我国发酵鱼制品菌群组成与风味代谢相关性研究进展

发酵是一种传统的鱼类贮藏方式,在发酵过程中,原料或环境中携带的微生物通过自身代谢能够促进碳水化合物、蛋白质及脂肪的分解利用,从而生成丰富的风味物质。不同地区的人们通过添加不同的原辅料以及控制盐含量、发酵温度、发酵时间等条件,得到风味、形态均大不相同的发酵鱼制品,同时各类发酵鱼制品中微生物组成的差异性导致其特征性风味物质的组成也各不相同,因此研究不同发酵鱼制品中的菌群组成,探究微生物代谢与特征性风味物质形成的相关性成为当前研究的热点之一。本文针对国内不同类型发酵鱼制品,对其发酵工艺、菌群组成、特征性风味物质及产生机制的相关研究进行整理和讨论,分析发酵条件对菌群组成、进一步对风味形成的影响;同时对比不同微生物与风味物质相关性研究方法的特点,为今后探索发酵鱼风味形成机制及对发酵鱼风味进行精准调控提供参考方向。

乳化植物甾醇对福建白兔生长性能、肠道形态及盲肠菌群与代谢物的影响

本试验旨在研究乳化植物甾醇对福建白兔生长性能、肠道形态及盲肠菌群与代谢物的影响。选取健康、体重相近的40日龄福建白兔150只,随机分为5组,每组30只(公母各占/1/2),单笼饲养。对照组饲喂基础饲粮,试验组A在基础饲粮中添加20 mg/kg的普通植物甾醇,试验组B、C、D在基础饲粮中分别添加10、20和40 mg/kg的乳化植物甾醇,试验期为60 d。饲养试验结束后采样,测定各组的生长性能和肠道形态、盲肠菌群组成与代谢物组成及相对含量。结果显示:1)与对照组和试验组A相比,试验组B、C、D福建白兔的腹泻率和死亡率明显下降,平均日采食量、平均日增重、料重比等各项生长性能指标均有一定程度的改善,其中试验组C的平均日增重、料重比与其他各组的差异达到显著水平(P<0.05)。2)与对照组相比,试验组C的十二指肠绒毛长度与试验组B、C的空肠绒毛长度显著提高(P<0.05),试验组A、B、C、D十二指肠的隐窝深度与试验组B、C、D空肠的隐窝深度显著降低(P<0.05),试验组A、B、C、D十二指肠和空肠的绒毛长度与隐窝深度比值(V/C值)与试验组B、C、D回肠的V/C值显著增加(P<0.05);试验组A空肠、回肠的V/C值显著低于试验组B、C、D(P<0.05);试验组C十二指肠的绒毛长度、试验组C、D十二指肠的V/C值显著高于其他各组(P<0.05)。3)试验组B、C、D盲肠菌群组成与对照组和试验组A相差较大,试验组B、C、D在门水平上以厚壁菌门(Firmi-cutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)为主,厚壁菌门/拟杆菌门随着乳化植物甾醇添加剂量的增加呈现先增加后略微下降的趋势;在属水平上,Muribaculaceae、瘤胃球菌科NK4A214组(Ruminococ-caceae_NK4A214_group)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、梭菌纲UCG014(Clostridia_UCG-014)、梭菌纲vadinBB60组(Clostridia_vadinBB60_group)为各组优势菌属。4)添加植物甾醇的各试验组盲肠中糖和醇、有机酸、氨基酸等代谢物的相对含量比对照组增加,部分脂类和类脂类的相对含量下降,类激素物质的相对含量增加。Spearman相关性分析表明,这些代谢物与产粪甾醇真杆菌属(Eubacterium_coprostanoligenes)和瘤胃球菌科V9D2013组(Ruminococcaceae_V9D2013_group)密切相关。综上所述,饲粮中添加乳化植物甾醇可降低福建白兔的腹泻率和死亡率,提高平均日采食量和平均日增重,降低料重比,有利于改善肠道形态和盲肠菌群组成,增加盲肠中代谢物的相对含量,特别是短链脂肪酸;乳化植物甾醇添加剂量为20 mg/kg时对福建白兔生长性能和肠道黏膜形态完整性的改善效果最好,此剂量为福建白兔饲粮中的乳化植物甾醇的最佳添加剂量。

单宁对断奶前犊牛瘤胃发酵参数与菌群结构的影响

本试验旨在研究开食料中添加单宁对断奶前犊牛瘤胃发酵参数与菌群结构的影响。选取60头健康且初生重[(39.9±1.9)kg]相近的1日龄中国荷斯坦母犊牛,随机分为4组,每组15头,每头单栏饲养。对照组(CON组)饲喂开食料,试验组在对照组开食料基础上添加由白坚木单宁提取物(缩合单宁)和栗木单宁提取物(水解单宁)按照2∶1比例混合制成的白坚木单宁与栗木单宁混合物(QTE,单宁总含量≥73%),添加量分别为0.30%(QTE1组)、0.45%(QTE2组)、0.60%(QTE3组)。试验期63 d,试验期间所有犊牛统一断奶,试验最后1天采集瘤胃液。结果显示:1)各QTE添加组的终末体重均显著高于CON组(P<0.05)。2)开食料中添加不同水平的QTE对瘤胃液pH、微生物蛋白浓度、总挥发性脂肪酸浓度、乙酸摩尔比例、戊酸摩尔比例以及乙酸/丙酸比值均无显著影响(P>0.05);随着QTE添加量的增加,瘤胃液中氨态氮浓度呈二次降低趋势(P=0.05),丙酸摩尔比例有线性升高趋势(P=0.10),丁酸摩尔比例呈二次升高(P=0.03),异丁酸和异戊酸摩尔比例有线性降低趋势(P=0.08和P=0.05)。氨态氮浓度以QTE2组最低,丙酸摩尔比例以QTE2组最高;QTE2组丁酸摩尔比例显著高于CON组和QTE3组(P<0.05);QTE2组异戊酸摩尔比例显著低于CON组和QTE3组(P<0.05)。3)QTE1组、QTE2组和QTE3组的Shannon指数显著高于CON组(P<0.05),且以QTE2组最高。4)在门水平上,随着QTE添加量的增加,放线菌门(Actinobacteria)的相对丰度线性升高(P=0.01),且QTE2组和QTE3组显著高于CON组和QTE1组(P<0.05);厚壁菌门/拟杆菌门比值线性降低(P=0.01),且QTE1组、QTE2组和QTE3组均显著低于CON组(P<0.05)。在属水平上,随着QTE添加量的增加,普雷沃氏菌属的相对丰度线性升高(P=0.01),且QTE2组和QTE3组显著高于CON组(P<0.05);丁酸弧菌属的相对丰度线性降低(P=0.01);欧陆森氏菌属(Olsenella)的相对丰度呈线性升高趋势(P=0.05)。综上所述,单宁可通过提高瘤胃菌群多样性和有益菌相对丰度,优化瘤胃菌群结构,改善瘤胃发酵模式,促进断奶前犊牛的生长。在本试验条件下,犊牛开食料中QTE的适宜添加量为0.45%。

微酸性电解水处理对兔肉冷藏期间品质及微生物菌群的影响

为探究微酸性电解水(slightly acidic electrolytic water,SAEW)对兔肉贮藏品质的影响,将新鲜兔肉分别使用SAEW浸泡处理5 min(SWa)、SAEW浸泡处理10 min(SWb)、无菌水浸泡处理5 min(PW)和未经浸泡处理为对照组(CK)。处理后样品使用托盘覆膜,置于4℃冷藏。每2 d检测样品的总挥发性盐基氮(total volatile base nitrogen,TVB-N)含量、硫代巴比妥酸(thiobarbituric acid,TBA)含量、pH值、色度、感官及微生物菌群结构的组成及变化。结果表明,SAEW浸泡处理兔肉在冷藏期间pH值、TVB-N值、TBA值上升速率明显低于CK组和PW组,且能够更好地保持兔肉原有色泽以及感官品质,当贮藏到第8天时,发现TVB-N值在CK组[(14.98±0.42)mg/100 g]和PW组[(14.76±0.40)mg/100 g]显著高于SWa组[(13.58±0.40)mg/100 g]和SWb组[(12.66±0.43)mg/100 g]。结合16S rDNA测序分析,SAEW可抑制兔肉冷藏期间腐败菌拟杆菌属(Bacteroides)、假单胞菌属(Pseudzaomonas)的生长繁殖,有效延缓冷藏兔肉腐败变质且SAEW处理10 min减菌效果更佳。该研究结果为SAEW在兔肉贮藏保鲜中的应用提供了理论参考。

发酵玉米芯对肉牛生长性能、瘤胃发酵参数及菌群的影响

本试验旨在研究发酵玉米芯对肉牛生长性能、瘤胃发酵参数及菌群的影响。选用60头体况良好、13月龄左右、体重[(395±32)kg]相近的西门塔尔杂交牛,随机分为3组,每组20个重复,每个重复1头牛。对照组饲喂不添加发酵玉米芯的全混合日粮,试验1组饲喂添加10%发酵玉米芯的全混合日粮,试验2组饲喂添加20%发酵玉米芯的全混合日粮,预试期7 d,正试期93 d。结果显示:1)试验1、2组的平均日采食量和平均日增重显著高于对照组(P<0.05),料重比显著低于对照组(P<0.05)。2)试验1、2组瘤胃液氨态氮(NH_(3)-N)浓度与对照组相比均显著升高(P<0.05),试验2组瘤胃液微生物蛋白(MCP)浓度与对照组和试验1组相比显著提高(P<0.05);各组瘤胃液pH无显著差异(P>0.05);2个试验组瘤胃液总挥发性脂肪酸(TVFA)浓度均显著低于对照组(P<0.05),但乙酸、丙酸、戊酸摩尔百分比及乙酸/丙酸值没有显著变化(P>0.05);2个试验组瘤胃液丁酸摩尔百分比显著低于对照组(P<0.05),而异丁酸和异戊酸摩尔百分比均显著高于对照组(P<0.05)。3)门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)为3组肉牛瘤胃菌群中的主要优势菌门。试验1、2组Bacteroidetes的相对丰度显著高于对照组(P<0.05),试验2组Firmicutes的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。属水平上,3组的主要优势菌属均为普雷沃氏菌属(Prevotella)、拟杆菌目未鉴定属(unidentified Bacteroidales)。试验1、2组普雷沃氏菌科未鉴定属(unidentified Prevotellaceae)的相对丰度显著高于对照组(P<0.05),同时试验1组还显著高于试验2组(P<0.05);对照组Ruminococcus和甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)的相对丰度显著高于试验1、2组(P<0.05);试验2组的梭菌目未分类属(unclassified Clostridiales)和毛螺菌科未鉴定属(unidentified Lachnospiraceae)的相对丰度显著低于对照组和试验1组(P<0.05)。综上所述,饲粮中添加发酵玉米芯能够提高肉牛的生长性能,改善瘤胃发酵环境,同时影响瘤胃菌群在门水平和属水平上的组成。

日粮添加胆汁酸对亚急性瘤胃酸中毒山羊生长性能、瘤胃发酵和菌群结构的影响

旨在探究胆汁酸(BAs)对亚急性瘤胃酸中毒(subacute ruminal acidosis,SARA)山羊瘤胃发酵和菌群结构的影响。试验选取8只生长期雄性波杂山羊安装永久性瘤胃瘘管,康复后随机平均分为SARA组和SARA+BAs组,预饲期为2周,试验期8周,预饲期内由精粗比50∶50的日粮转为70∶30的高精料日粮诱导SARA,每只添加胆汁酸10 g/d,于试验期第1、14、28、42、56天晨饲后0、2、3、4和6 h进行瘤胃液pH值的动态监测,在第56天晨饲前采集瘤胃液,检测乳酸、挥发性脂肪酸及菌群结构。结果显示:SARA组山羊平均日增重显著升高(P<0.05),饲料转化率有降低的趋势(P<010);SARA组山羊瘤胃液pH<58的持续时间大于3 h,处于SARA状态;而SARA+BAs组瘤胃液pH<58的时间均少于3 h;与SARA组相比,SARA+BAs组瘤胃内乙酸浓度显著升高(P<0.05),而乳酸浓度显著降低(P<0.05)。菌群分类学分析显示,SARA+BAs组Chao1指数、Shannon指数和菌门数量均显著高于SARA组(P<0.05);在门水平上,SARA+BAs组脱硫菌门(Desulfobacterota)相对丰度显著升高(P<0.05),而疣微菌门(Verrucomicrobiota)、绿弯菌门(Chloroflexi)相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,SARA+BAs组毛螺菌科_NK3A20群(Lachnospiraceae_NK3A20_group)、互营球菌属(Syntrophococcus)相对丰度显著降低(P<0.05),而瘤胃球菌科_NK4A214(Ruminococcaceae_NK4A214)、未分类的颤螺菌科(Norank_f_Oscillospiraceae)、韦荣球菌科UCG-001(Veillonellaceae_UCG-001)的相对丰度显著升高(P<0.05)。研究表明,日粮添加胆汁酸可提升山羊瘤胃菌群的丰富度和多样性,改善瘤胃发酵,从而缓解高精料日粮诱导的SARA。

褐藻寡糖对犬生长性能、血液生化及肠道菌群组成的影响

试验旨在评估褐藻寡糖(Alginate Oligosaccharide,AOS)对犬生长性能、血液生化、血清免疫球蛋白、粪便品质、粪便中短链脂肪酸含量和肠道菌群组成的影响,为AOS在宠物饲粮中应用提供数据参考。选用(5±0.5)月龄、体重(6.71±1.47)kg、体况评分(4.73±0.57)的30只健康比格犬(雌雄各半),根据体重和性别分为4组,0%AOS组(n=6,雌雄各半)不添加AOS,0.05%AOS组、0.1%AOS组、0.5%AOS组分别在基础日粮中添加0.5、1、5 g/kg AOS(n=8,雌雄各半),试验期8周。结果表明:各AOS添加水平对整个试验阶段的犬生长性能均无显著影响;0.05%和0.5%AOS组血清肌酐含量以及0.1%AOS组血清谷丙转氨酶活性和血糖含量均低于对照组(P<0.05);0.05%AOS组血清免疫球蛋白G(IgG)、0.1%AOS组血清免疫球蛋白M(IgM)和免疫球蛋白A(IgA)含量与对照组差异不显著;补充0.05%AOS后粪便pH低于对照组(P<0.05);与对照组相比,补充0.05%和0.1%AOS减少了粪便丁酸含量(P<0.05),补充0.5%AOS增加了粪便戊酸含量(P<0.05);各AOS组普雷沃斯菌属(Prevotella)和鲸杆菌属(Cetobacterium)相对丰度高于对照组,0.05%和0.1%AOS组菌群组成偏离对照组(β多样性)。由此可见,AOS可能通过塑造一个均衡的肠道微生态系统来改善机体健康。本试验推荐AOS在犬粮中添加浓度为0.5~1 g/kg。

腹泻试验兔粪便菌群变化的研究

试验旨在研究试验兔腹泻与粪便菌群之间的关系,通过16S rRNA基因测序对腹泻试验兔和健康试验兔的粪便菌群组成及丰度进行了研究。结果显示:共测得369888条有效序列,得到1738个OTUs,隶属于14个门、21个纲、53个目、97个科及217个属。腹泻晚期试验兔的粪便菌群α多样性指数显著降低(P<0.05),微生物丰富度显著下降(P<0.05)。腹泻粪便中厚壁菌门(Firmicutes)、梭状芽孢杆菌纲(Clostridia)、颤螺目(Oscillospirales)、毛螺目(Lachnospirales)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)及瘤胃球菌属(Ruminococcus)丰度明显下降,变形菌门(Proteobacteria)、γ变形杆菌纲(Gammaproteobacteria)、拟杆菌目(Bacteroidales)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)及埃希氏-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)丰度明显升高。腹泻兔和健康兔粪便中有309个OTUs存在显著差异(P<0.05),250个OTUs存在极显著差异(P<0.01)。LDA值大于2.4的菌群有38个,腹泻试验兔粪便中有5个显著差异菌群(LDA>3.6),分别为肠杆菌目(Enterobacterales)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、埃希氏-志贺氏菌(Escherichia-Shigella)、Tissierellales菌及亨得特拉菌(Hungatella)。研究表明,腹泻兔粪便菌群多样性下降,菌群组成变化显著,肠杆菌目、肠杆菌科、埃希氏-志贺氏菌、Tissierellales菌及亨盖特拉菌为试验兔腹泻的生物标记。

养殖泥螺体内细菌菌群组成及分析

养殖泥螺样品体内需氧平板菌落数为 7 3× 1 0 5～ 2 8× 1 0 6 个 /g。从泥螺体内共分离获得 2 1 7株细菌 ,88 5 %是革兰氏阴性杆菌。优势菌属是肠杆菌科 (Enterobacteriaceae) 61株、气单胞菌属 (Aeromonas) 58株、弧菌属 (Vibrio) 2 7株和假单胞菌属 (Pseudomonas) 2 1株。结果表明 ,每批泥螺样品的细菌总数均超出卫生标准 1～ 2个数量级 ,7月和 9月样品的大肠菌群数超出了规定的指标 ,应重视泥螺收捕后的消毒处理环节。泥螺体内细菌菌群由 1 0个菌属组成 ,涂泥中占优势的芽孢杆菌属细菌在泥螺体内却是少量的 ,反映泥螺对体内微生物组成与数量有一定调节控制作用。

青蛤体内细菌菌群组成及致病性弧菌的初步调查

青蛤样品体内需氧平板菌落数为0．16×105～5.7×105个／克。从青蛤体内共分离到168株细菌，大多是革兰氏阴性杆菌。优势菌属是莫拉氏菌属（Moraxella）71株、弧菌属（Vibrio）33株、假单胞菌属（Pseudomonas）19株、气单胞菌属（Aeromonas）16株、其次是微球菌属（Micrococcus）6株、不动细菌属（Acinetobacter）3株和芽抱杆菌属（Bacillus）2株，还有未能鉴定到属的革兰氏阴性杆菌（11株）及传代中死亡的菌株（7株）等。弧菌是海产动物的主要致病菌，可引起蛤类和牡蛎幼体、成体的大批死亡。在青蛤体内共检得弧菌33株，溶藻弧菌（Vibrioalginolyticus）15株、创伤弧菌（Vvulnificus）9株、拟态弧菌（V．mimicus）2株和河弧菌（V．fluvialis）1株、弧菌I（VibrioI）4株、弧菌Ⅱ（VibrioⅡ）2株。上述弧菌在夏季分离到，冬季未检出，这些弧菌也是人的致病菌，在夏季人们如食用了生的或未经煮熟的青蛤，易发生食物中毒，应予以重视。

卷曲乳杆菌对生长猪生长性能、粪便菌群和短链脂肪酸组成以及血清长链脂肪酸组成的影响

本试验旨在研究猪源卷曲乳杆菌对生长猪生长性能、粪便菌群和短链脂肪酸组成以及血清长链脂肪酸组成的影响。选取体重(20.35±0.53) kg的二元杂交(长×大)生长猪120头,随机分成2组,每组4个重复,每个重复15头。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加卷曲乳杆菌冻干制剂(卷曲乳杆菌添加量为5.5×109CFU/kg),饲喂期为30 d。饲养试验结束当天采集新鲜粪便用于16S rRNA V3～V4区菌群和短链脂肪酸组成的测定,采集血清用于长链脂肪酸组成的测定。结果显示:1)与对照组相比,试验组生长猪平均日增重提高了7. 32%(P <0.05),料重比降低了5.68%(P<0. 05); 2)饲粮中添加卷曲乳杆菌能够提高生长猪粪便菌群物种丰富度,增加厚壁菌门及乳酸杆菌属和光岗菌属的比例; 3)与对照组相比,试验组生长猪粪便中丁酸含量增加了6.20%(P<0.05),乙酸含量减少了9.88%(P<0.05); 4)试验组猪群血清中亚油酸和花生四烯酸含量分别比对照组提高了11.12%(P<0.05)和6.28%(P<0.05)。上述结果表明,在饲粮中添加5.5×109CFU/kg卷曲乳杆菌能够影响生长猪的粪便菌群组成,增加粪便中丁酸的含量,并改善血清中不饱和脂肪酸的组成,从而对生长猪的肠道健康及生长起到促进作用。

基于宏基因组技术分析传统红茶菌中菌群组成及其主要代谢通路

由于传统红茶菌发酵过程中,微生物的种类及数量随时间延长而不断变化,导致红茶菌发酵液代谢产物难以控制。采用高通量测序技术对发酵7 d的传统红茶菌进行宏基因组测序,获得65771178个clean reads数据,经拼接组装,获得93449个Unigene片段。以BLAST(E-value<1.0e-5)将Unigene对NR、KEGG数据库进行比对,与NR库比对共65515个Unigene得到注释信息,再将得到的注释信息根据GI(Gen Info Identifier)与物种分类的关系得到物种分类信息,分为细菌、真菌2个界,细菌界占96.57%,真菌界占3.40%,细菌的主要优势菌种是Gluconacetobacter sp.SXCC-1(29.17%)、Komagataeibacter medellinensis(7.84%)、Komagataeibacter xylinus(7.58%),真菌的优势菌种是Brettanomyces bruxellensis(1.86%);与KEGG数据库比对,共47234个Unigene注释到KEGG的代谢通路中,分属338类代谢通路,其中有2475个Unigene参与氨基酸代谢过程,307个属于次生代谢途径。序列已提交至Gen Bank数据库,登录号SRP103682。利用宏基因组技术将传统红茶菌中的微生物鉴定到"种"的水平,同时了解红茶菌微生物群落的代谢机理,可以更有效地控制红茶菌的发酵进程。

稻蟹共生系统根际土壤菌群组成及主要代谢通路分析

为明确稻蟹共生系统中水稻根际土壤微生物群落组成及主要代谢通路,以水稻单作为对照(CK),利用Illumina NovaSeq测序平台对2种稻田成熟期的根际土壤进行宏基因组测序,分析土壤细菌、古菌和真菌的种类、丰度差异以及微生物的主要代谢通路差异。结果表明,样品中细菌界占98.09%,古菌界占1.76%,真菌界和其他占0.15%。在细菌门水平上,2种稻田的前4个优势菌门均为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和酸杆菌门(Acidobacteria),4种优势菌门在2种稻田的相对丰度为90.86%;在细菌属水平上,位居前四的菌属在稻蟹共生系统中的相对丰度均高于CK。在古菌门水平上,共有4个优势菌门,其中稻蟹共生系统中的奇古菌门(Thaumarchaeota)相对丰度为4.41%,是CK(0.48%)的9.19倍;在古菌属水平上,甲烷螺菌属(Methanospirillum)和甲烷丝菌属(Methanothrix)共占53.63%,是主要菌属。在真菌门水平上,优势菌门均为子囊菌门(Ascomycota),稻蟹共生系统中的子囊菌门相对丰度为72.58%,是CK(64.81%)的1.12倍;在真菌属水平上,相对丰度前十的菌属中,稻蟹共生系统的毛壳菌属(Chaetomium)相对丰度为23.62%,是CK(11.88%)的1.99倍,木霉菌属(Trichoderma)相对丰度为2.56%,是CK(0.92%)的2.78倍。宏基因组测序分析结果显示,无论细菌、古菌还是真菌,稻蟹共生系统的物种数均高于CK。共有1594699个非冗余基因注释到KEGG代谢通路中,分属421类代谢通路,稻蟹共生系统在前20类代谢通路的相对丰度均高于CK,说明河蟹引入生物有机肥稻田后丰富了微生物的物种组成,加强了物种代谢能力。

饲粮不同能量水平对陕北白绒山羊断奶公羔瘤胃发酵特性和微生物组成的影响

旨在探究饲粮不同能量水平对陕北白绒山羊断奶公羔瘤胃发酵特性和菌群结构的影响。选择40只体重[(13.80±1.60)kg]接近的陕北白绒山羊断奶公羔随机分为4组,饲喂消化能水平分别为9.16(Ⅰ组)、9.66(Ⅱ组)、10.16(Ⅲ组)和10.66 MJ·kg^(-1)(Ⅳ组)4种饲粮,所有饲粮的粗蛋白质水平均为11.8%。饲养试验持续60 d,包括7 d预试期和53 d正试期。试验结束后采集所有动物瘤胃液,测定瘤胃发酵参数,提取瘤胃液总DNA,PCR扩增16S rRNA的V3~V4区进行高通量测序及分析。结果显示:1)随着饲粮能量水平的提高,瘤胃液pH、氨态氮(NH3-N)含量和乙酸/丙酸的比值逐渐降低,总挥发性脂肪酸、乙酸和丙酸含量呈现出先增加后降低的变化趋势,微生物菌体蛋白(MCP)、丁酸和戊酸含量逐渐升高;Ⅳ组pH显著低于其他3组(P<0.05),Ⅰ组丙酸含量显著低于Ⅲ组和Ⅳ组(P<0.05),Ⅰ组乙酸/丙酸的比值极显著高于Ⅲ组和Ⅳ组(P<0.01)。2)瘤胃微生物物种多样性结果表明,随着饲粮能量水平的提高,Shannon和Simpson指数逐渐降低,而Chao1、faith_pd和observed_OTUs指数均呈现出先增加后降低的变化趋势,Ⅰ组和Ⅱ组Chao1和observed_OTUs指数均显著高于Ⅲ组和Ⅳ组(P<0.05)。3)对瘤胃微生物的物种组成分析发现,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)是所有试验羊瘤胃优势菌门,且随着饲粮能量水平的提高,拟杆菌门的相对丰度逐渐降低,厚壁菌门和变形菌门的相对丰度逐渐升高。普雷沃氏菌属(Prevotella)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)是所有试验羊瘤胃优势菌属,且随着饲粮能量水平的提高,普雷沃氏菌属相对丰度逐渐降低,而瘤胃球菌属相对丰度极显著升高。4)瘤胃微生物的物种差异性方面:门水平上,Ⅳ组变形菌门(Proteobacteria)相对丰度最高,且显著高于其他3组(P<0.05),Ⅱ组和Ⅲ组TM7相对丰度极显著高于Ⅰ组和Ⅳ组(P<0.05),Ⅰ组互氧菌门(Synergistetes)相对丰度显著高于其他3组(P<0.05);属水平上,Ⅰ组瘤胃球菌属(Ruminococcus)相对丰度极显著低于其他3组(P<0.01),Ⅰ组和Ⅱ组颤螺旋菌属(Oscillospira)相对丰度极显著低于Ⅲ组和Ⅳ组(P<0.01),Ⅰ组和Ⅲ组未分类拟杆菌(Unspecified_Bacteroidales)相对丰度显著高于Ⅱ组和Ⅳ组(P<0.05),Ⅰ组和Ⅱ组解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)、未分类韦荣氏球菌科(Unspecified_Veillonellaceae)、未分类毛螺菌科(Unspecified_Lachnospiraceae)和未分类梭菌(Unspecified_Clostridiales)相对丰度显著高于Ⅲ组和Ⅳ组(P<0.05),Ⅱ组和Ⅳ组Unspecified_RF32相对丰度显著高于Ⅰ组和Ⅲ组(P<0.05),Ⅱ组和Ⅲ组Unspecified_F16相对丰度显著高于Ⅰ组和Ⅳ组(P<0.05)。综上所述,饲粮不同能量水平影响陕北白绒山羊断奶公羔瘤胃发酵特性,随着饲粮能量水平的提高,瘤胃微生物的丰富度有逐渐降低的变化趋势,显著改变了变形菌门(Proteobacteria)、互氧菌门(Synergistetes)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)等细菌的相对丰度(P<0.05),且消化能水平为9.66 MJ·kg^(-1)的饲粮能够有效改善陕北白绒山羊断奶公羔瘤胃发酵特性和细菌组成。

琅琊山风景区空气真菌群落组成

为了解琅琊山景区在不同季节、不同景点和不同时间段空气真菌的组成特点,采用自然沉降法采样,研究了空气真菌群落的组成和生态分布特征.结果表明,共获得可培养空气真菌6 173株,隶属于4目,8科,28属,其优势属为丝核菌属Rhizoctonia、圆束霉属Anthromycopsis、小菌核菌属Sclerotium、膝节霉属Gonatophragmium、团丝核菌属Papulaspora.不同季节空气真菌的组成存在显著差异(P<0.05),以春季的菌群和菌株数量最多,冬季的菌群和菌株数量最少.不同景点空气真菌的组成以林内空气真菌菌群和菌株数量最多.除夏季外,其余季节空气真菌均是下午的菌群数量多于上午的菌群数量.自然环境、气候条件、人类旅游活动变化等因素与景区空气真菌组成及生态分布存在密切的动态联系.

第一恒磨牙窝沟菌群组成

目的 分析儿童第一恒磨牙窝沟菌群的组成,为进一步分析窝沟致龋细菌与龋的关系打下基础。方法 取健康第一恒磨牙咬合面窝沟处菌斑接种于BHIS、MSA和RogosaSL培养基,分析菌群构成;API 2 0Strep试剂盒鉴定链球菌。结果 窝沟菌斑中以镜检革兰氏染色阳性杆菌居多,占总菌的(6 1 .87±4 .85 ) %,其次是革兰氏染色阳性球菌(37.6 8±5 .6 1 ) %。菌斑中的优势链球菌为变形链球菌(S .mutans) (1 8.2 6±4 .73) %、血链球菌(S .sanguis) (3.32±1 .2 9) %、缓症链球菌Ⅰ型(S .mitisⅠ) (2 .5 5±0 .96 ) %和口腔链球菌(S .oralis) (0 .76±0 .36 ) %。结论 儿童健康恒磨牙窝沟菌群中,杆菌数多于球菌;这些杆菌与疾病特别是龋病的关系有待于进一步的研究。

饲粮中棕榈酸与油酸的比例对泌乳早期奶牛瘤胃发酵参数与菌群组成的影响

本试验旨在研究饲粮中棕榈酸与油酸的比例对泌乳早期奶牛瘤胃发酵参数与菌群组成的影响,以期为优化奶牛饲粮中脂肪酸组成提供理论依据。试验选取胎次[(2.39±0.20)胎]、体重[(668.3±20.1) kg]、体况评分(3.29±0.06)、产奶量[(47.9±1.6) kg]和泌乳天数[(63.5±2.6) d]接近的健康泌乳早期经产荷斯坦奶牛72头,随机分为3个组,每组24头。配制能量和粗蛋白质水平一致,而所添加的脂肪粉中棕榈酸和油酸的比例分别为90.9∶9.1 (A组)、79.5∶20.5(B组)、72.7∶27.3(C组)的3种试验饲粮。预试期7 d,正试期28 d。结果表明:1)饲粮中棕榈酸与油酸的比例对瘤胃液pH、氨态氮和微生物蛋白浓度、乙酸和丙酸摩尔比例以及乙丙比均无显著影响(P>0.05),但随饲粮中油酸比例的增加,瘤胃液总挥发性脂肪酸浓度有线性提高的趋势(P=0.09),而丁酸摩尔比例则线性降低(P<0.01)。2)各组的Shannon和Simpson指数差异不显著(P>0.05),但B组和C组的Chao1和ACE指数显著低于A组(P<0.05)。3)在门水平上,随饲粮中油酸比例的增加,纤维杆菌门的相对丰度线性升高(P<0.01),拟杆菌门的相对丰度有线性升高的趋势(P=0.09),而厚壁菌门的相对丰度和厚壁菌门/拟杆菌门则线性降低(P<0.01)。在属水平上,不同处理对属水平上菌群组成的影响较小,仅琥珀酸弧菌科_UCG-002的相对丰度随饲粮中油酸比例的增加线性降低(P<0.01)。综上所述,饲粮中棕榈酸与油酸的比例为72.7∶27.3时,可降低泌乳早期奶牛瘤胃菌群的丰富度,虽然对瘤胃液中乙酸、丙酸摩尔比例无较大影响,但可降低丁酸摩尔比例和提高总挥发性脂肪酸浓度,改善瘤胃发酵。

野生树鼩实验动物化过程中粪便菌群的多样性及组成

从云南昆明西郊野外捕捉6只成年野生树鼩,于中国科学院昆明灵长类研究中心人工驯养6个月。于刚捕捉回(野生组)和人工驯养6个月(驯养组)时,收集新鲜粪便样本,共12份,运用IlluminaMiSeq测序平台,以16S rRNA的V3–V4区域为目标进行高通量测序,比较分析树鼩在人工驯养前后粪便菌群的多样性及组成。结果表明:树鼩粪便菌群的OTU多样性Shannon指数和Simpson指数组间的差异均无统计学意义,野生组树鼩粪便菌群的OTU丰富度Chao指数、Ace指数、Sobs指数均显著高于驯养组的;PCo A主成分分析结果显示,野生树鼩与人工驯养树鼩的粪便菌群具有明显的差异,但同组内个体间的菌群差异不明显;在门水平上,树鼩粪便的优势菌门主要有厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门,但其在不同组树鼩粪便菌群的相对丰度不同;在纲水平上,野生组菌群主要有芽孢杆菌纲和拟杆菌纲,驯养组菌群主要有拟杆菌纲、梭菌纲和厌氧菌纲,γ–变形菌纲、厌氧菌纲相对丰度在2组间的差异有统计学意义(P<0.05);在目水平上,野生组菌目主要有乳杆菌目和拟杆菌目,驯养组菌目主要有拟杆菌目和梭菌目,驯养组的Selenomonadales相对丰度显著高于野生组的(P<0.05);在科水平上,野生组菌科主要有链球菌科和普雷沃氏菌科,驯养组菌科主要有普雷沃氏菌科和韦荣氏球菌科,驯养组的韦荣氏球菌科相对丰度显著高于野生组的(P<0.05);在属水平上,野生组菌属主要有链球菌属和乳球菌属,驯养组菌属主要有普雷沃菌属和巨单胞菌属,野生组的链球菌属相对丰度极显著高于驯养组的(P<0.01),驯养组的巨单胞菌属相对丰度显著高于野生组的(P<0.05)。可见,野生树鼩经过人工驯养后,粪便微生物区系中的一些菌群发生了变化,菌群结构与野生组有差异,但不显著,粪便菌群结构变化呈简单化的趋势。

安徽升金湖越冬白头鹤(Grus monacha)肠道菌群组成的时间变化

肠道微生物对于维持动物消化道内环境的稳定具有重要意义,而肠道微生物菌群结构也受寄主食物成份等外界环境因素的影响.研究动物肠道微生物菌群结构可以更好地了解动物生活状况.以升金湖越冬白头鹤的粪便作为研究对象,以微生物16S rRNA的V3~V4区作为标记基因,进行高通量测序,分析升金湖越冬不同时期白头鹤肠道菌群结构的差异性.研究结果表明:升金湖越冬期不同时期白头鹤粪便样品中微生物多样性指数如香农威纳多样性指数和辛普森指数无显著性差异.但是越冬期不同阶段的粪便样品中菌群组成存在差异,主要包括:在门分类水平,越冬前期拟杆菌门含量较高,厚壁菌门含量较中后期低;越冬中期放线菌门含量较高;越冬后期变形菌门含量较高.在属分类水平,相对于其他两个时期,越冬前期普氏菌属(Prevotella)含量较高,越冬中期杆菌属(Lysinibacillus)含量较高,越冬后期梭菌属(Clostridium)含量较高,并且普氏菌属含量从越冬前期到中期、再到后期有明显的下降趋势,而梭菌属含量从越冬前期到中期、再到后期有明显的升高趋势.这些结果表明不同越冬时期白头鹤肠道菌群组成不同,越冬期不同阶段的食物变化可能作为一个影响因素.

发酵鱼中菌群组成及发酵特性研究进展

发酵是鱼类保藏和加工的重要手段。发酵赋予鱼肉独特的风味和质地,微生物在发酵过程中扮演着重要的角色。本文介绍了发酵鱼中微生物组成和在抑制杂菌、物质降解、风味形成和生物胺积累中的作用,以帮助了解优势微生物及其发酵特性,制备工业发酵剂,提高发酵鱼产量和品质。此外,对发酵鱼深入研究进行了展望。