茉莉花ISSR-PCR反应体系的建立

以茉莉花为材料，研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对茉莉花ISSR扩增结果的影响。结果表明：在20μL的反应体中，Mg^2＋的用量为1．2～1．6mmol／L，dNTPs浓度为0．15mmol／L，引物的浓度为0．5μmol／L，TaqDNA聚合酶的用量为1U，模板DNA的用量为40-70ng，在48-50℃的退火温度下40个循环，能得到清晰、多态性高的ISSR带谱。

杏ISSR反应体系的优化和指纹图谱的构建

以杏品种清密沙为试材,用引物UBC825〔序列为(AC)8T〕研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对杏ISSR扩增结果的影响。结果表明:Primer、Mg2+、Taq酶浓度对扩增效果有明显影响,而模板DNA和dNTPs含量对扩增结果影响不大。优化的反应体系为:20μL的反应体系中含10ng模板DNA、0.1mmol/LdNTP、0.25μmol/LPrimer、2.5mmol/LMg2+,0.5UTaqPolymerase。适宜退火温度为50-52.1℃。用引物UBC825和UBC868〔序列为(GAA)5〕在优化的反应条件下建立了5个种12份杏材料的ISSR指纹图谱。

杨树ISSR反应体系的建立及正交设计优化

采用正交设计的方法,对杨树ISSR-PCR反应中5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物)在4个水平上进行优化试验。建立了适合杨树的既稳定又能扩出最多数量谱带的ISSR-PCR最佳反应体系,即25μl的反应体系中含有1×buffer,0.12mmol/L dNTP,0.4μmol/L引物,3.5 mmol/L Mg2+,1.5UTaqDNA聚合酶和40ng模板DNA。对杨树ISSR-PCR最佳反应体系的退火温度进行梯度试验,发现引物W95142的最适退火温度为56.1℃,且最适退火温度因引物而异。这一优化的ISSR-PCR反应体系的建立为今后利用ISSR技术进行杨树种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位奠定了技术基础。

芒果DNA提取方法比较及ISSR反应体系的优化

为从芒果幼叶中提取高质量的核总DNA,比较了5种DNA提取方法提取芒果叶片核DNA的效果,结果表明:改良CTAB法1提取的DNA A260/A280值最好,ISSR-PCR扩增效果最佳,是有效提取芒果基因组DNA的方法。为得到最佳的芒果ISSR-PCR反应体系,以(ATG)6为引物,采用单因素实验法,优化了ISSR-PCR反应体系:在总体积25μl的反应体系中,含1×反应缓冲液,0.20mmol.L-1dNTPs,0.20μmol.L-1引物,0.60 UTaqDNA聚合酶,30-50 ng DNA模板,不足体积用无菌超纯水补足。

枇杷属植物ISSR反应体系的建立和优化

首次通过正交实验,对影响枇杷属植物ISSR反应较大的Mg2+、Taq酶、dNTPs、引物、模板DNA浓度进行筛选,并对扩增反应程序进行优化。优化后的反应体系为:25μL反应体系中,含10×buffer2.5μL,Mg2+浓度2.0mmol·L-1,Taq酶1.5U,引物0.3μmol·L-1,模板DNA60ng,dNTPs0.15mmol·L-1。反应程序为94℃预变性5mim;94℃变性1mim,退火温度70s,72℃延伸1.5mim,40次循环;72℃延伸7mim,4℃保存。

白桦ISSR-PCR反应体系的优化

以白桦基因组DNA为模板,研究了ISSR的影响因素,建立一套适宜于白桦的ISSR优化反应体系及程序.即20μL反应体系中,Mg2+浓度范围为0.5～3.0 mmol·L-1,dNTPs浓度范围为0.10～0.30 mmol·L-1,Taq聚合酶浓度范围为1.0～2.0 U,模板DNA浓度为30～120 ng,同时含有RNA的模板DNA对ISSR扩增也略有影响,引物浓度范围为0.2～0.4 μmmol·L-1.通过梯度PCR测验,确定了适宜的退火温度为49℃.反应程序为:第一个循环基因组DNA经94℃预变性5 min;30个循环为94℃变性30 s,49℃退火30 s,72℃延伸30 s;最后一个循环完成后,在72℃延伸7min.

枣树ISSR反应体系的建立及优化

为建立枣树适宜的ISSR反应体系,以枣树叶片为材料,对ISSR反应体系中的主要影响因子进行了优化。研究了引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶及退火温度对扩增的影响。结果表明,在25μLISSR体系中各组分的适宜的浓度为:1×PCR buffer,375μmol/LdNTP,0.2μmol/L引物,1.5 UTaqDNA聚合酶。不同引物间适宜的退火温度不同。应用该ISSR体系对10个不同品种的枣材料进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性。

泽泻ISSR反应体系的建立与优化

以四川泽泻为实验试材，采用改进的CTAB法提取了泽泻的高质量总DNA模板，克服了泽泻中所富含的酚类物质的影响．对泽泻ISSR反应体系中各个主要影响因子进行了优化和筛选，建立了标记位点清晰、稳定、重复性好、可用于泽泻ISSR-PCR分析的最适反应体系，它们是：25μLPCR反应体系中，10×Taq酶配套缓冲液，IUTaqDNA聚合酶，1．8～2．0mmol／L MgCl2，100μmol／LdNTP，0．3μmol／L引物，DNA模板约10-20ng，退火温度在52-60％；

燕麦ISSR反应体系的建立与优化

以10个燕麦品种的基因组DNA为模板,从退火温度、TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTP、引物5个方面对ISSR分子标记体系进行摸索并设计优化试验,建立了一套燕麦ISSR优化反应体系,即:25μl反应体系中,18.3μlddH2O,2.5μl 10×buffer,2.0μmol/L Mg2+,250μmol/L dNTP,1.5 U Taq DNA聚合酶,0.3μmol/L引物,10ng DNA模板。反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性30s,55℃退火30s,72℃延伸1 min,34个循环;72℃延伸5 min,4℃保存。

罗汉果ISSR-PCR反应体系的建立

以罗汉果 ( Siraitia grosvenorii) DNA为材料 ,分析了模板 DNA,Mg2 + ,d NTPs,引物的浓度 ,Taq DNA聚合酶的用量以及循环次数对 ISSR-PCR扩增结果的影响 ,确立了稳定的、可重复的罗汉果 ISSR最佳反应体系和 PCR扩增参数 :在 2 5μL的 PCR反应体系中 ,含 2 0～ 5 0 ng模板 DNA,1 U Taq酶 ,1× PCR缓冲液 ,2 .0 mmol/L Mg Cl2 ,4种 d NTPs各 2 0 0 μmol/L,0 .5 μmol/L引物 ;PCR扩增程序为 94°C预变性 3 min,接着进行 40个循环 :94°C变性 1 min,5 2°C退火 5 0 s,72°C延伸 2 min,循环结束后 72°C延伸 7min.

正交设计优化果梅ISSR反应体系

以果梅（Prunus mume Sieb．et Zucc．）品种鸳鸯梅为试材，采用改良的CTAB法提取果梅嫩叶DNA，利用正交设计L16（4^5）探讨Mg^2＋、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量对果梅ISSR—PCR反应的影响，正交试验的结果采用直观分析和方差分析相结合。建立了果梅的ISSR—PCR优化反应体系，在20μL反应体系中含2μL 10×Buffer，2．5mmol·L^-2 Mg^2＋，0．2mmol·L^-1 dNTPs，0．32μmol·L^-1引物，20—80ng模板DNA，0．75U Taq DNA聚合酶。在此基础上探讨了引物UBC840的最适退火温度、最佳循环次数及延伸时间，引物UBC840的最适退火温度为50．6℃。应用该优化反应体系，用2个不同引物对19份果梅资源DNA进行ISSR—PCR扩增，结果显示优化的反应体系具有较高的稳定性。

濒危植物珙桐ISSR-PCR反应体系的建立

以珙桐叶片为材料,通过单因子试验分别研究了退火温度、TaqDNA聚合酶用量、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度和模板DNA浓度对ISSR-PCR反应的影响,建立了适宜于珙桐ISSR分析的扩增体系,即25μl的反应体系中:模板DNA20 ng,Mg2+1.5 mmol/L,引物0.6μmol/L,dNTP 0.20 mmol/L,TaqDNA聚合酶1.5 U。

用正交设计法优化辣椒ISSR-PCR反应体系

采用正交设计L16(45)对辣椒ISSR-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物浓度)在4水平上进行优化试验。结果表明,最佳反应体系为:在25μl总反应体系中,含1×PCR缓冲液、2.0 mmol Mg2+、1.5 unitTaqDNA聚合酶、0.25 mmoldNTP、0.48μmol引物、120 ng模扳DNA。扩增程序为:95℃预变性5 min;94℃变性45 s,51℃退火1 min,72℃延伸2min,进行38个循环;最后72℃延伸10 min。新优化的辣椒ISSR-PCR反应体系和程序有很好的重复性和稳定性。此研究为今后利用ISSR技术对辣椒进行种质资源分类、遗传图谱构建和基因定位提供了一个较理想的应用方案。

正交设计优化芥菜ISSR反应体系研究

利用正交实验设计,对芥菜ISSR-PCR反应的5因素4个水平进行研究,建立了芥菜ISSR-PCR反应的最佳体系,即在25μL反应体系中,模板DNA40 ng,引物10 pmol,10×反应缓冲液,dNTPs为0.5 m mol/L,TaqDNA聚合酶1 U,Mg2+2.0 m mol/L.并进一步进行梯度退火实验,找到了芥菜ISSR最适的退火温度为51℃.

大果油茶基因组DNA提取及ISSR反应体系建立(英文)

【目的】建立大果油茶的ISSR-PCR适宜扩增反应体系和程序,为其深入研究奠定基础。【方法】以大果油茶嫩叶片为供试材料,采用改良的SDS法提取其基因组DNA,并对其ISSR反应体系条件进行筛选及优化。【结果】提取的基因组DNA纯度和完整性较好,OD260/OD280值在1.8～2.0之间,DNA无降解现象,完全可以满足ISSR-PCR扩增要求。在25.0μLISSR-PCR反应体系中,各组分的适宜浓度配比为:40ng/μL模板DNA1.0μL、2.5mmol/LdNTPs2.0μL、5U/μLTaqDNA聚合酶0.2μL、10μmol/L引物1.0μL、10×PCR Buffer2.5μL(含有Mg2+),加ddH2O至25.0μL。PCR反应程序为:94℃预变性5min;94℃变性40s,52℃和53℃退火40s,72℃延伸90s,40个循环;最后72℃延伸7min。由此可获得带型丰富和清晰可辨的DNA指纹图谱。【结论】建立的ISSR-PCR反应体系可用于研究大果油茶遗传变异和多样性。

党参基因组DNA提取、ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

对党参基因组DNA提取方法优化、ISSR体系形成及引物筛选三方面进行探讨,为研究党参居群遗传多样性及药材DNA鉴定奠定基础。经比较改良CTAB法、改进的高盐SDS法和试剂盒三种常用DNA提取方法,发现改良CTAB法效果最佳;利用优化设计并结合有关文献优化ISSR反应体系,最优反应体系为:50μL总反应体积中含约20ng DNA模板,1.25UTaq DNA聚合酶,2.25mmol.L-1Mg2+,200μmol.L-1dNTP,0.50μmol.L-1引物。以此体系为基础进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出13条扩增条带清晰、多态性较高、重复性好的引物。

大血藤ISSR-PCR反应体系的建立

采用改进的SDS法抽提大血藤基因组DNA,分析了镁离子、dNTP、模板DNA含量、引物浓度、Taq DNA聚合酶量和BSA浓度对大血藤ISSR-PCR扩增结果的影响,建立了稳定的、可重复的大血藤ISSR最佳反应体系:10μL PCR反应体积中,4×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris-HC l,pH9.0,50 mmol/L KC l,1 g/LTriton X-100),0.5U Taq DNA聚合酶,2 mmol/L MgC l2,0.1 mmol/L dNTP,12 pmol引物,10 ng模板DNA,2 mg/mL牛血清白蛋白。大血藤的最适退火温度为52.4℃。

正交设计优化扁蓿豆ISSR反应体系的研究(英文)

以扁蓿豆(Medicago ruthenica)为试材,采用改良的CTAB法提取DNA,利用正交设计L16(45)探讨10×PCRBuffer(含Mg2+)、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量对扁蓿豆ISSR-PCR反应的影响,正交试验的结果采用直观分析和方差分析相结合。建立了扁蓿豆的ISSR-PCR优化反应体系,在25μL反应体系中,TaqDNA聚合酶1.5U,10×PCR Buffer(含Mg2+)2.0 mmol/L,模板DNA0.5 ng/μL,dNTPs 0.6 mmol/L,引物0.9μmol/L。同时探讨引物HZD09211的最适退火温度为52.3℃。2个不同引物对20份扁蓿豆材料DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示该体系具有较高的稳定性。

果梅ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以果梅品种桃梅为试材，通过单因子试验分别研究了DNA模板浓度、引物浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、退火温度及循环数等对果梅ISSR-PCR反应的影响．建立了果梅ISSR-PCR的最佳反应体系：20μL反应体系中含10×buffer2μL，2．5mmol／LMgCl2，0．2mmol／LdNTPs，0．32μmol／L引物，20～80ng模板DNA，1UTaq DNA聚合酶．利用优化的反应体系，对19个果梅品种进行体系稳定性检测，结果表明该反应体系的重复性和稳定性良好．

月季ISSR反应体系的优化

以萨曼莎月季为材料,对影响ISSR-PCR扩增的主要影响因子进行了优化,建立了适于月季的ISSR反应体系:25μl反应体积中,1×Buffer、1.5 mmol/L Mg2+、1 U Taq DNA聚合酶、0.6μmol/L引物、0.48 mmol/LdNTPs、20 ng模板DNA;并将该优化体系应用于其他5个ISSR引物和6个月季品种,证实了该体系的适用性和稳定性。