利用基因芯片分析小麦茎秆伸长过程中的基因表达谱

为研究小麦茎秆伸长过程中的分子调控机制,以郑麦9023为材料,采用Affymetrix小麦基因芯片比较了小麦茎秆拔节前期及后期基部茎节组织的基因表达谱。通过对拔节后期和前期的数据比较,以共同上调表达2倍以上的基因为标准,找出了参与小麦茎秆伸长调控的候选基因172个(172个探针组);利用Affymetrix的NetAffx Analysis Center查询和NCBI的BLASTx分析,其中有29个基因已注释了功能;利用MIPS数据库将注释基因分为6类,包括转录、糖代谢、细胞组分生成、植物光合作用、病程相关蛋白基因及钙离子结合蛋白。

甘蓝型油菜矮化突变体的茎秆发育转录组分析

甘蓝型油菜矮化突变体"NDF-1"是从高秆油菜"3529"理化诱变群体中分离的矮化突变体,它的株高只有高秆亲本的1/3,是一个优良的甘蓝型油菜矮化资源.本文应用RNA-Seq测序技术分析了"NDF-1"茎开始伸长的抽薹期和花期转录组,为深入了解油菜茎秆发育机理提供基因组层面的参考.抽薹期和花期的测序数据通过筛选得到了4.55亿条质量合格的clean reads.经过对高质量序列的组装注释,筛选得到"NDF-1"和"3529"间的2147条差异表达基因(DEGs).选择其中的20个差异表达基因进行了荧光定量PCR验证.通过GO和KEGG分析,发现"NDF-1"的矮化与赤霉素、生长素和油菜素内酯相关,细胞伸长异常和细胞壁的不正常形成也影响"NDF-1"的茎秆发育.从差异基因中筛选出与植物矮化性状相关的基因,为利用矮化基因改善性状和矮化机理的研究和提供了更多信息.