实时荧光RT—PCR（定量）法对不同手足口病样本病原体检出率比较

目的了解和比较不同采集样本对手足口病病原体的检出率，优化样本采集方案和提高检出率，为预防和控制手足口病提供准确的实验室依据。方法采用实时荧光RTPCR（定量）法对钦州市2011年～2012年采集的不同样本进行检测，并对结果进行统计分析。结果以疱疹液的检出率为98．46％64／65）最高，大便96．81％（91／94）、肛拭子94．74％（432／456）和咽拭子88．20％（142／161）检出率分列2、3、4位。而以脑脊液以8．00％（2／25）检出率最低。结论应采集患者疱疹液或大便（肛拭子），以提高手足口病的检出率。

手足口病病原体实时荧光RT—PCR反应体系的建立与临床应用

目的建立一种快速、准确、特异性高的方法检测手足口病病原体。方法根据引起手足口病常见致病原肠道病毒71（EV71）、柯萨奇病毒A16（CA16）及肠道病毒（EV），设计相应的引物、探针对35例临床诊断的手足口病患儿及20例正常健康婴儿的粪便进行EV、EV71、CA16三种病原体实时荧光RT-PCR检测，同时对55分标本进行EV71病毒培养分离。结果35例临床诊断手足口病患儿粪便中EV全部阳性，EV71阳性25例，CA16阳性8例，其中3例为EV71、CA16同时阳性，与临床诊断符合率为85．71％，20例健康体检婴儿粪便中EV病毒5例阳性，EV71、CA16均阴性。结论荧光RT-PCR对手足口病病原体检测准确性高、特异性强，具有快速、廉价等特点，适合于手足口病的早期诊断。

运用实时荧光RT-PCR技术检测柑橘碎叶病毒

柑橘碎叶病是由橘碎叶病毒(Citrus tatter leaf virus,CTLV)引起的一种重要的柑橘病害,为更快、更准确的检测CTLV,合成了一对特异性引物ASG-Pf和ASG-Pr,建立了运用SYBRGreenI荧光染料法检测CTLV的实时荧光RT-PCR体系,并对该体系的特异性、灵敏性和适用性进行了测试。结果表明,该检测体系能特异的检出CTLV,对测试的衰退病毒、温州蜜柑萎缩病毒和鳞皮病毒都不能检出;灵敏度比常规PCR高100倍;适用性广,可检测出多种柑橘类植物中的CTLV。实时荧光RT-PCR检测整个过程完全闭管,无需PCR后处理,且SYBR GreenI荧光染料成本较低,适用于检测柑橘体内含量较低的CTLV病毒。

应用含内参的多重实时荧光RT-PCR方法快速检测登革病毒和基孔肯雅病毒

目的建立一种登革病毒、基孔肯雅病毒并含人类基因内参检测的多重实时荧光RT-PCR方法,能在同一反应管内同时检测目前发现的所有来源的登革病毒或基孔肯雅病毒。方法针对登革病毒3′端非编码区和基孔肯雅病毒结构蛋白E2-6K-E1区以及人体各类组织细胞中均能稳定表达的RNAse P基因,设计了3套特异性引物和探针,建立了1套能同时检测登革病毒、基孔肯雅病毒及含有人类基因检测内参的多重实时荧光RT-PCR方法,对其灵敏性和特异性进行了验证,并对临床发热病人标本进行了应用评估。结果该方法对检测体外转录合成的登革病毒和基孔肯雅病毒RNA的灵敏性可达最低每个反应10～100拷贝,对检测登革1型病毒和基孔肯雅病毒的灵敏性分别可达最低每个反应0.1TCID50/mL和1TCID50/mL。用20株登革病毒、4株基孔肯雅病毒和日本脑炎病毒、西尼罗病毒、黄热病毒、盖塔病毒、辛德毕斯病毒各1株进行检测,方法的特异性均为100%。方法应用于189份发热病人血清标本检测,可准确地鉴定出其中登革病毒或基孔肯雅病毒核酸阳性的标本,且所有血清标本均能被内参引物和探针有效地扩增和杂交。结论本研究建立了一种高灵敏性、高特异性且含人类基因内参检测的登革病毒和基孔肯雅病毒多重实时荧光RT-PCR检测方法,可作为登革热或基孔肯雅热病人早期快速鉴别诊断的有效工具,也可用于蚊媒携带登革病毒或基孔肯雅病毒的高通量快速筛查。

水泡性口炎病毒血清型特异LUX实时荧光RT-PCR检测方法的建立

采用LUX荧光核酸扩增技术原理,以水泡性口炎病毒(VSV)NJ、IND型NS基因为模板分别设计并合成单标记LUX荧光引物,建立血清型特异的VSV荧光RT-PCR检测方法。试验表明,两种型特异的LUX荧光RT-PCR能分别特异地鉴定VSV血清型,对口蹄疫、猪水泡病等病毒以及对照细胞、健康动物组织RNA样品的检测结果均为阴性。对比检测试验表明,LUX荧光RT-PCR的检测敏感性比常规RT-PCR提高达10倍以上,对VSV细胞增殖病毒液的检测灵敏度可达1 TCID50。对人工感染豚鼠样品以及临床样品的检测试验证实,该LUX荧光RT-PCR可有效检测到人工感染动物组织以及进口牛临床样品中的水泡性口炎病毒,并能鉴定感染病毒血清型。所报道的检测方法,包括样品核酸提取、LUX荧光RT-PCR以及熔解曲线分析,可在3 h内完成。

发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒实时荧光RT—PCR检测方法的建立

目的建立新型发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒的TaqMan探针实时荧光RT—PCR检测方法并进行评估，为发热伴血小板减少综合征监测中新型布尼亚病毒感染的排查提供实验室检测依据。方法利用新型布尼亚病毒S片段基因的特异性序列设计引物和探针，探针5’端标记FAM，3’端标记TAMRA，优化反应体系与反应条件，并对不同浓度含有目的基因的质粒以及在发热伴血小板减少综合征监测中收集的32份样本和流行性出血热病毒阳性样本进行核酸检测，验证该方法的特异性、敏感性和重复性。结果该方法所检测的32份可疑病例的临床样本中，3份为阳性，与国家疾病预防控制中心下发的试剂以及商品化试剂盒的检测结果一致；流行性出血热病毒检测结果为阴性。对目的基因的检测灵敏度达4×102拷贝／ml；重复性实验中，变异系数为0．125％-0．28％。全部检测过程从样本的核酸提取至检测完成仅需2．5h左右。结论本文建立的TaqMan探针实时荧光lit．PCR法是一种检测新型发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒的特异、快速、敏感的方法。该方法的建立将有益于今后开展发热伴血小板减少综合征监测以及应急临床样本中新型布尼亚病毒感染的排查和快速检测。

禽流感病毒通用型及H5亚型套式荧光RT-PCR检测方法研究

将套式PCR与荧光RT-PCR技术相结合,叠加这两种技术在敏感性和特异性方面的优势,建立敏感性高于常规荧光RT-PCR的套式荧光RT-PCR检测方法。从GenBank下载禽流感病毒NP基因和HA基因序列,通过比对选取较为保守的片段,设计AIV通用型及H5亚型套式荧光RT-PCR引物和TaqMan探针;利用体外转录技术制备阳性对照,构建目的片段重组质粒;经反应体系和反应条件的优化,建立套式荧光RT-PCR检测方法。试验结果表明,该方法可特异性地检测禽流感病毒及H5亚型AIV,在30份鱼类养殖水样中检测到19份阳性样品,具有较高的敏感性和良好的特异性;具有高通量、快速的特点,可对大批量样品同时进行检测,试验耗时仅需5h,是自然环境样品中极微量禽流感病毒检测的好方法。

实时荧光RT-PCR方法检测黄瓜绿斑驳花叶病毒

根据黄瓜绿斑驳花叶病毒不同分离物外壳蛋白基因(CP)的保守序列,设计合成引物和TaqMan荧光探针,建立了黄瓜绿斑驳花叶病毒的实时荧光RT-PCR(Real time RT-PCR)检测方法。该方法利用TaqMan探针水解产生的荧光信号实时监测目标基因的扩增,实现PCR扩增与检测同步进行。结果表明,实时荧光RT-PCR方法检测灵敏度比普通RT-PCR高约10倍,并且具有快速、简便、准确的优点,适合于CGMMV的快速、高效检测。

实时荧光RT-PCR方法检测马铃薯V病毒

为了给马铃薯V病毒提供快速灵敏的检测技术以防止其传播扩散,根据其外壳蛋白基因核苷酸保守序列设计引物和TaqMan探针,通过特异性及灵敏度试验建立该病毒的实时荧光RT-PCR检测方法。该方法检测灵敏度高,至少可检测到36 pg/μL的总RNA;对马铃薯V病毒、马铃薯Y病毒、马铃薯A病毒、李痘病毒及马铃薯X病毒具有良好的特异性。该方法快速、灵敏、无需任何PCR后处理且交叉污染风险小,可用于马铃薯V病毒的快速检测。

实时荧光RT-PCR快速检测蚊体内乙型脑炎病毒及福建省基因Ⅰ型乙型脑炎病毒的发现

目的:应用实时荧光RT-PCR方法快速检测蚊体内乙型脑炎病毒,并对蚊体内携带的乙型脑炎病毒进行基因分型。方法:从蚊媒监测点采集蚊标本,研磨后提取RNA,用新型的LNA探针实时荧光RT-PCR方法进行高通量快速筛查蚊体携带的乙型脑炎病毒,对核酸阳性的标本进一步用乙型脑炎病毒E基因特异引物进行RT-PCR扩增和序列测定,根据所测序列与GenBank中不同地理来源乙型脑炎病毒株E基因核苷酸序列分析的结果进行基因型别的判定。结果:12575只蚊子分成254份,用实时荧光RT-PCR方法从来源于福州的2份三带喙库蚊标本中检出乙型脑炎病毒核酸阳性,经RT-PCR及核苷酸序列测定,得到一段长1500nt的E基因核苷酸序列,序列分析结果显示,其核苷酸同源性最大的是来源于上海(DQ404100)和浙江(EU258742)的毒株,分别是99.1%和99.0%,均属于基因Ⅰ型病毒。结论:实时荧光RT-PCR方法是快速检测蚊体内乙型脑炎病毒的理想方法,此次调查发现的乙型脑炎病毒是以往福建省内未见报道的基因Ⅰ型病毒。

百合无症病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立

百合无症病毒(Lily symptomless virus,LSV)是侵染百合科植物的主要病毒之一。根据该病毒不同分离株外壳蛋白基因(coat protein,CP)的保守序列,设计特异性引物与荧光探针,建立了LSV的实时荧光RTPCR检测方法。利用该方法检测LSV的2个阳性样品,均能够得到典型扩增曲线,而在百合斑驳病毒、烟草环斑病毒、番茄环斑病毒等其他病毒阳性样品中没有典型的扩增曲线,表明了该方法的特异性。与普通RTPCR法相比,此方法灵敏度提高10倍。应用该方法,2012年6月至今,宁波出入境检验检疫局从荷兰进境的67批百合种球样品中检出53批百合无症病毒阳性,检出率为93%。

狂犬病病毒快速荧光RT-PCR检测方法研究与应用

采用TaqMan方法,根据古典狂犬病病毒非编码区及N基因编码区序列,设计合成多对引物和多条探针,通过对引物、探针的筛选,反应条件的选择和优化,建立了古典狂犬病病毒荧光RT-PCR检测技术。与病毒分离鉴定、常规RT-PCR试验比较表明,建立的荧光PCR检测技术快速、敏感,检测时限3 h以内。特异性试验表明本方法与犬瘟热病毒,犬细小病毒,犬Ⅰ型腺病毒不发生交叉反应。初步动物感染试验及定量检测研究及表明,本方法可用于感染动物不同组织样品中病毒的相对定量。对132份临床样品和4种商品化疫苗进行检测研究表明,本方法适用于样品中狂犬病病毒的直接检测以及疫苗中活病毒或灭活病毒的检测。

基于荧光熔解曲线模式RT-PCR快速检测H_5N_1亚型禽流感病毒

针对H5N1亚型禽流感病毒(AIV)的HA、NA基因保守序列设计2对引物,建立了SYBR GreenⅠ双重荧光RT-PCR(RRT-PCR)方法,实现了同一反应管内同时检测AIV的H5和N1亚型基因。熔解曲线分析显示,H5和N1扩增片段的熔解温度分别为(79.5±0.3)℃和(83.3±0.3)℃,无引物二聚体形成,扩增产物片段大小分别为150 bp和474bp,与预期大小相符,测序结果证实为H5和N1亚型基因的靶序列。该方法能从H5N1样本中检出阳性扩增信号,熔解曲线可见H5和N1双特异峰;而H5N2样本有阳性扩增,熔解曲线仅见H5单特异峰。AIV的其他HA亚型和其他病毒的RNA、DNA无扩增信号。本法最低可检测21.0拷贝.μL-1和19.5拷贝.μL-1H5和N1重组质粒,敏感度分别是RT-PCR的100、1 000倍。本研究建立的基于荧光熔解曲线模式RT-PCR可用于HN亚型AIV的检测。

实时荧光RT-PCR快速检测猪源性食品中猪瘟病毒的研究

为快速检测食品中的猪瘟病毒(CSFV),本研究参照GenBank中登录的CSFV序列,设计引物及特异性TaqMan探针,利用实时荧光PCR技术,以质粒作为阳性标准品,建立特异、敏感、重复性好的CSFV快速定量检测方法。用本方法对几种不同猪源性食品(盐渍肠衣、鲜肉和腌肉)中的CSFV进行检测,结果显示该方法比普通RT-PCR具有更高的敏感性。本研究表明,该实时荧光RT-PCR能用于猪源性食品中的CSFV检测,为快速、准确检测动物源性食品中CSFV提供一条新途径。

荧光RT-PCR检测鱼类鲤春病毒血症病毒的研究

本研究根据鲤春病毒血症病毒的核酸保守区序列,开发、设计多条引物和探针序列,从中筛选敏感、特异的引物、探针,在循环参数、病毒核酸提取方法及逆转录条件优化的基础上,建立了快速的检测鲤春病病毒的荧光RT-PCR检测技术。同时,又将该方法与一步法RT-PCR方法和细胞查毒方法进行了互相验证和对比研究,结果表明,荧光RT-PCR方法检测病毒悬液的灵敏度最高,病毒悬液10-6稀释仍然可以检出,而细胞分离病毒方法测得的TCID50为10-4。本文还对北京地区出口渔场送检样品、人工实验感染该病毒鱼的病料进行了组织脏器中病毒分布和病毒含量的研究。结果显示,北京地区出口渔场送检样品未见细胞病变,所有检测样品均为阴性;病毒致死鱼的肠道病毒含量最高,肠组织研磨稀释10-4倍仍然可以检出;其次是肾和鳃组织,检出极限为稀释10-3倍组织悬液;肉和脑组织中病毒含量较低,肉最高能检出10-2倍组织悬液,而脑组织只能检出10-1倍组织稀释液。

甘蔗黄叶病毒实时荧光RT-PCR检测体系研究

甘蔗黄叶综合症(yellow leaf syndrome,YLS后称甘蔗黄叶病)是由甘蔗黄叶病毒(sugarcane yellow leaf virus,ScYLV)引起的一种重要的甘蔗病害,为更快、更准确地检测ScYLV,合成了一对特异性引物s-pf和s-pr,建立了运用SYBR Green I荧光染料法检测ScYLV的实时荧光RT-PCR体系,并对该体系的特异性、灵敏性和适用性进行了测试。结果表明:该检测体系能特异地检出ScYLV,对测试的高粱花叶病毒不能检出,灵敏度比常规PCR高100倍,适用性广。实时荧光RT-PCR检测整个过程完全闭管,无需PCR后处理且SYBR Green I荧光染料成本较低,适用于检测甘蔗体内含量较低的ScYLV病毒。

鸡病毒性关节炎实时荧光RT-PCR检测方法的建立

本文旨在建立实时荧光RT-PCR方法检测鸡病毒性关节炎病原,针对特异性的禽呼肠孤病毒S1基因设计了1对引物及探针,经优化反应体系,确定引物和探针的最优浓度配比,建立了鸡病毒性关节炎实时荧光RT-PCR检测方法。结果显示:该方法灵敏度高、特异性强、检测时间短,可应用于鸡病毒性关节炎的普查监测和检验检疫。

荧光RT-PCR快速检测技术检测鸭场环境中禽流感病毒

本研究应用荧光RT-PCR方法和鸡胚病毒分离方法,对两个禽流感发病后康复鸭场和一个健康鸭场采集的环境样品、部分健康和死鸭的拭子脏器进行检测,结果显示荧光RT-PCR方法同病毒分离方法的符合情况较好,阴性符合率为100%,病毒分离检出阳性样品经荧光RT-PCR检测全部为阳性。表明该方法在检测禽流感病毒的环境释放方面有重要应用价值,能够检出环境样品中的禽流感病毒。但其中的8份样品荧光RT-PCR显示为弱阳性或可疑,鸡胚分离的结果为阴性。推测这些样品中的病毒虽被灭活,但核酸并没有完全降解。

SYBR GreenⅠ荧光RT-PCR方法快速鉴定新城疫病毒毒力

为快速鉴定不同新城疫病毒株（NDV）毒力，我们以NDVF蛋白裂解位点附近的基因序列自行设计1对引物，对不同毒力NDV毒株进行荧光RT—PCR扩增，根据其扩增效率及扩增产物熔解温度（Tm）值大小进行NDV毒株毒力的鉴定，建立了能区分NDV强弱毒株的SYBR GreenⅠ荧光RT—PCR方法；同时将其与鸡胚平均致死时间（MDT）测定和F蛋白裂解位点序列分析结果进行比较。结果发现：建立的SYBR GreenⅠ荧光RT—PCR方法只需4h即呵判定结果，NDV强弱毒株扩增产物Tm值为（83±0．5）℃且有2个峰值，阴性对照Tm值为（81±0．5）℃且只有1个峰值；对NDV强毒株的扩增效率即Ct值在11-20之间，NDV弱毒株Ct值在25～30之间，阴性对照Ct值在30以上，Ct值在20～25之问为强弱毒株混合物。该方法检测结果与MDT测定和F蛋白裂解位点分析结果一致。应用SYBRGreenI模式荧光RT—PCR方法与普通RT—PCR方法和鸡胚接种鉴定方法分别对80份临床组织样品进行检测，强毒株的检出率均为53．75％（43／80），而弱毒株的检出率相应为31．25％（25／80）、27．50％（22／80）和35．00％（28／80），检出符合率达89．3％以上。这些结果表明建立的SYBR GreenⅠ荧光RT—PCR方法具有特异、准确、快速等特点，可用于临床病料样本NDV毒株的毒力鉴定。