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基于Tile自组装模型的最大匹配问题算法研究 被引量:6
1
作者 周旭 周炎涛 +2 位作者 李肯立 欧阳艾嘉 潘果 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第2期262-268,共7页
Tile自组装模型作为一种重要的DNA计算模型,在解决NP问题时展现出了巨大优势.文中针对现有最大匹配问题DNA计算算法实验操作复杂,错误率高的缺点,提出了一种基于Tile自组装模型的最大匹配问题新算法.算法所需的Tile分子种类为O(mn),所... Tile自组装模型作为一种重要的DNA计算模型,在解决NP问题时展现出了巨大优势.文中针对现有最大匹配问题DNA计算算法实验操作复杂,错误率高的缺点,提出了一种基于Tile自组装模型的最大匹配问题新算法.算法所需的Tile分子种类为O(mn),所需生物操作数为O(1),计算时间为O(m),计算空间复杂度为O(mn)(其中m为边数,n为顶点数,且O(m)=O(n2)).与现有的最大匹配问题DNA计算算法相比,本算法不仅可靠性更好,而且更具可操作性. 展开更多
关键词 DNA计算 Tile自组装模型 最大匹配问题 NP完全问题 并行计算
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一种基于DNA自组装模型求解最大团问题的算法 被引量:7
2
作者 周炎涛 李肯立 +2 位作者 罗兴 黎福海 朱青 《湖南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第9期39-44,共6页
基于tiles理论模型和已有DNA自组装模型,结合最大团问题给出基于DNA自组装模型的算法设计,得到具体设计初始分子、规则分子和检测分子所需的DAE块种类.在此基础上采用荧光标记和凝胶电泳生物操作提出了一种求解最大团问题算法.该算法设... 基于tiles理论模型和已有DNA自组装模型,结合最大团问题给出基于DNA自组装模型的算法设计,得到具体设计初始分子、规则分子和检测分子所需的DAE块种类.在此基础上采用荧光标记和凝胶电泳生物操作提出了一种求解最大团问题算法.该算法设计tiles的种类为Θ(n2+|E|),其生物操作复杂性为Θ(1).此算法降低了实验的复杂度,而且保证了实验的易操作性和结果的准确性。 展开更多
关键词 DNA序列 最大团问题 DNA自组装模型
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基于DNA计算自组装模型的Diffie-Hellman算法破译(英文) 被引量:4
3
作者 陈智华 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2008年第12期2116-2122,共7页
DNA自组装计算模型是近年来引人关注的计算模型,已有基于自组装模型的二进制加法、乘法以及有限域中的加法和乘法的讨论.文中利用DNA自组装模型设计的模乘系统,实现了素数p的本原根g连续乘方后模p的数的排列,从而可以在线性时间内求解... DNA自组装计算模型是近年来引人关注的计算模型,已有基于自组装模型的二进制加法、乘法以及有限域中的加法和乘法的讨论.文中利用DNA自组装模型设计的模乘系统,实现了素数p的本原根g连续乘方后模p的数的排列,从而可以在线性时间内求解离散对数,为破译Diffie-Hellman密钥交换算法提供了新的生物方法.该模乘系统使用了Θ(p)种自组装类型,组装的时间复杂度为Θ(p-1).系统最后组装结果提取出报告链后,经过PCR和凝胶电泳读取离散对数结果.该模型扩展了DNA自组装计算模型的应用,为求取离散对数提供了新思路. 展开更多
关键词 DNA计算 DNA自组装模型 离散对数 整数排序 PCR
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最大匹配问题Tile自组装模型
4
作者 周旭 周炎涛 +1 位作者 李肯立 潘果 《湖南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第2期114-120,共7页
Tile自组装模型凭借其自组装、可编程等特性在解决NP问题方面具有巨大优势.文中提出了一种求解最大匹配问题的Tile自组装新模型,该模型主要由初始配置子系统、选择子系统及检测子系统3大部分构成.新模型中首先设计Tile分子存储问题信息... Tile自组装模型凭借其自组装、可编程等特性在解决NP问题方面具有巨大优势.文中提出了一种求解最大匹配问题的Tile自组装新模型,该模型主要由初始配置子系统、选择子系统及检测子系统3大部分构成.新模型中首先设计Tile分子存储问题信息,其次通过Tile分子自组装操作生成最大匹配问题解空间,最后通过Tile检测分子筛选得到最大匹配问题的解.对模型从所需Tile分子种类、计算时间和计算空间3个方面进行性能分析,并通过实验模拟论证了模型的有效性和正确性. 展开更多
关键词 DNA计算 Tile自组装模型 最大匹配问题 NP完全问题 并行计算
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基于DNA自组装模型解决图的最小顶点覆盖问题 被引量:2
5
作者 郭洪敏 殷志祥 《安徽理工大学学报(自然科学版)》 CAS 2015年第3期17-20,共4页
在分析最小顶点覆盖问题特点的基础上,以5个顶点的图为例,将最小顶点覆盖问题转化为可满足性问题,简化问题的操作难度。再根据DNA自组装的自发性和并行性等优势,通过建立DNA自组装模型解决可满足性问题,从而解决图的最小顶点覆盖问题。... 在分析最小顶点覆盖问题特点的基础上,以5个顶点的图为例,将最小顶点覆盖问题转化为可满足性问题,简化问题的操作难度。再根据DNA自组装的自发性和并行性等优势,通过建立DNA自组装模型解决可满足性问题,从而解决图的最小顶点覆盖问题。相对于传统算法,本算法只应用了凝胶电泳技术,大大的降低了操作难度和误差。 展开更多
关键词 最小顶点覆盖 DNA自组装模型 可满足性问题
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基于DNA自组装模型解决图的最大独立集问题 被引量:2
6
作者 刘静 殷志祥 《安徽理工大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第4期4-6,共3页
为了寻找图的最大独立集问题,先利用DNA自组装模型解决可满足性问题,再把最大独立集问题转化为可满足性问题,从而解决最大独立集问题。整个过程只用到凝胶电泳操作,在很大程度上减少了误差。
关键词 DNA自组装模型 可满足性问题 最大独立集
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DNA自组装模型的几种分子逻辑门的计算
7
作者 单静怡 唐静静 殷志祥 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期176-179,共4页
分子逻辑门是DNA计算机的重要单元,也是实现运算法则的基本条件。文章以DNA自组装模型为基础,构造了特殊的环状DNA序列。通过将分子信标作为输入信号,或者对输入信号进行相应的标记,实现了与非门、或非门和异或门3种常见复合逻辑门的构... 分子逻辑门是DNA计算机的重要单元,也是实现运算法则的基本条件。文章以DNA自组装模型为基础,构造了特殊的环状DNA序列。通过将分子信标作为输入信号,或者对输入信号进行相应的标记,实现了与非门、或非门和异或门3种常见复合逻辑门的构造。在结果读取中,用检测荧光强度的方法来判断逻辑真值。反应后溶液中有荧光出现时,表示逻辑值为1;反应溶液中没有荧光出现时,表示逻辑值为0。在整个实验过程中,只需要对DNA序列进行相应的设计,可减少因为反应复杂、反应步骤繁多引起的误差。该模型操作简单,灵敏度高,为分子逻辑计算的实现提供了新的思路。 展开更多
关键词 DNA自组装模型 环状DNA结构 逻辑门 分子信标 DNA计算
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一种最大团问题的Tile自组装高效模型 被引量:6
8
作者 周旭 周炎涛 +1 位作者 欧阳艾嘉 李肯立 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2014年第6期1253-1262,共10页
Tile自组装模型凭借其纳米属性、自组装、可编程等特点,引起了科学界的广泛关注.然而随着Tile自组装模型的深入研究,可扩展性问题已成为其进一步发展的巨大障碍.为此,首先提出了一种最大团问题Tile自组装高效模型.该模型主要由TileDual... Tile自组装模型凭借其纳米属性、自组装、可编程等特点,引起了科学界的广泛关注.然而随着Tile自组装模型的深入研究,可扩展性问题已成为其进一步发展的巨大障碍.为此,首先提出了一种最大团问题Tile自组装高效模型.该模型主要由TileDual子系统、初始配置子系统及检测子系统三大部分构成.其中TileDual子系统的设计中引入了启发式算法的设计思想,提出了TileDual分子对的概念.通过与已有基于穷举策略的研究成果对比发现:模型不仅具有Tile自组装模型的优点,而且将求解图G0最大团问题所需的解空间规模由2n0减少至1.712n^2n,求解成功率由0.5n0增加至0.5n^0.57n,其中n0为图G0中的顶点数,n为预处理后得到的图G的顶点数,且n0≤n.因此,所提出的模型在减少解空间规模的同时还可以提高生物并行计算解的精确性. 展开更多
关键词 DNA计算 Tile自组装模型 最大团问题 NP完全问题 并行计算
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DNA分子并行自组装逻辑运算模型 被引量:1
9
作者 佘辉 游自立 +1 位作者 张文政 霍家佳 《科技通报》 北大核心 2013年第4期23-25,共3页
自从Aldeman成功地实现了用DNA计算解决汉密尔顿路径问题,DNA分子的计算潜力得到了许多科学家的高度关注。本文提出一种可实现的高并行性自组装的逻辑运算模型。通过DNA互补配对的特性使计算分子自行识别组装,利用DNA内切酶等处理DNA产... 自从Aldeman成功地实现了用DNA计算解决汉密尔顿路径问题,DNA分子的计算潜力得到了许多科学家的高度关注。本文提出一种可实现的高并行性自组装的逻辑运算模型。通过DNA互补配对的特性使计算分子自行识别组装,利用DNA内切酶等处理DNA产物完成对DNA分子逻辑运算结果的筛选。实验表明该DNA分子计算模型是可行的。 展开更多
关键词 DNA计算 自组装模型 逻辑运算 分子自动机
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基于自组装的N皇后问题DNA计算算法 被引量:5
10
作者 吴帆 李肯立 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第11期2174-2180,共7页
N皇后问题是理论计算机科学中一个经典的NP难问题.自Adleman首次运用DNA计算来解决NP问题以来,DNA计算已成为计算机科学的研究热点之一,现有N皇后问题的DNA计算机算法多基于粘贴和剪接模型,存在生化操作复杂度和实验误差较高等问题.本... N皇后问题是理论计算机科学中一个经典的NP难问题.自Adleman首次运用DNA计算来解决NP问题以来,DNA计算已成为计算机科学的研究热点之一,现有N皇后问题的DNA计算机算法多基于粘贴和剪接模型,存在生化操作复杂度和实验误差较高等问题.本文提出了一种基于DNA自组装模型来求解N皇后问题的DNA计算方法.算法通过减少实验操作步骤数,降低了生化解的错误率.算法使用的tiles分子块种类为O(n2),生化操作复杂性为O(1),其中n为皇后的个数.与求解N皇后问题的其它DNA算法的对比分析表明,本算法可提高生化解的准确性,降低算法生化实验的复杂度,具有良好的易操作性. 展开更多
关键词 DNA计算 自组装模型 N皇后问题 tile模型
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一种纳米多肽材料的自组装结构与机制研究 被引量:2
11
作者 周庆翰 林娟 罗建斌 《西南民族大学学报(自然科学版)》 CAS 2011年第3期437-440,共4页
利用天然蛋白质氨基酸有序排列设计具有功能性的多肽纳米材料近年来引起了人们极大的兴趣,但对多肽材料的自组装机制研究却很少报道.本文中为研究多肽自组装机制,设计了一种新型多肽材料Arg-Ala-Asp-Ala-Gly-Ala-Gly-Ala-Arg-Ala-Asp-Al... 利用天然蛋白质氨基酸有序排列设计具有功能性的多肽纳米材料近年来引起了人们极大的兴趣,但对多肽材料的自组装机制研究却很少报道.本文中为研究多肽自组装机制,设计了一种新型多肽材料Arg-Ala-Asp-Ala-Gly-Ala-Gly-Ala-Arg-Ala-Asp-Ala-Gly-Ala-Gly-Ala,利用原子力显微镜等技术对多肽的自组装结构以及纳米结构重组装过程进行了实时观察,研究了其自组装机制,预测了其自组装模型,为进一步研究此类多肽材料的理化性质及实际应用提供了理论基础和数据支持. 展开更多
关键词 多肽 组装 纳米纤维 自组装模型
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自组装DNA计算的研究进展及展望 被引量:1
12
作者 程珍 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2012年第5期14-18,共5页
近年来,许多研究者已经证明二维自组装模型有通用计算能力,同时证明了自组装DNA计算具有可扩展性。随着分子生物学技术的发展,自组装DNA计算有着广阔的应用前景,在纳米科学、优化计算、密码学、医学等众多科学领域中有突破性的创新与应... 近年来,许多研究者已经证明二维自组装模型有通用计算能力,同时证明了自组装DNA计算具有可扩展性。随着分子生物学技术的发展,自组装DNA计算有着广阔的应用前景,在纳米科学、优化计算、密码学、医学等众多科学领域中有突破性的创新与应用。较全面地介绍了自组装DNA计算的研究现状、原理、分子结构和数学模型,以及自组装DNA计算的复杂度和误差分析,并对自组装DNA计算待研究的问题和发展前景进行了分析和展望。 展开更多
关键词 自组装模型 通用计算能力 自组装DNA计算 可扩展性 纳米科学 复杂度 误差分析
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介孔材料的合成机理与应用 被引量:7
13
作者 林永兴 孙立军 +1 位作者 张文彬 郑雪萍 《材料导报》 EI CAS CSCD 2003年第F09期226-228,共3页
对近年来介孔材料的最新研究进展进行了综述。就介孔材料的主要合成机理,即液晶模板机理、电荷匹配机理、静电作用模型、棒状自组装模型和层状折皱模型等进行了简要介绍,对介孔材料在催化、吸附、纳米复合体系及其他领域的应用情况进行... 对近年来介孔材料的最新研究进展进行了综述。就介孔材料的主要合成机理,即液晶模板机理、电荷匹配机理、静电作用模型、棒状自组装模型和层状折皱模型等进行了简要介绍,对介孔材料在催化、吸附、纳米复合体系及其他领域的应用情况进行了总结,并对未来的发展趋势进行了展望。 展开更多
关键词 介孔材料 合成机理 液晶模板机理 电荷匹配机理 静电作用模型 棒状自组装模型 层状折皱模型
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基于自组装算法破译RSA公钥密码系统 被引量:1
14
作者 程珍 许进 周康 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期15-18,共4页
研究了如何利用自组装技术对公钥密码系统RSA进行密码分析,提出了破译RSA公钥密码系统的自组装算法.创建3个子系统,包括非确定性指派子系统、乘法子系统和比较子系统,在此基础上建立自组装模型,提出自组装非确定性算法将整数分解为2个... 研究了如何利用自组装技术对公钥密码系统RSA进行密码分析,提出了破译RSA公钥密码系统的自组装算法.创建3个子系统,包括非确定性指派子系统、乘法子系统和比较子系统,在此基础上建立自组装模型,提出自组装非确定性算法将整数分解为2个素因子的乘积,该方法用常量种类的Tile类型在多项式时间内能成功分解整数,且通过其并行计算的特点破译RSA密码系统. 展开更多
关键词 自组装算法 自组装模型 分解整数 破译 公钥密码系统
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Hetero-assembly of gold nanoparticles on a DNA origami template
15
作者 Jie Chao Yinan Zhang +5 位作者 Dan Zhu Bing Liu Chengjun Cui Shao Su Chunhai Fan Lianhui Wang 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS CSCD 2016年第6期730-734,共5页
Hetero-assembling of spherical building blocks with well-defined spatial distribution holds great significance in developing chiral nanostructures. Herein, a strategy for hetero-assembling of gold nanoparticles(Au NPs... Hetero-assembling of spherical building blocks with well-defined spatial distribution holds great significance in developing chiral nanostructures. Herein, a strategy for hetero-assembling of gold nanoparticles(Au NPs) was demonstrated using rigid bifacial DNA origami as templates. By tuning the sizes and the fixed location of Au NPs on DNA origami, right-handed and left-handed Au NPs nanostructures were respectively constructed. Gel electrophoresis indicated the formation of the DNA origami-Au NPs complex and transmission electron microscopy(TEM) visually displayed the arrangement of Au NPs in these two chiral structures. The spatial configuration and 3D geometry of Au NPs were further illustrated by the stereographic TEM with tilting angles from ?30° to 30°. This strategy provides a universal approach to construct the asymmetrical 3D geometries, which may have potential applications in biomimicking and nanophotonics. 展开更多
关键词 hetero-assembly DNA origami gold nanoparticles chiral structure
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