传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株(SD/97/02)基质蛋白、5a、5b蛋白基因的克隆和序列分析

参考 Gen Bank上的传染性支气管炎病毒 (IBV)序列 ,自行设计合成了 3条引物 ,对 IBV青岛腺胃分离株 (SD/97/ 0 2 ) RNA进行 RT- PCR扩增 ,扩增含基质蛋白 (M)及 5 a、5 b蛋白基因的约 1.6 5 kb的片段 ,对 PCR产物进行克隆后测序。序列分析显示 ,M蛋白基因与其他 IBV相应的基因同源性在 90 .33%～ 92 .75 %之间 ,氨基酸序列比较 ,同源性在 89.82 %～ 94.2 5 %之间 ;5 a基因与其他 IBV的基因同源性在 84.34 %～ 87.37%之间 ,氨基酸同源性在 81%～82 %;5 b基因与其他 IBV的基因同源性在 91%～ 92 %之间 ,氨基酸同源性在 93%左右。

传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株(SD/97/02)S2蛋白基因的序列测定和分析

根据GenBank上发表的IBVS2基因序列 ,自行设计了两对引物 ,分别扩增SD/ 97/ 0 2株S2基因的上游110 0bp部分和下游的 90 0bp部分 ,两段序列拼接后包含了S2全基因的序列。将此两段分别克隆入pGEMT easy载体 ,测序后将序列用分析软件DNASTAR和网上的BLAST软件进行分析 ,结果表明 ,S2基因比S1基因相对来说更保守 ,位于氨基酸第 5 6 0～ 6 0 0位很可能是与囊膜锚着的部位 ,而S2与S1的交界处以HRRRR为特征 ,这不同于常规的RRF/SRR。

传染性支气管炎病毒嗜腺胃毒株(ZJ971毒株)结构蛋白和S1基因的结构分析

对来自浙江地区的传染性支气管炎病毒嗜腺胃毒株 ( ZJ971株 )的结构蛋白进行了 SDS电泳分析 ,用RT-PCR扩增其 S1基因 c DNA,并作了测序分析。结果显示 ,ZJ971株结构蛋白由 2 1 2 0 0 0、1 4 60 0 0、974 0 0等 8条蛋白带组成 ,与其他传染性支气管炎病毒株相比缺损 1 1 60 0 0蛋白条带 ;S1基因全长为 1 72 0 nt,编码 1条 551个氨基酸组成的多肽 ,其核苷酸与其他传染性支气管炎病毒株的同源性为 99.4 0 %～ 77.85%。ZJ971株不同于其他血清型传染性支气管炎病毒的最显著特征为 :S1基因 1 2 5、1 82、2 77位上的碱基被置换 ,缺失 Fok 、Bb V 、Pflm 、Fnu4 H 4个核酸内切酶位点 ;S1蛋白多肽链 4 1、59、91、1 4 1位点上的氨基酸被置换 ,并在二级结构上出现 4 0～ 50位氨基酸区域的亲水性下降、1 4 0～ 1

IBV青岛腺胃分离株(SD/97/02)S1蛋白基因的序列测定和分析

参考Genbank上发表的IBVS1纤突蛋白基因序列 ,设计了一对引物 ,对鸡传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株 (SD/ 97/ 0 2 )RNA进行RT PCR扩增。将PCR产物克隆入pMD18 T载体中进行序列测定和分析。序列分析表明 ,该毒株的S1基因的G +C %含量较少 ,为 37.0 % ,存在HindIII,BamHI,BgIII,SacI和SalI位点 ,无EcoRI位点 ,与其他毒株的同源性在 87.0 2 % 94 .2 1%之间 ,在第 15 4～ 4 2 9nt处为高度的变异区 ;将基因序列翻译成氨基酸后 ,假定的S1蛋白由 5 4 0个氨基酸组成 ,等电点 8.2 4 ,在蛋白质内部存在 18个Cys,在S1与S2蛋白之间的剪切位点为HRRRR ,这与大多数IBV毒株 (RRF/SRR)不一样 ,有三个区域的氨基酸序列高度保守 ;16 9～ 181aa,2 30～ 2 5 0aa ,4 85～ 5 0 6aa ;与其他毒株进行抗原性比较后发现 ,在该毒株的 32 0～ 32 6aa及 390～ 4 0 1aa处的抗原表位消失 ,而在 32 5～345aa、379～ 389aa处则出现了很强的抗原表位 ;第 4 38～ 4 4 4aa处 ,其他IBV毒株 (除ZJ971株外 )原来存在的强抗原位点在本毒株中消失 ;在 5 3～ 6