NIDDM致病候选基因的分子流行病学研究进展

综述了ＮＩＤＤＭ致病候选基因的分子流行病学研究近况。其中，己糖激酶Ⅱ（ＨＫⅡ）基因，激素原转化酶３（ＰＣ３）基因被认为不大可能是ＮＩＤＤＭ的主要致病基因；线粒体ｔＲＮＡ（ｍｔＲＮＡ）基因突变与ＮＩＤＤＭ的一个亚型有关；ｒａｄ基因与ＮＩＤＤＭ有关，但有争议；β细胞ＡＴＰ敏感钾通道（ＡＴＰ－Ｋ＋）基因的ＢＩＲ和ＳＵＲ亚单位与日本人ＮＩＤＤＭ遗传易患性无关，ＳＵＲ基因缺陷可能是北欧白人ＮＩＤＤＭ发病的主要遗传基础；

加权关联共表达网络在筛选致病候选基因上的优势分析

面对多基因疾病的致病基因筛选的难题,加权关联共表达网络模型作为一种新的基于图论和统计学的生物信息挖掘方法,较其他传统方法以其较好的预测精确度,完备的生物学理论以及实现的简洁可行,有着较好应用前景。重点将加权关联共表达网络与基于网络距离和基于疾病表性相似性这2大主流方法进行实例对比分析,以体现加权关联共表达网络在致病候选基因筛选上的优势性。

基于PCA的模糊C均值聚类算法识别AD候选致病基因

研究表明阿尔茨海默病(AD)的致病机理可能与基因有关.利用计算方法对AD基因表达数据进行挖掘,以获得AD候选致病基因,寻找治愈AD方法.结合生物信息理论应用基于主成分分析(PCA)方法的模糊C均值算法处理基因表达数据:观察到AD基因表达数据具有线性相关性后,先用PCA对数据降维,再利用一维分类方法对降维后的数据聚类,然后将结果提供给模糊C均值算法作为其初始聚类数目和聚类中心.通过算法,最终识别出9个AD候选致病基因.

遗传性肾病综合征候选致病基因筛选策略

部分遗传性肾病综合征(NS)与编码足细胞蛋白的单基因突变有关,目前,仍有80%的遗传性NS致病基因不明。大家系单基因遗传病筛选候选致病基因首选定位克隆,而小家系候选致病基因筛选优先选择外显子组测序。对致病基因不明的遗传性NS小家系核心成员进行外显子组测序,挑选出非同义、罕见、位于保守区域、软件预测有致病性、基因型与表型共分离的变异,携带该变异的基因即为候选致病基因。

先天性心脏病致病基因的研究进展

先天性心脏病是一类严重危害婴幼儿健康的先天畸形。它的发生与调控心脏形成的各种基因缺失和突变有密切关系,其中22q11、Nkx 2.5、Tbx1、Tbx5和GATA4是目前认为比较重要的致病候选区域或候选基因,本文对近年来对这些基因的研究进展做一综述。

犬髋关节发育不良数量性状位点及致病基因研究进展

犬髋关节发育不良(canine hip dysplasia,CHD)是一种以髋关节松弛为主要特征的先天遗传性疾病,受环境和基因共同作用,发病率较高,但其发病机制尚未完全明了。近年来,在CHD基因组学研究方面取得了重要进展,譬如,发现数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)与CHD中髋关节Norberg角、背外侧半脱位评分及分离指数存在联系,FBN2、LRR1、COL6A3与FN1等基因也与CHD的发生相关。为进一步明确CHD的发病机制,本文就CHD相关的QTL及相关候选致病基因的研究进展,尤其对相关QTL在染色体中的位置与功能以及候选致病基因的功能进行综述。

利用全外显子组测序法筛选Leber先天性黑矇一家系候选致病基因的实验研究

目的利用全外显子组测序法筛选Leber先天性黑矇(LCA)一个家系的候选致病基因,为补充或验证LCA致病基因的研究奠定基础。方法采用横断面研究方法。收集一个在深圳市眼科医院就诊的中国汉族LCA家系的临床资料。详细询问并记录全部家系成员的疾病史、家族史及婚育史,并对全部家系成员进行全面的身体检查。其中,眼部检查项目包括视力、眼位、眼压、验光、眼球运动情况、眼前段、眼底照相、光学相干断层扫描及视网膜电图检查等。提取先证者、另外1例患者及其父母的静脉血基因组DNA,采用磁珠提取法对DNA进行提纯。使用高通量测序平台对质量检测通过的DNA文库进行测序。在进行生物信息学分析时,对采集的数据行标准信息分析流程处理,同时对数据进行质控检测。采用GATK基因组分析网络工具库检索单核苷酸多态性位点和缺失标记位点的数量。测序结果经生物信息学分析工具Seattle Seq Annotation138注释后,与人类HAPMAP、db SNP138、Exome Sequencing Project及Exome Aggregation Consortium数据库进行比对。过滤掉已报道的常见变异后,再过滤掉位于非编码区的变异和同义突变,并进一步筛选出该LCA家系的候选致病基因。结果该家系成员共有3代16人。其中,3名LCA患者均为第Ⅱ代成员,第Ⅰ代及第Ⅲ代成员均无发病者,符合常染色体隐性遗传规律。经测序及分析后,得到17个LCA的候选致病基因,分别为ACTN1、C1QTNF3、FAN1、MMP28、MYO9B、NAV1、NUP62、PHLDB3、PRDM12、SLC24A4、ST3GAL3、TCIRG1、TP53、USP54、YIF1B、ZDHHC17及ZNF107。这些基因均与目前已报道的24个LCA相关的致病基因不同。结论对该家系的DNA进行分析后,发现了17个新的LCA候选致病基因,可为进一步明确该家系LCA致病基因的研究奠定了基础。

3例牙根发育不良患儿牙齿的病理学评估

目的:收集并检测3例牙根发育不良患儿的脱落牙齿,探讨该疾病的病理学表现。方法:采用X线透射和电镜检测,以及用HE染色和改良Mallor三色法染色观察患儿脱落牙齿标本,并分析其病理学变化进而对疾病进行定性诊断,初步筛选致病相关基因。结果:3例牙根发育不良患儿脱落牙齿分别展现不同的病理学变化。结论:本研究发现的3种不同临床表型的牙根发育不良患儿病理学诊断分别为牙根发育不良疾病、牙齿型低碱性磷酸酯酶症疾病和一种新型的综合征,进而按照功能克隆策略初步筛选ALPL、EDA基因为致病候选相关基因。

非胰岛素依赖型糖尿病分子遗传学研究进展

非胰岛素依赖型糖尿病(NIDDM)有明显遗传倾向,但由于对其遗传异质性认识不足及缺乏研究手段,半个多世纪来研究进展缓慢,80年代起应用分子生物学技术进行遗传学研究,取得迅速发展。 一、与NIDDM关联的基因:NIDDM群体关联研究仍是主要研究途径,通常以致病候选基因(di-sease candidate genes)为研究对象,十多年来在不同种族中已研究20多个候选基因。80年代主要研究与醣、脂代谢有关的激素、受体、载体基因,

房室结折返性心动过速的遗传学研究进展

房室结折返性心动过速(AVNRT)是临床中最常见的一种阵发性室上性心动过速,其发病机制至今仍未阐明。既往认为AVNRT与先天性心脏传导通路发育异常有关。近年来,随着家族性AVNRT不断报道,提示该病与遗传因素有关,新近的基因测序结果显示离子通道相关基因突变可能与其发生有关。本文将对AVNRT的遗传学研究进行综述。