恒温扩增芯片法在ICU肺部感染患者下呼吸道病原体检测中的应用

目的探讨恒温扩增芯片法在重症监护病房肺部感染患者下呼吸道病原体检测中的应用价值。方法收集2022年1月至2022年7月期间清远市人民医院重症监护室752例患者痰液或肺泡灌洗液标本,同时进行LAMP法和痰培养检测,比较各病原体检出率以及两种方法的一致性。结果恒温扩增芯片法检出576例阳性(76.60%),培养法检出418例阳性(55.59%),恒温扩增芯片法检出率更高,差异具有统计学意义(χ^(2)=74.064,P<0.001)。LAMP法检出率较高的病原体是鲍曼不动杆菌(45.48%),肺炎克雷伯菌(36.97%),铜绿假单胞菌(20.48%),金黄色葡萄球菌(11.84%);培养法检出率较高的病原体与LAMP一致,其检出率分别为23.80%,13.16%,7.98%,2.93%。两种方法对各病原体检出率的比较中,除结核分枝杆菌外,LAMP法对其余九种病原体的检出率均高于培养法,差异有统计学意义(P均<0.05)。两种方法的总体阳性一致性Kappa值为0.242,一致性一般。其中,对结核分枝杆菌的检出一致性较强,Kappa值为0.665;对鲍曼不动杆菌和铜绿假单胞菌检出一致性中等,Kappa值分别为0.551和0.409;对流感嗜血杆菌和嗜麦芽窄食单胞菌检出一致性较差,Kappa值分别为0.079和0.150。结论恒温扩增芯片法较传统培养法,具有操作简便、速度快、阳性率高等优点,可同时检测十三种病原体,对于混合感染和苛养菌的检测效果更好,对于临床早期诊断和精准治疗有着至关重要的作用。

美国《2022年芯片法》与中国的应对

2022年8月9日,美国总统拜登正式签署《2022年芯片法》并开始实施。作为对《2021财年国防授权法案》中芯片激励措施部分的进一步落实,该法共设置了7款规定,大致可以分为产业政策与“毒丸条款”两个部分:前者试图通过巨额财政援助补贴芯片制造企业来重建美国本土的芯片产业链,后者意欲拉拢全球的芯片企业赴美投资,阻遏中国及“其他受关注的国家”在先进芯片技术方面的发展势头。虽然《2022年芯片法》因为种种原因可能无法实现预期目标,但其的确对中国芯片产业发展的外部环境造成不利的影响。为此,中国应当从外交、产业以及知识产权3方面入手,积极应对,为中国芯片产业的突围开辟局面。

微阵列芯片法和多同源基因序列测序在非结核分枝杆菌菌种鉴定中的差异

目的比较微阵列芯片法和多同源基因序列测序在非结核分枝杆菌(NTM)菌种鉴定中的差异,为NTM感染提供精准诊断依据。方法采用罗氏固体培养法复苏天津市海河医院2016—2019年保存的170株NTM菌株,分别采用微阵列芯片法和同源基因序列[16S rRNA、RNA聚合酶亚基B(rpoB)、热休克蛋白65(hsp65)]测序进行鉴定。以多同源序列测序分析结果为参考,分析微阵列芯片法菌种鉴定的准确性。比较2种方法样本周转时间(TAT)的差异。结果微阵列芯片法鉴定出8个NTM菌种,同源序列测序鉴定出14个。微阵列芯片法无法鉴定出缓慢生长群的猿分枝杆菌、慢生黄分枝杆菌、副瘰疬分枝杆菌和快速生长群的龟分枝杆菌、马德里分枝杆菌、母牛分枝杆菌等10个菌种,多同源序列测序可鉴定出全部的菌种。以多同源序列测序分析结果为参考,微阵列芯片法鉴定错误7株,鉴定到复合群的正确率为90.0%(153/170);16S rRNA、rpoB、hsp65单独和3个同源序列联合分析鉴定到复合群的正确率分别为93.5%、98.8%、99.4%和100.0%。对于微阵列芯片法无法区分的53株龟/脓肿分枝杆菌复合群(MABC),3个同源序列联合测序鉴定出6株龟分枝杆菌、25株MABC脓肿亚种、20株MABC马赛亚种和2株MABC bolletii亚种。微阵列芯片法单个样本鉴定TAT为8 h,170株NTM菌株全部鉴定需要2 d;多同源序列测序单个样本鉴定TAT为3 d,170株NTM菌株全部鉴定约需要5 d。结论微阵列芯片技术可快速鉴定临床常见分枝杆菌。多同源基因序列测序不仅可鉴定临床常见分枝杆菌,还可鉴定微阵列芯片法无法鉴定出的菌种和可能鉴定错误的菌种及其亚种,但所需时间较微阵列芯片法长。

环介导恒温扩增芯片法检测下呼吸道感染病原菌的临床应用

目的探讨环介导恒温扩增芯片(loop mediated isothermal amplification,LAMP)法快速检测下呼吸道感染病原菌的临床应用价值。方法收集本院2019年1月至2021年12月下呼吸道感染患者的下呼吸道标本,对同一份样本先进行常规培养再进行LAMP病原菌检测,比较两种方法对下呼吸道感染病原菌的检出率。结果一共收集1612例样本,LAMP对12种病原菌和MecA均有检出,检出阳性665例,其中单一病原菌感染474例,多重感染191例。常规培养法检出阳性310例,其中单一病原菌感染281例,多重感染29例。其中228例为两种方法检出一致,通过Kappa检验分析Pae、Aba基本一致,Kpn、Eco、Sma和Sau中等一致,Spn和Hin一般一致。经分析不同性别不同年龄间下呼吸道感染的病原菌检出率差异有统计学意义(P<0.05)。LAMP和常规培养法同时检出金黄色葡萄球菌29例,比较金黄色葡萄球菌MecA和苯唑西林最小抑菌浓度(MIC)值对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的检出一致性,显示检测结果差异有统计学意义(χ^(2)=9.815,P<0.05)。结论LAMP法较常规培养法可快速检测病原菌且能提高阳性检出率。依据LAMP法的金黄色葡萄球菌和MecA检测结果可早期快速排除MRSA的定植和感染,有助于临床诊治及合理用药。

荧光定量PCR与全自动生物芯片法检测人乳头瘤病毒的一致性研究

背景 人乳头瘤病毒(human papillomaviruses,HPV)分型检测是宫颈癌筛查的重要手段之一,但技术人员短缺及实验室硬件设施不足对其应用造成了不利影响。目的 以荧光定量聚合酶链式反应(PCR)为参考,考察全自动生物芯片法在HPV分型检测中的诊断性能。方法 针对常规进行荧光定量PCR检测的临床样本,每一种型别均采用抽签法进行简单随机抽样,选中的样本使用全自动生物芯片法检测,采用Kappa检验比较两种方法的检测结果是否存在差异。针对不一致结果,通过E6/E7区的扩增产物测序进行确认。结果 从4 589例样本中选择124例,其中HPV阴性50例,HPV阳性74例,按照阳性型别计算共99个测试。按照样本阴性、阳性计算,两种方法的结果完全一致,Kappa值为1.000(P<0.000 1)。按照样本型别计算,全自动生物芯片法的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和总体符合率分别为98.0%、92.6%、96.0%、96.2%和96.1%,Kappa值为0.913(P<0.000 1),提示两种方法的结果一致性良好。两种方法不一致的结果集中在6例阳性样本之中,39型和59型各1例,52型和68型各2例,在重复验证及测序分析中均得到了确认。此外,全自动生物芯片法还发现了18例不被荧光定量PCR方法涵盖的型别,能够为临床治疗提供更丰富的信息。结论 全自动生物芯片法与荧光定量PCR法在HPV的分型检测中具有很好的一致性,对于技术人员短缺及不具备标准PCR实验室的医疗机构,全自动生物芯片法具有良好的应用前景。

抗酸染色法、蛋白芯片法、MGIT液体培养法三种检测技术在肺结核中的诊断效能分析

目的 分析抗酸染色法、蛋白芯片法、分枝杆菌生长指示管(mycobacteria growth indicator tube, MGIT)液体培养法检测技术在肺结核中的诊断价值。方法 选取2019年11月-2021年12月聊城市传染病医院结核科收治的80例疑似肺结核患者,临床症状综合分析和影像学为金标准。分别采用抗酸染色法、蛋白芯片法、MGIT液体培养法对80份痰标本进行检测,分析3种检测方法的诊断效能。结果 经金标准检测后确诊肺结核73例。MGIT液体培养法诊断肺结核的灵敏度、特异性与准确率均高于抗酸染色法,差异有统计学意义(P<0.05);蛋白芯片法诊断肺结核的灵敏度98.63%、特异性100.00%与准确率98.75%均高于抗酸染色法,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 MGIT液体培养法与蛋白芯片法的检测效能较好,实际临床诊断中应当结合患者自身情况,合理选择检测方法,最终提升诊断效能。

用引物延伸芯片法实现对转基因水稻中质粒pCAMBIA1301的检测

生物芯片技术是生物技术和微制造技术的融合, 已广泛用于生命科学的研究及实践、医学科研及临床、药物设计、环境保护、农业、军事等各个领域。而基因芯片是生物芯片中的一种,是指将大量基因探针分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,所以一次可对大量核酸分子进行检测分析,从而解决了传统核酸印迹杂交技术操作复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少、效率低等不足。文章探讨了用基因芯片这一新的检测手段对转基因植物的初步检测,采用一种新的反应机制-引物延伸芯片法(arrayed primer extension),实现了样品扩增和杂交的一步化,而在传统的基因芯片检测中要需要两步来完成,从而为目前基因芯片中大片段样品的检测提供了一种可能性。

蛋白芯片法多肿瘤标志物检测在健康体检人群中肿瘤筛查的意义

目的:探讨蛋白芯片法多肿瘤标志物检测在健康人群中肿瘤筛查的临床意义。方法:应用蛋白芯片法检测7339例健康体检者CEA、AFP、CA125、CA19-9、CK19、SCC、NSE、β-HCG、c-PSA、CA15-3、CA72-4和CA242;异常结果选用电化学发光仪复查,通过病理学和影像学等进一步明确诊断并进行患者随访。结果:7339例体检者中检测出肿瘤标志物异常者601例,阳性率为8.18%,196例单个肿瘤标志物复查阳性为151例,真阳性率为90.44%,其中13例在不同时间经病理学、影像学等检查确定为肿瘤,肿瘤检出率为0.2%。结论:蛋白芯片法检测多肿瘤标志物可以作为健康人群中肿瘤筛查的手段之一,可达到早期发现、早期治疗的目的。

基因芯片法筛选萎缩性胃炎相关的差异表达基因

目的:建立大鼠萎缩性胃炎模型,用高密度基因芯片筛选萎缩性胃炎相关的差异表达基因.方法:采用热盐水、盐水、热水灌胃的方法建立大鼠萎缩性胃炎模型,并设立正常对照组、正常喂养组作为对照.提取标本的总RNA,定量后并反转录成cDNA,萎缩性胃炎标本标记上Cy5,正常对照标本标记上Cy3,与含有8248个大鼠基因的cDNA芯片进行杂交,常规洗片,扫描,分析杂交结果.结果:热盐水组灌胃12wk的大鼠经病理诊断已存在萎缩性胃炎的特征,盐水、热水组灌胃的大鼠在24wk时经病理诊断也存在萎缩性胃炎的特征;热盐水组与正常对照组之间的差异基因共有436个,145个基因在萎缩性病变组织中呈高表达,291个基因在正常组织中呈高表达;热水组与正常对照组之间的差异表达基因共有398个,98个基因在萎缩性病变组织中呈高表达,300个基因在正常组织中呈高表达;热盐水组与盐水组之间差异表达基因共有36个,其中23个在热盐水组中呈高表达,13个基因在盐水对照组中呈高表达.结论:成功地建立了大鼠萎缩性胃炎的模型;筛选出了与热盐水、盐水、热水诱发的萎缩性胃炎发生有关的差异表达基因.

恒温扩增芯片法在ICU肺部感染患者下呼吸道感染病原体检测中的应用价值

目的评价恒温扩增芯片法(IAMP)在重症监护病房(ICU)肺部感染患者下呼吸道感染病原体检测中的应用效果。方法前瞻性收集2018年5月至2020年12月河北医科大学第一医院ICU病房155例肺部感染患者的合格痰标本,用IAMP法进行检测,同时进行细菌培养。比较病原体检出率,并对检测结果进行分析。结果155例痰标本中,IAMP法检出125例阳性标本,阳性率为80.6%。155例痰标本中,痰培养阳性108例,阳性率为69.8%。IAMP法的阳性检出率高于痰培养检出率,差异有统计学意义(P<0.05)。IAMP法对鲍曼不动杆菌(Ab)、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRS)、肺炎克雷伯菌(Kpn)、铜绿假单胞菌(Pae)、金黄色葡萄球菌(Sau)、嗜麦芽窄食单胞菌(Sm)、流感嗜血杆菌(Hi)、肺炎链球菌(Sp)检出率分别为43.2%、32.9%、31.6%、21.3%、20.0%、16.1%、10.3%和9.7%。而痰培养对象以上细菌的检出率分别为39.4%、0%、17.4%、13.5%、14.8%、5.8%、0%和0%。IAMP法的MRS、Kpn、Sm、Hi、Sp阳性检出率显著高于痰培养,差异均有统计学意义(P<0.05),而IAMP法和痰培养的Ab、Pae、Sau阳性检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。IAMP法同时还检测到3例结核分枝杆菌复合群(Mtp)、1例嗜肺军团菌(Lpn)、1例肺炎支原体(Mp)和1例肺炎衣原体(Cpn),痰培养检测出3例奇异变形杆菌(Pmi)。结论IAMP法检测ICU病房肺部感染患者下呼吸道病原体检出阳性率高于痰培养,且检测简便、耗时短,为临床上肺部感染患者诊断提供更为快速且准确的新方法。

悬浮芯片法调查广州腹泻病原体分布及临床特征分析

目的:了解引起腹泻病原体种类随季节、年龄的分布,病原体种类与症状、实验检查结果的关系。方法:收集2014-2015年腹泻者粪便326例,使用液相悬浮芯片法检测15种病原体。结果:诺如病毒GⅠ/GⅡ型(15.6%,51/326)、A组轮状病毒(14.4%,47/326)和弯曲菌(12.6%,41/326)检出最多。寄生虫20例(6.13%),合并感染51例(15.6%)。秋冬季以A组轮状病毒(13.2%,43/326)、诺如病毒GⅡ型(9.8%,32/326)、弯曲菌(9.5%,31/326)为主。儿童(<14岁)A组轮状病毒(11.9%,39/326)常见,病原检出率较成人高。病毒与细菌感染引起隐血(P<0.001)、白细胞升高(P<0.001)、呕吐(P<0.01)比率有差异。结论:研究提供了腹泻病原体种类随季节、年龄分布的情况;细菌性与病毒性腹泻临床表现和实验检查有差异。

微流控芯片法在非洲猪瘟病毒核酸快速检测中的性能分析

为评估微流控芯片法在非洲猪瘟病毒(ASFV)核酸快速检测中的各项性能,验证该方法的敏感性、特异性、重复性和临床效果,本研究将ASFV VP72质粒标准物质、猪瘟病毒(CSFV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和伪狂犬病病毒(PRV)培养物各1份以及临床样本43份进行核酸提取,用ASFV微流控芯片快速检测试剂盒进行测试研究,并与市场上某品牌ASFV荧光定量PCR检测试剂盒进行比对。结果表明:微流控芯片法可以在15~30 min内,实现2.5 copies/μL的最低检出限,与荧光定量PCR具有相同的敏感性和重复性;同时该方法对CSFV、PEDV、TGEV、PCV2和PRV病毒培养物均无交叉反应,特异性良好;通过对43份临床样本测试显示,微流控芯片法与荧光定量PCR的临床符合率为97.67%(42/43)。研究表明,微流控芯片法在ASFV核酸检测上性能良好。

基因芯片法监测粤东地区妇女人乳头瘤病毒

目的:调查分析粤东地区妇女HPV感染率及其亚型的分布,有利于建立和完善粤东地区妇女的HPV监测体系。方法:采用凯普的基因芯片导流杂交HPV DNA基因分型检测法和亚能生物HPV基因分型检测法,本文共检测3304例标本,其中汕头市中心医院对2122例样本进行21种HPV亚型(凯普)的检测与分析,附二院对1182例(包括肿瘤医院28例)样本进行23种HPV亚型(亚能)的检测与分析。结果:中心医院2122例受检者HPV阳性例数为523例,总阳性率为24.7%,高危型感染的主要型别是HPV16、HPV52、HPV58;附二院1182例受检者HPV阳性例数为351例,总阳性率为29.7%,高危型感染的主要型别是HPV52、HPV16、HPV58。结论:粤东地区妇女HPV有较高的感染率,高危型感染的主要型别是HPV16、HPV52、HPV58;感染率分别为23.5%、21.5%1、3.5%。

多重PCR与恒温扩增芯片法在呼吸道病原体中的检测价值

目的评估多重荧光定量PCR法在呼吸道病原体(包括铜绿假单胞菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、结核分枝杆菌、流感嗜血杆菌)检测中的价值。方法以恒温芯片法为参照检测方法,通过检测呼吸道病原体标准菌株以及临床样本,比较多重荧光定量PCR法和恒温芯片法的检出率。结果与恒温芯片法相比多重荧光定量PCR法具有很高的特异性与一致性且呼吸道病原体的检出率差异无统计学意义(χ^(2)=0.410,P=0.522)。同时对单一病原体的检出率显示,两种检测方法的检出率差异无统计学意义(P>0.05),一致性分析(Kappa值)显示两种检测方法具有高度一致性(Kappa>0.75)。结论多重荧光定量PCR法与恒温芯片法相比具有高度一致性,在呼吸道病原体检测中具有良好的应用价值。

脑膜炎患者脑脊液中基因芯片法鉴定出金色分枝杆菌1例报告

临床上不少非结核分枝杆菌病被漏诊或误诊为结核病，脑脊液中检出非结核分枝杆菌非常少见。我院分枝杆菌菌种鉴定基因芯片检测系统通过借助核酸分子杂交配对的特性对DNA样品的序列信息进行高效的解读和分析，可以对目前国内发病率较高的17种分枝杆菌进行菌种鉴定，具有较好的临床辅助意义。现报告1例经基因芯片法检测脑脊液得以确诊的病例，供参考。

恒温扩增芯片法在下呼吸道感染病原体检测中的应用

目的评价恒温扩增芯片法在下呼吸道感染病原体检测中的应用价值。方法选取四川大学华西医院2021年1—6月下呼吸道疑似感染患者1432例作为研究对象,采用恒温扩增芯片法检测感染病原体阳性率并与细菌传统培养法检测结果进行比较分析。结果研究对象采用恒温扩增芯片法检测出阳性例数为597例(阳性率为41.7%),采用细菌传统培养法检测出阳性例数为530例(阳性率为37.0%)。两种方法对铜绿假单胞菌检测一致性高(Kappa≥0.75),对流感嗜血杆菌、大肠埃希菌、肺炎链球菌及嗜麦芽窄食单胞菌检测一致性低(Kappa<0.40)。恒温扩增芯片法对鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌及金黄色葡萄球菌等病原体的混合阳性率高于细菌传统培养法,差异有统计学意义(P<0.05)。结论恒温扩增芯片法检测下呼吸道感染病原体的阳性率高于细菌传统培养法检测的阳性率,有利于快速找到下呼吸道感染的真正病原体。

实时荧光定量PCR法与基因芯片法检测HPV的比较

目的比较基于PCR的基因芯片方法和实时荧光定量PCR方法检测女性子宫颈脱落细胞HPV DNA的相关性。方法收集2050份样本采用基因芯片法和实时荧光定量PCR方法进行比对试验,两者结果不符的进行测序验证,并对检测结果进行一致率及阳性率统计分析。结果两种方法总一致率、阳性一致率及阴性一致率都在95.0%以上;荧光定量PCR法检测HPV16阳性率50.0%,HPV18阳性率13.9%。结论两种方法检测的一致性良好,本实验中所使用的新型12+2高危型人乳头状瘤病毒核酸检测试剂盒适合应用于育龄期妇女的宫颈癌筛查及随访。

芯片法和飞行时间质谱法在非综合征性耳聋基因筛查中的应用比较

目的通过对比芯片法和飞行时间质谱法在非综合征性耳聋基因筛查中的优劣,为非综合征性耳聋筛查方法的选择提供依据。方法应用芯片法和飞行时间质谱法对710例研究对象(儿童、成年人及胎儿)进行耳聋基因筛查。结果芯片法检出异常37例,其中杂合突变25例,纯合/同质突变11例;飞行时间质谱法检出异常45例,其中杂合突变32例,纯合/同质突变11例。两种方法 GJB2的检出率均为3.24%,在所有基因中检出率最高,其次为SLC26A4。两种方法的检测结果比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论耳聋基因检测应用于疾病筛查,可早期发现疾病、明确病因,通过早期干预延缓疾病进程;芯片法和飞行时间质谱法各有其优缺点,医疗或研究机构可根据自身条件选择合适的筛查方法。

DNA微阵列芯片法与直接测序法检测CYP2C19基因型的比较研究

目的用DNA微阵列芯片法和直接测序法两种方法检测氯吡格雷相关基因CYP2C19的突变情况，并进行比较分析。同时将基因型检测结果与临床资料进行分析，初步探讨CYP2C19基因型检测在氯吡格雷用药治疗中的临床意义。方法收集180例诊断为急性冠脉综合症并首次接受经皮冠状动脉介入治疗术（PCI）的全血标本。其中90例患者术后服用氯吡格雷之前，采用DNA微阵列芯片法和DNA直接测序法检测CYP2C19突变位点，确定其基因型。另外90例对照组患者使用氯吡格雷药物但不检测CYP2C19基因型。分析两组患者随访过程中发生冠脉血栓事件的差异。结果①两种检测方法准确度比较：在试验组90例患者中，DNA微阵列芯片法和DNA测序法均检出4种基因型组合：＊1／＊1（636GG，681GG），＊1／＊2（636GG，681GA），＊2／＊2（636GG，681AA）和＊1／＊3（636GA，681GG），分布频率分别为44例（48．9％），36例（40％），5例（5．6％）和5例（5．6％），而＊3／＊3（636AA，681GG）和＊2／＊3（636GA，681GA）未检测到。两种方法的准确度完全一致。②将检测结果与临床资料进行相关性分析：经CYP2C19基因型指导氯吡格雷用药的患者发生支架冠脉血栓事件的比例（0％）明显低于对照组（3．33％，P〈0．05）。结论①DNA微阵列芯片法灵敏度和准确度与DNA直接测序法（金标准方法）检测相符率为100％。②DNA微阵列芯片法是一种快速、准确发现CYP2C19突变位点，鉴别cYP2C19基因型的检测方法。③检测结果与临床相关性分析结果显示基因型指导氯吡格雷用药有助于患者用药剂量的调整，或选用其它抗凝血药物，从而可降低冠脉血栓事件的发生率。