鼠疫耶尔森氏菌荧光标记扩增片段长度多态性分型方法

目的建立荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)技术平台,探讨鼠疫菌基因分型。方法用5种核酸限制性内切酶消化鼠疫菌基因组DNA,选择最佳内切酶组合,酶切片段经接头连接后,用荧光素标记的5条EcoRⅠ引物和9条MseⅠ引物组成的引物配对扩增,选择最佳引物组合,进行系列PCR条件的优化。扩增产物经ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer(遗传分析仪)检测,GeneScan等软件进行分析。结果成功建立FAFLP技术平台。结论FAFLP具有快速、简便、廉价、分辨率高、重复性好和污染少的优点,可用于鼠疫菌的基因分型分析。

椰毒假单胞菌酵米面亚种荧光标记扩增片段长度多态性分型方法的建立

目的建立椰毒假单胞菌酵米面亚种荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)分型方法,并对4株模式菌株和19株分离菌株进行分型。方法选用4种低频限制性内切酶(ApaⅠ、EcoRⅠ、HindⅢ和PstⅠ)和2种高频限制性内切酶(MseⅠ和TaqⅠ)进行组合,对FAFLP预扩增和选择性扩增体系进行优化,用BioNumerics软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析,并与VITEK 2 GN生化结果和16S rDNA序列分析进行比较。结果 ApaⅠ-G/TaqⅠ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为7个群,菌株间最低相似度为80.85%,最高相似度为98.77%。PstⅠ-T/TaqⅠ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为10个群,菌株间最低相似度为48.68%,最高相似度为99.67%。两种FAFLP组合均能将菌株进行完全区分,而VITEK 2 GN和16S rDNA序列分析无法将菌株进行完全区分。结论 ApaⅠ-G/TaqⅠ-G组合与PstⅠ-T/TaqⅠ-G组合FAFLP对椰毒假单胞菌酵米面亚种具有足够的分辨率,本研究建立的FAFLP分型方法可应用于椰毒假单胞菌酵米面亚种的分子分型和溯源。

荧光标记DNA扩增片段长度多态性方法的改进

采用常规PCR试剂和合成的接头和引物 ,其中MseⅠ引物为荧光标记物FAM标记 ,并对扩增片段长度多态性 (AFLP)程序进行了改进 ,优化了PCR反应和电泳条件 ,建立了一个新的、有效的反应体系 ,降低了实验费用 ,经比较实验结果与AFLP荧光标记试剂盒的实验效果一致 .

半滑舌鳎雌性特异扩增片段长度多态性标记的筛选与应用

半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis Gtinther）为东北亚特有的名贵冷温性比目鱼类，为我国养殖业的新宠。半滑舌鳎雌鱼生长速度是雄性的2～3倍，若能实现单雌化养殖将大大提高养殖业的经济效益。本研究利用扩增片段长度多态性（AFLP）技术，应用64个引物组合，检测了半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis Giinther）雌雄基因组DNA的多态性，筛选与半滑舌鳎性别相关的AFLP分子标记。实验经过3轮筛选和验证，4个引物组合扩增出7个雌性个体出现频率为100％的DNA片段，我们认为这7个标记是半滑舌鳎雌性特异的AFLP标记，分别命名为CseF382、CseF575、CseF783、CseF464、CseFl36、CseF618和CseF305。同时，将标记CseF382成功转化为SCAR标记，测定了该标记的DNA序列，建立了半滑舌鳎遗传性别鉴定的PCR技术，为半滑舌鳎性别决定机制的研究和性别控制奠定了重要基础。

川芎简单序列重复间区多态性和扩增片段长度多态性分子标记技术多态性比较研究

目的寻找川芎的高效分子标记。方法以四川崇州、都江堰、新都3个产地的川芎为材料,应用100条简单序列重复间区多态性(ISSR)引物、64对扩增片段长度多态性(AFLP)引物对30个川芎个体进行多态性筛选。结果筛选到简单序列重复间区多态性特异性引物共10条,扩增片段长度多态性特异性引物共6对;分别扩增出106和256条条带,多态条带百分率分别为22.64%和22.27%。平均标记指数AFLP的检测效率(1.78)明显高于ISSR(0.42)。两种标记基于遗传相似值聚类分析结果存在着一定的差异,但用Mantel测试对两种方法检测的遗传一致度进行相关性分析表明,它们之间存在着显著的相关性(r=0.6975,p=0.014)。结论川芎具有较低的遗传多样性,AFLP更有效于ISSR。

用扩增片段的长度多态性分子标记探讨盾叶薯蓣的遗传多样性

用扩增片段的长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记分析研究了中国5个盾叶薯蓣居群30个个体的遗传多样性。筛选出9对AFLP引物,从中检测到14698条清晰可见的条带,其中多态性带12628条,多态性比率85.92%。Shannon信息指数(I)为0.3656±0.1721,物种水平的Nei基因多样性(H)为0.2322±0.2200。遗传变异分析表明,物种水平的遗传分化系数Gst为0.4827,说明其群体间存在一定的遗传分化,居群间的基因流Nm为0.5358,居群间遗传交换较小。聚类分析结果显示5个居群盾叶薯蓣有较为丰富的遗传变异,且与地理分布有相关性。

中华鲟性别相关的扩增片段长度多态性分子标记筛选

性别鉴定是生产养殖和物种保护中常用的技术。中华鲟Acipenser sinensis是我国特有的一种大型海河洄游性鱼类,已极度濒危。由于中华鲟性成熟时间长,缺乏第二性征,基于外部特征难以进行性别鉴定,因此,筛选中华鲟性别特异性分子标记具有重要意义。利用扩增片段长度多态性（AFLP）分子标记,用10条Eco R I-ANN引物和8条Mse I-CNN引物组成的80对引物,对9尾雄性和15尾雌性中华鲟个体进行PCR扩增和毛细管电泳荧光分型,检测其基因组DNA多态性,寻找与其性别相关的分子标记。在100～500 bp范围,共获得864个位点,其中具有多态性DNA位点411条,多态性位点比例为48.58%,并未发现雌雄特异性位点。但发现33个位点在雌雄个体中的比例存在较大差异,聚类分析显示大部分雄鱼聚为一支,雌鱼聚为一支,从而推断这些位点可能与中华鲟性别具有密切相关性。该研究首次尝试在中华鲟基因组中寻找性别特异性的AFLP分子标记,尽管未找到特异性标记,但这些数据为进一步研究中华鲟性别相关基因和性别决定机制奠定了基础。

谈扩增片段长度多态性分子标记技术

扩增片段长度多态性是1种在PCR技术和RFLP标记技术基础上产生的新的分子标记技术。简述了该分子标记技术的原理和优缺点,综述了该技术在遗传连锁图谱构建、遗传多样性研究、基因定位、分子辅助育种等方面的应用情况,并对其发展前景进行了展望。

香蕉种质资源的扩增片段长度多态性鉴定与分类

为了建立一个准确、完善、统一的香蕉鉴别分类标准 ,促进香蕉种质资源的合理利用及新品种的选育与推广 ,于 2 0 0 0年 2至 12月在广东省农科院果树研究所对广州国家种质香蕉圃的 35份香蕉种质材料进行了AFLP分子标记 .结果表明 :1)引物EcoRⅠACC +MseⅠCAT和EcoRⅠACC +MseⅠCAG对 35个香蕉材料进行选择性扩增后 ,共得到扩增位点 10 7个 ,其中多态性位点 84个 ,多态性位点比例达到 78.5 % ,对 35个材料的区分率达到10 0 % .2 )在引物对EcoRⅠACC +MseⅠCAT和EcoRⅠACC +MseⅠCAG构建的香蕉AFLP指纹图谱中 ,供试的35个香蕉材料都有差异带或特异带 ,滑蕉 ,龙选 ,东S 1,海红 ,泰国蕉等品种的特征带尤为明显 .3)根据基因组指纹图谱聚类分析 ,当相似系数达到 0 .88的水平 ,可将供试的 35个香蕉材料分为 7类 .4)几内亚、苹果以及阳江矮 3份种质材料实际上为同一个品种 .

基于水稻内含子长度多态性开发禾本科扩增共有序列遗传标记

通过在多态位点两侧的保守编码序列上设计引物,可以开发出在不同物种间通用的基于PCR的分子标记,称为扩增共有序列遗传标记(ACGM)。【目的】探讨利用已公布的水稻籼、粳两亚种的基因组序列开发禾本科ACGM的可行性。【方法】根据水稻两亚种间的内含子长度多态性,开发了38对ACGM引物。用这些引物对玉米、粟、大麦、小麦、竹子、旱稗草和大米草6个属共12个不同材料进行PCR实验。【结果】几乎所有引物都可在至少1种材料中扩增出特异条带,而1/3以上的引物可以在全部供试材料中获得特异扩增产物。在每一种供试材料中,平均大约有2/3的引物可以成功扩增出目的条带。这些引物在各属内不同种、亚种或品种(系)之间的多态性比例在24.1%～90.3%之间,平均为44.6%。【结论】利用水稻基因组序列信息开发禾本科通用型ACGM是可行的。

萱草种质资源扩增片段长度多态性鉴别与分类的研究Ⅰ.萱草DNA模板的制备

为了获得萱草清晰的 AFL P指纹图谱并进一步进行萱草种质资源的鉴别与分类研究 ,以大花萱草为试材 ,用改进后的 SDS法和 CTAB法 ,从萱草的幼叶、成熟叶、新根等部位提取 DNA.结果表明 ,用这两种方法均可从萱草的幼叶、成熟叶、新根中获得高分子量基因组 DNA和 AFL P指纹图谱 ,其中以幼叶的 DNA产量和品质最好 ,CTAB法提取的

大豆DNA扩增片段长度多态性(AFLP)研究

本文研究 AFLP技术在大豆上的应用 ,在改进大豆种子 DNA提取方法的基础上 ,比较同位素与银染检测方法的效果 ,筛选适宜于大豆 AFLP分析的酶切和引物组合 ,从而建立了适用于大豆指纹图谱快速鉴定的 AFL P操作程序 ,并对我国野生大豆和栽培大豆代表性材料进行了

萱草种质资源扩增片段长度多态性鉴别与分类的研究 Ⅱ.5个萱草材料的AFLP分析

为了快速准确地进行萱草种质鉴定 ,从 6 4对AFLP引物中随机选出了 3对引物组合 (即EcoRⅠAAC MseⅠCAT ,EcoRⅠACC MseⅠCAT ,EcoRⅠACC MseⅠCAG) ,构建了 5个萱草种质的指纹图谱 .3对引物在 5个萱草材料中 2 0 5个位点上扩增出了条带 ,其中多态性条带 12 8个 ,占扩增条带总数的 6 2 .9% ,5个萱草材料具有较高的遗传多样性 ,并初步认为其中野生重瓣萱草可能来自于萱草H .

山东产丹参遗传多样性的扩增片段长度多态性指纹分析

目的研究山东产丹参的遗传多样性,初步探讨扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记技术在丹参道地性鉴别上的应用。方法采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对山东产15个丹参样本进行DNA多态性分析。结果利用4对引物组合构建了15个丹参样本的DNA指纹图谱,通过相似性和聚类结果分析,丹参和白花丹参样本的遗传相似性较低,聚类结果也划分为两大类群,证明它们之间的亲缘关系较远,分化明显。临沂地区的野生和栽培丹参样本聚在一类,且栽培品种和野生品种之间具有一定的遗传差异。结论山东产丹参具有一定的遗传多样性,AFLP技术可用于丹参道地性鉴别。

广东地区嗜肺军团菌的扩增片段长度多态性分析

【目的】了解广东部分地区2002～2007年环境水中嗜肺军团菌的基因型及遗传学关系。【方法】参考欧洲军团菌感染工作组(the European Working Group for Legionella Infections,EWGLI)制定的分型草案(1.2版),采用PstⅠ酶对我室保存的2株标准菌株及41株不同时间、不同地点的嗜肺军团菌环境分离株进行扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析,电泳图谱与EWGLI进行比对。【结果】AFLP分型结果稳定,重复性好;43株嗜肺军团菌,其不同来源菌株呈现多态性分布,经AFLP分析得到33个基因型,辨别力指数为99.79%,其中Kingmed AFLP 011为优势基因型。按Dice系数≥0.8,可分为18个群,Kingmed AFLPD群为优势群,占总菌株数的34.88%。由电泳图谱的相似性,初步推断存在EWGLI 001 Lugano型、002 Lugano、012 Rome、013 London、014 London型、015 Dresden型、021 Lyon等7个基因型,以及多个未报道的新基因型。【结论】广东地区嗜肺军团菌的基因型十分丰富,AFLP技术是其分子流行病学研究的有效手段。

云南汉族人群D17S30位点扩增片段长度多态性

应用ＰＣＲ技术和小型聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法，对云南汉族人群Ｄ１７Ｓ３０位点扩增片段长度多态性进行了分析。在被检的１０５名无关个体中，共检出１２个等位基因，４１种基因型。等位基因频率范围在０００４８～０２１９０之间，杂合度为８３８１％，ＤＰ值为０９６４７。观察的基因型分布符合Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ定律。

白芷扩增片段长度多态性反应体系的建立及优化

目的建立白芷扩增片段长度多态性(AFLP)反应体系及筛选出扩增条带丰富的引物。方法以12份白芷为试材,对AFLP分析过程中包括提取DNA的方法、DNA的提取质量和浓度、M seⅠ/EcoRⅠ酶切反应时间等进行了研究,从64对引物中筛选适合白芷的引物。结果改良的CTAB方法提取的DNA质量比较好,建立了一种适于白芷AFLP银染技术的优化体系:模板DNA的用量为400 ng,酶切体系中M seⅠ和EcoRⅠ反应时间为4 h,筛选出了7对适合白芷的引物。以引物E+AGC/M+CAA构建的白芷种质资源的AFLP指纹图谱,扩增带多,多态性强。结论建立了适用于白芷的AFLP反应体系,并筛选出了适合白芷的引物,为今后利用AFLP标记技术进行白芷鉴定及种质遗传多样性分析提供了标准化程序。

红花基因组扩增片段长度多态性反应体系的建立和优化

目的:探讨影响红花扩增片段长度多态性(amp lified fragm ent length polymorph ism,AFLP)的各种因素,建立并优化红花AFLP反应体系,为研究红花品质性状的遗传基础及建立分子辅助标记育种的技术平台奠定基础。方法:CTAB法提取红花基因组DNA,用Beckm an紫外可见分光光度计测定样品DNA浓度与纯度质量(D值);检测后分别进行一步法酶切与连接,或两步法酶切与连接,以检测哪种方法更适合;酶切连接产物设置不同的稀释倍数(5倍、10倍、15倍、20倍、25倍和30倍)进行预扩增,预扩增产物设置不同稀释倍数(10倍、25倍、50倍、75倍、100倍、150倍和200倍)进行选择性扩增;选择性扩增产物95℃变性8 m in后,用6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染检测。结果:本研究建立适用于红花的AFLP体系:用乙醇沉淀DNA,建立的模板不含PCR反应抑制剂及其他酶反应抑制剂,可被限制性内切酶M seⅠ和EcoRⅠ完全酶切;确定两步法进行酶切、连接,酶切时间为37℃3 h,连接16℃过夜,缓冲液采用NEB公司Buffer 2;预扩增产物最佳稀释倍数为25倍;选择性扩增最佳稀释倍数为75倍;上述建立的AFLP反应体系,PAGE电泳中主带清晰,没有降解。结论:本研究建立的反应体系适用于红花基因组DNA的AFLP研究。

扩增片段长度多态性的研究进展

扩增片段长度多态性(AFLP)是一种建立在PCR基础上的分子标记技术。近年来已广泛应用于遗传图谱构建、重要基因定位、遗传多样性分析、分子标记辅助育种及生物系统分类等方面的研究。本文对AFLP的原理、基本操作程序及其应用作了简要的描述。

四川地区鸡场产气荚膜梭菌的扩增片段长度多态性分析

目的了解四川部分地区10个规模化鸡场产气荚膜梭菌的基因型及遗传学关系。方法采用EcoRI、MseI酶对34株不同地区鸡场的产气荚膜梭菌分离株进行扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析。结果AFLP能全部区别34株产气荚膜梭菌,辨别力指数为100%,其不同来源菌株呈现多态性分布。按Dice系数≥0.8,可分为19个AFLP基因亚型,AFLP-14为优势基因型,占总菌株数的20.59%。分析亚型分布情况表明,产气荚膜梭菌的流行特点与地区差异相关:不同鸡场产气荚膜梭菌的亚型差异明显;而同一鸡场的亚型较单一,以一种亚型为主,交叉有少数其他亚型。结论四川地区鸡场产气荚膜梭菌的基因型十分丰富,AFLP技术是其分子流行病学研究的有效手段。