普通杏群体遗传结构的荧光AFLP分析

以准噶尔—伊犁生态群(新疆野杏)、中亚生态群(新疆栽培杏和李光杏)、欧洲生态群和华北生态群的45个普通杏品种或材料为试材,以梅杏、辽梅杏和辽杏为外组,利用荧光AFLP标记对普通杏4个生态群的群体遗传结构进行了研究,结果表明:7对EcoRⅠ/MseⅠ引物(其中MseⅠ引物为FAM荧光标记物)平均扩增多态带数为130.86,平均多态带百分比为60.58%。4个生态群的多态带百分比比较表明:准噶尔—伊犁新疆野杏生态群(P=43.59%)>中亚南疆栽培杏生态群(P=41.27%)>华北生态群(P=39.42%)>欧洲生态群(P=39.42%)>中亚李光杏生态群(P=37.57%);普通杏在种级水平Neis基因多样度(H=0.143)和Shannon信息指数(I=0.226)显著或极显著高于群体水平。在群体水平上,准噶尔—伊犁新疆野杏生态群的Neis基因多样度和Shannon信息指数(H=0.131;I=0.202)高于中亚生态群(南疆栽培杏)(H=0.127;I=0.195)、欧洲生态群(H=0.124;I=0.189)和华北生态群(H=0.116;I=0.180),但无显著性差异,显著高于中亚李光杏生态群(H=0.113;I=0.173);普通杏4个生态群的遗传分化系数(GST=0.147)显示,普通杏的遗传变异主要存在于群体内,占总变异的85.3%;通过遗传分化系数计算得GST基因流Nm=2.901,说明普通杏4个生态群存在适度的基因交流,人为引种可能是产生基因交流的主要原因,而地理隔离可能是阻碍基因交流的主要因素。对普通杏4个生态群的群体遗传多样性和群体遗传结构的分析初步认为,普通杏起源于准噶尔—伊犁新疆野杏生态群,通过人为驯化,在新疆南部形成栽培杏中心,并形成中亚南疆栽培杏生态群,之后通过人为引种向东传播形成华北生态群,向西传播形成欧洲生态群。

烟草属植物遗传多样性和亲缘进化关系的荧光AFLP分析

【目的】研究烟草属不同亚属以及不同类型栽培烟草的遗传相似性关系,为明确烟草野生种和栽培烟草的遗传多样性水平、研究栽培烟草起源演化提供依据。【方法】利用CEQ8000遗传分析系统,对烟草属内4种类型的5份栽培烟草以及28份烟草野生种进行荧光AFLP分析,估算其遗传相似系数,并对28份烟草野生种、5份栽培烟草及其可能的祖先种分别进行UPGMA聚类分析。【结果】利用10对AFLP引物在33份种质中共扩增到2 423个片段,2 394个具有多态性。烟草属33份种质的遗传相似系数在0.021—0.860,平均为0.269。当相似系数为0.309时,28份野生烟草按其亚属聚为3类。2个栽培烟草种的5份不同类型烟草与其对应的可能祖先种首先聚为一类。在不同类型普通烟草中扩增到的AFLP共有片段,有97.7%可以在其可能的祖先种中找到。【结论】烟草属植物具有丰富的遗传多样性。栽培烟草进化过程中,其假设的祖先亲本都有一定贡献,其中N.sylvestris对普通烟草的形成贡献最大。

黑龙江省野生秋子梨群体遗传结构的荧光AFLP分析

以来自黑龙江省海林市、东宁县和孙吴县3个居群的90个野生秋子梨株系为试材,利用荧光AFLP标记技术对野生秋子梨群体遗传多样性及遗传结构进行了分析,旨在为野生秋子梨种质资源的保护和利用提供科学依据。结果表明:野生秋子梨3个居群种群水平多态性位点百分比(P)为82.95%,Nei's基因多样度(H)为0.1467,Shannon信息指数(I)为0.2397,野生秋子梨遗传多样性水平较低;3个居群的多态性位点百分比、基因多样度及Shannon信息指数比较,东宁居群>海林居群>孙吴居群,居群水平上东宁居群的遗传多样性较丰富;基因分化系数(GST=0.1008)显示,野生秋子梨的遗传变异主要发生在居群内;野生秋子梨居群间存在较大的基因流动(Nm=4.4603),说明3个野生秋子梨居群间存在着较频繁的基因交流;UPGMA聚类分析结果表明,3个居群是相对独立的孟德尔群体,且海林居群和东宁居群的遗传关系较近。3个居群中东宁居群遗传多样性最丰富,是进行原生境保护优先考虑的居群。

橡胶树部分种质资源的荧光AFLP分析

利用荧光AFLP分子标记技术,采用5对EcoR I/MseI引物对景洪橡胶树种质资源圃内的54份魏克汉种质进行遗传变异分析,共扩增出多态性位点245个,平均多态性位点百分率96.73%;所有检出位点的平均观测等位基因Na、平均有效等位基因Ne、平均Neis基因多样度H和平均香农信息指数I分别为1.967 3,1.573 3,0.345 8,0.519 7,不同种质之间存在明显的遗传变异;基于相似系数对所有供试材料进行UPGMA聚类分析,在相似系数为0.66时,共分为9支,但各支中包含的种质表现为无规律性的交错分布.

果梅(Prunus mume)品种的荧光AFLP指纹分析

荧光AFLP以其操作简易、灵敏性高、可半自动化操作、可软件辅助分析等特点在果树品种鉴定以及遗传资源分析中具有明显的优越性。对荧光AFLP用于果梅品种鉴定进行了研究。所利用的8对选择性引物都可以获得清晰的AFLP指纹,并且任何一对引物都能够很好的区分这50个品种,表明了该技术适于快速鉴定大量果梅品种或用于种质资源的遗传分析。同时,研究利用AFLP指纹信息对来源我国江苏、浙江、广东、福建、云南、四川、湖南7个省份以及日本的果梅品种的遗传多样性指数进行了分析,结果表明,日本(0.2451),中国江苏、浙江(0.1912)果梅的遗传多样性水平明显高于其他几个省份,可能由于这2个地区果梅品种的来源渠道多或者存在其他物种的基因渗入。

梨栽培品种荧光AFLP分析

利用荧光AFLP技术,对梨属6个栽培种84个品种进行研究。从64对引物组合中筛选出9对用于选择性扩增,共获得859条带,其中多态性带795条,多态性为92.5%,平均每对引物组合产生95条带。扩增结果显示,9对引物组合在16个品种中扩增出23条特征带;每对引物组合均能将所有品种鉴别开,表明荧光AFLP技术用于梨品种鉴定的效率很高。通过聚类,从分子水平对梨品种的亲缘关系进行分析,为梨属植物的分类、品种鉴定和亲缘关系分析提供了分子水平的依据。

荧光AFLP和拮抗实验对灵芝菌遗传多样性研究

应用荧光AFLP和拮抗实验对26株灵芝菌种进行了遗传多样性分析。荧光AFLP分析的结果表明，采用9对EcoRI／MseI引物（其中MseI引物为FAM荧光标记物）对26个菌株进行AFLP扩增，共得到1944条清晰易辨的多态性条带。聚类分析表明，26株灵芝菌株在遗传相似系数0．28处聚为3类，分别是美国灵芝类、赤芝类和树舌类。种间的遗传相似系数变化范围在0．23—0．73。荧光AFLP分析结果与拮抗性实验结果基本一致，可见拮抗试验在灵芝亲缘关系的初步鉴定中是有效的，荧光AFLP则更能区分出亲缘关系较近的灵芝菌株。

杏叶片DNA提取和荧光AFLP反应体系的建立

以杏嫩叶为材料,利用改进的CTAB法,提取到高质量的杏叶片总DNA,通过优化酶切、连接、预扩增、选择性扩增等试验条件,建立了高效稳定的杏荧光AFLP反应体系;筛选出多态性好的12对引物组合,均获得稳定、清晰的扩增图谱,可进行杏品种鉴定、种质资源的遗传多样性和亲缘关系分析等研究。

高邮鸭青色蛋壳性状荧光AFLP标记的建立

应用荧光扩增片段长度多态性(AFLP)标记技术对高邮鸭4个高度纯合的分离体分组混合家系蛋壳颜色性状进行了遗传多样性分析。在高邮鸭分离体分组混合家系AFLP指纹研究中,对AFLP技术中选择性扩增中的引物使用荧光标记代替同位紊标记,并对AFLP反应进行了优化。在AFLP分析中,共采用了64个EcoR I／Mse I引物组合,每个引物组合扩增出的条带数在40条以上。结果表明:从这64个引物组合中筛选到1个引物组合E-ACT／M-CTC,能同时将供试的4个分离体分组混合家系分开,从而可用于早期青壳性状的鉴定。

上饶早梨道地性农家种遗传多样性与亲缘关系的荧光AFLP分子标记分析

为了探讨上饶县花厅镇和田墩镇这两个相邻乡镇上饶早梨道地性农家种的遗传多样性与亲缘关系，采用6对EcoRⅠ／MseⅠ引物组合对其20个样本进行荧光AFLP分子标记分析。结果表明，上饶早梨2个道地性农家种20个样本6对引物组合扩增的平均位点数为84．83，平均多态性位点数为23．83，平均多态性百分率为28．09％。上饶早梨2个道地性农家种20个样本6对引物组合扩增位点的平均观测等位基因数Na为1．2809，平均有效等位基因数Ne为1．2076，平均Nie’s基因多样度H为0．1149，平均香农信息指数Ⅰ为0．1661，遗传多样性水平较低。上饶早梨2个道地性农家种20个样品的遗传相似系数为0．7485～1．0000，平均值为0．8906，个体间相似度较高。通过UPGMA聚类分析，上饶早梨2个道地性农家种20个样本被分为两大类。第Ⅰ类包括“花厅六月雪”和“花厅黄皮消”，第Ⅱ类包括“田墩六月雪”，表明上饶县花厅镇和田墩镇这两个相邻乡镇上饶早梨的道地性农家种（“六月雪”）虽然具有相似的遗传物质基础，但也存在明显的种植地差异。根据6对EcoRⅠ／MseⅠ引物组合扩增位点的特异性，并依据其扩增模式图进行编码组合，构建了上饶早梨2个道地性农家种20个样本的DNA分子指纹图谱，可以用于上饶早梨各种植地农家种分子水平上的鉴定。

樱桃荧光AFLP反应体系优化及应用

以12个甜樱桃品种和4个中国樱桃品种为试材,对荧光AFLP分析过程中模板DNA的制备、酶切与连接、酶切连接产物的预扩增与选择性扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等过程中易出现的问题及其解决方法进行了研究。结果表明:改良CTAB法提取甜樱桃嫩叶和老叶DNA效果均很好;200ng DNA双酶切反应4h,连接产物稀释10倍作为预扩增模板,预扩增产物稀释20倍作为选择性扩增的模板;筛选了64对引物,其中8对扩增效果理想,能够得到清晰、稳定的条带,平均每对引物扩增条带为40.6条,建立了樱桃AFLP分子标记技术体系;该体系的建立为研究甜樱桃遗传多样性和标记重要农艺性状奠定了基础。

大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)荧光AFLP分析体系的建立及优化

以大泷六线鱼为材料,通过对DNA提取质量和浓度、EcoRⅠ/MseⅠ酶切反应时间、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度以及选择性扩增中预扩增产物稀释倍数等关键因素进行研究,建立并优化了大泷六线鱼荧光AFLP分子标记反应体系。用优化的反应体系,筛选到10对适合大泷六线鱼的引物,为今后利用AFLP标记技术进行大泷六线鱼的遗传多样性研究提供了标准化程序。

梨新品种及其亲本的AFLP分析

利用荧光AFLP技术,对20个梨新品种及其23个亲本(共43个品种)进行研究。从64对引物组合中筛选出7对用于扩增,共获得784条带,其中多态性带699条,多态性为89.2%。扩增结果显示,7对引物组合在29个品种中扩增出特征带,每对引物组合均能将所有品种鉴别开,表明荧光AFLP技术用于梨品种鉴定的效率很高。通过聚类,从分子水平对梨新品种及其亲本的遗传关系进行分析,并对20个梨新品种进行分类,为梨杂交育种的亲本选配提供了理论参考。

不同用途杏品种群的AFLP分析

利用荧光AFLP技术,对49个隶属于不同用途的杏种质资源的遗传多样性和群体遗传结构进行了研究,结果表明,8对EcoRⅠ/PstⅠ引物平均扩增多态带数量为183.9,平均多态带百分比为85.1%,揭示了杏资源丰富的遗传多样性。杏资源在个体间的Nei’s基因多样度(H=0.184)、Shannon信息指数(I=0.295)、观测等位基因数(Na=1.851)和有效等位基因数(Ne=1.294)都显著高于群体水平。在群体水平上,杂种杏品种类群的4个遗传变异参数都高于其他4个类群,遗传变异度最大。5个品种类群的遗传分化系数(Gst=0.267 9)显示,杏资源的遗传变异主要存在于群体内,占总变异的73.21%。仁用杏品种类群和观赏杏品种类群之间的遗传关系最近(遗传一致度IN=0.985 0,遗传距离D=0.015 1),鲜食加工兼用品种类群与其他4个类群的遗传关系比较结果显示,其与杂种杏品种类群间遗传关系最近(IN=0.946 3;D=0.056 5)。UPGMA聚类分析结果表明,以0.537为阈值将49份材料分为3个大类,第(1)类全部是鲜食加工兼用杏品种;第(2)类由全部仁用杏品种和全部观赏杏品种组成;第(3)类包括引进的3个品种和全部9个杂种杏。

大赖草种群遗传多样性的AFLP分析

采用荧光AFLP标记对大赖草(Leymus racemosus(Lam.)Tzvel)的6个天然种群进行了遗传多样性和遗传结构进行分析,6对选择性扩增引物共扩增出1269条清晰的条带,其中多态性位点1203个(PPL=80.61%)。在物种水平上,Nei’s遗传多样性指数H=0.188,Shannon多态性信息指数I=0.313;在种群水平上,H=0.177;I=0.288。遗传分化系数Fst为0.1009,表明有10.09%的遗传变异存在于种群之间,基因流Nm为4.4554>1,说明种群间基因交流可以阻止由于遗传漂变导致的遗传分化,遗传分化呈现均质化的趋势。PCo A聚类结果表明,大赖草种群间的遗传距离与地理距离有一定的相关性,但未达到显著水平。该研究结果显示,遗传多样性水平不仅与物种本身特性和研究方法有关,濒危植物并不一定表现为遗传变异水平的降低而濒危,还与人类活动与气候环境密切相关。