NIH/3T3细胞中DNA聚合酶β(DNApolβ)基因突变的影响,研究互隔交链孢酚致癌可能的机制。方法NIH/3T3细胞分为两组:①各正常细胞组;②AOH组,AOH浓度为8μmol·L-1。用RTPCR方法从细胞全RNA中扩增出DNA聚合酶β基因cDNA序列,应用TA克隆技术,克隆至pGEMTeasy载体后进行测序,分析序列变化。结果测序后发现正常组DNA聚合酶β基因序列无任何变化,AOH组中228位点发生TC突变(导致39号氨基酸由Tyr变为His),319位点也有TC突变(导致69号氨基酸由IIe变为Thr)。结论AOH可导致NIH/3T3细胞中的DNA聚合酶β发生点突变,推测AOH的致癌作用可能与引发细胞中DNA聚合酶β基因突变有关。 展开更多
关键词 DNA聚合Β 基因突变 交链孢酚 NIH/3T3细胞 实验研究 RT-PCR方法 cDNA 克隆技术 列变化 基因 致癌作用 氨基酸 细胞组 RNA 正常组 后发现 IIe 点突变 位点
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华支睾吸虫卵黄前体蛋白B基因的识别、序列分析和克隆表达
10
作者 黄艳 吴忠道 +2 位作者 吴德 胡旭初 余新炳 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2005年第1期20-24,共5页
为识别和克隆华支睾吸虫新基因 ,对华支睾cDNA质粒文库进行随机筛选并测序 ,并利用在线生物信息学工具进行序列分析 ,识别华支睾吸虫未知基因 ,同时根据PGEX -4T- 1多克隆位点及未知基因的序列设计引物 ,PCR扩增目的基因 ,并构建原核重... 为识别和克隆华支睾吸虫新基因 ,对华支睾cDNA质粒文库进行随机筛选并测序 ,并利用在线生物信息学工具进行序列分析 ,识别华支睾吸虫未知基因 ,同时根据PGEX -4T- 1多克隆位点及未知基因的序列设计引物 ,PCR扩增目的基因 ,并构建原核重组质粒。结果发现了CsvpB基因 ,其完整阅读框含 76 2个碱基 ,编码 2 5 4个氨基酸 ,理论分子量为 2 7. 7kDa。序列分析表明 ,CsvpB蛋白与其它物种的卵黄前体蛋白有较高的同源性 ,所构建的重组原核表达质粒PGEX- 4T- 1 vpB经PCR、双酶切及测序证实与目标基因相符。 展开更多
关键词 前体蛋白 列分析 B基因 识别 吸虫 克隆表达 卵黄 原核表达质粒 未知基因 生物信息学 多克隆位点 PCR扩增 质粒文库 cDNA 列设计 目的基因 重组质粒 目标基因 新基因 氨基酸 分子量 分析表 同源性 构建
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葡萄糖6磷酸酶基因热点突变检测结合1176多态位点连锁分析快速产前诊断Ia型糖原累积病 被引量:3
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作者 邱文娟 张雅芬 +4 位作者 潘骏 叶军 刘晓青 韩连书 顾学范 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期44-48,共5页
目的探讨中国人Ia型糖原累积病简便、快速、准确的产前诊断方法。方法通过限制性内切酶图谱分析了葡萄糖6磷酸酶(glucose-6-phosphatase,G6Pase)基因727G→T和R83H的突变,并结合1176位点单核苷酸多态性连锁分析,对3个Ia型糖原累积病家... 目的探讨中国人Ia型糖原累积病简便、快速、准确的产前诊断方法。方法通过限制性内切酶图谱分析了葡萄糖6磷酸酶(glucose-6-phosphatase,G6Pase)基因727G→T和R83H的突变,并结合1176位点单核苷酸多态性连锁分析,对3个Ia型糖原累积病家系进行了基因诊断和产前诊断。对发现的突变及1176位点多态性用DNA测序证实。结果3个家系先证者G6Pase基因的2个等位基因均携带727G→T突变,分别来自其父母。家系1和3胎儿为727G→T突变杂合子;家系2胎儿不携带该突变。1176位点单核苷酸多态性分析显示,3名胎儿1176位点单核苷酸多态性与3名先证者不同。DNA直接测序结果与限制性内切酶图谱分析结果相符。家系1和家系2胎儿已出生,并证实与产前诊断结果相符。结论通过限制性内切酶酶切法筛查727G→T和R83H突变结合1176位点单核苷酸多态性连锁分析可简便、快速、准确地诊断和产前诊断Ia型糖原累积病。 展开更多
关键词 糖原累积病 产前诊断 家系 点突变 连锁分析 胎儿 单核苷酸多态性 限制性内切 位点 DNA
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菏泽市2016-2021年乙型B-Victoria系流感病毒全基因组测序分析
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作者 雷霁 李晓寒 李靖 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期412-417,共6页
为了解2016-2021年菏泽市B-Victoria系流感病毒的遗传突变机制,掌握流感病毒的分子进化规律以及流感疫苗的研发提供依据。选取菏泽市2016-2021年B-Victoria系流感病毒毒株16株,利用二代Ilumina MiSeq测序得到全基因组顺序,利用生物信息... 为了解2016-2021年菏泽市B-Victoria系流感病毒的遗传突变机制,掌握流感病毒的分子进化规律以及流感疫苗的研发提供依据。选取菏泽市2016-2021年B-Victoria系流感病毒毒株16株,利用二代Ilumina MiSeq测序得到全基因组顺序,利用生物信息学软件构建体系进化树,解析HA和NA基因组的突变规律。16株流感病毒可分成四个进化分支,2株毒株(2016年)隶属V1A进化分支,8株毒株(4株2019年,4株2020年)隶属V1A.3进化分支,4株毒株(2021年)隶属V1A.3a.1进化分枝,2株毒株(2021年)为V1A.3a.2进化分枝。以疫苗株B/Brisbane/60/2008为标准株,HA基因中共有16个位点出现突变,其中有10个位点设在抗原决定簇上。NA基因变目前已有21个位点出现了突变,在关键耐药位点上还未监测到变异。糖基化位点分析结果显示,2021年病毒株HA基因与其他病毒株相比少一个糖基化位点197NET,NA基因组糖基化位点并没有改变。结果提示2019年和2021年菏泽市BVictoria系流感病毒HA基因可能发生了抗原漂移,但所有毒株NA基因突变均未涉及到耐药位点突变,表明菏泽市B-Victoria流感的NA基因耐药性尚未发生改变。 展开更多
关键词 B-Victoria系流感病毒 全基因组 血凝素 神经氨酸 糖基化位点
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染色质可及性分析的研究进展 被引量:3
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作者 许兰 任立成 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1462-1470,共9页
在细胞核内,染色质可及性模式会随着外部刺激和发育线索的改变而发生动态变化。染色质可及性重构对于基因表达调控至关重要,在建立和维持细胞特性等方面发挥着重要作用。因此开展染色质可及性的研究对染色质功能上的三维解析具有十分重... 在细胞核内,染色质可及性模式会随着外部刺激和发育线索的改变而发生动态变化。染色质可及性重构对于基因表达调控至关重要,在建立和维持细胞特性等方面发挥着重要作用。因此开展染色质可及性的研究对染色质功能上的三维解析具有十分重要的意义。近几年,随着高通量测序技术的进步以及测序成本的降低,基于高通量测序技术的染色质可及性分析方法得到了迅速发展。目前观察和分析全基因组染色质开放与否的常见技术主要有脱氧核糖核酸酶I超敏位点测序(DNase-seq)、微球菌核酸酶测序(MNase-seq)、甲醛辅助分离调控元件测序(FAIRE-seq)以及转座酶可及性测序(ATAC-seq)。本文比较了这4种染色质可及性分析技术的优缺点,详细介绍了它们的原理及主要实验流程,并简要讨论了它们的发展及相关技术的应用,期望通过这些互补的方法为染色质分析领域的未来发展提供一些借鉴和思路。 展开更多
关键词 染色质可及 脱氧核糖核酸酶i超敏位点测序 微球菌核酸 甲醛辅助分离调控元件 转座可及性
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一个甲基丙二酸血症家庭的MUT基因突变研究
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作者 刘畅 王庆华 +3 位作者 臧玉翠 李爱芹 阎胜利 刘世国 《青岛大学医学院学报》 CAS 2016年第4期432-434,共3页
目的检测甲基丙二酸血症(MMA)病儿父母的甲基丙二酰辅酶A变位酶(MUT)基因突变类型。方法采用全基因组外显子测序技术(WES)对1例单纯性MMA病儿父母MUT基因进行检测。结果病儿父亲MUT基因发生了错义突变(c.1106G>A),导致p.Arg369His;... 目的检测甲基丙二酸血症(MMA)病儿父母的甲基丙二酰辅酶A变位酶(MUT)基因突变类型。方法采用全基因组外显子测序技术(WES)对1例单纯性MMA病儿父母MUT基因进行检测。结果病儿父亲MUT基因发生了错义突变(c.1106G>A),导致p.Arg369His;病儿母亲MUT基因发生了框移突变(c.2075_2081),导致p.Leu692ArgfsX11。结论病儿父母均为MMA携带者。 展开更多
关键词 甲基丙二酸血症 甲基丙二酸单酰CoA变位 突变 位点分型
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耐碳青霉烯类药物肺炎克雷伯菌耐药基因研究 被引量:5
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作者 周道平 陆伟桃 《实验与检验医学》 CAS 2017年第2期212-214,218,共4页
目的了解对碳青霉烯类药物耐药的肺炎克雷伯菌(CRKP)碳青霉烯酶基因的携带情况。方法收集本院2013年1月至2016年6月临床标本中分离的630株肺炎克雷伯菌,采用VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定系统进行细菌鉴定和药敏检测以及改良Hodge试... 目的了解对碳青霉烯类药物耐药的肺炎克雷伯菌(CRKP)碳青霉烯酶基因的携带情况。方法收集本院2013年1月至2016年6月临床标本中分离的630株肺炎克雷伯菌,采用VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定系统进行细菌鉴定和药敏检测以及改良Hodge试验筛选CRKP,采用聚合酶链反应(PCR)检测碳青霉烯酶基因,采用多位点序列分型(MLST)技术对CRPK进行分子遗传学分析。结果 630株肺炎克雷伯菌中,61株对亚胺培南耐药,为CRKP,占9.7%,CRKP对多种临床常用抗菌药物均显著耐药,对替加环素具有良好的敏感性。PCR结果显示59株CRKP携带碳青霉烯酶基因,其中53株携带bla KPC-2型基因(89.8%),4株携带bla NDM-1型基因(6.8%),2株携带bla OXA-48型基因(3.4%)。MLST分型主要以ST11为主(49株,80.3%)。结论我院CRKP基因型主要为KPC-2型,另外有散在NDM-1和OXA-48型,MLST分型主要为ST11型。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 抗药性细菌 碳青霉烯 位点分型
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碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药基因型分析 被引量:1
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作者 徐淑晔 郭政新 《淮海医药》 CAS 2020年第3期302-305,共4页
目的:了解近期某院院内感染的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)基因型特征。方法:收集某院2018年11月—2019年3月CRKP 21株,采用梅里埃VITEK微生物鉴定仪进行菌种鉴定,用最低抑菌浓度MIC法、KB法分析抗菌药物的敏感性。对菌株进行全基因... 目的:了解近期某院院内感染的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)基因型特征。方法:收集某院2018年11月—2019年3月CRKP 21株,采用梅里埃VITEK微生物鉴定仪进行菌种鉴定,用最低抑菌浓度MIC法、KB法分析抗菌药物的敏感性。对菌株进行全基因组测序和序列拼接,分析菌株耐药基因,采用MLST和cgMLST软件对菌株进行序列分型,构建最小生成树(MST)。结果:21株CRKP均携带blaKPC-2型耐药基因,MLST分型均为ST11型,而cgMLST分型显示CT3176(14株,66.7%)为院内流行优势菌株,另有CT1689型(3株)、CT1313型(2株)、CT1814型(1株)和CT3195型(1株)。在MST中某院CRKP被分为3大簇,其中CT3176型菌株为主要一簇。结论:某医院内ST11型的CRKP以CT3176亚型为主并在院内有小范围的播散,同时CRKP对临床常用抗菌药物呈多重耐药状态。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 碳青烯类 耐药性全基因组 核心基因组多位点列分析
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DNA分析与扩增
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《生物技术通报》 CAS CSCD 1993年第5期31-35,共5页
关键词 DNA分析 技术 RNA 终止密码子 聚合 人类基因组计划 直接 限制性位点 Sanger 表达克隆
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家族性渗出性玻璃体视网膜病遗传异质性的进一步证据:在一个常染色体显性遗传大家系中排除EVR1,EVR3,EVR4
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作者 Toomes C. Downey L.M. +1 位作者 Bottomley H.M. 王海燕 《世界核心医学期刊文摘(眼科学分册)》 2005年第6期29-29,共1页
Background/aims: Familial exudative vitreoretinopathy (FEVR) is an inherited blinding condition characterised by abnormal development of the retinal vasculature. The aim of this study was to perform linkage analysis i... Background/aims: Familial exudative vitreoretinopathy (FEVR) is an inherited blinding condition characterised by abnormal development of the retinal vasculature. The aim of this study was to perform linkage analysis in a large family affected with FEVR to determine whether the mutation involved was in one of the three known autosomal dominant FEVR loci or in another as yet unidentified gene. Methods: Genomic DNA samples from family members were polymerase chain reaction (PCR) amplified with fluorescently tagged microsatellite markers spanning the EVR1/EVR4 locus (11q13- 14) and the EVR3 locus (11p12- 13). The resulting PCR products were resolved using an automated DNA sequencer and the alleles sized. These data were used to construct haplotypes across each locus and linkage analysis was performed to prove or exclude linkage. Results: The clinical evaluation in this family suggested features typical of FEVR, with deficient peripheral retinal vascularisation being the common phenotype in all affected individuals. However, linkage analysis proved that this family has a form of FEVR genetically distinct from the EVR1, EVR3 and EVR4 loci. Conclusion: The exclusion of linkage in this family to any of the known FEVR loci proves the existence of a fourth locus for autosomal dominant FEVR and shows that this rare disorder is far more heterogeneous than previously thought. 展开更多
关键词 玻璃体视网膜 EVR1 EVR3 EVR4 渗出性 族性 视网膜血管 遗传异质性 连锁分析 聚合链反应 基因位点
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角化性皮肤病
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《中国医学文摘(皮肤科学)》 2013年第2期107-108,共2页
20130455毛囊角化病患者ATP2A2基因新剪切位点突变的检测研究/杜旭峰(南京医科大无锡医院皮肤科),施和建,顾永…∥临床皮肤科杂志.-2012,41(10).
关键词 角化性皮肤病 剪切位点突变 毛囊角化病 聚合链反应 直接 角化症 先天性角化不良 汗孔角化病 乳头瘤样增生 皮损组织病理
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沙眼衣原体分子生物学检测技术进展及应用 被引量:3
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作者 邱俊杰 熊礼宽 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1067-1071,共5页
沙眼衣原体(CT)是临床上引起沙眼和性传播疾病的主要病原体。本文阐述了CT分子生物学检测技术的进展与应用,主要包括荧光定量PCR技术、核酸恒温扩增技术、PCR-杂交技术、测序技术,并比较不同方法的优缺点,同时介绍了CT的即时检验方法。
关键词 沙眼衣原体 聚合链反应 核酸扩增技术 微阵列分析 位点分型
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