菌落PCR在大规模基因组测序中的应用

一种利用菌落直接PCR扩增DNA并用于测序的实验方法 .通过对引物的设计和菌液浓度控制 ,使PCR反应后的内容物对测序干扰减到最小 .与传统的测序过程比较 ,它省去了抽提模板DNA一步 ,节省了大量时间和实验成本 .另外此方法可对BAC亚克隆库构建时由连接转化过程中导致的假阳性起筛选和鉴定作用 .采用该法成功测定了籼稻 (Oryzasativaindica)广陆矮 4号的L3173号BACDNA全长序列 (约 10 0kb) ,GenBank登录号 :AL5 12 5 42 .

菌落PCR和质粒PCR对转化菌的筛选

目的为建立简便、可靠转化菌的筛选方法。方法应用菌落 PCR和重组质粒 PCR方法对转化菌进行筛选和DNA序列分析。克隆载体和表达载体筛选及鉴定采用与载体多克隆插入位点序列互补的通用引物或免疫球蛋白家族特异性引物。阳性菌落和质粒 PCR产物通过酶消化后作为模板进行自动测序。结果菌落 PCR和质粒 PCR技术可作为基因克隆筛选和鉴定的方法。结论菌落 PCR和质粒 PCR方法简便、快速、可靠 ,其产物可作为模板直接用于序列分析。

单菌落PCR法直接快速鉴定重组克隆

利用单菌落PCR法直接筛选含有GFP、LTB-ST外源基因的重组克隆,阳性克隆可以扩增出目的条带,和质粒PCR扩增的结果一致。同时,单菌落PCR法也可应用于重组质粒转化后的农杆菌的筛选,单菌落PCR法的扩增结果和农杆菌液扩增的结果一致。结果表明,单菌落PCR法是一个有效简便的鉴定重组阳性克隆的方法。

检测产志贺毒素大肠杆菌的菌落PCR方法

针对产志贺毒素大肠杆菌的毒力基因stx设计特异性引物,并建立一种菌落PCR方法。菌落PCR模拟实验证实,该方法特异性强,能良好的扩增出O157的stx1和stx2基因,而普通大肠杆菌、蜡样芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌则无PCR扩增产物。应用分子检测初筛、选择性培养、菌落PCR相结合的方法,检测实际食品样品,分离检测到一株携带stx1的产志贺毒素大肠杆菌。本实验建立的菌落PCR方法可应用于食品检验。

菌落PCR快速扩增工业酿酒酵母基因组DNA片段

针对工业酿酒酵母细胞破壁难和提取基因酵母组DNA费时长(2-3 h/样品)的问题,研究了SDS-微珠涡旋破壁的方法。以破壁液上清为模板进行菌落PCR扩增酿酒酵母南阳K基因组中铜抗性蛋白基因(cup1)片段和rDNA片段。结果表明,在不需要提取酵母基因组前提下,利用该方法能有效地扩增酵母基因组DNA片段,同时该方法也适用于对转基因酿酒酵母进行菌落PCR从而实现对转化子的准确和快速地鉴定筛选,是一种成本低和易于操作的适于处理大量样品的方法。

菌落PCR技术在重组质粒筛选与鉴定中的应用

应用以菌落为模板的聚合酶链反应(PCR)技术,筛选插有酒类酒球菌苹果酸-乳酸酶基因mleA和苹果酸通透酶基因mleP序列的重组阳性克隆,筛选到的阳性克隆分别扩增到约1600bp及900bp的条带,且与两个目的基因片段大小一致。提取阳性克隆的质粒进一步进行双酶切(EcoR -Kpn )及质粒PCR鉴定,证明结果正确。菌落PCR技术的应用使重组质粒的筛选和鉴定得以优化和简化。

菌落PCR方法的建立及其与常规PCR方法的比较

为建立一种快速、经济、敏感的PCR检测方法 ,以直接检测出环境、海产品等中的靶基因 ,通过PCR扩增已知携带tlh和tdh基因的副溶血弧菌标准菌株 ,并和常规PCR方法比较 ,初步建立了菌落PCR技术 ;再以副溶血弧菌标准菌株为阳性对照 ,以本实验室自海洋环境中分离得到的数株野生菌株为检测对象 ,采用新建立的菌落PCR以及常规PCR方法对它们进行扩增比较 ,进一步证明了菌落PCR技术检测携带相关基因菌株的可靠性 .通过比较 ,发现菌落PCR和常规PCR的结果相当一致 。

菌落PCR改良技术快速鉴定阿萨希毛孢子菌的实验研究

目的探索快速鉴定阿萨希毛孢子菌(Trichosporon asahii,T.asahii)的简便方法。方法分别应用直接法、直接离心法、酶解法、酶解改良法4种方法进行样本预处理后的菌落PCR技术检测16株T.asahii,评价上述4种方法的敏感性和微量样本阳性率,同时与DNA常规提取法PCR结果进行比较。结果酶解改良法、直接法、常规提取法敏感性均为102CFU/m L,阳性率分别为93.75%、75%、50%;直接离心法敏感性为104CFU/m L,阳性率为43.75%;酶解法结果为阴性。结论酶解改良法是一种简便快速的PCR模板获取方法,适用于菌落PCR技术对T.asahii进行快速鉴定时的样本预处理。

菌落PCR快速分析抗体库重组率时的假阳性现象

目的 评价菌落PCR法鉴定噬菌体抗体库阳性重组率的可靠性。方法 鼠抗体基因Lc片段、Fd片段经酶切、纯化后 ,依次克隆入pComb3载体上相应的酶切位点 ,电转化XL1 blue菌后建立鼠源性Fab噬菌体抗体库。比较菌落PCR法、质粒PCR法及质粒酶切法鉴定转化菌阳性重组率的一致性。同时用空菌、空载体、空载体菌等作模板为对照PCR ,以排除相关组分的干扰。结果 建立的Lc库的库容为 1.175×10 6CFU ,Fab库的库容为 1.0 2×10 6CFU。 3种方法鉴定的阳性重组率不同 (Lc的重组率依次为 10 0 %、78%、78% ,Fd的重组率依次为 90 %、6 6 %、6 6 % ,Lc与Fd同时插入的重组率依次为 90 %、5 0 %、5 0 % )。菌落PCR法鉴定的重组率偏高 ,存在假阳性现象。对照PCR提示 ,XL1 blue菌本身可能是导致假阳性扩增的原因。结论 用菌落PCR法不能准确鉴定噬菌体抗体库的重组率 。

Triton X-100在单菌落PCR技术中的优化作用

在利用单菌落PCR法直接筛选含有外源基因的重组质粒以及发生同源重组的重组子时,通过0.1%TritonX-100处理模板对PCR技术进行优化。以大肠杆菌DH5α、单核细胞增生李斯特菌的重组克隆为例,单菌落经Triton X-100处理后再进行PCR,琼脂糖凝胶电泳图谱的条带更清晰、杂带减少;克隆鉴定的阳性率明显提高,且在15μL的PCR反应混合液体系中的扩增效果更明显。对单核细胞增生李斯特菌的检测方法可以推广适用于多种革兰氏阳性菌。

一种简单高效的酵母单菌落PCR方法

目的:为快速简便地挑选出酿酒酵母重组克隆,探索建立一种经济、直接、高效的酵母单菌落PCR方法。方法:以Leu2MX6基因同源重组或重组质粒转化得到的酵母突变菌为材料,分别采用传统的提取基因组或质粒的方法、煮沸法及化学试剂处理法等制备PCR模板进行重组克隆鉴定,并对6种PCR模板制备方法的效果进行比较与分析;对加热提取法进行优化并进行重组子的提取和验证。结果与结论:直接以1 mm2单克隆菌株95℃处理5 min后的酵母菌落水悬浮液为模板进行单菌落PCR,是一种简单高效的酵母重组克隆鉴定方法。该方法能弥补传统方法的不足,且简便快速、结果稳定,可作为筛选和鉴定阳性克隆的有效手段。同时,这种单菌落PCR法也可应用于重组毕赤酵母的阳性克隆筛选。

菌落PCR差异筛选cDNA片段文库

目的探索菌落PCR差异筛选cDNA片段文库的可行性。方法在用抑制性PCR构建cDNA片段文库的同时,分别制备正、反向减法杂交探针并用碱性磷酸酶直接标记。随后用这些探针与菌落PCR的产物杂交,从而筛选出差异表达克隆,并再次用RT-PCR证实其差异表达。结果建立的菌落PCR反应体系经济实用,方法稳定,并成功地从500个克隆中筛选出差异表达克隆。结论菌落PCR可用于差异筛选构建于质粒载体的cDNA片段文库。

单菌落PCR快速鉴定卡介苗fbpA基因

目的 分离、鉴定卡介苗fbpA基因 ,探求新型结核病疫苗的候选保护性抗原。方法 用PCR法从卡介苗基因组DNA中分离fbpA基因 ,克隆在pUCm -T载体上 ,用单菌落PCR扩增快速鉴定DNA片段后再用HindⅢ酶切进一步鉴定。结果 单菌落PCR和HindⅢ酶切鉴定证实fbpA基因与预期大小一致。结论 用单菌落PCR扩增快速鉴定克隆在pUCm -T载体上的fbpA基因是一种简便、经济的方法。fbpA基因的分离为进一步分析其功能与探索新型结核病疫苗奠定了基础。

利用菌落PCR-DGGE快速鉴定盐渍土壤菌种多样性

利用菌落PCR方法,结合DGGE的检测方法,对所保存的87份盐生菌的培养物进行了多样性检测,初步研究显示至少有31株不同的菌种,表明新疆盐生环境存在较为丰富的菌种资源,同时表明菌落PCR结合DGGE技术为细菌鉴定和菌种保藏过程中重复菌株的去除提供了一种快速可靠的手段。

菌落PCR技术检测化妆品中金黄色葡萄球菌

利用菌落PCR技术,以金黄色葡萄球菌的特有基因femA为靶基因,选择特异引物,进行扩增,鉴定化妆品中金黄色葡萄球菌。琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物结果显示,仅在含有金黄色葡萄球菌基因组的样品中得到条带。

白念珠菌菌落PCR方法的建立和应用

白念珠菌(Candida albicans)是临床上引起系统真菌感染的主要病原真菌,在白念珠菌临床鉴定和基因组功能研究中,通常要提取其基因组DNA以进行PCR。以白念珠菌菌落为材料,通过蜗牛酶处理后直接进行PCR,从而建立一种简捷快速的PCR模板获取方法。结果表明,该方法避免了提取转化子基因组DNA的过程,可以大大提高工作效率。

菌草“绿洲一号”根际土壤中优势菌株的筛选与菌落PCR鉴定

【目的】进一步研究菌草“绿洲一号”根际土壤中的微生物群落组成情况,以期筛选出其根际土壤中的有重要生态价值的优势菌株。【方法】通过对种植了菌草“绿洲一号”和未种植菌草“绿洲一号”的盐碱地分别进行土壤取样,运用16sDNA高通量测序对其进行微生物种群测序,明确两者之间的微生物种群差异,从而筛选出菌草“绿洲一号”根际土壤中的优势菌株,对有重要生态价值的优势菌群进行分离培养及菌落PCR鉴定。【结果】实验地段中的土壤微生物种群丰度要远远高于空白地段,同时实验地段中的土壤微生物种群结构组成相较于空白地段也具有明显变化,菌草“绿洲一号”根际土壤中有重要生态价值的优势菌株为酸杆菌和鞘氨醇单胞菌。对其进行分离培养之后,菌落PCR鉴定表明优势菌株被成功分离培养。【结论】本文通过对菌草“绿洲一号”根际土壤中具有重要生态价值的优势菌株进行筛选培养,为利用菌草“绿洲一号”改良盐碱土壤提供理论依据具有重要的指导意义。

一种高效快速鉴定酵母转化子的酵母菌落PCR方法

酵母是一种重要的基因工程宿主菌,但是由于其细胞壁结构复杂牢固,普通的菌落PCR方法的成功率较低。为解决此问题,提供一种快速、简单、高效的酵母菌落PCR方法。该方法先利用溶壁酶溶解酵母细胞壁,然后利用热涨裂解细胞并进行PCR反应。此方法将酵母细胞裂解和PCR在同一个PCR管中完成。试验结果显示此方法能成功扩增目的基因且成功率高。将此方法应用于外源性内切葡聚糖酶(endoglucanase,EG)的酿酒酵母转化子筛选,经与基因组PCR比较,菌落PCR与基因组PCR结果一致。结果证明此方法具有良好的稳定性,适用于酿酒酵母转化子的快速筛选。

菌落PCR方法筛选低能离子束辐射引起的IS插入突变

建立一种基于单拷贝基因的菌落PCR方法,筛选低能离子束辐射下IS因子插入引起的大肠杆菌lacI基因突变.PCR的优化结果显示,DMSO是一种合适的添加剂,而细胞的裂解方法和过程在菌落PCR中有比较关键的作用.经过测定,该方法的菌落PCR最低菌浓度约为1×105个菌.0.8%琼脂糖凝胶电泳结果显示,96个突变子的菌落PCR的成功率为95%以上.测序结果表明:两个由IS因子插入引起的突变被成功筛选.

幽门螺杆菌菌落PCR的优化

目的:通过对常规菌落PCR方法进行优化,探索提高幽门螺杆菌(H.pylori)菌落PCR扩增效率的方法。方法:提取H.pylori 26695基因组DNA作为阳性对照组,以未经任何处理的H.pylori 26695菌落作为阴性对照组,经煮沸裂解速冻法获得的H.pylori 26695菌落作为试验组,随机选择8个不同的基因(16S rDNA、cagA-U、cagA-D、iceA、ureA、hetA、ropN、Hp0792)作为菌落PCR的候选基因进行菌落PCR验证,最后以1%琼脂糖凝胶进行电泳检测。结果:在选择的目标基因中,阴性对照组未扩增出目的条带,试验组与阳性对照组均扩增出目的相应大小的条带;与常规菌落PCR比较,煮沸速冻裂解法能显著提高H.pylori菌落PCR的扩增效率。结论:煮沸速冻裂解法可用于H.pylori的高通量筛选鉴定和分子诊断。