富集分析框架下的致病SNP位点识别

针对复杂疾病致病单核苷酸多态性位点识别中单一方法的片面性问题,提出了基于富集分析的致病单核苷酸多态性位点识别方法.通过富集分析机制设计了一种集成学习框架,可将不同的方法有机结合以提升学习性能.基于此组合框架,将ReliefF和CA趋势检验进行了集成,在识别单个致病位点的同时兼顾位点之间的交互作用.在模拟数据集和真实数据集上进行了实验研究,结果表明所提出的方法能显著地提升致病单核苷酸多态性位点的识别性能,且所设计的组合框架具有良好的扩展性,可为其他方法的组合研究提供借鉴.

核苷酸微阵列技术在复发性流产发病机制及潜在致病位点中的应用研究

目的探讨核苷酸微阵列技术在复发性流产发病机制及潜在致病位点中的应用价值。方法选取2017年7月1日-2019年6月30日在深圳市罗湖区妇幼保健院妇产科门诊确诊为复发性流产的患者60例,均留取流产物样本。应用Affymetrix Cyto Scan HD探针对样本进行SNP array检测,通过Affymetrix Chromosome Analysis Suite软件采用隐马科夫模型算法确定全基因组染色体区域的重复和缺失。结果 60例研究标本检测成功率为100. 00%,共检测出44例样本异常,其中三倍染色体异常4例(6. 67%),染色体微小的缺失或重复3例(5. 00%),X染色体缺失8例(13. 33%),单亲二倍体1例(1. 67%),2号染色体重复1例(1. 67%),4号染色体重复1例(1. 67%),9号染色体重复1例(1. 67%),13号染色体重复2例(3. 33%),14号染色体重复1例(1. 67%),15号染色体重复1例(1. 67%),16号染色体重复10例(16. 67%),17号染色体重复1例(1. 67%),18号染色体重复2例(3. 33%),20号染色体重复1例(1. 67%),21号染色体重复4例(6. 67%),22号染色体重复3例(5. 00%)。其中年龄≥35岁患者的样本异常率为88. 89%(16/18),高于年龄≤35岁患者的66. 67%(28/42),差异有统计学意义(P>0. 05)。结论所有标本检测成功率达100. 00%,检出染色体异常率达73. 33%。染色体重复、缺失是复发性流产的主要原因,其中染色体数目异常,X染色体缺失,16号、21号和22号染色体异常为主要潜在致病位点。核苷酸微阵列技术可检测出染色体数目、结构异常以及染色体微小缺失,有助于全面了解复发性流产染色体异常状况,指导再次生育流产风险评估。

利用K均值聚类算法识别遗传疾病致病SNP位点

通过识别与遗传疾病致病相关的SNP(Single Nucleotide Polymorphism)位点在染色体中的位置,可以帮助人们干预这些致病位点,从而防止遗传性疾病的发生或者进行畜禽的抗病育种。利用K均值聚类算法对每一个位点的数值编码进行聚类并计算其正确率,再利用箱型图识别极端异常值的方法筛选致病SNP位点,最后采用卡方检验对筛选结果的有效性进行验证。结果表明:K均值聚类算法不但准确识别出了遗传疾病的致病SNP位点,而且识别速度远高于目前普遍使用的逻辑斯蒂回归和随机森林算法。因此,该研究基于K均值聚类算法提出了一种识别遗传疾病致病SNP位点的新方法,为实时处理大规模畜禽基因数据集提供了一种新的思路。

NGS快速分析系统的临床应用

目的:建立并探讨二代测序(NGS)快速分析系统在肿瘤数据分析中的临床实用效果。方法:收集500例金域医学2018-2019年NGS标本,以下机数据作为研究对象。对数据分析人员和NGS快速分析系统软件筛选出致病位点的准确度、重复性和耗时进行比对;并分析金域核心系统(KMClient PRD)导出的报告单与NGS快速分析系统导出报告单内容的一致性。结果:快速分析系统分析500例下机数据的结果与人工分析一致,准确性和重复性均达标,在时间上系统比人工的分析速度要快数十倍。另PRD系统与NGS快速分析系统导出报告单的内容差异不明显。结论:NGS快速分析系统可批量快速检出有临床意义的突变,以实现结果快速报告,同时降低人员操作主观出错率,不失为一种新型的一体化数据分析解决模式。

玉米小斑病菌C小种毒素的致病作用位点

现已发现的玉米小斑病Ｃ小种５２３菌株对玉米Ｃ型雄性不育细胞质材料的致病性比正常胞质材料严重．为了研究这种差异产生的可能机制，利用０．３％小斑病毒素处理正常胞质（Ｎ）和Ｃ细胞质材料线粒体，然后令线粒体进行体外翻译，发现离体线粒体蛋白质的合成都未受到影响，表明毒素没有改变Ｎ，Ｃ胞质线粒体膜的通透性，使氧化－磷酸化解偶联，也未直接抑制线粒体蛋白质的合成．将玉米叶片浸泡于０．３％的毒素溶液中处理，在不同处理时间测定溶液电导率，发现玉米叶片细胞膜通透性很快发生变化．用 ０．０５％毒素处理叶片后测定溶液电导率，发现Ｃ胞质材料叶片细胞对毒素较Ｎ和ＥＳ敏感．结果表明，毒素的作用位点在细胞质膜上而不在线粒体膜上，Ｃ胞质材料和Ｎ胞质材料感病严重性的差别是由细胞膜的稳定性导致的，而不是由不同胞质线粒体膜结构的差异导致的．

位点致病性预测软件对错义突变的预测效用评估

通过比较不同位点致病性预测软件的预测效果和预测特点,从而根据错义突变所在疾病的类型和使用目的选择预测效果最佳的软件,为位点致病性预测软件的合理有效使用提供依据。将孟德尔疾病和复杂疾病作为数据集分类标准,使用经实验验证的致病错义突变数据集对7种位点致病性预测软件(Mutation Taster-2,Mutation Assessor,Poly Phen2,SIFT,LRT,Condel和Logit)的实际预测效果和特点进行比较分析。结果显示被测位点致病性预测软件的预测效用和特点各不相同,同时软件对于孟德尔疾病数据集的预测效果优于复杂疾病数据集;此外Condel和Logit软件作为组合型位点致病性预测软件,在孟德尔疾病和复杂疾病错义突变数据集中的预测效果均优于单一型位点致病性预测软件,但二者的敏感度和特异性差异也较大。在位点致病性预测软件的实际使用过程中,应根据错义突变所属疾病的类型和软件的特点选择最适软件,或同时使用多个预测特点互补的软件对位点的致病性进行综合预测。

三人家系-全外显子组测序(Trio-WES)在发育迟缓/智力残疾应用中的研究进展

发育迟缓/智力残疾(DD/ID)是常见的神经发育障碍性疾病,其病因十分复杂。近年来DD/ID与基因突变的相关性越来越紧密,而且由于其基因型和表型具有明显的遗传异质性,对DD/ID的明确诊断越来越依赖全基因组范围内的分子诊断。目前不明原因的DD/ID分子诊断技术主要是全外显子组测序(WES),尤其由于三人家系(Trios)模式高效、诊断率高、全面分析等优势,三人家系-全外显子组测序(Trio-WES)正逐渐成为临床应用中的主流检测技术。本综述将从Trio-WES技术优势、基因型-表型关联分析和基因新发突变位点的功能研究这三方面入手着重讨论目前Trio-WES在发育迟缓/智力残疾应用中的研究进展。