东北春播区糜子核心种质的荧光微卫星标记鉴定

优异种质资源是糜子新品种选育和产业发展的基础。本研究以190份东北春播区糜子核心种质为材料,利用前期构建的SSR标记在5'端标注荧光,进行PCR扩增和毛细管电泳。根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用ID Analysis4.0进行区分,使用PopGene、PowerMarker、MEGA、Structure、NTSYS进行遗传多样性分析。试验结果表明,3个荧光SSR标记组合(RYW3+RYW6+RYW28)可区分190份材料,共检测出等位变异73个,平均为24.3333;有效等位基因数(Ne)为5.4728(RYW3)~15.8922(RYW6),平均为9.6496;检出Shannon多样性指数(I)为2.0851(RYW3)~2.9457(RYW6),平均为2.4896;观测杂合度(Ho)为0.7529(RYW6)~0.9574(RYW28),平均为0.8876;期望观测杂合度(He)为0.8194(RYW3)~0.9398(RYW6),平均为0.8765;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.8173(RYW3)~0.9371(RYW6),平均为0.8741;多态性信息含量(PIC)为0.8656(RYW3)~0.9722(RYW6),平均为0.9198。基于UPGMA将190份资源划分为3个群组。基于Structure的遗传结构分析(K=3)将糜子核心种质分为3个类群,来源于东北地区的4个基因库(黑龙江、吉林、辽宁和内蒙古的一部分)。基于主成分分析将材料分为4个类群,与地理来源一致。利用在线二维码技术(https://cli.im/)构建了190份东北糜子核心种质的DNA分子身份证。

微卫星荧光标记基因分型实验误差控制

分子标记基因分型误差对研究结果的影响越来越为研究者们所关注。本研究以茄子(Solanum melongenaL.)野生和栽培类群为研究材料,从微卫星荧光基因分型中PCR扩增实验体系和荧光标记判读2个环节控制实验的误差率,总结出一套简便、快速的微卫星分子标记PCR扩增实验优化流程;并且,针对微卫星荧光标记基因分型中存在的各种误差,提出相应的分析方法和检测方案,为利用微卫星分子标记技术的研究提供实验操作依据和数据处理参考。

用微卫星荧光标记分析小麦及其近缘属种的遗传多样性

应用微卫星(SSR)荧光标记技术,对小麦及其10个近缘属种57份材料进行分析。43对引物共检测出7 580个等位变异,每个引物每个模板平均检测出3.09个等位变异。聚类分析表明57份材料被聚成11类,还发现栽培二粒小麦、普通小麦亲缘关系较近,与其他材料亲缘关系较远。聚类结果与现有的植物学分类结果一致。

荧光标记微卫星技术用于凡纳滨对虾不同家系亲权关系鉴定

应用荧光标记微卫星技术对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行亲权鉴定。挑选14个多态信息含量较高的微卫星位点,以人工选育建立的凡纳滨对虾5个全同胞家系为试验材料,采用Cervus 3.0进行亲权分析,并根据家系内个体间的遗传距离进行UPGMA聚类分析。结果表明,14个微卫星位点的平均等位基因数为6,平均多态信息含量为0.6896,平均期望杂合度为0.7309,平均观测杂合度为0.7661,第一亲本、第二亲本和双亲的累计排除率分别为0.99721733、0.99996559和0.99999997;进一步模拟分析表明,要达到亲权鉴定的要求,在双亲性别已知时至少需要5个微卫星位点,双亲性别未知时至少需要6个微卫星位点;模拟分析及试验验证所选用的14个微卫星位点最多可以鉴定1 954个已知性别的亲本或1 203个未知性别的亲本。所选用的14个微卫星标记可在生产及科研试验中用于获取凡纳滨对虾系谱信息。

利用SSR荧光标记定位萍乡显性核不育水稻育性恢复基因

萍乡显性核不育水稻的恢复机制为显性上位作用。显性上位基因起调控作用并不单独控制某一性状,只是与显性不育基因同时存在时抑制不育基因的表达,从而使不育恢复可育。实验用萍乡显性核不育水稻(含萍乡显性核不育基因M s-p)与紫圭(常规水稻品种,携有显性上位恢复基因R fe)杂交组合的F2构建定位群体,用12对具有多态性的分子标记对84个极端不育株进行PCR扩增,统计表型数据,经M apm arker软件分析,结果显示9对引物与显性上位恢复基因连锁其中多态性SSR分子标记RM6737和RM6100距R f基因最近,并分别位于R f基因的两侧遗传距离均为0.04 cm。

肢带型肌营养不良一家系致病基因排除性定位

为了定位一个常染色体显性遗传肢带型肌营养不良家系的致病基因(ADLGMD),采用13个荧光微卫星标记对收集到的一个包括4代33人的ADLGMD家系进行连锁分析,所选择的标记覆盖了3个已知ADL-GMD致病基因位点和4个已报道的致病基因定位区段.通过Linkage 5.1软件包计算连锁概率,各位点连锁分析所得的LOD值均小于-3,显示该家系致病基因与这7个位点均不连锁.该家系的肌营养不良症致病基因不在已知的位点内,很可能是一个新致病基因.

原发性皮肤淀粉样变一家系致病基因的连锁分析

目的：探讨家族性原发性皮肤淀粉样变（FPCA）致病基因与染色体1q23，5p13．1-q11．2以及10号染色体近着丝粒区的连锁关系。方法：采用10个荧光微卫星标记对-FPCA家系进行连锁分析，在染色体1q23，5p13．1-q11．2以及10号染色体近着丝粒区选择10个荧光微卫星标记。通过Link—age5．1软件包计算连锁概率。结果：各位点连锁分析所得的IDD值均小于-2，显示该家系致病基因与这10个位点均不连锁。结论：FPCA存在遗传异质性，该家系的致病基因可能在其他新的基因位点上。

山羊草及普通小麦遗传多样性的研究

使用微卫星荧光标记—全自动基因分析仪(3700DNAAnalyzer)熏用43对D染色体组引物标记76份普通小麦、粗山羊草、拟斯卑尔脱山羊草和尾状山羊草品种和材料熏将其结果进行聚类分析熏共聚成四类:普通小麦被聚成一类熏粗山羊草被聚成两类熏拟斯卑尔脱山羊草、尾状山羊草和部分来自巴基斯坦的粗山羊草聚成一类。聚类结果与现有的植物学分类的结果相一致。

小麦及其近缘属种的遗传多样性分析

应用微卫星(SSR)荧光标记技术,对小麦及其10个近缘属种57份材料进行了分析。43对引物共检测出7 580个等位变异,每个引物每个模板平均检测出3.09个等位变异。聚类分析表明,57份材料被聚成11类,还发现栽培二粒小麦、普通小麦亲缘关系较近,与其他材料关系较远。聚类结果与现有的植物学分类的结果相一致。

仅男性患病的汉族Leber遗传性视神经病变家系突变基因分析

背景Leber遗传性视神经病变（LHON）是由线粒体DNA（mtDNA）错义突变引起的母系遗传性致盲眼病，表现为双侧视神经急性或亚急性病变和无痛性中心视力丧失，且具有不完全外显和男性患病偏倚的临床特点。迄今为止，仍没有一个理论可以完整解释其所有的临床表现。目的对一汉族LHON家系突变基因进行检测，探讨其男性患病偏倚的机制。方法2008年1月至2016年8月收集河南省安阳市一汉族LHON家系，采集此家系中4例患病者、13名母系成员和10名非母系成员的外周静脉血5～10ml，纳入107个与该家系无血缘关系的正常人样本作为对照。用PCR进行DNA测序，用ABI—PRISM3100基因分析仪进行基因扫描，用Genotyper3．7软件进行基因型分析，Linkage软件进行连锁分析，计算两点参数优势对数比值比（LOD），检测该家系是否携带3个原发突变。对先证者mtDNA进行全测序，将测序结果与修正的mtDNA剑桥标准序列进行比对，确定该家系的突变位点；采用微卫星荧光标记基因组扫描法扫描x染色体进行家系连锁分析，绘制单倍体型图。结果该家系5代共71位成员，患病者6例，均为男性，视力≤0．10，均存在中心视野缺损；急性期视盘色红，慢性期有不同程度的视神经纤维层萎缩；视觉诱发电位（VEP）振幅较低，峰潜时延长；母系成员共30名，母系家系的女性成员视力及眼部检查未发现异常，符合母系遗传特征，家族中LHON外显率为20％。PCR测序证实该家系成员均未携带3个原发突变。先证者mtDNA全测序发现31个改变位点，包括1个已报道的致病突变位点G3635A和未报道过的ND5A12340G错义突变及ND4T11809C同义突变，其他28个突变点均为已报道的线粒体多态，先证者属于线粒体单倍体型F1。母系成员均同时携带G3635A和A12340G突变，而正常家系成员和107位正常对照者不存在该突变。连锁分析在DXS1060得到最大两点LOD值1．46（0=0．0），但是两点非参数分析和多点非参数分析结果显示所有标记的差异均无统计学意义（均P〉0．05）。结论此家系同时携带A12340G和G3635A2个突变位点，其中A12340G突变为首次报道；在此家系中并未发现与LHON有关的X连锁修饰基因位点。