精制透骨消痛颗粒防治骨性关节炎的计算机药理学

采用分子相似性分析、化学空间、分子对接、生物网络技术和药代动力学性质预测等计算机药理学方法研究中药精制透骨消痛颗粒中514个化合物的药理学机制.结果表明:该复方所含化合物在化学结构上具有多样性及大部分化合物在化学空间上具有类药性质;通过514个与35个骨性关节炎疾病相关的公认靶标的相互作用及它们在靶空间的分布上阐明了精制透骨消痛颗粒防治骨性关节炎的可能作用机理,发现了一些潜在的活性分子;通过分析药物库中骨性关节炎的药物-靶点的作用网络及精制透骨消痛颗粒中分子-靶点的作用网络的异质性值、特征路径长度等特征,揭示精制透骨消痛颗粒的多药物、多靶点、多途径分子作用机制.结果有助于理解中药精制透骨消痛颗粒的复杂作用机制.

基于计算药理学的复方丹参滴丸对氯吡格雷代谢酶的影响

目的:研究复方丹参滴丸对参与氯吡格雷代谢酶人源肝羧酸酯酶CES1、细胞色素CYP450 3A4、CYP4502C19、CYP450 1A2、CYP450 2B6的影响,对其作用效应进行整体分析。方法:选择了上述5个氯吡格雷代谢相关靶点,构建组方化学成分分子配体,采用计算药理学方法探讨配体与5个代谢酶间相互作用特征。结果:分别以1MX1(CES1)、3NXU(CYP450 3A4)、4GQS(CYP450 2C19)、2HI4(CYP450 1A2)、3IBD(CYP450 2B6)为受体,THA、RIT、OXU、Chlorzoxazone、CPZ评价得分为阈值,组方中分别有29、8、31、51、44个化合物分子与代谢酶蛋白CES1、CYP450 3A4、CYP450 2C19、CYP450 1A2、CYP450 2B6间存在一定的结合效应,分析对接的结果与文献cocktail法得出的结论完全一致。结论:复方丹参方可在整体层面上抑制氯吡格雷代谢酶CES1、CYP450 3A4、CYP450 2C19、CYP450 1A2、CYP450 2B6。

清肺消炎丸基于炎症相关靶点的计算药理学研究

目的:研究清肺消炎丸化学成分抗炎相关靶点的作用,并在分子层面上阐释了多靶点效应。方法:借助与计算机辅助药物设计相关技术(以分子对接为主),探讨该复方化合物与炎症相关靶标间作用关系。结果:清肺消炎丸含有17个具有高生物利用度及类药性良好的化合物,其化学成分对环氧合酶-2(COX-2)、3α-羟基类固醇脱氢酶(3α-HSD)、磷脂酶A2(Phospholipase A2)、细胞色素p450-cam(CYP450-cam)、外膜磷脂酶(OMPLA)、对羟基苯甲酸羟化酶(PHBH)等多个靶点起作用。结论:该实验从分子层次上阐述了该复方在炎症治疗方面的计算药理学和化合物多靶点作用,研究为揭示清肺消炎丸缓解哮喘的作用机制提供了依据。

计算机药理学的主要方法及其在中医方药治疗慢性肝病研究中的应用

中医药在慢性肝病、尤其对慢性炎症损伤、肝纤维化的治疗中具有一定的优势,但其药效成分和作用机制的研究仍面临巨大的挑战。介绍了近年来以虚拟筛选技术、各种组学技术以及网络药理学为主要内容的计算机药理学方法及其在中医药研究领域中的应用;结合研究实践对计算机药理学方法解析中药治疗慢性肝病的有效成分及作用机制的进展作了评述。认为综合运用计算机药理学的技术,结合传统的分子生物学、药理学方法,是解析治疗慢性肝病有效中药药效物质基础及作用机制的重要研究策略。

血府逐瘀汤中红花、赤芍、川芎活血作用计算药理学

目的:采用计算药理学研究方法,研究血府逐瘀汤中红花、赤芍、川芎三味中药化合物活血作用靶点效应,阐释多靶点效应。方法:借助于分子对接和数据库搜索技术,探讨血府逐瘀汤活血类成分作用机制。结果:活血作用主要体现与4个活血类靶点Thrombin、TXA2R、PAI-1、factor IXa之间有较好的生物学效应,分别有88、18、59、3个分子与上述靶点有潜在生物学作用,其中羟基红黄色素A(safflomin A)对四个活血类靶点均有作用,并进行了方法学验证。结论:本试验从分子层次上阐释了该方中红花、赤芍、川芎活血作用机理,为该药的临床应用及深入研究提供参考。

一种防治脓毒症复方在免疫方面的计算药理学探讨

研究了一种防治脓毒症复方在免疫方面的计算药理学,并在分子层面上阐释了该复方的作用效应。借助于药物分子设计相关技术,探讨其与免疫类靶点eNOS、iNOS、A2AR、MMP-8受体的相互作用关系。该复方化学成分中与上述靶点结合效应较好的分子数目分别有153,194,63,24个,部分结果与生物学试验结果相吻合。试验从分子层次上阐释了该复方在免疫方面的计算药理学和化合物作用效应,为该复方的临床应用提供了一定的科学依据,同时也为寻找脓毒症药物提供了一定的参考和启示。

一种防治脓毒症复方的凝血相关计算药理学

目的研究一种防治脓毒症中药复方凝血方面的计算机药理学,并在分子层面上阐释了多靶点效应。方法借助于计算机辅助药物设计相关技术(以分子对接为主),探讨该复方化合物与脓毒症疾病中凝血类靶点间作用关系。结果共有4个凝血类靶点IXa、TXA2R、PAI-1、Thrombin与之有潜在生物学效应,分别有18、49、106、228个分子与上述靶点发生作用,部分结果与实体实验结果相吻合。结论该实验从分子层次上阐释了该复方在凝血方面的计算机药理学和化合物多靶点作用效应,为该药的临床应用及寻找脓毒症治疗药物提供一定的参考和启示。

基于中药整合药理学计算平台的小柴胡汤抗脓毒症的分子机制研究

目的:探讨小柴胡汤抗脓毒症的物质基础和作用机制,为该方的临床应用和研发提供参考。方法:借助中药整合药理学计算平台(TCMIP)进行小柴胡汤化学成分分析、疾病靶标预测、基因功能和通路富集分析,并建立“中药-化学成分-核心靶标-关键通路”的多维网络关系,对小柴胡汤抗脓毒症的作用机制进行探讨。结果:预测小柴胡汤的224个化学成分(包括柴胡皂苷、人参皂苷、甘草苷等)与脓毒症相关的118个核心靶标之间有相互作用,包括直接靶标血小板因子(PF)4、髓样分化因子(MYD)88、Toll样家族受体(TLR)4、CD14、一氧化氮合酶(NOS)3等,其抗脓毒症作用机制涉及神经系统、内分泌、免疫应答、能量代谢等。结论:小柴胡汤基于“神经-内分泌-免疫-代谢”等从多层面、多途径、多通路实现其抗脓毒症的作用。本研究初步揭示了小柴胡汤抗脓毒症潜在作用机制,为该方进一步的药效物质基础和作用机制研究以及临床应用提供了理论依据。

黄连解毒汤计算机药理学

研究黄连解毒汤计算机药理学,对其多靶效应在分子层面进行探讨。构建成分数据库,应用分子对接、药效团模型、数据库搜索等方法,探讨与靶点A5lOX、IkBKB、PDE32间效应,研究其计算机药理学。复方成分中分别有40、36、28个化合物与靶酶A5LOX、IkBKB、PDE32间有潜在生物学效应,有23个小分子同时抑制2个以上靶标,其中10-乙酰京尼平苷和红景天苷对3个靶标均呈现抑制作用。本试验从分子层次上阐释了复方计算机药理学效应,为该药应用及深入研究提供一定的启示。

敞口薄壁圆筒形构筑物水压爆破药量计算

从理论上对水压爆破的载荷、结构的动力响应、水压爆破的机理与药量计算等问题进行了分析，所得结果可直接用于工程实践。

基于反向药效团匹配的网络药理学方法

多向药理学计算方法为药物重定位和毒副作用预测提供了有力工具.靶标预测平台PharmMapper采用反向药效团匹配策略,并整合了配套的靶标数据库.但是,鉴于靶标数据库之间的差异难以衡量,直接将靶标得分作为不同药物之间的评价指标,往往会影响其预测可靠性.本文提出了一种新方法以提高PharmMapper的区分能力.通过计算配体与靶标数据库中所有药效团的匹配值,作者建立了配体-靶标交叉得分矩阵.该矩阵能反射背景数据库的活跃程度,并可通过靶标得分评估随机发现一个给定靶标的概率.为验证策略有效性,作者从DrugBank搜集整理了1490个药物分子和673个靶标,开展了回顾性靶标筛选测试,以及针对两种常用药物的不良反应进行靶标预测,结果均表明改进后的得分可获得更高的预测精度.

基于JSP语言实现半数致死量的网络计算

基于JSP语言，编写半数致死量（LD50）的Bliss法计算程序，实现LD50网络化计算的可视化操作；利用Eclipse作为JSV的开发平台，tomcat作为应用服务器，mysql做后台数据库，根据mvc设计模式，Bliss算法，编写LD50的计算程序；结果：使用该程序对文献数据进行了计算，结果正确，并可以自动描绘回归曲线及校正曲线图；采用该程序进行以Bliss法计算LD50的是可行的，且操作简便，效率高，程序算法可靠有效。

基于TCMIP V2.0的溃疡性结肠炎不同中医证候和推荐方药的科学内涵

溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)是一种病因还尚未明确的慢性疾炎症性肠病。本研究运用TCMIP V2.0(http://www.tcmip.cn/),探析溃疡性结肠炎不同中医证候和推荐方剂对证治疗的分子机制。其结果显示,“中药方剂-中药材-化学成分-疾病-核心靶标-关键通路”的相关分子预测UC不同证候和推荐方药的科学内涵。中医临床症状或体征是中西医共同理解的指标体系,本文以“疾病-证候-方剂”为切入口,探析中医证候的潜在分子基础和方剂治疗作用可能分子机制,用现代分子生物学诠释中医证候和方剂作用机理的科学内涵,以期对中医药防治UC提供参考。

芪参益气滴丸治疗心血管疾病的计算药理学研究

利用计算药理学方法研究了中药芪参益气滴丸中含1729个化合物在化学空间分布,结果表明大部分化合物具有较好的类药性质.利用分子对接方法研究了1729个与26个心血管疾病相关的公认靶标的相互作用及它们在靶空间的分布,阐明了芪参益气滴丸抗血管疾病的可能作用机理及活性分子.

治疗慢性肾病中药的计算机药理学研究

采用分子描述符主成分分析、药代动力学参数预测和毒性预测等计算机药物分子辅助设计技术对治疗慢性肾脏病补益类和攻逐类中药所含化学分子的药理学性质进行研究。结果表明计算机药物分子辅助设计技术可以全面直观地体现补益类和攻逐类中药所含化学分子的结构差异,并快速筛选出一批类药性良好的先导化合物。

荆花胃康方治疗消化性溃疡的计算药理学研究

目的:探讨荆花胃康方治疗消化性溃疡的可能的活性分子及作用机制。方法:利用计算药理学方法研究中药荆花胃康方中含169个化合物在化学空间分布,同时利用虚拟筛选-分子对接方法研究169个分子与10个消化性溃疡相关靶点的相互作用及它们在靶空间的分布。结果:荆花胃康方搜集到的大部分化合物具有较好的类药性质,对接结果显示荆花胃康方可能通过调节胃液胃酸分泌,对抗幽门螺杆菌等方面发挥药效作用。结论:计算药理研究的方法有助于搜寻中药中的可能活性成分及其作用机制。

温肺化纤汤的计算机药理学研究

目的:应用计算机化学信息学方法研究温肺化纤汤的小分子化学成分的物理化学性质,并预测其可能的活性靶点。方法:收集温肺化纤汤已经确定的788个小分子化学成分,采用Discovery Studio(2.5)软件计算小分子化学成分的物理化学性质,并进行深入分析。运用分子对接和复杂网络分析技术研究治疗调脾护心方所含化学成分和靶标之间的相互作用。结果:温肺化纤汤的化学成分具有良好的多样性,提示其可能具有多向药理活性,并筛选得到温肺化纤汤中9种关键化学成分和6种关键靶标。结论:本研究结果可为温肺化纤汤的后续的细胞和动物实验提供线索,促进温肺化纤汤的新药研发。