苹果Mdtcr6反转录转座子基因的序列分析研究

通过同源搜索和多重比对进行基因结构解析和特征序列查询,结果表明:苹果Mdtcr6序列具有典型的Ty1-copia组反转录转座子的结构特征。调控元件查找表明,Mdtcr6反转录转座子的3′端LTR序列包含多种逆境响应元件和激素应答元件,既包括对水分胁迫调控、赤霉素响应反式、光诱导、光响应、早期水分胁迫响应因子、赤霉素、水杨酸等单一因素响应的顺式作用元件,也包括对激素和逆境胁迫应答的整合顺式作用元件。

苹果反转录转座子Mdtcr5序列分析研究

该研究利用苹果反转录转座子Mdtcr5反转录序列为材料,在线通过BLASTn、BLASTx、DNAMAN软件、Clustal X1.8、Gene Doc和PLACE数据库进行分析,结果表明:Mdtcr5是典型的Ty1-copia组反转录转座子基因结构,其POL基因编码的蛋白按PR-INT-RT-RNase H顺序排列;Mdtcr5具有Ty1-copia组反转录转座子不同区域的特征基序,包括GAG区域的C-C-H-C基序、PR区域的D(T/S)G位点等;调控元件查找表明,从苹果基因组中分离的这个Ty1-copia组反转录转座子的3′端LTR序列包含多种逆境响应元件和激素应答元件,并且Mdtcr5序列在开放读码框(ORF)的完整性、LTR序列大小及结构上存在异质性。