我国新分离芒市病毒基因组特征与细胞感染特性研究

目的 获取我国新发现芒市病毒(Mangshi virus, MSV)基因组特征以及在细胞上的感染特性,为开展MSV进化与致病性方面研究奠定基础。方法 通过高通量测序技术获取MSV毒株V301/YNJH/2019全基因组序列,使用IQtree、RPD4与Simplot等软件进行系统发育树的构建与基因重配分析;测定病毒在白伊蚊细胞(C6/36)、非洲绿猴肾细胞(Vero)与仓鼠肾细胞细(BHK)上的增殖特性,通过血清中和试验调查当地牛羊上病毒的感染情况。结果 病毒基因组全长20 623 bp,由12节段的双链RNA(Seg-1至Seg-12)组成。序列分析显示V301/YNJH/2019为基因重配毒株,病毒的Seg-1与Seg-11与我国湖水沉积物中发现的MSV对应基因节段序列高度相似,而Seg-2至Seg-10以及Seg-12则与我国蚊上分离的MSV毒株具有最近的亲缘关系。病毒在C6/36与BHK细胞上可高效增殖并引起细胞明显的细胞病变,在Vero细胞上可低水平复制但不引起细胞病变。在芒市采集的20份羊血清样本中未检测到MSV的中和抗体,但在采集20份牛血清中检测到2份阳性样本,其中和抗体效价分别为1∶128与1∶54。结论 V301/YNJH/2019为基因重配毒株,病毒可感染C6/36、BHK与Vero细胞,在芒市牛群中检测到感染动物。

版纳病毒和芒市病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立及应用

为建立版纳病毒(BAV)和芒市病毒(MSV)的可视化RT-LAMP检测方法,根据我国分离的BAV(YNSZ043)和MSV(V301/YNJH/2019)毒株Seg-12基因的保守序列,分别设计2对特异性引物和1条环引物,通过反应条件优化,分别建立了2种病毒的可视化RT-LAMP检测方法,其最佳反应条件为64℃50 min,分别利用2种方法检测西藏环状病毒、流行性出血病病毒、蓝舌病病毒、中山病病毒、广西环状病毒和阿卡斑病毒等虫媒病毒的核酸样品,结果2种方法仅能分别检测出BAV和MSV,其他虫媒病毒均无非特异性扩增。灵敏度试验检出BAV和MSV的最低检测限制分别为13.7拷贝/μL和19.0拷贝/μL,敏感性是常规RT-PCR的10倍以上。应用2种病毒的RT-LAMP及RT-PCR方法分别对2596只蠓虫和蚊虫的核酸样品进行检测,结果阳性检出率均是RT-PCR的2倍以上。结果表明,建立的BAV和MSV可视化RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高和可视化等优点,为我国开展2种病毒的现场快速检测与流行病学研究提供了有效的技术支撑。

云南省边境地区哨兵牛芒市病毒的分离与鉴定

【目的】掌握云南省边境地区动物虫媒病毒的多样性分布和传播风险。【方法】在云南省景洪市设立哨兵牛3头,每周1次采血进行虫媒病毒的监测与分离。通过电镜观察、基因组琼脂糖凝胶电泳、RT-PCR与克隆测序对分离病毒进行鉴定,采用实时荧光定量RT-PCR与血清中和试验对病毒在动物上的感染进行回溯分析。【结果】2019年,在监测期第13周,从1头哨兵牛的血液中分离出1株致C6/36细胞病变的病毒(V301/YNJH/2019),电镜观察可见直径约70 nm、呈二十面体对称结构的病毒粒子,琼脂糖凝胶电泳显示病毒基因组为双链RNA,RT-PCR鉴定分离毒株为芒市病毒(MSV)。测序显示,分离毒株的基因节段Seg-4和Seg-7长度为2055和1122 bp,编码病毒的外层衣壳蛋白VP4(628 aa)和VP7(298 aa),基因节段Seg-2和Seg-9长度为3055和1076 bp,编码病毒的内层衣壳蛋白VP2(956 aa)和VP9(283 aa);分离毒株与云南省芒市分离的MSV/DH13M041毒株具有最近的亲缘关系,核酸序列相似度在97.4%(Seg-9)~98.5%(Seg-2)之间,氨基酸序列相似度在96.4%(VP9)~98.4%(VP2)之间。病毒感染的回溯分析显示,监测期的第11周,牛血液中病毒核酸检测呈阳性,病毒核酸含量在第13周达到高峰,随后快速降低,在第18周转为阴性;感染哨兵牛在监测期的第13周已产生特异性中和抗体(1∶14),在第16~18周处于高峰(1∶226),至监测结束的第24周降低为1∶57。【结论】本文从牛体中分离到了MSV,表明牛是MSV的易感动物之一,病毒在感染牛上呈“一过性感染”的特征。研究结果为进一步开展MSV的检测诊断、流行病学调查与致病性研究奠定了基础。

广东蚊东南亚十二节段病毒属芒市病毒的分离与鉴定

为了解广东蚊携带虫媒病毒的情况,2014年6月在汕头市濠江区采集蚊标本,用细胞培养法分离病毒,对病毒分离物进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,测定S1、S2、S3片段序列,并对序列进行同源性和系统进化分析。从采集到的蚊中分离到2株致C6/36细胞产生病变的分离物(编号为GD1和GD7)。电镜观察显示,完整病毒颗粒呈球形,直径约66 nm,无包膜。琼脂糖凝胶电泳结果显示,GD1和GD7两株新分离病毒基因组为12节段,其带型与2015年仅在云南新分离出的东南亚十二节段病毒属芒市病毒相似。新分离的2株病毒GD1和GD7的S1、S2、S3片段核苷酸序列同源性均为100%,与芒市病毒DH13M041核苷酸序列同源性最高,均为98.2%、99.2%、98.5%,而与十二节段病毒属中其他病毒如版纳病毒、辽宁病毒、卡皮罗病毒和Balaton病毒核苷酸序列同源性分别低于69.1%、62.7%、57.6%。GD1和GD7两株病毒S1、S2、S3片段核苷酸序列系统进化分析结果均显示,2株新分离病毒的亲缘关系最近,且与芒市病毒DH13M041位于同一分支上,亲缘关系较近,而与东南亚十二节段病毒属其他病毒具有明显差异。提示这2株广东新分离病毒为芒市病毒,这是除云南以外地区首次分离到该病毒,此次在广东分离到芒市病毒扩大了对东南亚十二节段病毒属病毒地域分布的了解。

东南亚十二节段RNA病毒荧光定量qRT-PCR和常规RT-PCR检测方法的建立

东南亚十二节段RNA病毒属为呼肠孤病毒科中的一个新属,该属包括版纳病毒(BAV)、芒市病毒(MSV)、卡皮罗病毒(KDV)和辽宁病毒(LNV)四种病毒。为建立上述四种病毒的群特异性核酸检测方法,本研究根据BAV、MSV、KDV和LNV毒株VP12基因序列的保守区,设计特异性引物和TaqMan探针,建立了荧光定量qRT-PCR和常规RT-PCR检测方法,并分别进行了特异性、灵敏性和重复性的检测。实验结果表明,两种检测方法分别对四种病毒均有特异性的扩增和荧光信号检出,而对流行性出血病病毒(EHDV)、蓝舌病病毒(BTV)、中山病病毒(CHUV)、广西环状病毒(GXOV)、阿卡斑病毒(AKAV)、云南环状病毒(YUOV)等病毒无扩增和无有效荧光信号检出,具有较好的特异性。灵敏性实验结果显示,荧光定量qRT-PCR检测四种病毒核酸的下限可达10 copies/μL,常规RT-PCR的检测下限为10^(2) copies/μL,荧光定量方法灵敏度是常规方法的10倍。四种病毒荧光定量qRT-PCR方法的组内和组间重复试验标准差均小于0.8,变异系数均小于3%,表明该方法均具有良好的稳定性。以上结果表明,本研究建立的BAV、MSV、KDV和LNV四种病毒的荧光定量qRT-PCR和常规RT-PCR方法具有快速、准确、稳定等优点,可为四种病毒的早期诊断、快速检测、流行病学调查和实验研究等提供有效的技术方法。