锌螯合肽的两端排序法定量构效关系

为了研究锌螯合肽结构与生物活性之间的关系,构建定量构效关系(quantitative structure-activity relationship,QSAR)模型。采取两端排序法将56条不同长度的合成肽规格化,采用18种氨基酸描述符,利用偏最小二乘法进行分析。发现5种氨基酸描述符对应的QSAR模型的相关系数达到建模要求,分别为描述符FASGAI、Z、HESH、C和ST,其中描述符FASGAI最优(R^2=0.827 3、Q^2=0.602 2、估计均方根误差=0.168 6、Q^2_(ext)=0.717 2、预测方根误差=0.255 8)。对描述符FASGAI所构建的模型进一步分析发现,多肽序列中的氨基酸位置对多肽锌螯合活性的影响力依次为C3>N3>C1>N1>N2>C2,同时,多肽各位置上氨基酸残基的立体属性会影响其螯合活性。该模型的成功建立为锌螯合肽定量构效关系的研究提供了探索性思路。

三肽的锌螯合活性及定量构效关系分析

人工化学合成了51条三肽,测定了其锌螯合活性,形成待测数据库.分别采用18种氨基酸描述符对三肽序列进行表征,利用偏最小二乘法进行统计分析.结果表明,3种氨基酸描述符对应的定量构效关系(QSAR)模型的相关系数达到建模要求,描述符分别为FASGAI,Z和C,其中描述符FASGAI最优,R^2=0.8225,Q^2=0.5818,RMSEE=0.1628,Q^2ext=0.6760,RMSEP=0.2499.进一步分析描述符FASGAI所构建的模型发现,在三肽序列中,氨基酸位置对三肽锌螯合活性的影响力大小顺序为N_3>N_2>N_1,同时,多肽各位置上氨基酸残基的立体属性主要影响其螯合活性.