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题名草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析
被引量:7
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作者
陈道
张洁
吴祖建
丁新伦
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机构
福建农林大学植物病毒研究所
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出处
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期146-152,共7页
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基金
福建省自然科学基金项目(2019J01656)
福建农林大学科技创新专项(CXZX2016132,CXZX2019018G)。
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文摘
草莓白化相关病毒(strawberrypallidosis-associatedvirus,SPa V)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道。采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPa V中国分离物(FJ)的基因组全长。该病毒含有两条正单链基因组RNA1和RNA2。RNA1全长8 048 nt,5′和3′非编码区序列分别为264和197 nt,含有3个开放阅读框(ORF),分别编码ORF 1a/1b融合蛋白和p9蛋白。RNA2全长7 977 nt,5′和3′非编码区序列分别为248和186 nt,含有8个开放阅读框(ORF),分别编码HSP70h、CPh、CP、CPm、p7、p6、p9和p28等8个蛋白。RNA1和RNA2与美国M1分离物分别具有98.5%和99.0%的核苷酸一致性;系统发育分析结果表明,SPa V中国分离物(FJ)单独处在一个分支。对SPa V来源的小RNA的分析表明,来源于SPa V的小RAN长度以21和22 nt为主。
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关键词
草莓
草莓白化相关病毒
高通量测序
RT-PCR
基因组序列
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Keywords
Fragaria×ananassa
strawberry pallidosis-associated virus
NGS
RT-PCR
viral genome sequence
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分类号
S668.4
[农业科学—果树学]
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