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6种舌鳎亚科鱼类ITS1序列长度多态性及系统分析
被引量:
29
1
作者
徐晖
李军
+6 位作者
孔晓瑜
肖志忠
李玉龙
张艳春
时伟
位正鹏
喻子牛
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期35-41,共7页
利用核糖体第一内转录间隔区(ITS1)对舌鳎亚科(Cynoglossinae)6种鱼类进行系统分析,发现舌鳎亚科ITS1区具有明显的序列长度多态性(404—744bp),序列长度分为三种类型,分别为404—405bp、462—463bp以及741—744bp,同一长度类型的不同种...
利用核糖体第一内转录间隔区(ITS1)对舌鳎亚科(Cynoglossinae)6种鱼类进行系统分析,发现舌鳎亚科ITS1区具有明显的序列长度多态性(404—744bp),序列长度分为三种类型,分别为404—405bp、462—463bp以及741—744bp,同一长度类型的不同种类间序列高度相似,平均遗传距离分别为0.00248、0.00217和0.00169,而不同类型间序列差异显著,平均遗传距离最小为0.38453。分析表明,序列长度多态性可能与物种分化时间有关。采用NJ(neighbour-joining)法及MP(maximum parsimony)法构建分子系统树,结合形态学特征及GenBank中的线粒体DNA序列进行分析,表明紫斑舌鳎(Cynoglossus purpureomaculatus)与短吻三线舌鳎(C.abbreviatus)可能为同物异名。另外,舌鳎属(Cynoglossus)的中华舌鳎(C.sinicus)与须鳎属(Paraplagusia)的日本须鳎(Paraplagusia japonica)聚为一支,舌鳎属中三线舌鳎亚属(Areliscus)的长吻红舌鳎(C.lighti)与拟舌鳎亚属(Cynoglossoides)的少鳞舌鳎(C.oligolepis)聚为一支,与形态分类学的观点不一致,值得进一步研究。
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关键词
舌鳎亚科
ITS1
长度多态性
系统发生关系
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职称材料
舌鳎亚科鱼类线粒体控制区快速进化及其重复序列延伸机制初步研究
被引量:
4
2
作者
时伟
孔晓瑜
+1 位作者
江金霞
苗宪广
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期81-87,共7页
本研究测定双线舌鳎Cynoglossus bilineatus(Lacepède,1802)、长钩须鳎Paraplagusia bilineata(Bloch,1787)和短钩须鳎Paraplagusia blochii(Bleeker,1851)3种舌鳎亚科鱼类的线粒体(mtDNA)控制区全序列,并与舌鳎亚科其它4种及鲽形...
本研究测定双线舌鳎Cynoglossus bilineatus(Lacepède,1802)、长钩须鳎Paraplagusia bilineata(Bloch,1787)和短钩须鳎Paraplagusia blochii(Bleeker,1851)3种舌鳎亚科鱼类的线粒体(mtDNA)控制区全序列,并与舌鳎亚科其它4种及鲽形目其他科的5种鱼类mtDNA控制区结构和序列进行了比较分析。结果显示,3种舌鳎鱼类的线粒体控制区全长从655~1 155bp,长度差异明显;舌鳎亚科鱼类控制区结构与其他鲽形目鱼类相似性很低,保守区系列中只能识别出CSB-A和TAS。碱基组成比较发现这3种舌鳎鱼类的AT含量比鲽形目其它鱼类要高。分析认为上述事件可能都是由该类群鱼类控制区的快速进化导致的。所有3种舌鳎的控制区在5’端都存在串联重复序列,每个重复单元中都存在类似于TAS的相关序列,并且重复序列可以形成非常稳定的二级结构。这2种特征为形成线粒体重复序列的非正常延伸机制(Illegitimate elongation model)提供了新的证据,同时,推测了这些舌鳎鱼类重复序列可能的延伸过程。
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关键词
鲽形目
舌鳎亚科
控制区
重复序列
非正常延伸
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职称材料
舌鳎亚科鱼类单系起源和同种异名的线粒体DNA证据
被引量:
15
3
作者
柳淑芳
刘进贤
+3 位作者
庄志猛
高天翔
韩志强
陈大刚
《生物多样性》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期275-282,共8页
舌鳎亚科鱼类因形态特征的特殊性,其分类及系统发育关系一直存在争议。本研究测定了中国沿海14种舌鳎亚科鱼类线粒体DNA的16S rRNA和Cyt b基因的部分片段。两个基因构建的舌鳎亚科系统发育树结果显示,中国沿海舌鳎亚科鱼类为明显的单系...
舌鳎亚科鱼类因形态特征的特殊性,其分类及系统发育关系一直存在争议。本研究测定了中国沿海14种舌鳎亚科鱼类线粒体DNA的16S rRNA和Cyt b基因的部分片段。两个基因构建的舌鳎亚科系统发育树结果显示,中国沿海舌鳎亚科鱼类为明显的单系群,但舌鳎亚科鱼类内部的系统发育关系与形态分类划分的亚属并不完全一致,日本须鳎(Paraplagusis japonica)与其他舌鳎属(Cynoglossus)种类并未形成不同的分支。虽然舌鳎属内的舌鳎亚属(Cynoglossus)、拟舌鳎亚属(Cynoglossoides)和三线舌鳎亚属(Areliscus)均可以聚为独立分支,但长吻红舌鳎(C.lighti)与短吻红舌鳎(C.joyneri)、短吻三线舌鳎(C.abbreviatus)与紫斑舌鳎(C.purpureomaculatus)、半滑舌鳎(C.semilaevis)与窄体舌鳎(C.gracilis)及褐斑三线舌鳎(C.trigrammus)这三组物种可能存在同种异名现象。这一结果提示,基于形态学对舌鳎亚科的种属分类鉴定尚存在不足,线粒体DNA的系统发育关系可为其分类的修订提供有意义的参考和佐证。
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关键词
舌鳎亚科
16S
RRNA
CYT
b
分子系统发育
原文传递
题名
6种舌鳎亚科鱼类ITS1序列长度多态性及系统分析
被引量:
29
1
作者
徐晖
李军
孔晓瑜
肖志忠
李玉龙
张艳春
时伟
位正鹏
喻子牛
机构
中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室
中国科学院海洋研究所
中国科学院南海海洋研究所
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期35-41,共7页
基金
山东省科技计划项目,2005GG3205071号
中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室开放课题资助,200606号
文摘
利用核糖体第一内转录间隔区(ITS1)对舌鳎亚科(Cynoglossinae)6种鱼类进行系统分析,发现舌鳎亚科ITS1区具有明显的序列长度多态性(404—744bp),序列长度分为三种类型,分别为404—405bp、462—463bp以及741—744bp,同一长度类型的不同种类间序列高度相似,平均遗传距离分别为0.00248、0.00217和0.00169,而不同类型间序列差异显著,平均遗传距离最小为0.38453。分析表明,序列长度多态性可能与物种分化时间有关。采用NJ(neighbour-joining)法及MP(maximum parsimony)法构建分子系统树,结合形态学特征及GenBank中的线粒体DNA序列进行分析,表明紫斑舌鳎(Cynoglossus purpureomaculatus)与短吻三线舌鳎(C.abbreviatus)可能为同物异名。另外,舌鳎属(Cynoglossus)的中华舌鳎(C.sinicus)与须鳎属(Paraplagusia)的日本须鳎(Paraplagusia japonica)聚为一支,舌鳎属中三线舌鳎亚属(Areliscus)的长吻红舌鳎(C.lighti)与拟舌鳎亚属(Cynoglossoides)的少鳞舌鳎(C.oligolepis)聚为一支,与形态分类学的观点不一致,值得进一步研究。
关键词
舌鳎亚科
ITS1
长度多态性
系统发生关系
Keywords
Cynoglossinae, ITS1, Length variation, Phylogenetic relationship
分类号
Q953 [生物学—动物学]
下载PDF
职称材料
题名
舌鳎亚科鱼类线粒体控制区快速进化及其重复序列延伸机制初步研究
被引量:
4
2
作者
时伟
孔晓瑜
江金霞
苗宪广
机构
中国海洋大学水产学院
中国科学院南海海洋研究所海洋生物资源可持续利用重点实验室热带海洋生物标本馆
出处
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期81-87,共7页
基金
国家自然科学基金项目(30870283
31071890)资助
文摘
本研究测定双线舌鳎Cynoglossus bilineatus(Lacepède,1802)、长钩须鳎Paraplagusia bilineata(Bloch,1787)和短钩须鳎Paraplagusia blochii(Bleeker,1851)3种舌鳎亚科鱼类的线粒体(mtDNA)控制区全序列,并与舌鳎亚科其它4种及鲽形目其他科的5种鱼类mtDNA控制区结构和序列进行了比较分析。结果显示,3种舌鳎鱼类的线粒体控制区全长从655~1 155bp,长度差异明显;舌鳎亚科鱼类控制区结构与其他鲽形目鱼类相似性很低,保守区系列中只能识别出CSB-A和TAS。碱基组成比较发现这3种舌鳎鱼类的AT含量比鲽形目其它鱼类要高。分析认为上述事件可能都是由该类群鱼类控制区的快速进化导致的。所有3种舌鳎的控制区在5’端都存在串联重复序列,每个重复单元中都存在类似于TAS的相关序列,并且重复序列可以形成非常稳定的二级结构。这2种特征为形成线粒体重复序列的非正常延伸机制(Illegitimate elongation model)提供了新的证据,同时,推测了这些舌鳎鱼类重复序列可能的延伸过程。
关键词
鲽形目
舌鳎亚科
控制区
重复序列
非正常延伸
Keywords
Pleuronectiformes
Cynoglossinae
control regions
tandem repeat
illegitimate elongation
分类号
Q349 [生物学—遗传学]
Q959.486 [生物学—动物学]
下载PDF
职称材料
题名
舌鳎亚科鱼类单系起源和同种异名的线粒体DNA证据
被引量:
15
3
作者
柳淑芳
刘进贤
庄志猛
高天翔
韩志强
陈大刚
机构
山东省渔业资源与生态环境重点实验室
Department of Ecology
中国海洋大学
浙江海洋学院
出处
《生物多样性》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期275-282,共8页
基金
国家自然科学基金(30871913
30271027)
公益性行业(农业)科研专项(200903005)
文摘
舌鳎亚科鱼类因形态特征的特殊性,其分类及系统发育关系一直存在争议。本研究测定了中国沿海14种舌鳎亚科鱼类线粒体DNA的16S rRNA和Cyt b基因的部分片段。两个基因构建的舌鳎亚科系统发育树结果显示,中国沿海舌鳎亚科鱼类为明显的单系群,但舌鳎亚科鱼类内部的系统发育关系与形态分类划分的亚属并不完全一致,日本须鳎(Paraplagusis japonica)与其他舌鳎属(Cynoglossus)种类并未形成不同的分支。虽然舌鳎属内的舌鳎亚属(Cynoglossus)、拟舌鳎亚属(Cynoglossoides)和三线舌鳎亚属(Areliscus)均可以聚为独立分支,但长吻红舌鳎(C.lighti)与短吻红舌鳎(C.joyneri)、短吻三线舌鳎(C.abbreviatus)与紫斑舌鳎(C.purpureomaculatus)、半滑舌鳎(C.semilaevis)与窄体舌鳎(C.gracilis)及褐斑三线舌鳎(C.trigrammus)这三组物种可能存在同种异名现象。这一结果提示,基于形态学对舌鳎亚科的种属分类鉴定尚存在不足,线粒体DNA的系统发育关系可为其分类的修订提供有意义的参考和佐证。
关键词
舌鳎亚科
16S
RRNA
CYT
b
分子系统发育
Keywords
Cynoglossinae, 16S rRNA, Cyt b, molecular phylogenic relationship
分类号
Q953 [生物学—动物学]
Q951 [生物学—动物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
6种舌鳎亚科鱼类ITS1序列长度多态性及系统分析
徐晖
李军
孔晓瑜
肖志忠
李玉龙
张艳春
时伟
位正鹏
喻子牛
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2008
29
下载PDF
职称材料
2
舌鳎亚科鱼类线粒体控制区快速进化及其重复序列延伸机制初步研究
时伟
孔晓瑜
江金霞
苗宪广
《中国海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2012
4
下载PDF
职称材料
3
舌鳎亚科鱼类单系起源和同种异名的线粒体DNA证据
柳淑芳
刘进贤
庄志猛
高天翔
韩志强
陈大刚
《生物多样性》
CAS
CSCD
北大核心
2010
15
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