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基于CHARMM力场的蛋白质分子场计算及触觉感知 被引量:3
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作者 汪莉 万华根 彭群生 《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2009年第7期886-892,共7页
分子场是研究分子结构与功能的重要工具之一,已经成为药物设计和分子对接的常规方法.由于触觉设备能提供丰富的感官信息,近年来触觉交互正逐渐成为该领域的研究热点.文中研究了蛋白质分子场的触觉感知.首先从蛋白质分子结构出发,基于CHA... 分子场是研究分子结构与功能的重要工具之一,已经成为药物设计和分子对接的常规方法.由于触觉设备能提供丰富的感官信息,近年来触觉交互正逐渐成为该领域的研究热点.文中研究了蛋白质分子场的触觉感知.首先从蛋白质分子结构出发,基于CHARMM力场,经过分子动力学模拟采样计算得到蛋白质分子场;然后结合触觉设备建立触觉感知模型,通过视觉与触觉相结合的方式分析分子场能量分布以丰富分子场的感知信息;最后绘制触觉场景并给用户提供相关的视觉和触觉反馈.实验结果表明,文中提出的分子场计算方法鲁棒,且触觉系统能保持较好的稳定性. 展开更多
关键词 分子场 触觉 力反馈 静电势能 范德华势能 分子对接 药物设计
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基于分子力学的蛋白质分子场可视化
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作者 汪莉 万华根 彭群生 《中国图象图形学报》 CSCD 北大核心 2010年第3期530-535,共6页
分子场是研究分子结构与功能的重要工具之一,已经成为药物设计和分子对接的常规方法。分子间作用力分布在3维空间,现有的蛋白质显示方法,如范德华表面,分子表面,球棍模型等,都难以对分子间作用力进行空间可视化分析。分子间各种相互作用... 分子场是研究分子结构与功能的重要工具之一,已经成为药物设计和分子对接的常规方法。分子间作用力分布在3维空间,现有的蛋白质显示方法,如范德华表面,分子表面,球棍模型等,都难以对分子间作用力进行空间可视化分析。分子间各种相互作用中,静电力和范德华力在许多生物过程中都扮演着重要的角色,对蛋白质静电相互作用和范德华相互作用的正确计算模拟有着重要的理论和实践意义。分子场的计算分析从蛋白质分子结构出发,先经过分子模拟采样计算得到分子场,再对分子场进行可视化分析,提出针对分子场特点的分步式传输函数设计法,直观地反映了分子场在空间的分布,对于分析蛋白质结构功能、了解分子间相互作用机理以及进行药物设计和分子对接都有重要作用。 展开更多
关键词 体绘制 分子场 静电势能 范德华势能 药物设计 分子对接 蛋白质
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Ring Polymer Molecular Dynamics of the C(^(1)D)+H_(2) Reaction on the Most Recent Potential Energy Surfaces
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作者 Jianwei Cao Yanan Wu Wensheng Bian 《Chinese Journal of Chemical Physics》 SCIE CAS CSCD 2021年第6期833-842,I0003,I0004,共12页
Ring polymer molecular dynamics(RPMD)calculations for the C(^(1)D)+H_(2)reaction are performed on the Zhang-Ma-Bian ab initio potential energy surfaces(PESs)recently constructed by our group,which are unique in very g... Ring polymer molecular dynamics(RPMD)calculations for the C(^(1)D)+H_(2)reaction are performed on the Zhang-Ma-Bian ab initio potential energy surfaces(PESs)recently constructed by our group,which are unique in very good descriptions of the regions around conical intersections and of van der Waals(vdW)interactions.The calculated reaction thermal rate coefficients are in very good agreement with the latest experimental results.The rate coefficients obtained from the ground˜a^(1)A′ZMB-a PES are much larger than those from the previous RKHS PES,which can be attributed to that the vdW saddles on our PESs have very different dynamical effects from the vdW wells on the previous PESs,indicating that the RPMD approach is able to include dynamical effects of the topological structures caused by vdW interactions.The importance of the excited˜b^(1)A′′ZMB-b PES and quantum effects in the title reaction is also underscored. 展开更多
关键词 Rate coefficients Ring polymer molecular dynamics Complex-forming reactions Potential energy surfaces van der Waals interactions
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