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富集分析框架下的致病SNP位点识别 被引量:2
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作者 杨利英 殷黎洋 +1 位作者 袁细国 张军英 《西安电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第3期43-48,共6页
针对复杂疾病致病单核苷酸多态性位点识别中单一方法的片面性问题,提出了基于富集分析的致病单核苷酸多态性位点识别方法.通过富集分析机制设计了一种集成学习框架,可将不同的方法有机结合以提升学习性能.基于此组合框架,将ReliefF和CA... 针对复杂疾病致病单核苷酸多态性位点识别中单一方法的片面性问题,提出了基于富集分析的致病单核苷酸多态性位点识别方法.通过富集分析机制设计了一种集成学习框架,可将不同的方法有机结合以提升学习性能.基于此组合框架,将ReliefF和CA趋势检验进行了集成,在识别单个致病位点的同时兼顾位点之间的交互作用.在模拟数据集和真实数据集上进行了实验研究,结果表明所提出的方法能显著地提升致病单核苷酸多态性位点的识别性能,且所设计的组合框架具有良好的扩展性,可为其他方法的组合研究提供借鉴. 展开更多
关键词 模式识别 集成学习 交互作用 富集分析 致病SNP位点识别
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核苷酸微阵列技术在复发性流产发病机制及潜在致病位点中的应用研究 被引量:2
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作者 何文凤 姜艳华 +2 位作者 黄红丽 刘晓瑛 杨小猛 《中国妇幼保健》 CAS 2020年第6期1144-1146,共3页
目的探讨核苷酸微阵列技术在复发性流产发病机制及潜在致病位点中的应用价值。方法选取2017年7月1日-2019年6月30日在深圳市罗湖区妇幼保健院妇产科门诊确诊为复发性流产的患者60例,均留取流产物样本。应用Affymetrix Cyto Scan HD探针... 目的探讨核苷酸微阵列技术在复发性流产发病机制及潜在致病位点中的应用价值。方法选取2017年7月1日-2019年6月30日在深圳市罗湖区妇幼保健院妇产科门诊确诊为复发性流产的患者60例,均留取流产物样本。应用Affymetrix Cyto Scan HD探针对样本进行SNP array检测,通过Affymetrix Chromosome Analysis Suite软件采用隐马科夫模型算法确定全基因组染色体区域的重复和缺失。结果 60例研究标本检测成功率为100. 00%,共检测出44例样本异常,其中三倍染色体异常4例(6. 67%),染色体微小的缺失或重复3例(5. 00%),X染色体缺失8例(13. 33%),单亲二倍体1例(1. 67%),2号染色体重复1例(1. 67%),4号染色体重复1例(1. 67%),9号染色体重复1例(1. 67%),13号染色体重复2例(3. 33%),14号染色体重复1例(1. 67%),15号染色体重复1例(1. 67%),16号染色体重复10例(16. 67%),17号染色体重复1例(1. 67%),18号染色体重复2例(3. 33%),20号染色体重复1例(1. 67%),21号染色体重复4例(6. 67%),22号染色体重复3例(5. 00%)。其中年龄≥35岁患者的样本异常率为88. 89%(16/18),高于年龄≤35岁患者的66. 67%(28/42),差异有统计学意义(P>0. 05)。结论所有标本检测成功率达100. 00%,检出染色体异常率达73. 33%。染色体重复、缺失是复发性流产的主要原因,其中染色体数目异常,X染色体缺失,16号、21号和22号染色体异常为主要潜在致病位点。核苷酸微阵列技术可检测出染色体数目、结构异常以及染色体微小缺失,有助于全面了解复发性流产染色体异常状况,指导再次生育流产风险评估。 展开更多
关键词 核苷酸微阵列技术 复发性流产 发病机制 潜在致病位点
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利用K均值聚类算法识别遗传疾病致病SNP位点 被引量:1
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作者 张恒益 郑惠玲 《家畜生态学报》 北大核心 2020年第12期25-31,共7页
通过识别与遗传疾病致病相关的SNP(Single Nucleotide Polymorphism)位点在染色体中的位置,可以帮助人们干预这些致病位点,从而防止遗传性疾病的发生或者进行畜禽的抗病育种。利用K均值聚类算法对每一个位点的数值编码进行聚类并计算其... 通过识别与遗传疾病致病相关的SNP(Single Nucleotide Polymorphism)位点在染色体中的位置,可以帮助人们干预这些致病位点,从而防止遗传性疾病的发生或者进行畜禽的抗病育种。利用K均值聚类算法对每一个位点的数值编码进行聚类并计算其正确率,再利用箱型图识别极端异常值的方法筛选致病SNP位点,最后采用卡方检验对筛选结果的有效性进行验证。结果表明:K均值聚类算法不但准确识别出了遗传疾病的致病SNP位点,而且识别速度远高于目前普遍使用的逻辑斯蒂回归和随机森林算法。因此,该研究基于K均值聚类算法提出了一种识别遗传疾病致病SNP位点的新方法,为实时处理大规模畜禽基因数据集提供了一种新的思路。 展开更多
关键词 K均值聚类算法 致病SNP位点 箱型图 卡方检验
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NGS快速分析系统的临床应用
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作者 韩雪莹 朱丽蒙 +2 位作者 佘维 谷晓辉 张暋 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2022年第12期2237-2242,共6页
目的:建立并探讨二代测序(NGS)快速分析系统在肿瘤数据分析中的临床实用效果。方法:收集500例金域医学2018-2019年NGS标本,以下机数据作为研究对象。对数据分析人员和NGS快速分析系统软件筛选出致病位点的准确度、重复性和耗时进行比对... 目的:建立并探讨二代测序(NGS)快速分析系统在肿瘤数据分析中的临床实用效果。方法:收集500例金域医学2018-2019年NGS标本,以下机数据作为研究对象。对数据分析人员和NGS快速分析系统软件筛选出致病位点的准确度、重复性和耗时进行比对;并分析金域核心系统(KMClient PRD)导出的报告单与NGS快速分析系统导出报告单内容的一致性。结果:快速分析系统分析500例下机数据的结果与人工分析一致,准确性和重复性均达标,在时间上系统比人工的分析速度要快数十倍。另PRD系统与NGS快速分析系统导出报告单的内容差异不明显。结论:NGS快速分析系统可批量快速检出有临床意义的突变,以实现结果快速报告,同时降低人员操作主观出错率,不失为一种新型的一体化数据分析解决模式。 展开更多
关键词 NGS快速分析系统 致病位点 基因突变 准确性 重复性
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Analysis of Quantitative Trait Loci for Pathogenic Strain Pi-1 of Resistance to Rice False Smut in Rice(Oryza sativa)
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作者 李余生 杨娟 黄胜东 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2015年第10期2179-2182,2317,共5页
In order to identify the resistant gene of rice false smut in rice, a recombi- nant inbred line (RILs) population with 157 lines derived from an inter-subspecies cross of Daguandao/IR28 by the single seed descent me... In order to identify the resistant gene of rice false smut in rice, a recombi- nant inbred line (RILs) population with 157 lines derived from an inter-subspecies cross of Daguandao/IR28 by the single seed descent method was used to detect quantitative trait loci (QTLs) conferring resistance to strain Pi-1 of rice false smut caused by Usti/aginoiclea virens (Cooke) Takahashi in 2012 and 2013. The disease rate indexes of the two parents and 157 RILs caused by the strain Pi-1 of rice false smut were scored and the QTLs for rice false smut resistance were detected accordingly by QTL Cartographer software. Seven QTLs controlling false smut re- sistance were detected on chromosomes 2, 7, 8, 11 and 12, respectively, with the phenotypic variance of 8.5%-17.2%. There were four QTLs detected in 2012 and 2013, respectively, and only one QTL was found in both two years, the phenotypic variation explained by this individual QTL was 13.5% and 17.2%, and the additive effects of this QTL contributed to the 9.9% and 14.3% decrease of disease index and therefore the disease resistance increased. The direction of the additive effects at five loci qFsr2a, qFsr8a, qFsr8b, qFsr11 and qFsr12 coincided with that predicted by phenotypes of the parents, and the IR28 alleles at these loci had positive effect against rice false smut while the negative effects were found in Daguandao alleles at qFsr2b and qFsr7. The qFsr11 should be useful in rice breeding for resistance to rice false smut in marker-assisted selection (MAS) program. 展开更多
关键词 RICE Rice false smut Pathogen strains Disease resistance Quantita- tive trait locus
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玉米小斑病菌C小种毒素的致病作用位点 被引量:7
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作者 高志环 薛勇彪 戴景瑞 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2000年第6期622-626,共5页
现已发现的玉米小斑病C小种523菌株对玉米C型雄性不育细胞质材料的致病性比正常胞质材料严重.为了研究这种差异产生的可能机制,利用0.3%小斑病毒素处理正常胞质(N)和C细胞质材料线粒体,然后令线粒体进行体外翻译,发现... 现已发现的玉米小斑病C小种523菌株对玉米C型雄性不育细胞质材料的致病性比正常胞质材料严重.为了研究这种差异产生的可能机制,利用0.3%小斑病毒素处理正常胞质(N)和C细胞质材料线粒体,然后令线粒体进行体外翻译,发现离体线粒体蛋白质的合成都未受到影响,表明毒素没有改变N,C胞质线粒体膜的通透性,使氧化-磷酸化解偶联,也未直接抑制线粒体蛋白质的合成.将玉米叶片浸泡于0.3%的毒素溶液中处理,在不同处理时间测定溶液电导率,发现玉米叶片细胞膜通透性很快发生变化.用 0.05%毒素处理叶片后测定溶液电导率,发现C胞质材料叶片细胞对毒素较N和ES敏感.结果表明,毒素的作用位点在细胞质膜上而不在线粒体膜上,C胞质材料和N胞质材料感病严重性的差别是由细胞膜的稳定性导致的,而不是由不同胞质线粒体膜结构的差异导致的. 展开更多
关键词 玉米 小斑病C小种 专化性 毒素 致病作用位点
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位点致病性预测软件对错义突变的预测效用评估 被引量:2
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作者 章亮 苏志煕 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1916-1925,共10页
通过比较不同位点致病性预测软件的预测效果和预测特点,从而根据错义突变所在疾病的类型和使用目的选择预测效果最佳的软件,为位点致病性预测软件的合理有效使用提供依据。将孟德尔疾病和复杂疾病作为数据集分类标准,使用经实验验证的... 通过比较不同位点致病性预测软件的预测效果和预测特点,从而根据错义突变所在疾病的类型和使用目的选择预测效果最佳的软件,为位点致病性预测软件的合理有效使用提供依据。将孟德尔疾病和复杂疾病作为数据集分类标准,使用经实验验证的致病错义突变数据集对7种位点致病性预测软件(Mutation Taster-2,Mutation Assessor,Poly Phen2,SIFT,LRT,Condel和Logit)的实际预测效果和特点进行比较分析。结果显示被测位点致病性预测软件的预测效用和特点各不相同,同时软件对于孟德尔疾病数据集的预测效果优于复杂疾病数据集;此外Condel和Logit软件作为组合型位点致病性预测软件,在孟德尔疾病和复杂疾病错义突变数据集中的预测效果均优于单一型位点致病性预测软件,但二者的敏感度和特异性差异也较大。在位点致病性预测软件的实际使用过程中,应根据错义突变所属疾病的类型和软件的特点选择最适软件,或同时使用多个预测特点互补的软件对位点的致病性进行综合预测。 展开更多
关键词 位点致病性预测软件 错义突变 孟德尔疾病 复杂疾病
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Mutations in CCIN cause teratozoospermia and male infertility 被引量:5
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作者 Yong Fan Chenhui Huang +14 位作者 Juan Chen Yanyan Chen Yan Wang Zhiguang Yan Weina Yu Haibo Wu Ying Yang Leitong Nie Sijia Huang Fangfang Wang Haoyu Wang Yunfeng Hua Qifeng Lyu Yanping Kuang Ming Lei 《Science Bulletin》 SCIE EI CAS CSCD 2022年第20期2112-2123,M0004,共13页
Teratozoospermia is usually associated with defective spermiogenesis and is a disorder with considerable genetic heterogeneity. Although previous studies have identified several teratozoospermia-associated genes, the ... Teratozoospermia is usually associated with defective spermiogenesis and is a disorder with considerable genetic heterogeneity. Although previous studies have identified several teratozoospermia-associated genes, the etiology remains unknown for a majority of affected men. Here, we identified a homozygous missense mutation and a compound heterozygous mutation of CCIN in patients suffering from teratozoospermia. CCIN encodes the cytoskeletal protein Calicin that is involved in the formation and maintenance of the highly regular organization of the calyx of mammalian spermatozoa, and has been proposed to play a role in sperm head structure remodeling during the process of spermiogenesis. Our morphological and ultrastructural analyses of the spermatozoa obtained from all three men harboring deleterious CCIN mutants reveal severe head malformation. Further immunofluorescence assays unveil markedly reduced levels of Calicin in spermatozoa. These patient phenotypes are successfully recapitulated in mouse models expressing the disease-associated variants, confirming the role of Calicin in male fertility.Notably, all mutant spermatozoa from mice and human patients fail to adhere to the zona mass, which likely is the major mechanistic reason for CCIN-mutant sperm-derived infertility. Finally, the use of intracytoplasmic sperm injections(ICSI) successfully makes mutated mice and two couples with CCIN variants have healthy offspring. Taken together, our findings identify the role of Calicin in sperm head shaping and male fertility, providing important guidance for genetic counseling and assisted reproduction treatments. 展开更多
关键词 CCIN TERATOZOOSPERMIA Male infertility The calyx Whole-exome sequencing Mouse model
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三人家系-全外显子组测序(Trio-WES)在发育迟缓/智力残疾应用中的研究进展
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作者 唐巧茵 张莉雪 +3 位作者 蒋劲嵩 郭敏 赵晨玥 薛慧琴 《中国优生与遗传杂志》 2023年第4期881-884,共4页
发育迟缓/智力残疾(DD/ID)是常见的神经发育障碍性疾病,其病因十分复杂。近年来DD/ID与基因突变的相关性越来越紧密,而且由于其基因型和表型具有明显的遗传异质性,对DD/ID的明确诊断越来越依赖全基因组范围内的分子诊断。目前不明原因的... 发育迟缓/智力残疾(DD/ID)是常见的神经发育障碍性疾病,其病因十分复杂。近年来DD/ID与基因突变的相关性越来越紧密,而且由于其基因型和表型具有明显的遗传异质性,对DD/ID的明确诊断越来越依赖全基因组范围内的分子诊断。目前不明原因的DD/ID分子诊断技术主要是全外显子组测序(WES),尤其由于三人家系(Trios)模式高效、诊断率高、全面分析等优势,三人家系-全外显子组测序(Trio-WES)正逐渐成为临床应用中的主流检测技术。本综述将从Trio-WES技术优势、基因型-表型关联分析和基因新发突变位点的功能研究这三方面入手着重讨论目前Trio-WES在发育迟缓/智力残疾应用中的研究进展。 展开更多
关键词 发育迟缓 智力残疾 Trio-WES 基因型-表型关联分析 新发致病基因位点的功能研究
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