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应用RD-PCR方法制备K562细胞表达谱芯片基因探针 被引量:8
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作者 毛向明 马文丽 +1 位作者 姜立 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第6期548-550,553,共4页
目的收集K562细胞表达谱芯片的基因片段。方法培养K562细胞,抽提其mRNA,反转录为cDNA,应用限制性显示PCR技术(RD-PCR)分离K562细胞不同组别的产物片段,分别行PCR扩增。结果制备了可用于基因芯片制作的基因探针片段。结论RD-PCR方法适合... 目的收集K562细胞表达谱芯片的基因片段。方法培养K562细胞,抽提其mRNA,反转录为cDNA,应用限制性显示PCR技术(RD-PCR)分离K562细胞不同组别的产物片段,分别行PCR扩增。结果制备了可用于基因芯片制作的基因探针片段。结论RD-PCR方法适合于基因芯片探针的收集。 展开更多
关键词 RD-PCR方法 K562细胞 表达谱 基因芯片 分子探针 幼红细胞白血病
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BioStarM-140s芯片基因信息查询系统的构建及应用
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作者 陆慧琴 吕晓迎 +1 位作者 包翔 马慧敏 《东南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第4期647-651,共5页
应用生物信息学数据库查询的方法,对B ioS tarM-140s小鼠基因表达芯片上的14 112个基因进行相应注释信息的查询和所对应蛋白质功能的分类.首先参照人类综合型芯片上基因的功能分类,设定了14个蛋白质类别,然后采用V isual C++编程语言,... 应用生物信息学数据库查询的方法,对B ioS tarM-140s小鼠基因表达芯片上的14 112个基因进行相应注释信息的查询和所对应蛋白质功能的分类.首先参照人类综合型芯片上基因的功能分类,设定了14个蛋白质类别,然后采用V isual C++编程语言,构建了基因信息查询系统.应用该查询系统,进行了网络生物学数据库信息资源的自动直接查询,共搜索到有注释信息的基因12 070个;进一步按照所设定的14个蛋白质类别对12 070个基因进行分类查询,搜索到了与这14个分类相符合的、具有详细蛋白质功能注释信息的基因共1 606个. 展开更多
关键词 生物信息学 数据库查询 基因表达芯片
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基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据探讨芦丁治疗脊髓损伤的作用机制
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作者 周亚净 段春胜 +3 位作者 何润之 程芳 吴黎莉 刘建敏 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第3期19-27,共9页
为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、... 为了探究芦丁治疗脊髓损伤的作用机制,基于网络药理学和GEO差异基因芯片数据分析,结合体内实验,筛选芦丁对脊髓损伤的作用靶点.首先通过TCMSP、Swiss Target Prediction和SuperPred数据库获得芦丁的作用靶点,同时采用GEO差异基因、CTD、OMIM、PharmGkb疾病数据库获取脊髓损伤的疾病靶点;然后应用Cytoscape软件采用蛋白互作的方式筛选芦丁治疗脊髓损伤的核心靶点,并采用R语言对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析;最后采用Rutgers MASCIS脊髓损伤撞击器建立大鼠急性脊髓损伤模型,芦丁干预3 d后采用BBB运动评分法对大鼠后肢运动功能进行评价,采用酶联免疫吸附测定法检测脊髓中炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β和NF-κB的表达水平以及ROS和MDA含量.结果发现:(1)芦丁共有56个对应的蛋白靶点,脊髓损伤筛选到4 624个疾病靶点,合并后得到5个核心靶点,即CASP3、ESR1、GSK3B、IL-6、MTOR;(2) GO功能主要集中在对氧化应激的反应、活性氧代谢过程、NF-κB结合等,KEGG通路分析显示,芦丁治疗脊髓损伤相关的通路包括PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、HIF-1信号通路等;(3)分子对接实验和分子动力学模拟表明,芦丁与5个核心靶点均有良好且稳定的结合;(4)体内实验结果显示,脊髓损伤后使用芦丁进行药物干预处理可以降低脊髓的含水量,减少炎性因子和氧化应激因子的产生.上述结果证实,芦丁可以通过多个靶点以及多条通路在治疗脊髓损伤中发挥抗炎和抗氧化作用. 展开更多
关键词 网络药理学 GEO差异基因芯片 芦丁 脊髓损伤 分子对接 体内实验
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基于Goldengate高通量耳聋基因芯片分析听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型
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作者 郭萌 骆莹莹 +2 位作者 闫娇娇 郝建文 卞新华 《生物医学工程与临床》 CAS 2024年第4期563-567,共5页
目的利用Goldengate高通量耳聋基因芯片技术,对听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型进行研究。方法选择2020年2月至2022年2月邢台医学高等专科学校第二附属医院284例听力筛查未通过新生儿,其中男性154例,女性130例;年龄3~10 d,平均... 目的利用Goldengate高通量耳聋基因芯片技术,对听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型进行研究。方法选择2020年2月至2022年2月邢台医学高等专科学校第二附属医院284例听力筛查未通过新生儿,其中男性154例,女性130例;年龄3~10 d,平均年龄6.46 d(标准差1.57 d);体质量2.5~4.1 kg,平均体质量3.26 kg(标准差0.34 kg);家族史10例,用药史15例。采用Goldengate高通量耳聋基因芯片筛查耳聋基因。分析耳聋基因突变位点和类型,研究基因突变患儿与听力损失程度的关系。结果284例听力筛查未通过新生儿中耳聋基因突变32例(11.27%),其中SLC26A4突变18例(6.34%),GJB2突变9例(3.17%),GJB3突变3例(1.06%),TMC1突变1例(0.35%),MYO6突变1例(0.35%)。SLC26A4基因突变频率最高的2个位点分别为IVS7-2A>G(5例)、697G>C(4例),GJB2基因突变频率最高的2个位点分别为299_300delAT(4例)、235deIC(3例),GJB3、TMC1各突变位点仅有1例。18例SLC26A4突变新生儿的Goldengate高通量芯片与Sanger测序法检测结果基本一致。SLC26A4突变新生儿听力损失程度以轻中度为主,而GJB2突变新生儿听力损失程度以中重度为主,SLC26A4、GJB2突变新生儿的听力损失程度分布差异有统计学意义(χ^(2)=7.481,P=0.024)。结论Goldengate高通量耳聋基因芯片分析可准确检测听力筛查未通过新生儿的耳聋基因突变类型,其中聋病易感型基因主要为SLC26A4、GJB2。 展开更多
关键词 耳聋 基因芯片 基因突变 听力损失 听力筛查
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基于高密度基因芯片的福恢2165重要农艺性状分子基础解析 被引量:1
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作者 郑菲艳 毛莹莹 +4 位作者 洪永河 周鹏 胡荣华 张帆涛 涂诗航 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期499-505,共7页
【目的】福恢2165作为一种表现优良的恢复系,具有株叶形态好、配合力高、抗稻瘟病和米质优等特点。因此,明确福恢2165重要农艺性状的分子基础,可以为材料改良和杂交稻育种提供参考,促进福恢2165在水稻生产中的安全应用。【方法】评价福... 【目的】福恢2165作为一种表现优良的恢复系,具有株叶形态好、配合力高、抗稻瘟病和米质优等特点。因此,明确福恢2165重要农艺性状的分子基础,可以为材料改良和杂交稻育种提供参考,促进福恢2165在水稻生产中的安全应用。【方法】评价福恢2165对稻瘟病的抗性表现,并通过水稻全基因组芯片技术分析材料的纯合度及基因组片段来源。检测与产量、抗非生物和生物逆境、品质、生育期、育性和株型等重要农艺性状相关的功能基因。对福恢2165及其亲本进行抗病相关基因的单倍型分析。【结果】福恢2165显示出稳定的稻瘟病抗性,其基因型纯合度高,遗传背景单一。基因组片段来源分析表明,福恢2165的基因组片段更多来自于华航丝苗和蜀恢527。功能基因检测结果表明,福恢2165聚合了多个与重要农艺性状相关的调控基因。此外,单倍型分析进一步揭示了福恢2165含有丰富的抗稻瘟病相关基因资源。【结论】通过深入分析福恢2165的基因型特征和重要农艺性状相关基因,揭示了其遗传特性和抗病性的分子基础。这些结果为福恢2165的遗传改良和育种利用提供了新的理论支持和实践指导。 展开更多
关键词 福恢2165 基因组片段 功能基因 稻瘟病 基因芯片
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蛋鸡SNP芯片10K到50K基因型填充的准确性研究
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作者 吴俊锋 闫奕源 +5 位作者 杨宁 孙从佼 李光奇 王彬 吴桂琴 连玲 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4325-4333,共9页
旨在分析使用低密度芯片的基因分型数据通过基因型填充获取高密度的基因型数据的准确性。本研究利用10K SNP芯片数据填充至50K,分析填充所得基因型与50K真实基因型的基因型一致性。具体方法如下:使用4435只健康纯系蛋鸡母系个体为试验群... 旨在分析使用低密度芯片的基因分型数据通过基因型填充获取高密度的基因型数据的准确性。本研究利用10K SNP芯片数据填充至50K,分析填充所得基因型与50K真实基因型的基因型一致性。具体方法如下:使用4435只健康纯系蛋鸡母系个体为试验群体,采用蛋鸡“凤芯壹号”50K芯片进行基因型测定获得基因型数据。在该群体中,随机抽取部分个体分别作为填充群体和参考群体。从填充群体的50K分型数据中均匀抽取10K基因型作为已知信息,其余位点信息将通过填充获得。填充时,结合参考群数据,利用Beagle 4.0软件将填充群体的10K分型数据填充至50K水平,对比填充基因型和真实基因型的一致性,以基因型填充一致性评价基因型填充准确性。同时比较系谱使用与否(所用填充群100只,参考群1000只)、群体间亲缘关系(所用填充群100只,参考群1000只)以及参考群体规模(所用填充群100只,参考群500、1000、2000、3000只)3种因素对基因型填充准确性的影响。结果表明,本研究群体中,系谱信息的使用与否未影响基因型填充的一致性(0.973 vs.0.973)。基因型填充一致性随群体间亲缘关系的改变而变化,当参考群体选取18世代个体(1000只),来填充19世代群体(100只)基因型时,填充一致性为0.972,当参考群体分别均匀选取16、17、18世代个体(三世代群体总计选择1000只)时,基因型填充一致性下降至0.968。基因型填充一致性随参考群体规模增大而上升,参考群体规模按500、1000、2000、3000依次扩大时,基因型填充一致性依次提高,分别为0.959、0.973、0.980、0.984。本研究结果表明,蛋鸡基因芯片从10K填充至50K的方法可行,可在基因组选择育种中大规模推广,以降低应用成本。 展开更多
关键词 蛋鸡 基因芯片 基因型填充 分子育种
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快速定性检测人呼吸道样本中冠状病毒基因芯片的制备方法及其效果评价
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作者 郑皓宇 郑文学 +6 位作者 谷奕诺 安一鸣 张嘉琪 张雨涵 张姗姗 孟晓婷 王放 《国际老年医学杂志》 2024年第2期135-141,共7页
目的探讨冠状病毒基因芯片的研制方法,建立一种快速定性检测人咽拭子、痰液、肺泡灌洗液等呼吸道感染样本中的7种冠状病毒和2种流感病毒核酸的方法。方法根据互联网公布的10种呼吸道感染病毒的基因序列,设计了相应的引物和探针序列,经... 目的探讨冠状病毒基因芯片的研制方法,建立一种快速定性检测人咽拭子、痰液、肺泡灌洗液等呼吸道感染样本中的7种冠状病毒和2种流感病毒核酸的方法。方法根据互联网公布的10种呼吸道感染病毒的基因序列,设计了相应的引物和探针序列,经琼脂糖凝胶电泳筛选验证后,将探针点样于醛基修饰基片,完成了检测芯片制作。结果将聚合酶链式反应扩增产物用10倍梯度稀释法稀释后进行基因芯片检测,结果表明可形成杂交斑点的最低检测浓度为103copies/mL。结论研制的冠状病毒基因芯片具有良好的特异度和灵敏度,可同时对SARS-CoV-2及其他呼吸道病毒同时进行高通量快速检测。 展开更多
关键词 冠状病毒 流感病毒 基因芯片
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基于基因芯片的嘉禾系列长粒优质食味粳稻综合评价与比较
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作者 丁正权 潘月云 +1 位作者 施扬 黄海祥 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期397-408,共12页
【目的】嘉禾系列长粒粳稻粒型(细)长,外观品质突出,食味优良,丰产性与主栽品种相近,抗病性较好。本研究旨在明确嘉禾系列长粒粳稻品种的特点与存在问题,解析嘉禾系列长粒粳稻品种优质性状形成的遗传基础,为长粒粳稻品种创新利用提供依... 【目的】嘉禾系列长粒粳稻粒型(细)长,外观品质突出,食味优良,丰产性与主栽品种相近,抗病性较好。本研究旨在明确嘉禾系列长粒粳稻品种的特点与存在问题,解析嘉禾系列长粒粳稻品种优质性状形成的遗传基础,为长粒粳稻品种创新利用提供依据。【方法】以5份嘉禾系列长粒粳稻品种(系)为材料,利用GSR40K水稻高密度芯片分析品种籼粳属性、相似度,鉴定育种相关功能基因,同时比较嘉禾系列长粒粳稻品种(系)与东北长粒粳稻稻花香2号遗传基础差异。【结果】嘉禾系列长粒粳稻品种(系)和稻花香2号基因组中,粳稻区段数占比84.20%~88.38%,均为典型粳稻类型;嘉禾系列长粒粳稻品种(系)间遗传相似度超过92%,基因组相似度为77.59%~91.73%,与稻花香2号遗传相似度为84.55%,基因组相似度为49.52%~53.68%;嘉禾系列长粒粳稻含有长粒优势功能基因gs3和GW7,嘉禾香1号还含有大粒型基因qSW5/GW5和多穗粒数基因LAX1;嘉禾系列品种的品质性状形成主要是ALK^(c)/Wx^(b)/OsAAP6等优势功能基因组合所致,嘉禾香1号香味是由Badh2第2外显子突变所致;嘉禾系列长粒粳稻品种(系)含有较多的抗稻瘟病基因,如抗病基因组合Pizt+Pii/HIT7/pi5-1、Pizt+Pi-ta、Pizt+Pii/HIT7/pi5-1+Pi-d2/Pid2+Pid3+Pi-ta,抗白叶枯基因只有Xa26/Xa3。【结论】嘉禾系列长粒粳稻食味优、丰产稳产、抗病抗逆的突出优点,是品种含有较多的产量、品质、抗性、株型、生育期等优势等位基因变异综合影响的结果,但也存在品种相似度较高、白叶枯抗性基因单一的不足。本研究结果也为后续嘉禾系列长粒粳稻品种遗传改良提供了依据。 展开更多
关键词 长粒粳稻 粒型 功能基因 单倍型 籼粳属性 基因芯片
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基于基因芯片数据的肾乳头状细胞癌生物信息学分析
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作者 谢留磊 王璜 +1 位作者 马丁 任瑞民 《现代泌尿生殖肿瘤杂志》 2024年第3期175-176,192,共3页
肾癌(renal cell carcinoma, RCC)是全球第13种常见的恶性肿瘤,而且发病率正在逐年上升,约占所有成人恶性肿瘤的2%~3%[1-2],其中,肾乳头状细胞癌(papillary renal cell carcinoma, PRCC)是仅次于肾透明细胞癌的第二大常见类型,占肾细胞... 肾癌(renal cell carcinoma, RCC)是全球第13种常见的恶性肿瘤,而且发病率正在逐年上升,约占所有成人恶性肿瘤的2%~3%[1-2],其中,肾乳头状细胞癌(papillary renal cell carcinoma, PRCC)是仅次于肾透明细胞癌的第二大常见类型,占肾细胞癌的10~15%,且预后比较差[3-4]。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 肾细胞癌 肾乳头状细胞癌 成人恶性肿瘤 肾癌 基因芯片数据 生物信息学分析 常见类型
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基因芯片在奶牛遗传育种中的应用
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作者 李双双 陈丽丽 +3 位作者 拉毛杰布 九麦扎西 勒毛才让 马毅 《中国畜禽种业》 2024年第8期53-62,共10页
基因芯片是微阵列技术应用中的一种,可以用于检测待测基因的位置、含量、类型等,并具有高通量、高灵敏度和高特异性的特点。该文综述了基因芯片在奶牛遗传育种中的应用及其重要性,阐述了基因芯片在奶牛群体遗传学研究、全基因组关联分... 基因芯片是微阵列技术应用中的一种,可以用于检测待测基因的位置、含量、类型等,并具有高通量、高灵敏度和高特异性的特点。该文综述了基因芯片在奶牛遗传育种中的应用及其重要性,阐述了基因芯片在奶牛群体遗传学研究、全基因组关联分析及基因组选择等方面的研究进展,为奶牛群体遗传改良以及遗传资源的挖掘利用提供参考。 展开更多
关键词 基因芯片 奶牛 基因组关联分析 基因组选择
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梅山猪骨骼肌发育基因芯片的生物信息学分析
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作者 马艳娇 吴晨晨 《现代畜牧科技》 2024年第11期28-30,共3页
利用生物信息学分析方法挖掘梅山猪骨骼肌发育中的重要基因和通路。从GEO数据库获取GSE24689基因表达谱芯片,筛选出生后3、60 d和120 d与胚胎期65 d、出生后60、120 d与出生后3 d差异表达基因,并进行GO功能富集和KEGG通路分析,接着建立... 利用生物信息学分析方法挖掘梅山猪骨骼肌发育中的重要基因和通路。从GEO数据库获取GSE24689基因表达谱芯片,筛选出生后3、60 d和120 d与胚胎期65 d、出生后60、120 d与出生后3 d差异表达基因,并进行GO功能富集和KEGG通路分析,接着建立PPI蛋白质—蛋白质互作网络图,并筛选蛋白关键差异表达重要候选基因。筛选获得出生前后都具有差异表达基因有113个上调和87个下调,GO功能富集和KEGG通路分析。PPI蛋白质网络分析梅山猪骨骼肌发育中关键基因为FBP 2和RRM2。梅山猪骨骼肌发育基因芯片的生物信息学分析筛选到重要基因和通路。 展开更多
关键词 骨骼肌 基因芯片 分析
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基于GEO基因芯片联合网络药理学及分子对接技术探讨参苓脾喜汤治疗慢性胃炎、胃黏膜上皮内瘤变、胃早期癌作用机制
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作者 张玉佩 唐伟 《中国中医药图书情报杂志》 2024年第2期57-62,共6页
目的 基于GEO基因芯片、网络药理学及分子对接技术探讨参苓脾喜汤防治慢性胃炎(CG)、胃黏膜上皮内瘤变(GIN)、胃早期癌(EGC)的作用机制。方法 从GEO数据库下载含CG、GIN、EGC基因芯片GSE130823,使用R4.1.1筛选共同差异表达基因。利用TC... 目的 基于GEO基因芯片、网络药理学及分子对接技术探讨参苓脾喜汤防治慢性胃炎(CG)、胃黏膜上皮内瘤变(GIN)、胃早期癌(EGC)的作用机制。方法 从GEO数据库下载含CG、GIN、EGC基因芯片GSE130823,使用R4.1.1筛选共同差异表达基因。利用TCMSP数据库筛选参苓脾喜汤活性成分及对应靶点,使用R4.1.1对共同表达基因与药物靶点取交集,通过Cytoscape3.9.1软件构建中药-活性成分-靶点网络,并通过STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络并进行拓扑分析,以筛选核心靶点,使用R4.1.1对交集基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。最后将排名靠前的药物活性成分与核心靶点蛋白进行分子对接验证。结果 共筛选出1 115个差异表达基因,参苓脾喜汤活性成分119种,靶点247个,主要活性成分包括槲皮素、豆甾醇、木犀草素等。预测得到参苓脾喜汤治疗CG、GIN、EGC潜在作用靶点22个,包括CHRM3、AR、ADRB2、DPP4等。GO功能和KEGG富集分析结果显示,参苓脾喜汤治疗CG、GIN、EGC主要涉及对cAMP、IL-17、TNF、离子跨膜转运蛋白活性的调节、钙信号通路等方面。分子对接结果显示,木犀草素与ALB、AR、DPP4有较强结合能力,槲皮素与ALB、DPP4有较强结合能力,豆甾醇与AR有较强结合能力。结论 参苓脾喜汤中多种活性成分可能通过cAMP、IL-17、TNF等信号通路,调控ALB、AR、DPP4、CYP3A4等靶点治疗CG、GIN、EGC。 展开更多
关键词 GEO基因芯片 慢性胃炎 胃黏膜上皮内瘤变 胃早期癌 参苓脾喜汤 网络药理学 分子对接
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乳酸对小鼠未成熟树突状细胞影响的基因芯片分析
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作者 赵茂 黄瑾 +1 位作者 刘新宇 邱炜 《贵州师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第4期108-116,共9页
研究乳酸对小鼠未成熟树突状细胞(imDCs)基因组表达水平的影响,为深入研究病理酸性微环境对imDCs免疫功能影响的分子机制提供前期数据。从C57BL/6J小鼠骨髓中分离单核细胞,并诱导其分化为imDCs。20 mmol/L浓度乳酸处理imDCs 24 h,利用BG... 研究乳酸对小鼠未成熟树突状细胞(imDCs)基因组表达水平的影响,为深入研究病理酸性微环境对imDCs免疫功能影响的分子机制提供前期数据。从C57BL/6J小鼠骨髓中分离单核细胞,并诱导其分化为imDCs。20 mmol/L浓度乳酸处理imDCs 24 h,利用BGISEQ平台进行基因芯片分析,筛选出差异表达基因。结果显示,20 mmol/L浓度乳酸处理使imDCs中表达发生变化的基因有915个。通过基因本体论(GO)分析发现差异表达基因参与细胞骨架、凋亡过程及免疫反应等;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析发现差异表达基因涉及的信号通路包括MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路及TOLL样受体信号通路等。利用Cytoscape软件构建差异表达蛋白之间的互作网络图,并根据节点数筛选关键差异表达蛋白。筛选出分化抗原簇38(CD38)、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGCR)等上调关键差异表达蛋白和信号转导和趋化因子受体7(CCR7)、转录激活因子1(STAT1)等下调关键差异表达蛋白。 展开更多
关键词 乳酸 未成熟树突状细胞 基因芯片 GO分析 KEGG分析
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痰涂片镜检、基因芯片技术及GeneXpert MTB/RIF对疑似肺结核患者的检测效能分析
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作者 孙桂英 倪晓艳 《检验医学与临床》 CAS 2024年第20期3074-3078,共5页
目的分析痰涂片镜检、基因芯片及多色巢式荧光定量聚合酶链反应(GeneXpert MTB/RIF)对疑似肺结核患者的检测效能。方法选取2017年1月至2022年12月该院收治的疑似肺结核患者97例作为研究对象,均实施痰涂片镜检、基因芯片、GeneXpert MTB/... 目的分析痰涂片镜检、基因芯片及多色巢式荧光定量聚合酶链反应(GeneXpert MTB/RIF)对疑似肺结核患者的检测效能。方法选取2017年1月至2022年12月该院收治的疑似肺结核患者97例作为研究对象,均实施痰涂片镜检、基因芯片、GeneXpert MTB/RIF及痰液罗氏培养检查。以痰液罗氏培养结果为金标准,探究不同检测方式及联合检测对疑似肺结核的诊断效能,采用Kappa值检验与金标准诊断结果的一致性。结果痰液罗氏培养检测结果显示,97例疑似肺结核患者阳性55例,阴性42例,阳性检出率为56.70%(55/97)。痰液罗氏培养检出非结核分枝杆菌18株,包括鸟分枝杆菌4株,胞内分枝杆菌9株,偶发分枝杆菌1株,堪萨斯分枝杆菌3株,海分枝杆菌1株。痰涂片镜检检出阳性34例,真阳性29例,阳性检出率为35.05%(34/97),基因芯片检出阳性41例,真阳性37例,阳性检出率为42.27%(41/97);GeneXpert MTB/RIF检出阳性44例,真阳性37例,阳性检出率为45.36%(44/97)。基因芯片、GeneXpert MTB/RIF灵敏度、准确率高于痰涂片镜检,基因芯片与GeneXpert MTB/RIF敏感度一致,但基因芯片特异度高于GeneXpert MTB/RIF。非结核分枝杆菌中,痰涂片镜检检出鸟分枝杆菌1株、胞内分枝杆菌2株,基因芯片检出胞内分枝杆菌1株,GeneXpert MTB/RIF检出鸟分枝杆菌1株。痰涂片镜检、基因芯片、GeneXpert MTB/RIF三项联合检出阳性55例,真阳性53例,三项联合检测灵敏度为96.36%(53/55)、特异度为95.24%(40/42)、准确率为95.88%(93/97),均高于单一方法检测的灵敏度与准确率,差异均有统计学意义(P<0.05)。痰涂片镜检与痰液罗氏培养一致性为68.04%(Kappa=0.59);基因芯片与痰液罗氏培养一致性为77.32%(Kappa=0.70);GeneXpert MTB/RIF与痰液罗氏培养一致性为74.23%(Kappa=0.66);三项联合与痰液罗氏培养一致性为95.88%(Kappa=0.89)。结论较GeneXpert MTB/RIF、痰涂片镜检技术,基因芯片诊断效能及一致性更高,且3种技术联合诊断效能更高,临床可根据需求选择适宜诊断技术。 展开更多
关键词 痰涂片镜检 基因芯片技术 GeneXpert MTB/RIF 肺结核 检测效能
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基因芯片技术快速检测结核分枝杆菌耐药基因的应用价值研究
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作者 林正龙 张蓓英 《医学理论与实践》 2024年第17期2893-2896,共4页
目的:探讨基因芯片技术在结核分枝杆菌快速鉴定及耐药分析中的应用价值。方法:收集我院2022年10月—2023年10月收治疑似结核病患者的临床样本,包括痰液、肺泡灌洗液、脓液或分泌物、穿刺液(含胸腹水和脑脊液)等,同时进行MGIT960接种培... 目的:探讨基因芯片技术在结核分枝杆菌快速鉴定及耐药分析中的应用价值。方法:收集我院2022年10月—2023年10月收治疑似结核病患者的临床样本,包括痰液、肺泡灌洗液、脓液或分泌物、穿刺液(含胸腹水和脑脊液)等,同时进行MGIT960接种培养、药敏试验和基因芯片直接检测法,对两种方法的检测效能进行比对分析。结果:(1)以MGIT960培养鉴定为参考标准,基因芯片法直接检测临床样本中结核分枝杆菌的灵敏度为83.33%,特异度为92.86%,一致性为88.46%,Kappa值为0.766。(2)以MGIT960药敏试验为参考标准,基因芯片法检测直接检测临床样本中结核分枝杆菌利福平耐药的灵敏度为81.82%,特异度为94.87%,一致性为92.00%,Kappa值为0.767;检测异烟肼耐药的灵敏度为75.00%,特异度为92.86%,一致性为90.00%,Kappa值为0.755。结论:以MGIT960培养法及药敏试验为参考标准,基因芯片技术直接检测临床原始标本的灵敏度、特异度高,有较好的一致性。应用基因芯片直接检测临床样本有助于结核病的早期诊断及治疗。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 基因芯片技术 利福平 异烟肼
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基因芯片对人乳头瘤病毒的快速检测和分型 被引量:50
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作者 黄庆 府伟灵 +3 位作者 周玉 张雪 黄君富 陈斌 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期476-478,共3页
目的 针对HPV DNA亚型的异质性,建立HPV DNA亚型的基因芯片快速检测方法,为HPV感染病例提供诊断依据。方法 18 种HPV DNA亚型(HPV6、16、18、31、33、35、39、11、45、51、52、53、56、58、42、59、66、68)特异性探针,固定于硝酸纤维... 目的 针对HPV DNA亚型的异质性,建立HPV DNA亚型的基因芯片快速检测方法,为HPV感染病例提供诊断依据。方法 18 种HPV DNA亚型(HPV6、16、18、31、33、35、39、11、45、51、52、53、56、58、42、59、66、68)特异性探针,固定于硝酸纤维素膜制备成基因芯片,生物素标记引物经通用引物介导PCR(GD PCR)扩增HPV DNA, PCR产物与基因芯片经反向点杂交检测HPV亚型;同时采用荧光定量PCR检测HPV6、11、16 和18亚型。结果 31 例标本中,基因芯片的阳性检出率为74.2%,其中HPV6/18、HPV11/16、HPV33/58 和HPV6/11/33多重感染各1 例(3.2%);荧光定量PCR 阳性检出率为67.7%,与前种方法相比较,漏诊率为6.5%。结论 HPV分型基因芯片可1次检测HPV多种亚型,灵敏度高和特异性强,有利于对HPV多重感染的诊断。 展开更多
关键词 HPV 基因芯片 GD-PCR 反向点杂交
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80例乙型、丙型病毒性肝炎血清、组织基因芯片检测分析 被引量:11
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作者 赵伟 刘伟 +3 位作者 刘新钰 周镇先 张林 罗婵 《临床肝胆病杂志》 CAS 北大核心 2002年第1期28-30,共3页
研究病毒性肝炎基因芯片的制备,用肝炎基因诊断芯片、病毒抗原抗体检测方法、免疫组织化学法和原位分子杂交法,分别检测乙型肝炎和丙型肝炎血清及肝组织,比较各种方法的优缺点。将带荧光标记的PCR产物用点样仪点于玻片介质上,并... 研究病毒性肝炎基因芯片的制备,用肝炎基因诊断芯片、病毒抗原抗体检测方法、免疫组织化学法和原位分子杂交法,分别检测乙型肝炎和丙型肝炎血清及肝组织,比较各种方法的优缺点。将带荧光标记的PCR产物用点样仪点于玻片介质上,并经过点样处理后制备成基因芯片。收集乙型肝炎血清40例、肝组织20例,丙型肝炎血清20例,健康人血清40例,乙型肝炎确诊用雅培设备试剂,丙型肝炎检测抗HCV及HCV一RNA,确诊后同健康人血清一起进行双盲混合编组,用基因诊断芯片检测,20例乙型肝炎肝组织用免疫组织化学和原位分子杂交法,检测 HBcAg和 HBVDNA。同时用基因芯片检测。40例乙型肝炎病毒标志物阳性血清,基因诊断芯片检测阳性 30例,阴性10例,20例丙型肝炎血清基因芯片检测阳性8例。40例健康人血清,乙型和丙型肝炎基因诊断芯片检测均阴性. 20例肝组织免疫组化发现HBcAg阳性20例,原位分子杂交发现HBVDNA阳性18例,基因芯片检测阳性18例。肝炎基因诊断芯片可以同时检测乙型和丙型肝炎,诊断乙型肝炎血清准确率可达80%,假阳性率低。诊断丙型肝炎阳性率低,技术有待完善。 展开更多
关键词 基因芯片 病毒性肝炎 诊断 血清检测 基因芯片制作
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禽流感病毒分型基因芯片的研制 被引量:27
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作者 韩雪清 林祥梅 +5 位作者 侯义宏 吴绍强 刘建 梅琳 贾广乐 杨泽晓 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1241-1249,共9页
【目的】禽流感病毒是一种全球重要的人和动物呼吸道病病原,快速确定其不同亚型对于全球流感监测具有重要的意义。本研究意在研制一种可同时鉴定禽流感病毒所有亚型的方法。【方法】根据GenBank上已发表的禽流感病毒不同亚型(16个HA亚型... 【目的】禽流感病毒是一种全球重要的人和动物呼吸道病病原,快速确定其不同亚型对于全球流感监测具有重要的意义。本研究意在研制一种可同时鉴定禽流感病毒所有亚型的方法。【方法】根据GenBank上已发表的禽流感病毒不同亚型(16个HA亚型和9个NA亚型)的基因序列,设计合成了25对特异性引物和1对通用引物,然后以各亚型病毒的参考株RNA作为模板,建立扩增不同亚型的多重RT-PCR方法。参考各亚型病毒靶cDNAs区域的保守序列设计了52条亚型特异的探针,进而利用扩增的各亚型病毒的靶cDNAs对其特异性进行评价。在此基础上,将设计好的探针点制到处理好的玻片上,制备了禽流感病毒分型鉴定基因芯片,结合所建立的扩增不同亚型的多重RT-PCR方法,开发了禽流感病毒亚型鉴定基因芯片试剂。利用收集自49个地区的2653份标本对其特异性和敏感性进行了初步评价。【结果】用于评价的各亚型参考毒株均出现良好的特异性杂交信号,检测的敏感度可达2.47PFU/mL或2.5ng靶DNA片段,而且与禽类常见的IBV、NDV等6种病毒均无交叉反应。【结论】证明该病毒分型基因芯片具有良好的特异性、敏感性。 展开更多
关键词 禽流感病毒 分型 基因芯片 杂交 检测
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用基因表达谱芯片研究人正常肝和肝细胞癌中差异表达的基因 被引量:32
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作者 李瑶 裘敏燕 +7 位作者 吴超群 曹跃琼 唐榕 陈沁 石学银 胡志前 谢毅 毛裕民 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2000年第12期1042-1048,共7页
以基因表达谱芯片对人正常肝及肝癌组织基因表达的差异性进行了研究比较。将4096条人cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片;利用肝和肝癌组织的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5 2种荧光分别标记到两种组织的cDNA上,制备成cDNA... 以基因表达谱芯片对人正常肝及肝癌组织基因表达的差异性进行了研究比较。将4096条人cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片;利用肝和肝癌组织的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5 2种荧光分别标记到两种组织的cDNA上,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,重复4次实验,通过计算机数据处理判定基因是否在上述2种组织中有表达差异,筛选出差异表达的基因共903条。基因芯片技术可同时定量研究数以千计的基因表达水平,从而鉴定参与肿瘤发生的基因。 展开更多
关键词 基因 基因芯片 表达谱 肝细胞癌
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心血管相关基因芯片的制备及其在知母皂苷作用机理研究中的应用 被引量:25
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作者 李泽松 李德良 +3 位作者 黄坚 丁雨 马百平 王升启 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第7期496-500,共5页
目的 研究知母皂苷活血化瘀作用的分子机制。方法 制备了包含 87个心血管疾病相关基因探针的寡核苷酸芯片。将 80mg·L- 1 知母皂苷作用 8h及未作用的培养人血管内皮细胞提取总RNA ,通过逆转录分别标记Cy 5和Cy 3荧光染料 ,然后... 目的 研究知母皂苷活血化瘀作用的分子机制。方法 制备了包含 87个心血管疾病相关基因探针的寡核苷酸芯片。将 80mg·L- 1 知母皂苷作用 8h及未作用的培养人血管内皮细胞提取总RNA ,通过逆转录分别标记Cy 5和Cy 3荧光染料 ,然后与芯片杂交 ,检测知母皂苷对血管内皮细胞中心血管疾病相关基因表达的影响。 结果知母皂苷作用于血管内皮细胞后 ,血管紧张素酶原 (AGT)基因、肾上腺素α2A受体 (ADRA2R)基因和内皮素转换酶 1(ECE 1)基因的表达均有不同程度的下调。结论 知母皂苷有调控血管内皮细胞功能的作用 ,可能是其治疗心血管疾病的机制之一。 展开更多
关键词 知母 皂苷 基因芯片 基因表达
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