三维原子场作用全息矢量用于二氢叶酸还原酶抑制剂及苦味二肽QSAR研究

将三维原子场作用全息矢量用于表征68个二氢叶酸还原酶抑制剂和48个苦味二肽结构,分别以多元线性回归和偏最小二乘建模,取得优良结果.对前者建模得复相关系数Rm2m=0.893,交互检验相关系数RC2V=0.853,对后者建模得Rm2m=0.936,RC2V=0.849.结果表明3D-HoVAIF能够较好表征两类分子结构,具有物化意义明确及结果易解释特点,值得进一步应用推广.

三维全息原子场作用矢量用于苦味二肽QSAR研究

本文利用三维全息原子场作用矢量(3D-Ho VAIF)对苦味二肽分子结构进行表征,并利用逐步回归结合多元线性回归建立苦味二肽定量构效关系模型,同时采用内外部双重验证的方法检验模型的稳定性.所建模型相关统计参量如下:复相关系数(R_(cum)~2)、留一法(LOO)交互验证相关系数(R_(cv)~2)、外部样本验证相关系数(Q_(ext)~2)和均方根误差(RMSE)分别为0.983、0.934、0.876和0.145.结果表明,3D-VAIF能较好地表征苦味二肽结构,优于传统的氨基酸描述子.为强活性肽类药物分子设计和改造提供指导.

虚拟原子探针随机采样法用于氨基酸结构描述及其构效关系研究

考虑药物与蛋白质受体的3类非键作用模式,利用8类虚拟原子探针和MonteCarlo随机采样技术,得到了一套新的氨基酸侧链表面静电、立体及疏水势能场(ASSPF)参数.在此基础上对苦味二肽和血管舒缓激五肽进行了结构表征和QSAR研究,所建模型复相关系数R2和留一法交互检验复相关系数Q2LOOCV分别为0·8457,0·851和0·7688,0·7952,同时分析了肽链不同位置上氨基酸侧链对活性的影响,取得较好的结果.

寡肽结构参数化及定量构效关系研究

从肽链的一级结构出发,基于分子中原子间距离及各原子的电负性,构建了能描述二肽与多肽分子的结构参数分子电负性边数矢量,简称分子电边矢量.据此,对58个血管紧张素转化酶抑制剂(二肽)及48个苦味二肽已知活性进行了定量结构活性相关研究,为考察分子电边矢量的实用性,还对血管舒缓激肽增效剂(五肽)已知活性进行了研究.结果表明:与其它表达方法相比,本研究的分子电边矢量具有计算简便,活性相关性好的特点,可望在生物分子的结构表征及活性预测方面有所作为.