江苏省某监测点家畜来源肠致病性大肠埃希菌分离株分子特征分析

目的分析江苏省某监测点家畜来源肠致病性大肠埃希菌分离株分子特征,进而评估其潜在的致病性,为感染性腹泻的监测与防控提供依据。方法采用全基因组测序技术对江苏省某监测点分离的家畜来源的37株肠致病性大肠埃希菌(EPEC)菌株进行特征性分析。结果本地家畜来源的EPEC均为非典型EPEC(aEPEC),其血清型多样,携带多种与腹泻相关的毒力基因,有9种ST型且具有区域性流行特征,eae基因包含有5种亚型,β1为优势亚型,其在腹泻病人中也最为常见。结论aEPEC对公众健康构成潜在威胁,应在感染性腹泻的监测工作中,加强对家畜粪便及养殖环境的监测。

兔源肠致病性大肠埃希菌全基因组测序及毒力和耐药基因分析

目的揭示一株从腹泻实验兔中分离到的肠致病性大肠埃希菌ILAREc-01的基因组特征、毒力基因和耐药基因分布情况。方法采用高通量测序法对基因组序列进行测定,采用VFDB、ARDB、CAZy、SWISS-PROT、COG、CARD、KEGG、T3SS等8个数据库对基因组中的基因功能进行预测,并且对ILAREc-01菌株进行了遗传进化分析。结果ILAREc-01基因组中编码5249个基因;CARD数据库分析表明ILAREc-01菌株具有7类耐药机制的59个耐药基因;通过VFDB数据库分析,在ILAREc-01中注释了553个毒力基因,并发现了肠细胞脱落位点毒力岛(LEE);ILAREc-01与FORC028、E2865和110512株具有较高的同源性。结论本研究进行了兔源肠致病性大肠埃希菌ILAREc-01的全基因组测序,完成了毒力基因和耐药基因的注释,并开展了遗传进化分析,为揭示该病原的致病机制和科学防控实验兔大肠埃希菌病提供了数据支撑。

禽致病性大肠埃希氏菌生物被膜形成的调控机制研究进展

禽致病性大肠埃希氏菌能够引起禽类感染性细菌病,给禽类养殖业造成了重大的经济损失,并严重限制了禽类养殖业的健康发展。为了了解禽致病性大肠埃希氏菌的感染机制,论文简述了生物被膜的形成过程及其危害。细菌生物被膜的形成不但增强细菌对抗菌药物的耐药性,而且导致宿主持续和反复性感染,同时还很难被预防、控制和清除。论文还分析了普遍存在于各类细菌中的重要调控系统——群体感应、双组份系统和第二信使的信号转导途径及其调控机制,并阐述了群体感应、双组份系统和第二信使以及两系统间的互作网络对细菌生物被膜的影响。因此,了解多系统共同调控生物被膜形成的分子机制或许可以作为破坏生物被膜形成的新策略,从而为控制由生物被膜引起的感染和抗菌药物耐药性提供研究方向。

肠致病性大肠埃希菌EPEC Deng致病岛基因进化特点

目的分析肠致病性大肠埃希菌(EPEC)致病岛(PAIs)基因进化特点。方法 EPEC Deng分离自我国婴幼儿腹泻患者粪便标本,鉴定该菌株血清型并进行药敏试验;采用Illumina 2000仪器对菌株进行全基因序列测序,PHAST软件定位菌株原噬菌体(prophages,PPs)在染色体中的位置,MUMmer软件进行共线性分析,构建系统发育树,了解同源基因进化规律。应用PAI_finder软件对基因组进行PAIs预测,了解PAIs核心区域(LEE)和核心基因同源进化规律,并进行遗传多态性分析。结果 EPEC Deng菌株归属O119∶H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星及氨苄西林耐药,对其余的抗菌药物均敏感。基因组(染色体)序列大小为5 025 482 bp(GC含量为50.52%),质粒序列大小为207 564 bp(GC含量为49.50%)。共找到17个PPs,系统发育树分析发现,EPEC Deng株基因组与O26∶H11、O111∶H同源性较高;EPEC Deng株PAIs和核心基因均与RDEC-1和O26∶H413/89-1株具有高同源性;遗传多样性分析结果显示,紧密素(eae)及其受体(tir)多态性丰富,π值均>0.10,Ⅲ型分泌系统(TTSS)分泌蛋白相对稳定。结论此研究明确了EPEC Deng株基因组及PAIs的进化特点,有助于了解了本土分离的EPEC基因特点。

猪源大肠埃希菌分离鉴定、耐药性、致病性研究及噬菌体分离

大肠埃希菌是引起仔猪腹泻常见的细菌病原体。本实验以山东省聊城市产房腹泻仔猪为研究对象,采集腹泻仔猪粪便,通过对细菌分离、纯化,经16s rDNA基因扩增及全基因组测序,最后确诊为大肠埃希菌,该菌株全基因组序列的全长为4584108 bp;并对分离到的大肠埃希菌进行药敏试验、耐药及毒力基因检测、小鼠致病力试验及对应的噬菌体分离纯化。结果表明,该大肠埃希菌为O11血清型,主要耐药基因为blaSHV、blaTEM、aadA1、sul1、tetA;主要毒力基因为fyuA、ler;对阿奇霉素、丁胺卡那、新霉素敏感,对头孢氨苄、阿莫西林、四环素类抗生素严重耐药;对小鼠致病力强(109 CFU/mL);同时,分离纯化了5株对应的大肠埃希菌噬菌体,为大肠埃希菌的多重防控提供理论依据。

北京某医院感染性腹泻患者致泻性大肠埃希菌毒力和耐药特征分析

目的明确本院感染性腹泻患者致泻性大肠埃希菌毒力和耐药特征。方法采用VITEK MS微生物质谱检测系统初步鉴定,多重实时荧光PCR检测毒力基因,对本院感染性腹泻患者临床分离的致泻性大肠埃希菌(Diarrheagenic Escherichia coli,DEC)进行5种型别鉴定。微量肉汤稀释法和E-test法药敏试验检测DEC菌株的耐药表型特征。二代测序及生物信息学分析其耐药分子特征。采用Fisher确切概率法进行统计学分析。结果本院DEC检出率为11.9%,其中EAEC占比37.5%,非典型EPEC占比34.38%,ETEC占比25.0%,EIEC占比3.12%,未检出EHEC菌株。32株DEC对氨苄西林、四环素、甲氨苄啶/磺胺异恶唑耐药率最高,分别为53.12%、43.75%和37.5%。ESBLs(+)株占比18.75%,其多重耐药菌株检出率为83.83%,显著高于ESBLs(-)菌株,差异有统计学意义(P=0.042)。32株DEC共有25个ST型,优势基因型为ST10共4株(12.5%),ST28、ST31和ST3153各2株(各占比6.25%),其他21个型别各1株菌(各占比3.13%)。EAEC中检出1株携带bla_(NDM-1)的耐碳青霉烯类菌株。结论我院感染性腹泻患者的DEC以aggR、pic、astA、eae 4种毒力基因较为常见,以EAEC、EPEC为主要型别,基因型别呈高度多态性,检出多重耐药菌株。

肠侵袭性大肠埃希菌噬菌体DK-13的生物学特性及应用

【目的】筛选并分离出能裂解肠侵袭性大肠埃希菌噬菌体,分析其生物学特性,并探究其对污染猪肉的杀菌作用。【方法】采用双层平板法分离鉴定噬菌体,并测定其最佳感染复数,一步生长曲线等,对其基因组进行测序分析以及裂解功效的测定。【结果】从医院污水中分离鉴定能特异裂解肠侵袭性大肠埃希菌(Enteroinvasive Escherichia coli,EIEC)的噬菌体并命名为DK-13,其呈典型的蝌蚪状外形,包含一个正二十面体的头部和一个可收缩的螺旋对称的尾部,属于肌尾噬菌体科(Myoviridae)噬菌体;生物学特性表明:最佳感染复数为0.01,潜伏期约为10 min,裂解期约为70 min,噬菌体DK-13能在50℃,pH 5.0-10.0条件下存活。全基因组测序表明,噬菌体基因组长约172 275 bp,GC含量为40.18%,预测其共有293个开放阅读框(open reading frames,ORF),未发现已知耐药基因和毒力基因。应用试验表明:被污染的猪肉中表现的杀菌效果良好,宿主菌的数量明显减少。【结论】分离并鉴定一株新的烈性噬菌体DK-13,DK-13具有潜伏期短、裂解效率高等优势,在食品安全方面具有很大应用潜力。

基于CRISPR序列的致泻性大肠埃希菌跨种传播风险机器学习模型构建

【目的】基于CRISPR序列信息应用机器学习模型预测致泻性大肠埃希菌感染人的潜在风险,并以此识别具有人兽共患风险的高危菌株。【方法】从Enterobase数据库批量获取806株中国分离的致泻性大肠埃希菌基因组序列信息,提取CRISPR位点的间隔序列构造特征,建立机器学习模型并使用交叉验证评价机器学习模型的预测效果。使用最佳模型输出致泻性大肠埃希菌的感染风险,并比较不同动物来源分离株对人的潜在感染风险。【结果】从806株菌株中共获取1093个间隔序列簇,人源分离株独有间隔序列簇为196个,动物源分离株独有间隔序列簇为291个,其中606个二者共享,线性判别分析发现人源和动物源菌株的间隔序列簇分布存在明显差异。以间隔序列簇作为特征,成功构建随机森林模型、逻辑斯谛回归模型、支持向量机模型和梯度提升树模型4种机器学习模型,其宿主预测准确率均超过0.82,受试者工作特征曲线下面积(area under receiver operating characteristic curve,AUC)值均接近0.9。最终确定随机森林模型的分类效果最佳,优化后模型预测准确率为0.844,AUC值为0.915。根据最佳模型输出的致泻性大肠埃希菌的感染风险,猪源分离株感染人的风险最高,羊源分离株感染人的风险较低,极少数禽源分离株可能具备感染人的潜力。【结论】基于间隔序列构建的机器学习模型对具有人兽共患风险的致泻性大肠埃希菌具备一定的识别能力,该模型为传染性疾病防控提供了新思路。

中药对鸡致病性大肠埃希菌的体外抑菌试验

为研究25种中药对秦皇岛地区鸡致病性大肠埃希菌(Escherichia coli)地方流行株QH1(O78)、QH2(O89)、QH4(O1)的体外抑菌效果,以E.coli标准株ATCC25922作为质控菌株。利用水提法制备中药药液,使终浓度为1g/mL;用平板琼脂打孔法和改良微量二倍稀释-平板法分别测定25种中药的抑菌圈直径和最小抑菌浓度(MIC)。结果表明,金银花、黄连、乌梅、五味子4种中药对鸡致病性E.coli地方株极度敏感,抑菌圈直径在20.3mm^22.7mm之间,其MIC在15.65mg/mL^31.25mg/mL之间;其他药物对鸡致病性E.coli地方株有不同程度的敏感性,为鸡致病性E.coli地方株中药防治提供理论基础。

牦牛致病性大肠埃希氏菌病的诊断

西藏那曲地区牦牛发病死亡数量较大 ,本病症状与大肠埃希氏菌病极为相似。通过对流行病学调查 ,临床症状及病理变化观察 ,细菌学、血清学检查鉴定 ,动物回归试验 。

肠外致病性大肠埃希菌多重耐药性及氨基糖苷类耐药基因分析

目的检测临床分离猪、鸡源肠外致病性大肠埃希菌的耐药性,分析其携带的氨基糖苷类耐药基因,以指导临床用药,探究细菌对氨基糖苷类抗生素的抗性机制。方法应用K-B法测定分离株对19种常用抗生素的耐药情况。用双纸片法检测产ESBLs菌株并进行基因分型。用PCR和测序方法检测氨基糖苷类抗性基因aadA1,aadA2,strA-strB,aadB,aacC2,aac(3)-IV,aph(3′)-Ia,aph(3′)-IIa。结果临床分离株表现多重耐药性,对头孢菌素类药物和阿米卡星的敏感性最高(63%～97%),93%的菌株耐药谱值≥10。共检测到两株产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)菌株,基因型属TEM-1+CTX-M-14。耐药菌株与相应的氨基糖苷类耐药基因符合率高(≥74%)且序列保守。结论猪、鸡源肠外致病性大肠埃希菌呈多重耐药性,其对氨基糖苷类抗生素的抗性机制以产生针对该类抗生素的修饰酶为主。

238株肠致病性大肠埃希菌的血清型与耐药性分析

为了解本地区小儿感染肠致病性大肠埃希菌（EPEC）的发病情况，我们对我院近期分离到的238株EPEC进行了血清学分型和耐药性分析，现报告如下。

湖北省部分肉鸡场致病性大肠埃希菌的分离鉴定及耐药性分析

对湖北省部分肉鸡场的大肠埃希菌病流行病学进行调查,从采集的50份发病及死亡鸡肝脏、心脏和气囊中共分离出21株大肠埃希菌,对其培养特性、形态特征、生化特性、致病性进行了研究,初步鉴定为大肠埃希菌。同时对分离的21株大肠埃希菌的O群抗原进行了血清型鉴定,其结果为10株O78、6株O18,2株O1,还有3株有待于进一步的血清型鉴定。动物试验表明,已鉴定出血清型的18株大肠埃希菌均有不同程度的致病性。选择临床上常用的15种药物进行药敏试验,结果显示鸡大肠埃希菌的耐药性已经到了非常严重的程度。

猪源乳酸杆菌对致病性沙门菌、大肠埃希菌黏附仔猪小肠上皮细胞的影响

为了通过仔猪小肠上皮细胞(ZYM-SIEC-02)体外培养模型,观察猪源乳酸杆菌对细胞的黏附作用,以及对致病性沙门菌、大肠埃希菌黏附细胞的竞争、排斥和置换作用。采用乳酸杆菌在体外与ZYM-SIEC-02共同孵育镜下观察其黏附效果;乳酸杆菌与致病性沙门菌、大肠埃希菌共同黏附ZYM-SIEC-02观察其黏附竞争性;用乳酸杆菌预处理ZYM-SIEC-02后再加入致病性沙门菌、大肠埃希菌孵育观察其黏附排斥性;用致病性沙门菌、大肠埃希菌预处理ZYM-SIEC-02后再加入乳酸杆菌孵育观察其黏附置换性。结果表明:乳酸杆菌可以黏附ZYM-SIEC-02,具有剂量效应。乳酸杆菌与致病性沙门菌或大肠埃希菌同时加入细胞一起培养时,能竞争性的黏附细胞且黏附抑制率也具有剂量效应。乳酸杆菌预处理细胞后再加入致病菌,高含量乳酸杆菌(1010 mL-1)能使致病菌的黏附率下降。但是,用致病菌预处理细胞后再加入乳酸杆菌,只有高含量的乳酸杆菌可以置换致病菌,而低含量乳酸杆菌却能增加致病菌对细胞的黏附。研究结果为乳酸菌作为微生态制剂用于临床上防治仔猪沙门菌病、大肠埃希菌病,减少食物源性污染和提高食品安全提供试验依据和理论基础。

26味中药对狐源致病性大肠埃希菌地方株体外抑菌试验

为了研究五味子等26味中药对狐源致病性大肠埃希菌(Escherichia coli)HL2(O1)地方流行株的体外抑菌活性,采用水提法制备了单味中草药药液,浓缩为生药含量为1g/mL,利用平板打孔法和微量二倍稀释法分别测定26味中药对狐源致病性E.coli HL2(O1)的抑菌圈直径和最小杀菌浓度(MBC)。结果显示,五味子、诃子对狐源致病性E.coli呈极度敏感,抑菌圈直径在21.3mm^20.3mm之间,MBC均为7.825mg/mL;金银花、黄连、苦参3味药物高度敏感,抑菌圈直径在16.4 mm^19.3 mm之间,MBC在15.65mg/mL^31.25mg/mL;板蓝根、黄芩、五倍子等10味药物中度敏感,抑菌圈直径在11.3mm^14.2mm之间,MBC在62.5mg/mL^250mg/mL;连翘、地丁、白头翁、穿心莲4味药物为低度敏感;其余药物无明显的效果。筛选出了五味子、诃子、黄连、金银花、苦参5味对狐源致病性E.coli HL2(O1)地方株敏感的中药,可为狐源致病性E.coli的防治提供基础。

北京解放军总医院肠致病性大肠埃希菌的流行及耐药现状

目的了解北京解放军总医院临床腹泻标本中分离的肠致病性大肠埃希菌(enteropathogenic Escherichia.coli,EPEC)的分布和耐药情况,为临床治疗提供重要依据。方法采用Vitek MS质谱仪或Vitek 2compact GN进行细菌鉴定,并用肠致病性大肠埃希菌诊断血清进行血清型凝集,药敏实验采用纸片扩散法(K-B法)或Vitek 2 compact全自动细菌鉴定药敏仪,按CLSI2016-M100的标准进行药敏结果分析。结果 2008~2016年解放军总医院自临床腹泻标本分离到EPEC菌株82株,检出率为2.10%;EPEC的病例主要来自门急诊患者(28.05%),各年龄段均有检出。EPEC的血清型主要是O86:K61(B7)17株(20.73%),未检出O11:K55(B4)、O126:K71(B16)、O119:K69(B14)、O114:K90(B)血清型。EPEC对哌拉西林、氨苄西林-舒巴坦、头孢噻肟耐药比较严重,耐药率在70.00%左右;未检出耐碳青霉烯类抗生素的EPEC,对哌拉西林/他唑巴坦敏感率达到97.56%。结论 EPEC是引起腹泻病的一种重要致病菌,血清型较分散,耐药较严重,临床抗生素的选择应以药物敏感性试验为依据,哌拉西林/他唑巴坦可作为EPEC的经验用药选择。

尿路致病性大肠埃希菌外膜蛋白T敲除株的构建及功能评价

目的探索外膜蛋白T(OmpT)基因在尿路致病性大肠埃希菌(UPEC)CFT073致尿路感染中的作用。方法利用RED重组技术构建UPEC CFT073 ompT基因缺失株(命名为COTD),并建立小鼠急性尿路感染模型,体内外实验比较野生株与敲除株之间在膀胱组织的定植能力。结果 PCR分析及测序鉴定证实ompT基因缺失株构建成功;体外实验结果显示野生株粘附率为(8.3±1.9)%,敲除株粘附率为(6.7±2.2)%,敲除株粘附率明显低于野生株(P<0.05)。体内实验膀胱组织内,野生株定植细菌数为(7±2)×105cfu,敲除株定植细菌数为(17±8)×104cfu,ompT敲除株定植于膀胱组织的能力明显降低(P<0.05)。结论证实OmpT作为毒力因子参与细菌定植膀胱组织,在UPEC致尿路感染的过程中发挥重要作用。

肠致病性大肠埃希菌的直接基因鉴定

目的 测定腹泻儿童的肠致病性大肠埃希菌 (EPEC)的bfpA和eaeA基因鉴定EPEC。 方法 用聚合酶链反应直接从粪便标本中和传统方法分离后获得的菌株中测定bfpA和eaeA基因。 结果 主要的血清型为O12 4K72 ,bfpA和eaeA基因存在于血清学凝集的 2 3株EPEC菌株中 ;直接从粪便标本中和传统方法分离后获得的菌株中测定bfpA和eaeA基因的结果有显著性差异 (P <0 0 1) ,两种基因的检出率有显著性差异 (P <0 0 5 )。