基于全基因组重测序技术对平菇白色变异菌株的鉴定及遗传变异研究

以生产上收集的一个平菇白色变异菌株(Po50)、黑色出发菌株(Po51)和一个白色生产菌株(Po9)为材料,采用拮抗、酯酶同工酶和全基因组重测序方法对3个菌株进行鉴定。拮抗和酯酶同工酶结果表明,白色变异菌株和黑色出发菌株之间无明显拮抗和酶谱差异,与生产平菇白色菌株差异较大;进一步通过全基因组重测序技术鉴定结果表明,3个菌株鉴定出大量的SNP(单核苷酸多态性位点)、InDel(插入缺失位点)、SV(结构变异位点)。平菇白色变异菌株Po50检测到SNP、InDel突变总数为1504391个,生产菌株Po9检测到SNP、InDel突变总数为1371818个,黑色出发菌株Po51检测到SNP、InDel突变总数为1501877个,通过生物信息手段分析白色变异菌株黑色出发菌株以及对照菌株Po9基因组间的结构差异,获得遗传变异图谱,可以对变异菌株进行快速精准鉴定。

平菇基因组InDel标记开发及杂交菌株遗传多样性分析

以1株平菇白色变异菌株以及黑色出发菌株为试验材料,采用全基因组重测序技术对两个菌株进行重测序,针对InDel变异位点设计17对引物对两个菌株的孢子单核菌株及杂交菌株进行遗传多样性分析。结果表明:重测序获得平菇白色变异菌株1 763 Mb高质量数据,平菇黑色出发菌株1 779 Mb高质量数据,在平菇白色变异菌株检测到331 099个InDel变异位点,在平菇黑色出发菌株中检测到339 682个InDel变异位点。随机选择InDel变异位点并设计引物进行PCR扩增试验,最终选择17对引物对变异菌株的单核菌株以及杂交菌株进行PCR扩增,研究其遗传多样性;结果 17对引物中P4、P7、P8、P9、P14菌株具有明显的多态性。进一步对12个平菇杂交菌株进行扩增,共扩增出30条清晰条带,其中扩增条带最多的引物是P9菌株,共扩增出9条条带,扩增引物最少是P14菌株,扩增出3条条带,多态性位点占66%。用5对引物对12份材料进行遗传多样性分析,发现平菇P9菌株扩增条带中多数材料均能在760 bp处扩增出多态性条带。

一起鼠伤寒沙门菌单相变异株引起的食源性疾病事件病原学分析

目的:对一起食源性疾病事件进行溯源调查和病原学分析。方法:结合流行病学调查结果共采集24份可疑食品及器具涂抹样本和17份患者粪便样本。对粪便样本采用Realtime PCR方法筛查病原,并开展流调样本的分离培养。对分离株进行血清学鉴定、PFGE分子分型、药敏试验和全基因组测序,根据全基因组测序数据预测分离株血清型、ST型别、耐药基因及毒力基因携带情况。结果:Realtime PCR结果提示粪便样本沙门菌基因检测阳性,流调样本分离培养得到7株沙门菌,均来源于患者粪便,经多种血清分型试验证实为鼠伤寒沙门菌单相变异株I4,[5],12:i:-。PFGE分子分型试验显示7株沙门菌带型完全一致。基于WGS测序数据预测引起该事件的致病菌为ST34型鼠伤寒沙门菌单相变异株;该分离株对氨苄西林、四环素、链霉素、多西环素及米诺环素耐药,携带aac(6’)-Iaa、aph(6)-Id、aph(3’’)-Ib、blaTEM-1B、sul2及tet(B)6个耐药基因;共注释110个毒力基因,其中101个毒力基因与沙门菌属致病阶段中的附着、侵袭和巨噬细胞内存活相关,未比对出与系统传播有关毒力基因。结论:本次食源性疾病事件是由鼠伤寒沙门菌单相变异株I4,[5],12:i:-感染引起,全基因组测序技术为食源性疾病事件的处理提供了更多的病原学信息。

食源性致病菌菌株变异性在微生物风险评估中的研究进展

菌株变异性是影响食源性致病菌风险评估结果准确性的一个重要因素,它普遍存在于单核细胞增生李斯特氏菌、沙门氏菌等各种食源性致病菌中。菌株变异性是菌株之间的固有差异,不能通过改变试验方法或改善试验方案消除。本文针对近年来菌株变异性的研究内容,基于菌株变异性对风险评估结果的影响,从食品链中变异性的来源、食源性致病菌表型变异性以及整合菌株生长、失活变异性到预测微生物模型中的方法三个方面进行综述,并指出目前菌株变异性研究中的不足,提出深入研究菌株变异性机制,扩展不同来源变异性的比较,进一步整合基因表达、蛋白质和细胞代谢等菌株变异性于预测模型中的建议。

河南省人源产ESBLs鼠伤寒沙门菌单相变异株的分子特征研究

目的分析河南省腹泻病例粪便标本中产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的鼠伤寒沙门菌单相变异株耐药情况,并研究其分子学特征。方法对河南省腹泻粪便中分离的124株鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌,通过肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验并筛选产ESBLs菌株;PCR方法检测β-内酰胺酶编码基因携带情况,采用质粒接合试验分析耐药基因的水平转移情况,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行亲缘关系分析。结果124株鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌耐药严重,其中有16株为产ESBLs菌株。16株产ESBLs菌株均携带CTX-M型耐药基因,并检测出OXA型和TEM型耐药基因;其中9株菌可将CTX-M基因通过质粒转移到大肠埃希菌J53,药敏分析发现其他抗生素的耐药性可以发生共转移。16株产ESBLs鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌经XbaⅠ酶切后共分为14种带型,无明显的优势带型。结论检出产ESBLs的鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌基因型具有多样性,耐药基因可通过接合性质粒在不同菌属间播散。

牙鲆迟钝爱德华氏菌吲哚阴性变异株感染症及其病原特性研究

目的 分离鉴定了牙鲆 (Flounder ,ParalichthysolivaceusL .)病原迟钝爱德华氏菌吲哚阴性变异株 (E .tardain dole negative)并对其特性进行了研究。 方法 对牙鲆迟钝爱德华氏菌 (Edwardsiellatarda)感染病例进行了自然病例检验 ,病原细菌的分离与鉴定、血清型检定、致病力检验、荧光抗体检验及药物敏感性测定。结果 通过对牙鲆迟钝爱德华氏菌感染病例发病情况、临床特征、病理变化等方面的检验及细菌的分离与鉴定 ,表明所检病例为迟钝爱德华氏菌吲哚阴性变异株感染。对分离后做纯培养的 2 0株菌进行了主要生物学性状及血清型的测定 ,表明 2 0株分离菌对所测各项特征的结果一致 ,且均为同种血清型。分离代表菌株做对健康牙鲆鱼的人工感染试验表明了相应的原发病原学意义及较强的致病作用。药敏试验结果表明 ,对供试 37种抗菌药物中的头孢唑啉等 2 2种药物敏感、对青霉素G等 7种药物耐药、对氨苄青霉素等 8种药物表现了株间差异。以荧光抗体技术对纯培养物、人工感染病死鱼肝脏中细菌的检验 ,均呈现了特异荧光反应。结论 从牙鲆病例分离鉴定了迟钝爱德华氏菌吲哚阴性变异株 ,研究报告了其主要生物学特性 ,为对由此类病原菌引起的牙鲆感染症的有效检验与防治及进一步研究等奠定了基础。

稻瘟病菌变异菌株的AFLP分析

利用94对AFLP引物对3个起始菌株和9个致病性变异菌株进行分析,其中49对引物可以区别出不同菌株类型,辨别变异菌株与其起始菌株的关系,以及起始菌株间的亲缘关系.9个变异菌株中5个菌株的条带数减少1~3条,4个菌株条带数没有明显变化.结果还表明,致病性及其他特征变异似乎与条带数缺失多少相关联.

海洋解淀粉芽孢杆菌GM-1变异菌株的特性及其抑菌作用研究

为了明确海洋解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）GM-1自发突变菌株的变异与抗菌作用的关系,进一步获得优良菌种,通过形态学观察、生理生化试验及16S r DNA和gyr B基因序列分析,对变异菌株GM-1-2特性进行分析;以8种植物病菌为供试菌,采用平板对峙法和牛津杯法分别测定变异菌株GM-1-2及其发酵液的抑菌作用;采用硫酸铵沉淀法对变异菌株产生的抑菌物质进行初步分析。结果发现,变异菌株GM-1-2的菌落形态、颜色、菌体大小与原始菌株GM-1存在明显差异,但其生理生化特性、16S r DNA和gyr B序列与解淀粉芽孢杆菌的同源性等均与原始菌株相同。变异菌株GM-1-2及其发酵液对小麦根腐病菌、棉花黄萎病菌、小麦赤霉病菌、大豆菌核病菌、小麦雪腐病菌、甘蓝枯萎病菌、斑点落叶病菌、黄瓜枯萎病菌的菌丝生长均有较强的抑制作用,且抑制作用明显高于原始菌株GM-1,其中菌株的抑菌带宽度提高了0.2-9.0 mm,无菌发酵液的抑制率提高了1.1%-153.7%。变异菌株的抑菌物质主要存在于硫酸铵沉淀中,沉淀后的上清液无明显的抑菌作用。以上结果表明,变异菌株GM-1-2的抑菌活性提高,其产生的抑菌物质与原始菌株存在差异,具有潜在的开发价值。

特比萘芬治愈1例由断发毛癣菌变异株引起的婴儿黑点癣

我们用特比萘芬(兰美抒)口服治愈了1例由断发毛癣菌变异株引起的10月龄婴儿黑点癣。该株病原菌菌落形态典型，但镜下却有大量的螺旋菌丝，其小分生孢子也呈多形性，呈棒形、气球形等，实属罕见。

鼠疫菌质粒变异菌株外膜蛋白谱的比较

目的 研究鼠疫菌外膜蛋白与其所携带的质粒之间是否存在相关性。方法 用终浓度为 10mg/ml的氯霉素2 8℃下杀死鼠疫菌后 ,采用Trion - 2 0 0改进法进行外膜蛋白的提取。以 4 %积层胶、12 %分离胶行十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶 (SDS -PAGE)电泳。根据低分子量标准蛋白和被试菌株的泳距作相关分析 ,得出各 6条蛋白带的相对分子量。结果 缺失 6MD质粒且PstI的菌株 ,在 32kD和 39k这两条外膜蛋白带处含量较少 ,其它质粒变异株未发现特殊。结论 6MD质粒缺失且PstI的鼠疫菌株外膜蛋白谱与标准 14 1株相比有明显不同。

平菇泰山-20变异菌株的鉴别及其菌丝优化培养

通过试验确定了变异菌株平菇泰山-20BY,探讨了在不同碳源、氮源、温度、p H值等条件下对变异菌株菌丝生长的影响。试验结果表明,菌丝生长最适温度24℃~26℃,最适p H值为6~7,最适碳源为葡萄糖,最适氮源为蛋白胨,最佳培养基配方为葡萄糖20 g·L^(-1)、蛋白胨10 g·L^(-1)、KH_2PO_43 g·L^(-1)和Mg SO_40.5 g·L^(-1)。

大杯蕈白色变异菌株形态特征及生物学特性研究

为了更好地了解大杯蕈白色变异菌株的形态特征和菌丝生长条件,比较大杯蕈和大杯蕈白色变异菌株的子实体形态、部分营养成分,并研究白色变异菌株菌丝的生长条件。结果表明,大杯蕈白色变异菌株主要特征是子实体菌盖白色,盖半球形或伞帽形,后期表面不光滑,有肉质瘤状凸起,菌盖肉质肥厚;菌柄灰白色或黄白色,菌柄短,粗壮;菌褶不等长,分叉;菌盖、菌柄的半纤维素、粗纤维、纤维素的含量低。大杯蕈白色变异菌株菌丝生长适宜碳源为可溶性淀粉、果糖、蔗糖、麦芽糖;最适宜氮源为蛋白胨、麸皮;最适宜培养温度为27~30℃;最适pH为7。

贵州省鼠伤寒沙门菌单相变异株的CRISPR基因型和遗传多样性研究

目的了解贵州省鼠伤寒沙门菌单相变异株规律的成簇间隔短回文重复序列(CRISPR)的基因型及遗传多样性,为贵州省沙门菌病的预防控制提供依据。方法对分离自2013—2018年贵州省7个市(州)的71株疑似鼠伤寒沙门菌单相变异株进行系统生化鉴定及血清分型,结合双重PCR法确定疑似菌株为鼠伤寒沙门菌单相变异株。提取鼠伤寒沙门菌单相变异株的DNA作为模板,进行CRISPR1和CRISPR2的PCR扩增,将阳性扩增产物进一步测序,获得菌株的CRISPR1和CRISPR2间隔序列,根据间隔序列的组成,确定CRISPR基因型,并使用Bionumerics软件对菌株进行遗传多样性分析。结果71株疑似鼠伤寒沙门菌单相变异菌株经系统生化鉴定、血清分型及双重PCR法鉴定为鼠伤寒沙门菌单相变异株,经CRISPR1和CRISPR2两个位点的PCR扩增和产物测序,71株菌共检测到163个间隔序列,其中CRISPR1有102个,CRISPR2有61个。联合CRISPR1和CRISPR2两个位点的间隔序列进行分析,发现71株菌被分为33个CRISPR基因型(TSTs),其中TST11和TST1为贵州省的优势基因型,分别占总菌株数的25.35%和12.68%。71株菌经Bionumerics软件聚类分析后被分为A、B、C、D 4个簇,A簇包含的菌株最多,B簇包含的基因型最多,不同来源的3株参考株独立成簇,D簇包含7个TSTs基因型。结论贵州省鼠伤寒沙门菌单相变异株具有优势的CRISPR基因型和遗传多样性的特点,可能有其他的感染来源。

首次从犬体内分离出羊种布鲁氏菌变异菌株的鉴定

我们对6县调查的161只犬中,查出R—SAT 阳性10只,阳性率为6.21%,将1∶200以上的9只病犬剖杀,取脏器培养、分离出3株疑似布鲁氏菌,经鉴定为羊种菌变异株,现将结果报告如下:材料与方法一、抗原:R—RBPT、R—SAT 抗原由中国预防医学科学院流行病学研究所布病室制备,S—SAT 由兰州生物制品厂生产。

枯草芽孢杆菌转酮醇酶变异株C1-B941菌种特性的初步研究

C1-B941是一株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的转酮醇酶(Transketolase,TKT)变异株,与亲株C1相比,其在菌体形态及代谢特性上发生了显著变化,如对戊糖不利用,对葡萄糖等利用变弱,碳源利用存在抑制,表现为芳香氨基酸合成途径缺陷,对数期细胞聚集成链,孢子形成能力下降,在发酵培养基中可以积累D-核糖,发酵液具有广泛的用途。

酸性蛋白酶高产菌株6042（Aspergillus niger 6042）的选育和形态鉴定

由黑曲霉ＣＰｕ菌株用６０Ｃｏγ射线诱变处理，经初筛、复筛，获得５株酸性蛋白酶变异菌株。其中６０４２菌株的形态变异株酸性蛋白活力比出发菌株提高近４倍，经多次传代酶活力稳定。用福林法测定，酸性蛋白酶活力高达２．３万ｕ／ｇ曲。经形态鉴定菌落大小和孢子颜色与原始菌株有明显差异。

河南省腹泻患者中鼠伤寒沙门菌单相变异株的分子流行特征研究

目的了解河南省腹泻患者中鼠伤寒沙门菌单相变异株的分布及其分子学特征。方法对我省监测到的历史鼠伤寒沙门菌进行血清学复核,使用双重PCR法鉴定第2相鞭毛缺失菌株并对其进行脉冲场凝胶电泳分析。结果1576株沙门菌中有401株鼠伤寒沙门菌,经双重PCR方法鉴定出113株鼠伤寒沙门菌单相变异株,分别占沙门菌和鼠伤寒沙门菌的7.17%和28.18%,其中79.64%(90例)来源于<2岁的婴幼儿。113株鼠伤寒沙门菌单相变异株经XbaⅠ酶切后,共分为88种带型,各带型包含菌株数为1~5株,带型相似度在58%~100%,带型无明显的地域、时间聚集特征。结论河南省腹泻患者中鼠伤寒沙门菌单相变异株检出率较高,且人群分布不均,分子分型表现出较大的多样性,没有形成较大规模的流行。

木霉对多菌灵的生物降解特性研究

从耐药性木霉菌株的诱变选育过程中，得到一株能在含多菌灵2000mg L^-1培养基上生长的变异菌株T32。该菌株在以多菌灵为唯一碳源的无机盐培养基中，于25℃、200r min^-1振荡培养5d，对多菌灵的降解率达到61．4％。在pH6．0、25℃、5％接种量和加入0．5％酵母粉为最适降解条件下，该菌株对多菌灵、速克灵、扑海因、甲基布托津和三唑酮这5种常用化学农药的降解率分别达到91．4％、92．1％、55．3％、40．1％和86．5％。对原土壤、自然风干土壤和高温烘干土壤中的多菌灵进行室内降解实验，在25～28℃、5％接种量、含水量维持15％的条件下处理10d，对多菌灵的降解率分别达到78．6％、75．3％和70．5％。