基于狄利克雷多项式过程模型与K-means结合的菌群分析

群体分型是一种有助于更好的理解人类身心健康等复杂生物学问题的有效方法,聚类是一种为了对样本分组来降低复杂性的定义肠型的方法,而传统K-means聚类算法的K值选取无法确定,本文在传统K-means聚类算法的基础上进行了改进,并公开数据集上进行了验证,实验表明改进算法能够解决K值选取无法确定的问题,且聚类结果的稳定性、准确性和聚类质量都得到显著提高。将改进后的模型运用于肠道菌群OTUs数据,发现不仅能够有效地区分2-型糖尿病患者样本间的相似性,而且能鉴定出影响菌群结构异质性最大的OTUs菌,为临床解决2-型糖尿病问题提供了一种新的思路。

溃疡性结肠炎患者菌群分析结果的研究

目的 :研究溃疡性结肠炎患者肠道菌群的改变。方法 :采用梯度稀释法行菌群分析。结果 :发现酵母菌和小梭菌数较正常人显著增高 ,其他细菌数差异无显著性。结论 :该结果可以为溃疡性结肠炎的治疗提供参考依据 ,为溃疡性结肠炎的预后进行评估。

16S rRNA基因克隆文库用于菌群分析的效能研究和评价

目的建立16S rRNA基因克隆文库进行菌群相对定量的方法,评价其对细菌的检测效率以及对混合菌群中低含量细菌的分析能力。方法取脆弱类杆菌等9种细菌以相同及级差比例制备细菌悬液,分别用或不用变溶菌素处理后,用试剂盒提取核酸,16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增、纯化、连接、克隆和测序,建立16S rRNA基因克隆文库,将序列与数据库进行比对分析。结果相同比例制备的菌悬液,加或不加变溶菌素提取的核酸,掺入的9种细菌均可检出。级差比例制备的菌悬液,加变溶菌素提取核酸,掺入的9种细菌均可检出;不加变溶菌素提取核酸,数量少难裂解的革兰阳性菌双歧杆菌未能检出。混合菌悬液中各种细菌的比例与文库反映的各种细菌的比例有数量对应关系,但不是线性对应关系。结论16S rRNA基因序列分析是一种较好的细菌菌群分析方法,它可以同时检出多种细菌,并能对混合细菌标本进行菌群相对定量,反映菌群中各种细菌的丰度,但不能准确定量菌群中各种细菌的数量。

16srDNA序列分析在腹泻粪便标本菌群分析应用

目的应用16s rDNA序列分析方法,对临床实验室没有分离到已知病原菌的腹泻病人粪便标本进行菌群分析,为腹泻病人的病原学诊断提供线索。方法根据细菌16s rDNA保守区序列设计通用引物,以腹泻病人粪便标本中的总DNA为模板,PCR扩增16s rDNA片段。将获得的片段克隆入T载体进行测序,与数据库中发表序列的进行比对,判断标本中细菌的种类和比例;PCR扩增常见的五类致病性大肠杆菌的特征基因应用于排除诊断。结果在3份粪便标本中,大肠杆菌为优势菌群(所占比例分别为84%、65%和81%);其他种群细菌为拟杆菌属(Bacteroides)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)和普雷沃氏菌属(Prevotella)等;实验室常规培养方法没有分离到常见的五类致病性大肠杆菌;PCR扩增没有发现常见的五类致病性大肠杆菌的特征基因。结论引起三例病人腹泻的病原菌可能是一种新的大肠杆菌;16s rDNA序列分析方法可应用于腹泻粪便标本菌群分析,为常规的病原培养方法提供补充,对疾病的诊断提供线索。

汶川地震灾害后创伤患者感染伤口菌群分析

目的了解汶川地震灾害后受伤患者感染伤口的常见致病菌及部分抗生素耐药率。方法从2008年5～7月收治的地震灾害后伤口感染的患者中,经过提取伤口分泌物并送培养及药敏试验,对其细菌学特点、药物耐药性进行总结分析。结果在送检的193份样品中,156份检出了病原菌,检出率为80.83%:革兰阴性杆菌81株,占51.92%;革兰阳性球菌66株,占42.31%,厌氧菌9株,占5.77%。革兰阴性杆菌对美罗培南、舒普深的耐药率较低;革兰阳性球菌对万古霉素、米诺环素等抗生素的耐药率较低。革兰阳性球菌的总体耐药率较高。结论地震灾害等自然灾害后受伤患者感染伤口在及时进行清创引流的同时,应结合培养及药敏试验的结果,根据细菌学特点和对抗生素的耐药率合理选用抗生素。

鼻咽癌放疗患者口腔感染菌群分析与对策

目的了解鼻咽癌放疗患者口腔感染菌群分布情况,为控制感染提供依据。方法对鼻咽癌放射治疗后并发口腔感染36例患者的临床资料进行回顾性分析。结果 36例患者中,感染菌群包括链球菌12例,白色念珠菌10例,副流感嗜血杆菌7例,肺炎克雷伯氏菌5例,绿脓杆菌2例,白假丝酵母菌1例;其中1例为白色念珠菌和链球菌重合感染。不同年龄段患者口腔感染率无差异(P>0.05),随着住院时间的延长,口腔感染率升高(P<0.05)。结论鼻咽癌放疗患者口腔感染可能与住院时间和放疗有关,应采取必要的措施以提高患者的生存质量。

脂肪肝患者40例粪便涂片菌群分析

目的初步探讨脂肪肝与肠道微生态的相关性。方法采用粪便快速涂片法对40例脂肪肝患者及40例健康志愿者进行粪便菌群分析。结果患者组共12例存在肠道菌群失调症,占30%,其中Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ度分别为7例、4例、1例;对照组共5例存在肠道菌群失调症,占12.5%,均为Ⅰ度。2组相比P<0.05,差异存在显著性,患者组菌群失调例数多于对照组。结论本研究初步探讨了脂肪肝与肠道菌群的关系,发现脂肪肝患者肠道菌群紊乱可能较正常人增多,故二者可能存在一定关系。但是由于本研究样本数较少,且采用的检测肠道菌群的方法仅仅为粪便快速涂片法,故还需更大样本的、采用更精确肠道菌群检测方法的研究进一步探讨脂肪肝与肠道微生态的关系。

746例婴幼儿秋季腹泻大便标本致泻性大肠菌群分析

目的对婴幼儿秋季腹泻标本进行致泻性大肠菌群分析。方法对746例大便标本严格按照致病性大肠埃希菌分离鉴定程序操作分离致病菌,接种血平板和麦康凯平板,筛选出大肠埃希菌,做致病性大肠埃希菌鉴定和药敏试验。结果共检测出45例致泻性大肠菌群,阳性率为6.03%,以致病性大肠埃希菌(EPEC)为主,血清型分布较广泛,最多见为O127a:K63,共8例,占17.8%,见2株肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)(4.4%)。药敏结果显示耐药率较高,产ESBLs菌达68.9%。结论婴幼儿秋季腹泻除常见沙门志贺菌外,致泻性大肠菌也是重要的致病菌群,且耐药情况较严重,临床实验室应加强致泻性大肠菌的分离培养。

DNA指纹图谱在炎症性肠病肠道菌群分析中的价值

目的利用DNA指纹图谱分析肠道菌群变化与炎症性肠病的关系。方法研究对象分为正常组和病例组,每组各6例,分离结肠黏膜组织,提取黏膜细菌组DNA,应用细菌16 S rDNA的PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对肠道菌落进行初步鉴定,并对其组成结构进行分析,留取部分远端结肠进行菌群定植数量分析。结果病例组和正常组的所有样本分别进行3次以上的PCR-SSCP指纹图谱分析,得到了稳定可重复的图谱。病例组同正常组比较,菌群多样性明显减少。肠球菌和肠杆菌数量增多(P<0.05),乳酸杆菌和双歧杆菌数量明显减少(P<0.05)。两组比较主要是不可培养细菌的差异。结论炎症性肠病患者肠道菌群菌属多样性减少,各肠道菌属间存在比例失调,肠道微生态失调可能参与炎症性肠病的产生或加重过程。

患社区获得性肺部感染结构性肺病者菌群分析

目的探讨结构性肺病社区获得性肺部感染菌群与其他社区获得性肺炎的区别。方法呼吸科住院的结构性肺病社区获得性肺部感染菌群与其他社区获得性肺炎患者痰标本进行培养、细菌鉴定以及药物敏感性测定。结果结构性肺病组共培养出G-菌523株、G+菌146株,其他肺部感染共培养出G-菌71株、G+菌12株,结构性肺病与其他肺部感染比较,肺炎克雷白杆菌显著减少(P<0.005),铜绿假单胞菌明显增加(P<0.05)。铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、阴沟肠杆菌、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌与表皮葡萄球菌耐药率增加。讨论结构性肺病社区获得性肺部感染经验治疗应选用涵盖耐药菌的药物。

洛河污泥菌群分析及去除玉米赤霉烯酮的菌种筛选鉴定

玉米赤霉烯酮(Zearalenone,ZEN)是由镰刀菌属真菌产生的一种特殊的生物毒素,对粮食和饲料危害巨大。生物法去除该毒素是经济环保的做法。实验旨在分析洛河污泥中的主要微生物种群,并从中筛选能够去除ZEN的微生物菌种。实验首先采用宏基因组测序技术,对样品中的微生物种群进行分析,并在此分析结果的指导下配制添加5μg/mL ZEN的MRS、NA、LB三种改良培养基,采用好氧和厌氧方式对样品中的优势菌种进行筛选,对初筛菌株通过酶联免疫法(ELISA)测定其对改良液体培养基中ZEN的去除率,筛选出高去除率的菌株。通过宏基因组分析,洛河河道污泥中微生物种类丰富,在属的水平上,以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳杆菌属(Lactobacillus)为主,在种的水平上,枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)、海洋芽孢杆菌(Oceanobacillus damuensis)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)为主要菌种。改良培养基初筛到47株去除ZEN的微生物菌种,经形态和分子鉴定所筛菌种大部分为植物乳杆菌、乳酸片球菌、粪肠球菌、海洋芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌等微生物菌种。以NA、LB培养基在好氧培养方式筛选的微生物菌种对ZEN的去除能力较高,去除率可达80%。

妇科住院病人下生殖道菌群分析

我科自1993年2月至1994年6月，对196名妇科住院病人进行阴道分泌物涂片、一般培养、解脲支原体培养，结果发现阴道致病菌生长率较日常妇女高，并从年龄、孕产次、职业、避孕措施进行了分析，为今后扩大样本，进一步开展临床及实验室研究提供依据，对于加强防治阴道致病菌，减少细菌引起的STD有一定意义。

河口水体中的菌群分析及其脱氮能力的研究

从天津渤海湾三个河口六个站位采集水样,用Zobell2216E培养基分离共得到92株异养细菌,其中G+52株,G-40株。对其形态和生理生化性状进行分析,初步研究结果表明,他们主要分属葡萄球菌、微球菌、不动杆菌、莫拉氏菌、芽孢杆菌、弧菌、产碱杆菌、肠杆菌、假单胞菌。选择假单胞菌属、葡萄球菌属、产碱杆菌属、芽孢杆菌属,研究其在含氮量较高的所采河口水样中(无机氮含量>0.3 mg/L)的脱氮能力,于0、3、6、9、12、15 h不同时间测定水样中的亚硝酸盐氮、硝酸盐氮、氨氮含量。实验结果表明经过9 h的培养测定,水样中的无机氮含量明显降低,但9 h以后除假单胞菌的水样无机氮含量继续降低之外,其他三个菌种水样无机氮含量开始上升。确定四个菌种的最佳脱氮时间为9 h,且芽孢杆菌的脱氮能力最强。

53例化脓性中耳炎脓液菌群分析

本文对53例SOM患者中耳脓液进行需氧细菌型、L型及厌氧菌3种培养,共检出各类细菌100株,病例检出阳性率达100％,其中需氧细菌型培养阳性率为75.5％(40/53例);细菌L型培养阳性率为77.4％(41/53例);厌氧菌培养阳性率为24.5％(13/53例)。各种混合感染总计高达81.1％,且交叉混合类型较多,笔者认为此系SOM久治难愈的主要原因之一。

一次性菌群分析培养瓶的应用

用一次性菌群分析培养瓶对５０ 例小鼠及３５ 人粪便标本菌群分析结果比较可知，我们开发的一次性菌群分析培养基与光岗介绍的经典的菌群分析培养基效果相当，两种方法重复性都好，结果也比较稳定准确，只是经典方法必须把平板培养置厌氧环境３５ ℃培养３６ｈ４８ｈ 观察结果，而一次性菌群分析培养瓶只需放通温箱培养，不仅效果较好而且比传统的经典方法更简易型，易于推广使用。

急性上呼吸道感染咽部微生态菌群分析

目的:比较急性上呼吸道感染者和健康人群咽部细菌种类及分布特点的不同,分析急性上呼吸道感染咽部细菌的变化,并进行耐药性分析。方法:采集急性上呼吸道感染患者咽拭子,进行细菌培养和鉴定,并和健康人群进行对比分析。结果:急性上呼吸道感染患者咽拭子标本中,检出率前三位的细菌分别是甲型溶血性链球菌、卡他莫拉菌和副流感嗜血杆菌;咽部细菌检出率明显高于对照组(P <0. 05)。结论:急性上呼吸道感染患者咽部携带的细菌种类和数量与健康人群有明显的差异,急性上呼吸道感染与咽部优势菌群遭到破坏有一定关系。

自治区人民医院ICU细菌感染菌群分析

我们对2002年1月～2004年12月住院病人，包括院外感染和院内感染以及急性加重期，呼吸衰竭和机械通气的病人500次痰细菌培养进行分析，以探讨重症监护室细菌分布和变化情况。