蛋白质折叠过程中自回避搜索的算法研究

蛋白质折叠是一个复杂的演化过程。目前广泛采用HP格子模型,可以使分子内部连续的结构空间离散化,减少分子内部的自由度,从而较有效地研究蛋白质的折叠机理。在格子模型中,自回避路径的确定是搜索折叠构象的关键。文章在基于二维HP格子模型基础上,提出了一种简捷快速的自回避路径搜索算法,并在计算机上进行实例检测及模拟,产生效果较好的蛋白质折叠构象。但对于长序列,自回避路径折叠搜索计算时间将呈指数增长。为了更真实地模拟蛋白质折叠过程,文章进一步探讨了建立并行HP格子模型思路,对较长序列的折叠,其折叠过程不会因为序列长度的增加而快速增大模拟的复杂度,且符合生命的演化规律。