结节性硬化症5个家系致病变异的鉴定

目的对5个结节性硬化症(TSC)家系进行致病变异鉴定,为相关家系的遗传咨询和产前诊断提供依据。方法选取2020年1月至2021年7月间在中国医学科学院基础医学研究所进行远程遗传咨询的5个无关TSC家系的8例患者为研究对象;抽取患者及其家系成员静脉外周血3~5 mL,应用常规酚/氯仿法提取基因组DNA;通过panel测序(PS)发现候选致病变异,经PCR-Sanger测序验证并联合生物信息学分析对先证者及其家系成员进行TSC1/TSC2致病变异鉴定。结果5个TSC家系患者均存在TSC1或TSC2的变异,包括3个已报道致病变异和2个新发现的疑似致病变异。2个新变异,TSC2:c.245G>A和TSC2:c.235delG,预测可分别造成无义变异p.(Trp82)和移码变异p.(Val79Lysfs27),形成提前终止密码子,并经家系共分离和生物信息学分析判定为致病性变异。结论本研究为相关家庭的遗传咨询和产前诊断提供了依据,进一步拓展了TSC2致病变异谱。

2例中国原发性纤毛运动障碍患者致病变异的鉴定

目的分析2例中国原发性纤毛运动障碍(PCD)患者的临床特征,并进行致病变异鉴定。方法收集患者的临床资料,采集患者外周血提取基因组DNA,应用全外显子组测序(WES)和Sanger测序鉴定PCD的潜在致病变异,最后通过生物信息学分析预测候选变异的致病性。结果2例中国PCD患者均有双肺弥漫性支气管扩张合并感染,鼻呼出一氧化氮(nNO)水平均低于正常值。WES结果发现两例患者均携带PCD已知致病基因的移码突变。患者1携带外动蛋白臂对接复合物亚基1(ODAD1)(NM_144577)基因纯合变异:c.702_705dupGCAG(p.P236Afs*11),患者2携带动力蛋白轴丝组装因子6(DNAAF6)(NM_173494)基因半合子变异:c.532_533delCT(p.L178Sfs*2)。2个变异均未被人类基因突变数据库(HGMD)收录。这两个移码突变均会引起开放阅读框改变,导致终止密码子提前出现。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)指南,ODAD1基因c.702_705dupGCAG变异被判定为致病变异(PVS1+PM2+PM3+PP4),DNAAF6基因c.532_533delCT变异被判定为致病变异(PVS1+PM2+PM3+PP4)。结论本研究新发现的ODAD1变异c.702_705dupGCAG及DNAAF6变异c.532_533delCT分别是这2例患者的致病变异,支持其PCD诊断。以上结果将丰富ODAD1和DNAAF6的突变谱。

南方根结线虫群体间致病性变异的生物测定

对源自中国 １０ 省（市）不同寄主作物的 ２０ 个南方根结线虫群体进行致病性变异的生物测定。按北卡罗来纳小种鉴别法鉴定，１６ 个群体在鉴别寄主上的反应属１ 号小种，４ 个群体为 ２ 号小种。针对番茄抗性基因 Ｍｉ进行毒性测试，１９ 个群体在含 Ｍｉ基因的抗病番茄品种上不能繁殖或繁殖力极低，说明其为无毒群体；而 １ 个源于广州的群体（ Ｍ Ｉ Ｇ Ｄ１１）则可在不同的抗病番茄品种上大量繁殖，且繁殖力与其在感病番茄品种上的相当，表明其构成了一克服 Ｍｉ抗性的毒性致病型。

美洲型猪蓝耳病病毒高致病性变异株RT-LAMP检测方法的建立

设计两套反转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)引物,建立了检测美洲型猪蓝耳病病毒及其高致病性变异株的RT-LAMP方法。采用RT-LAMP方法与实时荧光RT-PCR方法检测58份病料,结果一致,但RT-LAMP方法的灵敏度大约高出10倍。RT-LAMP方法特异性良好,检测猪瘟、伪狂犬病和细小病毒等均未出现交叉反应。结果表明,建立的美洲型猪蓝耳病病毒及其高致病性变异株RT-LAMP检测方法具有特异、灵敏、高效和简便的特点,在我国猪蓝耳病快速检测领域将有广阔的应用前景。

稻瘟病菌致病性变异

利用日本单基因鉴别品种，研究云南原有稳定粳稻、籼稻及日本鉴别菌系的致病性，结果表明，稻瘟病菌的致病性变异方向复杂，但也有稳定的菌株存在，日本菌、云南籼稻菌和粳稻菌之间的致病性变也存在一定差异。

四川稻瘟病菌致病性变异与病害流行的关系

文根据１９７９～１９９５年利用１９５３个稻瘟病菌株，先后对鉴别品种及主栽品种进行抗谱测定，分析品种田间抗性变化，揭示了稻瘟病菌生理小种变化动态，预示品种抗性丧失时限，是稻瘟病发生流行的前兆；探明了品种抗性丧失的主要原因，是来自品种自身病菌新致病小种数量的增殖和毒力强化，由潜在致病种群上升为优势种群，从而导致该品种抗性的丧失。

稻瘟病菌致病性变异研究

1997 年对四川省东南部稻瘟病菌230 个有效单孢菌株测定结果表明, 病菌生理小种由4 群17 个小种组成, 以28 群小种为优势种群, 出现频率为70.2% 。不同生态区及不同水稻品种间病菌生理小种组成有明显差异。同一水稻品种叶瘟和穗颈瘟生理小种组成也有显著差异, 穗颈瘟生理小种组成比叶瘟复杂, 致病力比叶瘟强。同一水稻品种不同叶片、不同病穗乃至同一叶片不同病斑间都可测出不同生理小种。

一个常染色体显性遗传非综合征型聋家系MYO6基因新致病性变异

目的 分析一个常染色体显性非综合征型听力损失家系的听力学特征,应用外显子测序鉴定该家系的致聋原因。方法 通过家系调查、临床听力学和遗传学特征分析,对一个非综合征型听力损失家系的致病原因进行系统研究,对该家系1例听力正常和2例听力损失者进行全外显子组测序确定候选基因,对所有家系成员进行候选基因变异的Sanger测序验证。结果 该家系遗传方式为常染色体显性遗传,表现为双侧对称性的感音神经性听力损失,随着年龄增长听力损失呈进行性加重;通过全外显子组测序鉴定出MYO6基因(DFNA22)新的致病性变异c.622A> G(p.K208E),该变异位点在多物种间保守,并与该家系成员的听力损失表型共分离。结论 在1个常染色体显性非综合征型听力损失家系中通过全外显子组测序发现了MYO6基因新的c.622A>G (p.K208E)致病性变异。

四川稻瘟病菌群体致病性变异新趋势

试验2002～2004年在蒲江病圃和室内进行,发现不同组合及其恢复系对稻瘟病菌确实具有不同的抗性,2004年20个主要杂交水稻恢复系接种118个稻瘟病菌株后,所有菌株均至少对5个恢复系具有致病力,不同菌株间的致病力分化,使得同一田块病菌群体获得了对其他不同品种的致病力,其中对全部参试恢复系致病菌株出现频率为11 90%,显著高于仅对一个恢复系致病的菌株频率(P 0 01),水稻多样化抗性逐步为病菌所克服。利用pot2 1和pot2 2引物,对68个对多恢1号致病菌株rep PCR扩增获得多种指纹图谱,各菌株指纹图谱与其地区和品种来源无相关性,表明对多恢1号致病的菌株是由不同遗传背景的菌株演化而来。

稻瘟菌致病性变异突变体的筛选及共分离分析

通过筛选稻瘟菌(Magnaporthegrisea)P131小种的REMI(RestrictionEnzymeMediated Integration)转化体库获得对水稻品种梅雨明致病性变异的突变体,命名为PX1。与野生型菌株P131相比,该突变体对水稻品种梅雨明致病性丧失,在洋葱表皮上侵染钉形成率显著降低,而孢子萌发率和附着胞形成率差异不显著。遗传分析表明,该突变体的突变表型和潮霉素抗性标记共分离,说明突变是由于外源质粒插入引起的,因此,可以此为标记克隆控制该表型的基因。

稻瘟病菌致病性变异及稳定菌系的筛选

稻瘟病菌(Pyricularia oryzae)是引起水稻发生稻瘟病的病原菌,它的致病性容易发生变化,抗病品种的感病化与稻瘟病菌致病性变异有直接关系。因此,研究稻瘟病菌的致病性变异及致病性稳定性,对水稻抗病育种及抗病基因分析具有重要意义。关于稻瘟病菌致病性变异性,国内外有关学者作过许多研究,但迄今对这一问题的看法尚不一致。曾在国际水稻研究所作过研究工作的欧世璜先生认为稻瘟病菌极富变异性。

DNASE1L3基因变异致狼疮性肾炎的临床及遗传学分析——附1例病例报道及文献复习

目的:分析DNASE1L3基因缺陷导致狼疮性肾炎(LN)患者的临床病理表现及基因变异特征。方法:结合1例伴肺出血的LN患者全外显子测序分析结果,总结DNASE1L3基因缺陷致LN患者的临床特征及致病变异谱。结果:该患者为男性,23岁起病,肾脏表现为大量蛋白尿及镜下血尿,肾活检病理提示LN-Ⅴ+Ⅳ型,合并肺出血、重度贫血、荨麻疹样皮疹、关节炎等表现。全外显子测序检出DNASE1L3基因c.565_568del(p.D189Sfs*17)纯合致病变异,该变异此前未见报道。文献检索报道了25例DNASE1L3基因缺陷致LN病例,结合本病例,共发现9个DNASE1L3基因致病变异位点,53.8%患者为男性,78.6%有血液系统受累,71.4%关节受累,71.4%荨麻疹样皮疹,42.9%肺部受累,35.7%消化系统受累,21.4%眼部受累,21.4%心脏受累,57.7%伴抗中性粒细胞胞质抗体(ANCA)阳性,50%预后不佳。结论:DNASE1L3基因缺陷更常见于男性LN患者,易累及血液系统、关节、皮肤、肺和消化系统,可伴ANCA阳性。对于LN伴ANCA阳性或肺出血的患者,应仔细询问家族史,及时完善基因检测,考虑DNASE1L3基因缺陷可能性。

稻瘟病菌致病性变异及稳定菌系的筛选

本文利用中国稻瘟病菌生理小种鉴别品种及日本的具已知基因鉴别品种,研究了日本的稻瘟病菌鉴别菌系,我国北方稻区辅助鉴别菌株及保存5～10年菌株的致病性。研究结果表明,菌株的致病性受其自身致病基因及环境因素等多方面影响,在众多的菌株中仍有稳定菌株存在。讨论了稻瘟病菌致病性变异性。提出了稻瘟病菌稳定菌株的筛选方法。

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株荧光定量PCR检测方法的建立

目的应用荧光定量PCR技术实现高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株的快速鉴定。方法利用所报道的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株Nsp2基因片段设计引物和探针,并对该方法进行特异度、灵敏度、重复性等方面的考察。结果用该方法检测高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒的近源种未发生非特异性扩增,最低检出浓度为1.0×103copy/mL。结论用该荧光定量PCR检测方法检测高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株不仅特异度好、灵敏度高,且快速简便。

染色体微阵列分析技术在产前致病性拷贝数变异诊断中的应用

目的:探讨染色体微阵列分析(CMA)技术在产前致病性拷贝数变异(CNV)诊断中的应用价值。方法:收集2017年3月至2020年4月在重庆市妇幼保健院行羊膜腔穿刺术且要求行CMA检测的单胎妊娠孕妇共4430例。根据羊水穿刺的临床指征分为6组:A组:单一高龄组;B组:单一唐氏筛查高风险组;C组:单一超声检查异常组;D组:单一无创产前检测(NIPT)高风险组;E组:超声检查异常合并高龄/唐氏筛查高风险/NIPT高风险两个或两个以上指征,F组:NIPT高风险合并高龄/唐氏筛查高风险/超声异常两个或两个以上指征;G组:其他组。结果:(1)4430例中CMA检测胎儿异常率11.74%,其中非整倍体异常119例(2.69%),CNVs 381例(8.60%),包含致病性拷贝数变异(pCNVs)77例。(2)不同临床指征的羊水CMA检测结果提示,单一临床指征中D组染色体异常总检出率(33.20%),CNVs检出率(19.31%),非整倍体率(10.89%),包括性染色体非整倍体率(6.93%)均显著高于其他各组(P<0.05)。C组的总检出率仅次于D组。E、F组总检出率(19.76%,55.00%),包括非整倍体率(11.01%,42.50%)均显著高于C、D组(P<0.05)。(3)77例pCNVs中,31例为染色体大片段缺失和(或)重复,其中8例遗传自平衡易位的父母。46例染色体微缺失/微重复综合征,包括23例染色体微缺失/微重复性pCNVs和23例神经发育障碍的易感性CNVs。结论:CMA检测是产前遗传学诊断的有效方法之一。NIPT和超声检查是筛查羊水染色体异常的有效手段,针对不同种类的胎儿pCNVs,应合理建议核型分析或家系CMA验证的方法确定pCNVs来源和致病性,再结合超声检查、胎儿CMA结果以及双亲表型,为妊娠提供合理的指导意见,并对出生后的胎儿定期做随访,为产前胎儿评估积累更多的经验。

莆田地区高发致病性G6PD突变基因型及临床表型分析

收集2020年7月至2022年6月莆田地区新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)筛查阳性样本,采用多色探针荧光PCR熔解曲线法检测G6PD突变基因,分析高发致病性G6PD突变基因型及其临床表型。结果显示,317例G6PD筛查阳性样本中,有269例确诊G6PD基因突变,共检出10种单个位点变异和2种复合杂合变异,所有突变类型均为致病性变异。排在前4位的高发致病性基因型为c.1376G>T(79例)、c.1388G>A(54例)、c.1024C>T(49例)、c.392G>T(33例);临床表型为160例出现不同程度黄疸,74例发生不同程度贫血,比较各基因型之间黄疸和贫血的发生情况,差异均无统计学意义(P>0.05)。希望研究结果能为G6PD缺乏症的遗传咨询及临床决策提供帮助。

小麦条锈菌致病性及其变异研究

条锈病是危害小麦最严重的病害,威胁着小麦生产和粮食安全。小麦条锈病防治中存在的最大问题是病菌变异引起的品种抗病性能下降,直至失去抗病性能。而现阶段小麦对条锈病病菌的抗病性能研究以及小麦条锈病变异原因研究一直是国内外研究的重点和难点。该文主要从小麦品种抗病性丧失、条锈病群体遗传与毒性变异两个方面分析了近些年取得的重要研究成果,最后分析了中国小麦条锈病防治面临的问题和挑战,希望通过该次研究,对进一步完善小麦条锈病防治体系,实现小麦条锈病人为高效控制有一定帮助。

稻瘟病菌致病性变异研究

１９９７年对四川省东南部稻瘟病菌２３０个有效单孢菌测定结果表明，病菌生理小种组成由４群１７个小种组成，以ＺＢ群小种为优势种群，出现频率为７０．２％，不同生态区及不同水稻品种间病菌生理小种组成有明显差异，同一水稻品种叶曾和穗颈瘟生理小种组成也有显著差异，穗颈瘟生理小种组成比叶瘟复杂，致病力比叶瘟强，同一水稻品种不同叶片，不同病穗乃同一叶片不同病斑间都可测出不同生理小种。

后GWAS时代结直肠癌致病SNP功能机制的研究进展

结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是受遗传与环境因素共同影响的复杂疾病,其中遗传因素发挥重要作用。至今,全基因组关联研究(genome-wide association studies,GWAS)已经发现了大量与结直肠癌风险相关的遗传变异。随之而来的后GWAS时代,越来越多的研究侧重于利用多组学数据和功能实验对潜在的致病位点进行解析。分析表明绝大多数风险单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位于非编码区,可能通过影响转录因子结合、表观遗传修饰、染色质可及性、基因组高级结构等,调控靶基因表达。本文对后GWAS时代结直肠癌致病位点的机制研究进行综述,阐述了后GWAS对于理解结直肠癌分子机制的重要意义,并探讨了结直肠癌GWAS的应用和前景,为实现GWAS成果转化提供参考。

链格孢菌原生质体的制备与限制性内切酶介导整合(REMI)转化的致病性诱变

以链格孢菌Alternariaalternata菌株NEW为供试菌株,研究了菌龄、酶系统、酶解时间、酶解温度及稳渗剂对链格孢菌原生质体制备的影响。结果表明,制备链格孢菌原生质体比较适宜的条件为PD液体培养基培养20h,以0.7mol/LNaCl为稳渗剂、1%LysingEnzyme、1%Drislase和1%Snailase3种酶溶液混合使用,30℃酶解3h。对原生质体进行了限制性内切酶介导整合(REMI)转化,筛选到了链格孢菌弱致病突变株NEW001,为致病相关基因的标记和克隆打下了基础。