结核分枝杆菌复合群检验中应用荧光定量PCR方法的临床价值

目的对荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法检验结核分枝杆菌复合群的效果做出分析。方法选取2022年3月—2023年5月在长春市传染病医院诊治的疑似结核患者118例作为研究对象,共计156份临床样本,以实验室培养为金标准,对荧光定量PCR法的检验结果进行分析。结果在118例疑似结核患者中,经荧光定量PCR法检测,其阳性检出率为64.10%,与实验室培养检查结果相比,差异无统计学意义(χ^(2)=2.078,P>0.05);经荧光定量PCR法检测,其准确度、特异度、灵敏度分别为97.44%、100.00%、96.15%。结论为结核可疑患者使用荧光定量PCR法进行检测,可获取较高的检测准确度,且灵敏度和特异度均较高,临床应用价值较高。

牛病毒性腹泻病毒链特异性SYBR Green荧光定量PCR方法的建立及应用

为了对牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)复制过程中正、负链RNA进行定量检测,通过生物学软件DNAStar和Primer express 3.0设计BVDV正、负链RNA特异性反转录引物并在其5′端添加非病毒核苷酸标签序列以区分BVDV正、负链RNA。同时设计荧光定量PCR引物与非病毒核苷酸标签序列组成引物对,建立了BVDV链特异性荧光定量RT-PCR(ssRT-qPCR)方法,对其敏感性、重复性、特异性进行评估并利用所建立BVDV ssRT-qPCR对不同接毒剂量下BVDV在细胞内复制过程中正、负链RNA进行定量检测。结果表明,以构建的pMD18T-BV+和pMD18T-BV-质粒为标准品建立的BVDV正链特异性荧光定量RT-PCR方法[ss(+)RT-qPCR]和负链特异性荧光定量RT-PCR方法[ss(-)RT-qPCR]在10 2~10 7拷贝范围内具有良好的线性关系,线性相关系数分别为0.998 1和0.995 3;敏感性试验结果显示,ssRT-qPCR敏感性较好,ss(+)RT-qPCR最低检测下限为10拷贝,ss(-)RT-qPCR最低检测下限为100拷贝。重复性试验结果显示,所建立的ssRT-qPCR批内和批间的变异系数为均小于1%,方法重复性良好。特异性试验显示,所建立的ssRT-qPCR方法与牛副流感病毒3型、牛传染性鼻气管炎病毒、牛呼吸道合胞体病毒等不存在交叉反应,特异性较好。利用建立的ssRT-qPCR对不同感染剂量下细胞内BVDV正、负链RNA进行定量分析,结果显示以10、0.1 MOI剂量接种BVDV于MDBK细胞后,BVDV正、负链RNA变化呈现先升后降再逐渐上升的趋势。以1 MOI剂量感染MDBK细胞,BVDV正、负链RNA的动态变化趋势略有差异,整体呈上升趋势。10、1 MOI接毒剂量接种细胞后,BVDV正、负链RNA在感染后36 h基本维持稳定水平,以0.1 MOI接种细胞后BVDV正、负链RNA在感染后24 h即达到稳定水平。BVDV链特异性检测进一步验证了所建立方法的适用性。该研究建立了BVDV链特异性荧光定量RT-PCR方法并利用该方法对BVDV在细胞内复制过程中正、负链RNA的动态变化过程进行描述,为研究宿主蛋白抗病毒机制、BVDV基因组RNA复制及调控机制等研究提供了研究手段。

鸭瘟病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立

根据鸭瘟病毒(DEV) gE基因的特征,设计特异性引物和探针,经条件优化后,建立检测DEV的TaqMan实时荧光定量PCR方法.结果表明:当gE基因含量为1.0×10~1～1.0×10~6拷贝·μL^(-1)时,建立的实时荧光定量PCR检测方法有良好的线性扩增,其标准曲线方程为:y=-3.480x+37.955,扩增相关系数为0.999;敏感性强,最低检测限为10拷贝·μL^(-1);特异性好,仅对DEV强毒株和弱毒活疫苗株检测到阳性扩增信号,对鸭源其他传染病病原(番鸭细小病毒、鹅细小病毒、鸭腺病毒A型、鸭甲肝病毒1型、鸭甲肝病毒3型、番鸭呼肠孤病毒、新型鸭呼肠孤病毒、H9N2亚型禽流感病毒、禽1型副粘病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、鸭源禽多杀性巴氏杆菌)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.62%～1.14%和0.69%～2.40%.对临床送检疑似DEV感染的14份样品进行检测,并与常规PCR方法、病毒分离鉴定进行比较,阳性率分别为85.71%(12/14)、71.43%(10/14)和57.14%(8/14);且与常规PCR方法、病毒分离鉴定的阳性符合率均为100%.本试验建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法,可用于开发DEV快速诊断试剂盒,用于开展DEV流行病学调查.

猪细环病毒k2型SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立

为建立检测猪细环病毒k2型（Porcine Torque teno sus virus k2,PTTSu Vk2）SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,本研究根据PTTSu Vk2 ORF2基因序列特征设计引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PTTSu Vk2的实时荧光定量PCR方法,该方法在PTTSu Vk2 ORF2基因含量为1.92×102~1.92×107 copies/μL反应范围内有很好的线性关系。扩增产物溶解曲线分析仅出现单一特异峰,无引物二聚体,Tm值为（83.83±0.08）℃,对猪圆环病毒（Porcine circovirus type 1 and type 2,PCV1和PCV2）、猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV）、猪博卡病毒5型（Porcine bovavirus type 5,Pbo V5）、猪细环病毒1a型（PTTSu V 1a）和1b型（PTTSu V 1b）核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.39%~1.69%,组间变异系数0.69%~2.19%。本方法的建立可用于定量分析PTTSu Vk2感染噬性组织器官和感染程度,为PTTSu Vk2的流行病学研究及临床诊断等提供了一种可靠的方法。

小鼠肝炎病毒实时荧光定量PCR方法的建立及在部分啮齿类动物的应用

目的建立小鼠肝炎病毒(MHV)实时荧光定量PCR检测方法,并初步应用于实验裸鼹鼠等啮齿类动物的检测。方法选择MHV E基因保守区域设计合成特异性引物和探针,建立荧光定量PCR方法,并对方法特异度、敏感度、线性、重复性和稳定性进行方法学验证。同时用建立的方法对79只清洁级小鼠、35只SPF小鼠、63只裸鼹鼠、10只长爪沙鼠、20只金黄仓鼠和4只黄鼠进行MHV检测。结果成功建立了MHV实时荧光定量PCR方法;方法的线性范围为(1×10~1~1×10~9)拷贝/μL,与仙台(SV)病毒、呼肠孤病毒3型(Reo3)、小鼠肺炎病毒(PVM)、牛冠状病毒(BCV)均无交叉反应,方法的检测敏感度为10拷贝/μL。重复性和稳定性试验显示实验间变异系数均小于5%。检测结果显示63只裸鼹鼠、35只SPF小鼠、10只长爪沙鼠、20只金黄仓鼠和4只黄鼠均为阴性。79只清洁级小鼠MHV阳性率为22.78%。建立的方法与RT-PCR比较,可信度达97.47%。结论建立的MHV荧光定量PCR方法特异、敏感,能够对多种啮齿类动物体内携带的MHV进行检测。

高致病性猪繁殖与呼吸综合征活疫苗(JXA1-R株)病毒含量荧光定量PCR方法的建立

为快速、准确测定高致病性猪繁殖与呼吸综合征(HP-PRRS)活疫苗(JXA1-R株)的病毒含量,根据GenBank中该病毒的保守基因序列设计合成了引物和探针,优化反应条件,建立了其活疫苗病毒含量的荧光定量PCR方法。用该方法测定疫苗样品的病毒含量,每头份稀释100倍后,Ct均值为17.08,病毒拷贝数均值为4.61×107copy/μL。将建立的荧光定量PCR与传统的TCID50方法进行相关性分析,相关系数r=0.83,表明该方法可用于HP-PRRS活疫苗半成品及成品的病毒含量测定。

鸭肠炎病毒疫苗株EvaGreen实时荧光定量PCR方法的建立

鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)疫苗株自1960年以来一直被用于防控DEV感染,该疫苗安全稳定、生产技术成熟、可快速诱导机体体液免疫和细胞免疫。DEV的基因组庞大,复制非必需区多,可容纳多个外源基因的插入,被广泛用来作为基因工程载体来开发疫苗。当前,尚未见仅针对DEV疫苗株的实时荧光定量PCR检测方法相关研究报道。本研究通过分析DEV疫苗株和强毒株UL2基因特点,明确DEV疫苗株在UL2基因上存在528bp连续核苷酸缺失,设计针对该差异的实时荧光定量PCR引物,建立了EvaGreen实时荧光定量PCR检测DEV疫苗株的方法。结果表明,建立的检测DEV疫苗株实时荧光定量检测方法,当UL2基因含量为5.25×101~5.25×106拷贝·μL^(-1)时有良好的线性扩增,其标准曲线方程Y轴截距为34.95,斜率为-3.218,扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%;敏感性强,最低检测限为52.5拷贝·μL^(-1);特异性好,对DEV疫苗株扩增产物的熔解曲线分析,仅出现1个单特异峰值[Tm=(90.62±0.28)℃],无引物二聚体,对其他鸭源传染病病原(如鸭肠炎病毒强毒、番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、番鸭源鹅细小病毒、新型基因重组型鸭细小病毒、鸭腺病毒A型、鸭源鹅多瘤病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默菌和鸭源禽多杀性巴氏杆菌)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.55%~1.72%和0.92%~2.49%。本研究建立了DEV疫苗株实时荧光定量检测方法,为评价DEV活载体基因工程疫苗免疫防控机制提供参考。

实时荧光定量PCR方法检测人癌组织中RFP蛋白的表达

目的检测RFP(Ret finger protein)蛋白在人正常组织及人癌组织中的分布。方法采用实时荧光定量PCR方法,以18 S rRNA为内对照,检测RFP在人正常组织及人癌组织中的表达水平。结果RFP表达水平子宫颈鳞状细胞癌组织高于正常子宫颈组织,子宫内膜腺癌组织高于正常子宫内膜组织,胃腺癌组织高于正常胃组织,食管鳞状细胞癌组织高于正常食管组织,而子宫内膜腺癌组织高于子宫颈鳞状细胞癌组织,胃腺癌组织高于食管鳞状细胞癌组织,脑癌组织高于正常脑组织。结论RFP可能成为治疗恶性肿瘤的一个潜在的分子靶点。

牛病毒性腹泻病毒SYBR Green荧光定量PCR方法的建立及其应用

为了建立BVDV快速诊断方法,针对BVDV基因组5’UTR序列保守区域设计了荧光定量PCR引物,并建立了快速检测BVDV的荧光定量PCR方法。结果表明,以构建的重组质粒pMD-5’UTR为标准品建立的SYBR Green荧光定量PCR方法标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数达0.997 3;敏感性试验结果显示,该方法敏感性较好,其最低检测下限为10拷贝。重复性试验结果显示,该方法批内和批间的变异系数为均小于5%,表明该方法的重复性良好。特异性试验显示,该方法与牛副流感病毒3型、牛传染性鼻气管炎病毒不存在交叉反应,但其不可区别鉴定BVDV与猪瘟病毒。应用所建立的SYBR Green荧光定量PCR方法测定非致细胞病变型BVDV(BVDV-BJ-2016株)分离毒株的一步生长曲线,发现在感染后12～48 h为其对数生长期。该研究为研究非致细胞病变型生长特性提供了参考。

鹅圆环病毒TB Green实时荧光定量PCR方法的建立及初步应用

鹅圆环病毒主要感染宿主的淋巴细胞,导致其免疫功能下降,造成继发感染和共感染。为建立鹅圆环病毒分子检测方法,本研究根据NCBI数据库中GoCV基因特征,设计特异性引物,建立检测GoCV的TB Green实时荧光定量PCR方法。结果显示,建立检测GoCV的TB Green实时荧光定量PCR方法,灵敏度高,最低检测限为54.10拷贝/μL;特异性好,与水禽常见传染病病原均无交叉反应,扩增产物的熔解曲线仅GoCV出现1个特异性单峰,Tm值为(84.46±0.09)℃;重复性好,组内和组间重复试验变异系数分别为0.26%~0.55%和0.23%~0.87%。利用建立的TB Green实时荧光定量PCR方法和常规PCR方法同时对64份临床样品进行GoCV感染的检测,结果显示,常规PCR方法检出阳性样品15份,阳性率为23.44%;TB Green实时荧光定量PCR方法检出阳性样品18份,阳性率28.13%,且15份PCR阳性样品经TB Green实时荧光定量PCR方法检测均为阳性,符合率为100%。本研究为后续开展GoCV感染的分子流行病学调查和致病机理研究提供技术支撑。

基于锁核酸及等位位点特异性扩增技术的KRAS基因突变检测荧光定量PCR方法研究

基于等位位点特异性扩增的原理,设计锁核酸修饰KRAS基因突变特异性扩增引物,结合封阻探针技术,建立检测KRAS基因突变的荧光定量PCR方法。结果发现,锁核酸修饰的引物及探针可显著提高等位位点特异性扩增技术用于复杂样本中的微量基因突变检测的敏感度,该技术检测KRAS基因突变的敏感性可达0.01%~0.1%。进一步用建立的荧光定量PCR方法检测52例结直肠癌患者血浆标本,并用DNA测序法作为对照,同时用健康人血浆标本建立阴性检测结果判读标准,以初步评价该方法应用于循环DNA中KRAS基因突变检测的可行性。结果发现结直肠癌患者KRAS基因突变主要是G12C、G12A和G12R,而且q PCR法的阳性检出率为46.15%,高于DNA测序法(13.46%),阴性结果与DNA测序法的符合率为100%。此外,结直肠癌患者外周血KRAS基因的突变检出率与文献报道组织标本中的突变检出率及常见突变类型基本相符。上述结果说明该方法检测循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ct DNA)具有较高的可靠性,可以用于肿瘤患者循环血液中KRAS基因突变的检测。

检测山羊嵴病毒的实时荧光定量PCR方法的建立和应用

山羊嵴病毒(caprine kobuvirus,CKoV)是国内山羊新发病毒,本试验目的是建立检测CKoV的实时荧光定量PCR方法,并对西南三省腹泻山羊粪样进行该病毒的检测。选择CKoV最保守的3D基因序列,设计3D基因引物,初步设计实时荧光定量PCR,经优化反应条件和反应体系,成功建立了检测CKoV的TB Green染料法实时荧光定量PCR方法。该方法在病毒浓度2.23×10^(2)~2.23×108 copies·μL^(-1)范围内线性关系良好,相关系数为0.9992,扩增效率为110%;此方法具有良好的特异性和稳定性,最低检测限为2.23×10^(1) copies·μL^(-1)。采用所建立的方法对2020年1—4月采集自四川、云南和重庆的共15个场79份山羊腹泻粪样本进行检测,结果CKoV的平均检出率为25.3%,场阳性率为53.3%。并且本试验获得了13个完整的CKoV 3D基因,遗传进化分析表明这13个3D基因具有独特的进化趋势。本研究为CKoV的分子检测提供了一种新的技术手段和基础流行病学数据。

荧光定量PCR方法鉴别肉制品中羊源性成分

根据羊线粒体DNA细胞色素b基因序列,设计特异性引物和Taqman探针。通过反应条件的优化筛选,构建标准曲线,建立灵敏、可靠的肉制品中羊源性成分的实时荧光PCR鉴别方法。结果表明,所设计的引物可有效地进行肉制品中羊肉成分的鉴别,特异性强,灵敏度高达16pg/μL;标准曲线扩增效率达98.561%,R2=1,符合《实时荧光定量国际化标准-MIQE指南》要求;本研究建立的方法检测结果与国标GB/T 20190-2006方法结果符合率达100%,且不需电泳、酶切和测序等步骤。通过对市售肉制品样本的鉴别验证了方法的实用价值,为肉制品质量的有效控制提供了新的途径。

荧光定量PCR方法在结核分枝杆菌复合群检验中的应用价值

目的分析利用荧光定量PCR方法检测结核分枝杆菌复合群。方法选取2019年6月至2020年6月医院接收436例结核可疑患者共计470份临床样本(其中414份为肺内样本,56份为肺外样本),以实验室培养为金标准,分析荧光定量PCR法的检验结果,并观察荧光定量PCR方法检测结核分枝杆菌复合群的灵敏度与特异度。结果在414份肺内样本中,培养阳性共计60份,培养阴性共计354份,荧光定量PCR检测中灵敏度为97.8%,特异度为97.5%;在56份肺外样本中,培养阳性共计12份,培养阴性共计44份,荧光定量PCR检测中灵敏度为100.0%,特异度为94.4%。以本研究总样本的培养结果来看,荧光定量PCR检测中灵敏度为98.2%,特异度为97.2%。结论荧光定量PCR方法在结核分枝杆菌复合群临床检验中具有较高的灵敏度与特异度,值得推广应用。

荧光定量PCR方法鉴别肉制品中羊源性成分

"民以食为天,食以安为先",肉制品中掺杂掺假是我国食品行业中存在的问题之一。现阶段,对于肉制品的鉴别有以下几种:DNA分析法、显微镜观察法和特异性蛋白质检测法等,但这些方法工作量较大,需要通过凝胶电泳、转化以及测序等流程,并且成本比较高。基于实时定量荧光PCR方法,其通过荧光信号积累,从而做到监测整个PCR的进程,在日常的应用中具有灵敏度高、特异性强、定量范围宽和实时监测结果等优点,在很多物种鉴定中得以应用。本文就荧光定量PCR方法鉴别肉制品中羊源性成分做简要的分析探讨,希望能够给相关工作者带来帮助。

水貂圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为快速检测水貂圆环病毒(MiCV),本试验根据MiCV Cap基因序列设计合成特异性引物,建立了水貂圆环病毒SYBR Green II实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法在模板浓度为1.0×10^(6)~1.0×10^(1) copies/μL范围内呈良好线性关系,相关系数为0.9983。本试验建立的检测方法对水貂阿留申病毒、猪圆环病毒2型、水貂肠炎病毒、犬瘟热病毒和猪伪狂犬病毒进行检测均无特异性扩增,批内和批间CV均小于2%,对重组阳性质粒的检测下限为1.0×10^(1) copies/μL,比普通PCR的敏感度高100倍,对阳性样品DNA的检测下限为2.38×10^(-2) pg/μL,比普通PCR的敏感度高1000倍。应用该方法对吉林省部分毛皮动物养殖场的水貂、狐狸、貉和环境样品进行检测,结果其阳性率分别为57.23%、48.42%、39.71%和68.48%。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,为MiCV的诊断及流行病学调查提供技术支持。

兔源F型多杀性巴氏杆菌荧光定量PCR检测方法的建立

为建立特异性强且敏感性高的兔源F型多杀性巴氏杆菌(Pm)快速检测方法,本实验根据F型Pm fcbD基因的保守序列设计特异性引物和探针,经反应条件优化,建立了检测兔源F型Pm的荧光定量PCR方法。利用该方法检测兔源F型Pm、兔源A和D型Pm、支气管败血波氏杆菌、肺炎克雷伯菌、大肠杆菌、魏氏梭菌和金黄色葡萄球菌等临床常见兔源病原菌,结果显示,该方法仅对兔源F型Pm检测为阳性,其余病原菌均为阴性,特异性强。利用该方法分别检测10倍倍比稀释(1×10^(8)拷贝/μL~1×10^(0)拷贝/μL)的兔源F型Pm基因组DNA,进行敏感性试验,结果显示该方法的检测限为10拷贝/μL,敏感性分别是已报导的双重PCR方法和环介导等温扩增方法的100倍和10倍,敏感性高。利用该方法对不同稀释度的质粒标准品进行批内和批间重复性试验,结果显示,批内和批间变异系数均小于3%,重复性好。利用该方法检测64份已知结果的临床样品,结果显示该方法的检测结果与已报导的双重PCR方法和环介导等温扩增方法检测结果的符合率均为100%,准确性高。本研究首次以fcbD为靶基因建立兔源F型Pm的荧光定量PCR检测方法,为兔源F型Pm的检测提供了有力的技术手段。

PDCoV、PKV和MRV三重荧光定量PCR方法的建立及初步应用

为了快速同步检测猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪嵴病毒(PKV)和猪呼肠孤病毒(MRV),参考GenBank中PDCoV M、PKV 5’UTR和MRV L1基因保守序列,设计了特异性引物和探针并优化了反应条件,建立了同时检测PDCoV、PKV和MRV的三重荧光定量PCR方法。该方法可特异性检出PDCoV、PKV和MRV,与PRRSV、CSFV、PCV2、PRV、PEDV、TGEV、RV等病原无交叉反应,3种病毒的最低检测量分别为2.7×10^(1)copies/μL、1.22×10^(1)copies/μL和1.26×10^(2)copies/μL,组内及组间变异系数为0.001~0.019。应用所建立的方法与行业标准及文献报道方法同时检测142份临床样本,结果显示与行业标准及文献报道方法阳性符合率为78%~94.92%。本研究建立的三重荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高、重复性好,为临床PDCoV、PKV和MRV的鉴别诊断和流行病学调查提供了快速敏感的技术手段。