西藏高原藏猪盲肠微生物群落结构与多样性的研究

本研究旨在探讨西藏高原放牧藏猪、舍饲藏猪与瘦肉型猪(杜×长×大,DLY猪)盲肠微生物的群落组成及多样性,从而部分揭示西藏高原藏猪肠道微生物的特异性。选用日龄相近的放牧藏猪、舍饲藏猪及DLY猪各5头,放牧藏猪由林芝本地农牧民采用传统方式放牧养殖,舍饲藏猪及DLY猪圈养并饲喂相同饲粮,160日龄时前腔静脉放血屠宰,采集盲肠食糜于液氮速冻待测。采用高通量测序技术测定样品16S rRNA V3-V4区域的基因序列。结果表明,在15个样本的16S rRNA基因V3-V4区测序共获得了659904条有效序列,其中放牧藏猪213031条、舍饲藏猪219417条、DLY猪227456条。放牧藏猪盲肠微生物OTU总数、Chao1指数、ACE指数及香农(Shannon)指数均显著高于舍饲藏猪与DLY猪(P<0.05),而舍饲藏猪与DLY猪无显著差异(P>0.05)。3个类型猪盲肠微生物共划分为13个门,56个属。厚壁菌门(Firmicutes)是3个类型猪相对丰度共同最高的门。放线菌门(Actinobacteria)与疣微菌门(Verrucomicrobia)在放牧藏猪中相对丰度显著高于其他2个类型猪(P<0.05),舍饲藏猪拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度显著高于放牧藏猪与DLY猪(P<0.05);放牧藏猪共有11个属相对丰度显著高于舍饲藏猪与DLY猪(P<0.05)。结果提示,放牧藏猪盲肠微生物群落结构与多样性具备自身独特性,为进一步开发藏猪资源提供参考。

西藏高原放牧藏猪结肠微生物的特异性研究

试验通过高通量测序技术,测定放牧藏猪、舍饲藏猪与瘦肉型猪(杜×长×大,DLY猪)结肠微生物16S rRNA V3-V4区域的基因序列,比较分析西藏高原3个类型猪结肠微生物的组成及多样性。结果显示,放牧藏猪和舍饲藏猪结肠微生物分类操作单元(OTU)总数、辛普森指数、Chao1指数、ACE指数及香农指数显著高于DLY猪(P<0.05),放牧藏猪与舍饲藏猪无显著差异(P>0.05)。3个类型猪结肠微生物共划分为14个门,59个属。厚壁菌门在所有猪中相对丰度均最高,放牧藏猪放线菌门相对丰度显著高于舍饲藏猪与DLY猪(P<0.05),舍饲藏猪拟杆菌门相对丰度显著高于放牧藏猪与DLY猪(P<0.05)。放牧藏猪双歧杆菌属、Dehalobacterium、萨特氏菌属、YRC22的相对丰度显著高于舍饲藏猪与DLY猪(P<0.05),舍饲藏猪瘤胃球菌属、Sphaerochaeta、Paludibacter相对丰度最高(P<0.05)。结果表明,放牧藏猪结肠中含有较多与纤维降解和抗病力有关的菌群。