菌物分类学课程实践教学的探索与改革

实践教学是培养学生创新精神和实践能力的重要途径。该文主要根据菌物分类学课程实践教学特点进行了一些探索与改革,突出了实践教学在创新人才培养中的重要地位,发现实践教学过程中存在的问题,从改革菌物分类学实验课的教学方法到改善实践教学条件、培养高素质的教师队伍等方面,进一步深化实践教学改革,为提高人才培养质量奠定实践教学基础。

BX51在菌物分类课程教学及科研中的应用

菌物分类学课程是森林保护专业重要的专业课程。实验教学主要以观察不同菌物的微观形态特征(菌丝、孢子、产孢器官等)为主。本研究通过在菌物分类课程实践教学过程中将学生制作好的切片进行拍照、测量,通过不断探索提高BX51正直研究微分图像系统的各项功能,得到更加清晰的图片信息,提高实践教学效果,还能够更加高效地开展微观特征的数据分析,提高学生的毕业论文质量和教师的科研论文水平。

新世纪中国菌物新名称发表概况(2000–2020)

2000–2020年间,我国菌物学研究取得了丰硕的成果,在新物种发现、重要类群新分类系统、资源保护与开发利用等多方面取得了重要进展。本文通过对世界菌物名称信息库Index Fungorum、Fungal Names和MycoBank进行数据整理,从中国学者的研究产出和中国的菌物新物种发现的角度展开分析,揭示我国菌物分类学的研究概况。新世纪以来,中国从事菌物分类学的研究人员数量、研究类群规模和研究成果数量都处于稳步上升的趋势,在世界贡献的比重逐渐增长,有1 491位中国学者在4 029篇文章和36部专著中发表了9430个新名称(含中国学者发表的采集自国外的物种),占全世界新发表名称总数的七分之一,其中新分类单元7 120个(含新纲3个、新目24个、新科88个,新亚科4个、新属492个、新亚属3个、新组及新亚组23个、新种6 404个和新种下单元79个)、新组合1 868个、新修订名称61个和其他新名称381个。这些新名称隶属于11门43纲173目525科1 997属,重点研究类群为子囊菌与担子菌等。若统计采集自中国的新物种,则发现了5458个菌物新物种,其中90%以上由我国学者独立或合作完成发表。在地域分布方面,我国南方发现的菌物新物种数量多于北方,而云南是发现菌物新物种最多的省份,占全国发现新物种总数的大约四分之一。

中国柑橘菌物病原名录

我国是世界上最大的柑橘生产国,柑橘产业在我国农业生产中占有重要地位。菌物病害是制约我国柑橘产业效益的重要因素。在过去一百余年里,我国植物病理学家和菌物学家描述和记载了大量柑橘上的病原菌物。然而随着分子系统学在菌物分类鉴定中的广泛应用,以及菌物命名法规的变化,一些菌物的分类地位和拉丁学名发生了较大的变化。为了方便使用者了解这些变化,方便柑橘菌物病害相关知识的交流,本文汇总了我国已经描述的柑橘菌物病害的病原种类,其中病原真菌103种,病原卵菌12种,此外还列出我国禁止入境病原菌5种,并依据最新分类系统和菌物命名法规对相关病原菌物的拉丁学名、中文名称以及病害中文和英文名称等进行了整理和修订。该项工作有利于我国柑橘产业相关工作者对柑橘病原菌物名称的检索和规范使用,促进学术交流和科学知识的普及。

世界及中国菌物新命名发表概况(2020年)

菌物是全球生物多样性最丰富的生物类群之一,每年有大量新物种被描述和发现,统计和分析菌物新名称发表数据,可实时展示菌物分类学的研究热点,并为学科的未来发展提供参考数据。根据世界菌物名称信息库FungalNames、Index Fungorum和Myco Bank所收录的数据,2020年全球共发表了4,996个菌物新名称,包括652个新高阶分类单元、2,905个新种及种下单元、1,342个新组合和97个其他名称,是历史上发表菌物新名称数量最多的一年。这些新名称隶属于12门44纲173目469科1,386属,盘菌、小型子囊菌、地衣和伞菌是本年度最受关注的类群。来自全球的1,978位学者将上述菌物新名称发表在133个期刊的885篇论文和9部专著中,其中669位作者是首次参与新名称发表,是历年来新作者最多的一年。本年度发表的菌物新物种的模式标本来自世界103个国家和地区,东亚和东南亚是新物种发现的最热点地区,而中国是发现新物种最多的国家,共发现669种,占全球的23%,是排名第二位的泰国的2.28倍。西南地区是我国新物种发现的热点地区,云南、贵州、西藏三省区本年度发现的新物种数量占全国的44.80%。除了新物种来源,中国学者在本年度的菌物分类学研究中取得了令人瞩目的成果,333位中国学者参与发表了1,271个菌物新名称,占全球新名称总数的1/4。这些菌物新名称隶属于8门24纲87目209科440属,发表在45个期刊的258篇研究论文和1部专著中。通过上述研究发现,全球菌物新物种发现的速度仍在加快,命名作者和新名称发表数量在逐步增加,研究类群规模在逐渐扩大。但菌物物种描述率仍处于较低水平,持续、高效地发现菌物新物种将是菌物学者的重点研究方向之一。

世界菌物新命名发表概况(2021年)

21世纪以来,菌物新物种的发现速度逐渐加快。每个新发表的菌物新名称都蕴含着大量的分类学和多样性信息,通过对这些信息进行统计和分析,可以揭示菌物分类学的发展趋势和存在的问题。2021年全球共发表了3,734个菌物新名称,包括288个新高阶分类单元(1个新门、2个新纲及新亚纲、16个新目及新亚目、36个新科、233个新属及次级属下单元)、2,551个新种及种下单元、782个新组合、113个其他新名称。这些新名称隶属于3界13门40纲159目425科1,165属,伞菌和小型子囊菌是本年度最受关注的类群。全球有2,060位学者参与了菌物新名称的研究与发表工作,为历史上命名作者数量最多的一年。中国学者在本年度的菌物新命名工作中做出了突出贡献,约30%的新名称(1,124个)由中国学者参与发表。来自中国的命名作者共有380位,是我国命名作者数量最多的一年。本年度发现的2,533个菌物新物种来自于世界7个大洲的101个国家和地区,新物种丰富度最多的地区是亚洲东部和南部,而中国发现了756个菌物新物种,是发现新物种最多的国家,占全球的近30%。我国南方地区的新物种数量远多于北方地区,发现新物种最多的省份是云南省,共发现248种,占全国的33%。总体来看,全球菌物新物种发现的速度与近年持平,处于波动上升的趋势,而中国的菌物分类学发展速度和贡献度仍在快速提升。建议未来的分类学研究工作中,继续扩大研究地域和类群,将新物种发现与完善高阶分类系统并重,逐步揭示全球菌物多样性本底。

VERTICAL HEREDITY VS. HORIZONTAL GENE TRANSFER: A CHALLENGE TO BACTERIAL CLASSIFICATION

The diversity and classification of microbes has been a long-standing issue.Molecular phylogeny of the prokaryotes based on comparison of the 16S rRNA sequences of the small ribosomal subunit has led to a reasonable tree of life in the late 1970s. How-ever, the availability of more and more complete bacterial genomes has brought about complications instead of refinement of the tree. In particular, it turns out that different choice of genes may tell different history. This might be caused by possible horizontal gene transfer (HGT) among species. There is an urgent need to develop phylogenetic methods that make use of whole genome data. We describe a new approach in molecular phylogeny,namely, tree construction based on K-tuple frequency analysis of the genomic sequences.Putting aside the technicalities, we emphasize the transition from randomness to determin-ism when the string length K increases and try to comment on the challenge mentioned in the title.