基于小RNA深度测序技术的苜蓿病毒病鉴定与分析

紫花苜蓿是一种重要的牧草,然而紫花苜蓿病毒病的侵染严重影响其品质。本研究通过小RNA深度测序技术和RT-PCR/PCR的方法对采自山西农业大学植物园中表现花叶、皱缩、卷曲的紫花苜蓿样品进行病毒病原的鉴定,结果表明病样被苜蓿花叶病毒(AMV)、豌豆线条病毒(PeSV)、苜蓿矮化病毒(ADV)和苜蓿卷叶病毒(ALCV)4种病毒复合侵染。PCR扩增获得了ALCV山西太谷紫花苜蓿分离物SXTG(OP748371)的全基因组序列,分析表明该分离物与ALCV阿根廷紫花苜蓿分离物Colonia Dora(MG792026)的序列相似性最高,达到97.34%。对扩增获得的AMV CP基因(OP748369)核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行序列比对分析显示,AMV山西太谷紫花苜蓿分离物SX与阿根廷紫花苜蓿AMV分离物ACat(MW835977)相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别为99.24%和99.54%。同样将扩增获得的ADV CP基因序列上传至GenBank获得登录号OP957285,命名为ADV山西太谷紫花苜蓿分离物(SXJZ),通过序列分析表明该分离物与ADV分离物N1(MZ221810)亲缘关系最近,氨基酸序列相似性达到99.43%。进一步对扩增获得的PeSV CP基因编码的氨基酸(OQ108501)进行序列比对分析显示,PeSV山西紫花苜蓿分离物(SXJZ)与其他PeSV分离物CP基因编码的氨基酸相似性达到100%。这是首次从种植于山西的紫花苜蓿上检测到ALCV、ADV、AMV和PeSV的复合侵染,该研究结果有助于深入了解侵染紫花苜蓿的病毒病分子进化,为病毒病的防控提供一定的理论依据。