草莓病毒1山东分离物全基因组分析

草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)属于弹状病毒科(Rhabdoviridae)细胞质弹状病毒属(Cytorhabdovirus),可侵染草莓。利用高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)结合RT-PCR和RACE技术从采自山东省烟台市乳山市草莓种植基地的草莓品种‘全明星’上获得了StrV-1山东分离物(StrV-1-CN)的基因组全长(GenBank登录号:MW795715)。该分离物基因组全长为14051 nt,3ʹ和5ʹ非编码区序列分别为181和767 nt,其负义链含有9个开放阅读框(open reading frame,ORF),从3ʹ到5ʹ端分别编码N、Pʹ、P、P3、M、G、P6、P7和L等9个蛋白。序列分析表明,StrV-1-CN与已报道的StrV-1分离物基因组全长核苷酸序列一致性为77%~88%。系统发育分析结果表明,StrV-1-CN与捷克分离物B和1/2017聚在一个分支,亲缘性最近。

草莓6种病毒多重PCR快速检测方法的建立

为快速鉴定草莓病毒病种类以预防病毒病扩散,根据草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓轻型黄边病毒(strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)、草莓白化病毒(strawberry pallidosis-associated virus,SPaV)、草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)和芸薹黄化病毒(brassica yellows virus,BrYV)的基因保守区域设计特异性引物,建立了能够同时检测这6种病毒的多重PCR方法。该多重PCR反应体系中,2×SanTaq PCR Master Mix用量为10μL,上下游引物(10μmol/L)用量为4μL,其中SVBV为0.25μL、SMoV为0.50μL、SMYEV为0.10μL、SPaV为0.15μL、StrV-1为0.50μL和BrYV为0.50μL,模板1μL,ddH_(2)O为5μL,总体积20μL。多重PCR反应程序设定为:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,53℃退火30 s,72℃延伸120 s,最后72℃延伸10 min,循环数为35。该检测体系的灵敏度可以达到107copies/μL。该多重PCR方法可以同时实现6种草莓病毒的高效快速检测,为草莓病毒病的早期发现和针对性防治提供了技术支持。