荧光定量聚合酶链式反应和基因芯片分型法行HPV分型检测的比较研究

目的比较荧光定量聚合酶链式反应(简称荧光定量法)与基因芯片分型法(简称基因芯片法)在检测人乳头瘤病毒(HPV)中的灵敏度,分析两者的差异及临床意义。方法以246例女性为研究对象,其中111例行液基细胞学诊断、135例行组织学诊断,采用荧光定量法和基因芯片法检测所有受试者15种高危HPV基因型,并进行比较分析。结果荧光定量法检测HPV的灵敏度为55.28%,基因芯片法灵敏度为55.69%,二者比较,差异无统计学意义(P>0.05);两种方法检测结果有较高的一致性(κ=0.745);HPV阳性率随宫颈病变程度增加而上升。结论荧光定量法和基因芯片法检测HPV具有较高的一致性,两者检测灵敏度都较高,宫颈病变的严重程度与HPV感染呈正相关。

荧光定量PCR法和基因芯片分型法检测人乳头瘤病毒应用对照研究

目的:探讨荧光定量PCR法和基因芯片分型法对人乳头瘤病毒(HPV)的各自检测效果。方法:选择生殖系病变患者208例,采集其病变组织进行冻存,使用基因芯片分型法进行HPV的检查,并同时对使用基因芯片分型法检查阳性的182例患者的分泌物使用荧光定量PCR法对HPV16,18型进行检测。结果:使用基因芯片分型法检查出的HPV阳性率为87.5%,荧光定量法对HPV18,18型的阳性检查率为79.67%,具有统计学差异;阳性检出率均以22～40岁的患者最多,且在宫颈癌患者中的阳性检出率最高。结论:基因芯片检查法对HPV具有高度的敏感性,荧光定量PCR法对HPV的敏感度较基因芯片检查法低。HPV阳性多发生于22～40岁及宫颈癌患者。

沙门菌血清分型方法的比较

血清分型是沙门菌最基本和最重要的流行病学调查手段,不同血清型沙门菌引起的临床症状和造成的危害不同,快速准确地进行血清分型对于畜禽沙门菌病的防控和公共卫生安全意义重大。基于此,本试验选择我国1971—2020年分离的51株沙门菌(13种血清型),分别用全基因组测序(WGS)分型方法和液相芯片分型方法进行血清分型,并与玻片凝集法进行比较,分析3种分型方法的优劣。结果显示,玻片凝集法测得51株沙门菌的血清分型结果与原始结果一致;WGS分型方法和液相芯片分型方法分别测得34株和23株沙门菌血清分型与玻片凝集法结果一致。3种分型方法相比,WGS分型方法可鉴定出玻片凝集法和液相芯片分型方法无法分型的菌株,在操作时间和成本上更具优势。本试验可为沙门菌的血清分型研究提供参考。

HLA-DRB1基因分型芯片的法医物证学应用价值研究

目的对HLA-DRB1基因分型芯片在个体识别中的应用价值进行研究。方法根据HLA-DRB1基因座不同等位基因的独特序列设计探针,制成分型芯片。将待测样品DNA用末端标记了CY5的引物进行PCR扩增,产物与芯片进行杂交,根据杂交产生的荧光信号值确定样品在HLA-DRB1位点的基因型。将这一方法应用于561份样本的HLA-DRB1基因分型,根据基因型分布统计分析其法医学应用价值。同时,进行了家系调查和方法灵敏度分析,并应用于部分案例。结果利用微量检材,HLA-DRB1基因芯片可检测DRB1位点等位基因26个,基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,该位点的观察杂合度(Ho)为0.888,期望杂合度(He)为0.902,多态信息含量(PIC)为0.893,平均非父排除率(PE)为0.801。家系调查和案例运用的结果表明,HLA-DRB1位点等位基因由亲代向子代的传递符合孟德尔遗传定律。结论HLA-DRB1为高度多态位点,其基因分型芯片可在亲子鉴定和个体识别中发挥重要作用。

PCR与膜芯片分型法检测女性生殖道HPV结果比较分析

目的分析荧光探针PCR与膜芯片分型技术两种方法检测女性生殖道人乳头状瘤病毒(HPV)的结果,对两种方法进行临床应用评价。方法随机收取2015年01月~11月来本院门诊就诊的女性患者1062例,利用荧光探针PCR定性检测14种常见的高危型HPV病毒(包括HPV16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59,68,66),并对其中的HPV16和HPV18型进行分型检测,同时用膜芯片分型技术检测23种HPV型,包括上述14种常见高危HPV外,还包括4种高危型(HPV53,73,82,83)和5种低危型HPV病毒(HPV6,11,42,43,81),并对两种方法检测的结果进行对比分析。结果荧光探针PCR定性检测HPV的阳性率为12.90%(137/1062),膜芯片分型技术检测HPV阳性率19.68%(209/1062),阳性率明显高于探针PCR法,两者阳性率之间差异有统计学意义(χ~2=15.627,P<0.05);但两种方法检测14种常见的高危型HPV(HPV16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59,68,66)病毒阳性率之间差异无统计学意义(χ~2=1.063,P>0.05),总符合率为91.15%(968/1062),阳性符合率为91.97%(126/137),阴性符合率为91.03%(842/925),两者检测结果具有较好的一致性。结论荧光探针PCR与膜芯片分型技术检测常见的14种高危型HPV的结果具有良好的一致性,阳性率之间差异无统计学意义,但膜芯片分型技术检测HPV的基因型数比荧光探针PCR要多,检出HPV阳性率要高,更适合女性大规模健康体检。

尖锐湿疣患者宫颈HPV分型检测

尖锐湿疣（Condyloma acuminate,CA）是由人乳头瘤病毒（Human Papillomavirys,HPV）所引起的一种性传播疾病,其发病率逐年上升,近年来受到广泛关注。而宫颈癌是我国最为常见的恶性肿瘤之一,是我国女性第二大癌症。HPV可分为高危型和低危型两种,长期持续感染高危型HPV可以导致宫颈癌,低危型HPV可导致生殖器CA。而且,

利用CottonSNP63K芯片构建棉花品种的指纹图谱

【目的】利用SNP位点的单拷贝特性,结合陆地棉TM-1参考基因组序列信息,筛选基因组特异的SNP。【方法】以719份遗传背景来源广泛的陆地棉种质资源为材料,采用Illumina公司开发的Cotton SNP63K芯片,利用Genome Studio软件对芯片扫描所获得原始数据进行基因型数据质量控制,获得待测样品SNP位点的基因型数据。根据已公布的陆地棉TM-1基因组的两个版本——中国农业科学院棉花研究所版本Gossypium hirsutum(AD1)genome BGI v1.0与南京农业大学版本G.hirsutum(AD1)genome NBI v1.1为参考序列,对Cotton SNP63K芯片(63 058个SNP)各位点的侧翼序列分别进行全基因组Blast比对分析,以筛选具有单拷贝特性的特异SNP位点并用于样品指纹图谱的构建。【结果】利用Cotton SNP63K芯片对719份材料进行SNP位点基因分型,主要表现为无检出信号的SNP位点、无多态性的SNP位点、具有多态性的SNP位点,而具有多态性的SNP位点的分型结果又可分为单位点SNP(基因组特异SNP)、双位点SNP和多位点SNP。通过对两个已公布的陆地棉TM-1参考基因组序列Blast比对结果表明,中国农业科学院棉花研究所TM-1基因组版本比对获得基因组特异SNP标记为5 474个,而南京农业大学TM-1基因组版本比对获得基因组特异SNP标记仅为1 850个,两者共有的特异SNP为1 594个,进一步通过分型效果、检出率及多态性3个评价指标,筛选score值≥0.7,call frequency值≥0.95,且MAF值≥0.2的SNP位点,获得471个分型效果理想,检出率高且多态性较高的特异SNP位点。在471个SNP位点中,430个位于染色体上,41个位于scaffold片段上。考虑到标记间的连锁程度,剔除连锁标记37个,最终获得393个核心SNP位点。利用393个核心SNP构建了719份品种资源的特征DNA指纹图谱,除个别材料之间遗传背景高度相似、基因型完全一致外,97%的材料均能实现准确有效的鉴别。【结论】筛选出393个基因组特异的SNP,并利用这些核心SNP构建了719份资源材料的特征DNA指纹图谱,为SNP分子标记应用于棉花重要性状遗传改良提供了参考。

SNP基因芯片结合多重置换扩增技术检测单细胞非整倍体的研究

【目的】建立并优化利用微阵列-比较基因组杂交技术检测单细胞非整倍体的实验方案。【方法】纤维母细胞系GM02732(47,XY,+18)和GM00343[46,XY,4(del)(qter>p14)]被用于实验。阳性对照组为上述细胞系的基因组DNA(gDNA)(A组与B组,n=6);实验组为单细胞模板的多重置换扩增(MDA)产物(C组与D组,n=10);阴性对照组为空白对照的MDA产物(E组,n=6)。以上样本与10k2.0基因分型芯片杂交并进行染色体拷贝数分析,比较利用非扩增的正常gDNA和同法扩增的DNA(MDA-DNA)作为分析参照对C组和D组的结果准确度的影响。【结果】A→E组的芯片杂交信号判读率分别为98.7%、97.2%、86.7%、85.9%与3.2%。利用单细胞MDA-DNA作为参照时,C组与D组杂交信号的变异程度明显小于使用gDNA作为参照时(P<0.05)。利用CNAT分析软件,发现以gDNA作为参照时,C组与D组部分染色体优势扩增明显,而使用MDA-DNA作为参照时则未观察到类似现象。【结论】结合MDA和基因芯片平台对单细胞进行非整倍体检测时应使用同法扩增的DNA作为分析参照。

SNP分子标记的研究及其应用进展

SNP标记作为第三代分子标记,在分子遗传学、药物遗传学、法医学以及疾病的诊断和治疗等方面发挥着重要作用。介绍了SNP标记的定义与特点,对近年来以SNP标记为基础构建的Bin图谱、高通量SNP芯片分型以及以SNP标记为基础进行群体进化研究等三方面的应用概况进行了简述。提出了SNP标记现阶段发展存在的问题,并对其发展前景予以展望。

三种方法检测人乳头瘤病毒的对照研究

目的探讨荧光定量PCR法、基因芯片分型法、免疫组织化学法检测人乳头瘤病毒(HPV)的敏感性,为临床治疗轻度宫颈上皮内瘤变Ⅰ级(CINⅠ)提供依据。方法对2008～2011年198例CINⅠ患者,取宫颈分泌物,使用荧光定量PCR法检测HPV,然后行Leep刀宫颈锥形切除,标本进行基因芯片分型法和免疫组织化学法检测HPV。结果荧光定量PCR法检测HPV-16/-18阳性率为40.91%;基因芯片分型法检测HPV阳性率78.79%,其中HPV-16/-18阳性率为60.10%;免疫组织化学法检测HPV-16/-18阳性率为38.89%。荧光定量PCR法和免疫组织化学法检测HPV阳性者,在基因芯片分型法检测中也呈阳性。基因芯片分型法检测HPV阳性率较其他两组高,差异显著(P<0.05),荧光定量PCR法和免疫组织化学法检测HPV阳性率之间,差异无统计学意义(P>0.05)。结论基因芯片分型法检测HPV敏感性高,简便易行且能分亚型,具有较高的临床指导价值。

浙东地区乙型肝炎病毒基因型分布及临床意义

目的:了解浙江东部地区乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分布、优势型及其与临床的相关性。方法:选择浙江东部地区HBV DNA阳性的HBV感染者100例,应用基因芯片对其进行基因分型,其中对7例优势基因型进行S基因序列同源性测序复核。结果:100例HBV阳性的血清标本分型率为96.0%,其中B基因型36例(36.0%),C基因型47例(47.0%),BC混合基因型11例(11.0%)及BCD混合基因型2例(2.0%),未分出型的4例(4.0%)。基因芯片分型与S基因序列同源性测序分型结果一致,乙型肝炎感染者检出的基因型以C、B型为主;重型肝炎与肝癌组中C型检出率分别为60%和55%,明显高于其他基因型(P<0.05),C、B基因型与HBV DNA拷贝数、丙氨酸氨基转移酶水平及总胆红素在统计学上无显著差异(P>0.05)。结论:HBV的基因型存在地区性差异,浙江东部地区的优势基因型为C、B型,与以往报道的结论不太一致。不同临床肝炎型与基因型存在一定的相关性,主要表现为重型肝炎和肝癌患者检出的基因型多为C型,提示C基因型患者预后较差。基因芯片分型方法可应用于HBV基因的分型,方便、快速。

鲤低氧适应性状的全基因组关联分析

低氧适应是水产养殖物种的重要性状,筛选用于改良低氧适应性状的分子标记及候选基因有助于鱼类耐低氧品种选育。在数量性状和质量性状的遗传研究中,全基因组关联分析(GWAS)广泛应用于性状相关标记和基因的发掘。本研究对鲤(Cyprinus carpio)养殖群体开展了低氧胁迫实验,选取了低氧敏感和低氧耐受的极端性状个体作为研究对象,应用鲤鱼250K高通量分型芯片进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点分型,经过数据质控后获得90个样本的87222个多态性位点的分型结果。通过GWAS,筛选到4个低氧适应性状关联的位点:carp229220、carp195901、carp001519和carp063890,在关联位点附近注释到traf4等23个可能与低氧适应性状关联的候选基因;此外,还筛选到7个潜在关联的SNP位点。本研究初步获得了鲤低氧适应性状相关联的基因组区间,为后续效应基因精细定位奠定了基础。

喉鳞状细胞癌及癌前病变的HPV感染亚型分析及临床意义

目的:探讨喉鳞状细胞癌和癌前病变与HPV感染亚型的相关性及可能的临床关系。方法:取31例喉鳞状细胞癌、52例癌前病变(29例声带白斑和23例喉乳头状瘤)患者的组织石蜡包埋标本切片,采用核酸分子水平的快速导流杂交基因芯片分型技术,进行37种HPV亚型检测和分型;以36例声带息肉组织作为对照组。结果:喉鳞状细胞癌组中HPV总阳性率为19.4%(6/31),声带白斑组中HPV总阳性率为0,喉乳头状瘤组中HPV总阳性率为65.2%(15/23),对照组均为阴性。HPV感染阳性的喉鳞状细胞癌标本中检出的HPV病毒均为高危型HPV16亚型;HPV感染阳性的喉乳头状瘤标本中共检出HPV病毒有6个HPV亚型分布(3例HPV16,2例HPV45,4例HPV52,1例HPV18,8例HPV6,1例HPV11);个体有2种或多种亚型混合感染。HPV感染与喉鳞状细胞癌及癌前病变患者的性别及其高、低危亚型分布差异无明显统计学意义。结论:喉鳞状细胞癌和癌前病变的发生与HPV感染相关,但与高、低危亚型分布无明显相关性;HPV检测对临床筛查喉癌和癌前病变及HPV特定亚型疫苗的研制具有积极意义。

三种方法检测人乳头瘤病毒的比较

目的比较基因芯片分型法、PCR荧光定量法、免疫组织化学法检测人乳头瘤病毒(human papilloma virus,HPV)的敏感性,为临床人乳头瘤病毒检测提供适用的方法。方法收集2002至2007年在本院就诊的宫颈癌病例200例,采用新鲜宫颈癌组织进行人乳头瘤病毒基因芯片分型检测;在上述200例患者中,选取自愿接受荧光定量PCR检测的患者134例,收取宫颈癌灶分泌物,采用荧光定量PCR检测方法检测人乳头瘤病毒;对在上述134例宫颈癌患者中,选取自愿接受免疫组织化学检测的患者利用石蜡包埋宫颈癌组织,采用免疫组织化学法检测人乳头瘤病毒。结果基因芯片分型法检测人乳头瘤病毒呈阳性为188例,阳性率为94.00%(188/200),其中HPV-16/-18阳性率为95.74%(180/188)。荧光定量PCR法检测HPV-16/-18阳性率为36.57%(49/134);免疫组化法检测HPV-16/-18阳性率为46.51%(60/129)。荧光定量PCR检测和免疫组化法检测人乳头瘤病毒呈阳性者,在基因芯片分型法检测中均呈阳性。基因芯片分型法人乳头瘤病毒检出率与荧光定量PCR检测和免疫组化法比较,差异有显著意义(P<0.05),而后两种方法比较,差异无显著意义(P>0.05)。结论基因芯片分型技术检测人乳头瘤病毒具有敏感性好,且同时可以分型的明显优势,适用于临床人乳头瘤病毒感染的诊断和研究。

慢性、重症乙肝病人标记物检测及基因型分析

目的:分析监测HBV复制方法,了解慢性、重症乙肝病人基因型分布与病情的关联。方法:检测病人血清中乙肝三系、pre-S1、LHBs和HBV DNA等标记物;用基因芯片进行基因分型。结果:pre-S1检出率为49.19%;LHBs检出率为87.10%,经统计LHBs、HBV DNA与pre-S1有统计学意义差异(P<0.05)。e抗原阴性病人存在HBV复制。病人中检出B、C、BC和BCD混合型4个基因型;重型肝炎与肝癌组中C型检出率高于其他组(P<0.05)。结论:LHBs方法设备要求低、操作简单,适合不能开展HBV DNA检测的基层医院;检测发现B、C型宁波地区是优势基因型,重型肝炎和肝癌患者检出的基因型多为C型,提示C型患者预后较差。

中华流行病学杂志2006年第27卷主题词索引

说明:(1)主题词以汉语拼音字母为序。(2)在汉字相同的情况下,按数字、英文字母、西文字母顺序先后排序。(3)缩略语未译出的原文按英文字母顺序排列在各(字母)部之首。(4)作者姓名后括号内数字为期号,最后为文章起止页。

Reliability assessment of networks-on-chip based on analytical models

As technology scales down, the reliability issues are becoming more crucial, especially for networks-on-chip (NoCs) that provide the communication requirements of multi-processor systems-on-chip. Reliability evaluation based on analytical models is a precise method for dependability analysis before and after designing the fault-tolerant systems. In this paper, we accurately formulate the inherent reliability and vulnerability of some popular NoC architectures against permanent faults, also depending on the employed routing algorithm and traffic model. Based on this analysis, effects of failures in the links, switches and network interfaces on the packet delivery of NoCs are determined. Besides, some extensions to evaluate a fault-tolerant method and some routing algorithms are described. The analyses are validated through appropriate simulations. The results thus obtained are exactly the same as or very close to the analytical ones.