菊分支NCED酶分子特征及进化分析

为探究9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶（NCED）基因家族进化特性,本文利用生物信息学方法,对菊分支类群已完成测序的植物（包括番茄、马铃薯、烟草、甜菜、猴面花）基于全基因组进行NCED基因家族鉴定,并对其蛋白序列特征,保守基序,次级结构以及系统发育关系进行分析。结果表明,NCED酶是由小基因家族编码的酶,其成员为2~4个。蛋白质氨基酸大小在505~652aa之间,分子质量为56.23~71.42 k Da,除Sl NCED6外,其余各蛋白的等电点均表现为酸性,保守基序分析发现各成员均包含10个保守基序,其长度在29~50之间。此外,NCEDs蛋白结构分析显示,一级结构氨基酸序列N端保守性较低,而次级结构均表现为高度保守。系统发育关系发现,来自番茄的Sl NCED5、Sl NCED6与来自马铃薯的St NCED5、St NCED6分别为直系同源蛋白,这与生物学上的亲缘关系一致。