为了比较三亚西瑁岛优势种花环肉芝软珊瑚(Sarcophyton ehrenbergi)与短指软珊瑚(Sinularia ceramensis Verseveldt)转录组的数据,以高通量测序技术对2种软珊瑚进行转录组测序分析.利用Trinity软件对所有reads从头组装后,得到130587条...为了比较三亚西瑁岛优势种花环肉芝软珊瑚(Sarcophyton ehrenbergi)与短指软珊瑚(Sinularia ceramensis Verseveldt)转录组的数据,以高通量测序技术对2种软珊瑚进行转录组测序分析.利用Trinity软件对所有reads从头组装后,得到130587条单基因簇(Unigenes).通过Blast比对SwissProt和Hmmscan搜索Pfam蛋白同源序列,共得到86002条编码蛋白框(CDS).与Nr(Non-redundant,非冗余)、KOG(Clusters of orthologous groups for eukaryotic complete genomes,真核生物蛋白相邻类的聚簇)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)、Swissprot 4大数据库比对,共获得74970条注释基因,占总Unigene数的57.41%.2种不同珊瑚在相同环境中基因表达存在差异,短指珊瑚冠部Unigene数目远大于其茎部基因数,差异明显.花环肉芝软珊瑚GC含量都略大于短指珊瑚.在KEGG功能分类比对中,花环肉芝软珊瑚与短指珊瑚转录组中信号传导功能基因包含的Unigene数目最多,为8232条,包含次级代谢产物生物合成功能的Unigene数最少,仅有45条.本研究丰富了南海软珊瑚转录组数据库.展开更多
文摘为了比较三亚西瑁岛优势种花环肉芝软珊瑚(Sarcophyton ehrenbergi)与短指软珊瑚(Sinularia ceramensis Verseveldt)转录组的数据,以高通量测序技术对2种软珊瑚进行转录组测序分析.利用Trinity软件对所有reads从头组装后,得到130587条单基因簇(Unigenes).通过Blast比对SwissProt和Hmmscan搜索Pfam蛋白同源序列,共得到86002条编码蛋白框(CDS).与Nr(Non-redundant,非冗余)、KOG(Clusters of orthologous groups for eukaryotic complete genomes,真核生物蛋白相邻类的聚簇)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)、Swissprot 4大数据库比对,共获得74970条注释基因,占总Unigene数的57.41%.2种不同珊瑚在相同环境中基因表达存在差异,短指珊瑚冠部Unigene数目远大于其茎部基因数,差异明显.花环肉芝软珊瑚GC含量都略大于短指珊瑚.在KEGG功能分类比对中,花环肉芝软珊瑚与短指珊瑚转录组中信号传导功能基因包含的Unigene数目最多,为8232条,包含次级代谢产物生物合成功能的Unigene数最少,仅有45条.本研究丰富了南海软珊瑚转录组数据库.
