巢式PCR检测菜豆细菌性萎蔫病菌

为了实现对进口大豆样品中菜豆细菌性萎蔫病菌的快速检测,试验根据菜豆细菌性萎蔫病菌的REP-PCR扩增测序结果,设计了1条特异性引物Cff F11,与引物Cff FOR组合,建立了巢式PCR检测方法,并进行特异性和灵敏度验证。结果表明,利用此检测方法对多种参试菌株进行检测时,只有菜豆细菌性萎蔫病菌呈阳性反应,而其他病菌不产生扩增反应;巢式PCR方法检测菜豆细菌性萎蔫病菌菌悬液时,其灵敏度达到3.1×103cfu·m L-1,比常规PCR灵敏度高1 000倍。制备带菌率为0.5%的大豆样品,用巢式PCR方法 1h内就可进行检测,检测时间大大缩短;在对实验室留存的100份进口大豆样品检测时,1份样品扩增到了特异性条带,测序分析结果证明此份大豆样品中携带的病菌为菜豆细菌性萎蔫病菌。本试验所建立的巢式PCR检测方法具有特异性强、灵敏度高、检测时间短并且检测准确率高等特点,可用于口岸菜豆细菌性萎蔫病菌的检测。

菜豆细菌性萎蔫病菌16S rDNA基因克隆及TaqMan探针实时荧光PCR检测

将菜豆细菌性萎蔫病菌(Curtobacteriumflaccumfacienspv.flaccumfaciens)16SrDNA基因进行克隆测序,并依据此序列设计菜豆细菌性萎蔫病菌的实时荧光PCR引物和特异性探针,对所收集的样品进行了检测.结果表明,该检测方法具有快速、特异、灵敏、重复性好等优点,只有菜豆细菌性萎蔫病菌产生荧光,其他细菌没有荧光产生.检测的灵敏度为105CFU/mL的细菌悬浮液,相对灵敏度为106CFU/mL.

菜豆细菌性萎蔫病菌传入中国的风险分析

从世界分布、主要寄主、经济重要性、传入可能性和风险管理难度5个方面对菜豆细菌性萎蔫病菌传入我国的风险进行评估。结果表明,该病菌是特别危险的有害生物。根据分析结果提出了非疫区输入、输出国应严格检疫、进境口岸加严检查等相应的风险管理措施。

木薯细菌性萎蔫病菌的LAMP快速检测方法

建立了一种木薯细菌性萎蔫病菌的环介导恒温扩增快速检测方法,为木薯细菌性萎蔫病的快速检测提供有力的技术支持。针对木薯细菌性萎蔫病菌TAL效应器蛋白质(pthBXam)靶序列的6个位点设计4条特异性引物,并对反应温度和内引物浓度等参数进行了优化,设计的引物与试验中提供的其他黄单胞近缘种都没有扩增反应,表现了较好的特异性。LAMP方法对木薯细菌性萎蔫病菌菌株DNA的检测下限为1pg/μL,比常规PCR灵敏度高100倍。该方法采用SYBR Green I染料法对扩增产物闭管检测,裸眼观察颜色变化判断反应结果,能快速、准确地对田间样品进行检测,没有出现假阳性和假阴性。与其他检测方法相比,LAMP方法检测时间短,效率高,降低了设备投入,易于操作,适合木薯细菌性萎蔫病菌的现场检疫和大规模监测。

木薯细菌性萎蔫病菌抗铜性评价及抗铜相关基因簇分子分析

细菌性萎蔫病是世界范围内木薯种植中的重要病害,也是中国木薯种植中为害最严重的病害。前期研究发现铜基杀菌剂对国内木薯细菌性萎蔫病防效欠佳,随即开展了病菌抗铜性评价及抗铜相关基因簇的分子分析工作。评价了42个不同来源病原菌菌株对硫酸铜的抗性,发现其抑菌最低有效浓度均在1.35~1.75 mmol/L之间。通过和已报道黄单胞菌类抗铜相关基因的比对分析,发现来自广西的菌株GX11携带有cop TAB和Xme RSA2个抗铜基因簇。对来自南美州、非洲和亚洲67个菌株的基因组序列分析发现绝大多数菌株均带有这2个基因簇,聚类分析发现相关基因在菌株之间具高度的同源性。

苜蓿细菌性萎蔫病菌16S rDNA片段的克隆及序列分析(简报)

利用细菌16S rDNA保守序列通用引物对16sF/16sR对苜蓿细菌性萎蔫病菌的标准菌株(IPQ0019)总DNA进行扩增,得到了大约1.5 kb的片段。将此片段插入到pGEM-T载体并转化进大肠杆菌DH5α菌株中,经PCR鉴定、限制性内切酶分析及核苷酸序列同源性分析均表明克隆成功。该研究为制备苜蓿细菌性萎蔫病菌的DNA分子探针奠定了基础。

进境澳大利亚绿豆中菜豆细菌性萎蔫病菌的检测

利用NA培养基从澳大利亚进境绿豆样品中分离到一株疑似菜豆细菌性萎蔫病菌(Curtobacterium flaccumfaciens pv.flaccumfaciens,Cff)的细菌分离物2000-1,对该分离物进行革兰染色试验、PCR检测、多位点序列分析和致病性测试。分离物在NA平板上菌落浅黄色,圆形,隆起,黏性,有光泽且边缘整齐,革兰染色阳性。特异引物CffFOR2/CffREV4可扩增出306 bp的预期产物。分离物2000-1的16S rRNA序列与Cff菌株ATCC 51876完全一致,与GenBank中Cff菌株P990的序列相似性为99.58%,序列差异为3 nt。基于6个看家基因(atpD、dnaK、gyrB、ppK、recA和rpoB)的系统发育树显示,分离物2000-1与Cff相关种处于同一分支,与其中巴西大麦Cff分离物3185 UNESP亲缘关系最近,而与菌株ATCC 51876处于不同分支。分离物人工接种可引起大豆叶片水渍状病斑,大豆叶片出现萎蔫和焦枯,病斑周围伴有金黄色晕圈。根据以上测试结果,将分离物2000-1鉴定为菜豆细菌性萎蔫病菌(Curtobacterium flaccumfaciens pv.flaccumfaciens)。这是全国首次从进境绿豆中截获Cff。

木薯细菌性萎蔫病菌的检疫方法研究

本文对木薯细菌性萎蔫病菌的致病性测定、细菌的分离、细菌的培养条件和培养基选择、细菌的生理生化测定、分子生物学鉴定方法等方面进行了系统研究,确定了该病菌的菌落鉴定特征,建立了从木薯繁殖材料上进行病原菌检测的快速、灵敏、准确的PCR检测方法。

7个木薯细菌性萎蔫病菌致病性相关突变体的鉴定及插入位点基因的分子分析

由地毯草黄单胞木薯萎蔫致病变种(Xanthomonas axonopodis pv.manihotis)侵染引起的细菌性萎蔫病是世界范围内木薯种植中的重要病害,也是为害中国木薯最严重的病害。目前,国内外有关该病病原菌致病分子机理方面的研究还很少,制约了相关防控工作的开展。本项目组在前期构建国内菌株Xam GX11的转化子库的基础上,开展了7个致病相关突变体的分子鉴定、表型变异评价、插入位点侧翼序列的分离和相关基因的分子分析等研究,发现氨基转移酶、葡萄糖-果糖氧化还原酶等基因可能参与病原菌的致病过程。

3种常用杀菌剂对不同来源木薯细菌性萎蔫病菌的毒力测定

细菌性萎蔫病是世界范围内木薯种植中的重要病害,但防控技术研究较少。采用含毒介质法评价了3种常用杀菌剂对不同来源的29个病菌菌株的抑菌作用。结果表明,供试菌株对净刹(80%乙蒜素EC)和农用硫酸链霉素(72%硫酸链霉素SP)敏感性较高,而对可杀得贰仟(53.8%氢氧化铜WG)表现出不同程度的抗性。建议生产中使用乙蒜素和硫酸链霉素对该病进行防治。

基于锁式探针技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌

目的:建立一种检测玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌的方法,为同时检测这2种检疫性细菌提供技术手段。方法:基于靶标序列设计2种检疫性细菌的锁式探针,与靶标菌进行连接消化反应,然后采用通用引物进行滚环扩增,其产物与偶联上对应捕获探针的微球进行杂交,最后通过液相悬浮芯片二重检测。结果:该检测方法能够有效地检测2种检疫性细菌,其检测阈值为103CFU/m L,具有良好的可重复性。结论:建立了一种快速、灵敏的玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌的二重检测方法。

木薯细菌性萎蔫病菌dnaA基因质粒标准样品的构建

目的构建木薯细菌性萎蔫病菌dna A基因质粒标准样品。方法以木薯细菌性萎蔫病菌染色体复制起始因子dna A特异基因序列为靶标设计引物,通过PCR扩增目的片段,连接至pMD 18-T载体,转化大肠杆菌DH5α,构建木薯细菌性萎蔫病菌dna A基因片段的重组质粒。采用Pico Green DNA分子荧光定量方法对该质粒分子进行定值,对均匀性、稳定性及标准值进行研究,制备木薯细菌性萎蔫病菌dna A基因质粒标准样品。结果结果表明,木薯细菌性萎蔫病菌质粒标准样品定值为4.99μg/m L,可在-18^-20℃低温条件下长时间保存,在夏季高温期间一周内也可实现传输。结论该标准样品的研制解决了木薯细菌性萎蔫病菌的溯源参照物问题,为快速检测木薯细菌性萎蔫病菌奠定了基础。

双重PCR法同步检测菜豆晕疫病菌和萎蔫病菌

为建立同步检测菜豆晕疫病菌和细菌性萎蔫病菌的双重PCR方法,根据Gen Bank上公布的菜豆晕疫病菌arg K基因特异性序列设计1对特异性引物PSPF1/PSPR2,将设计的引物与已发表的检测菜豆细菌性萎蔫病菌特异性引物Cff F1/CffR2结合,经过条件优化,建立了双重PCR反应体系,并进行特异性和灵敏度验证。结果显示,采用双重PCR体系,能从菜豆晕疫病菌和细菌性萎蔫病菌基因组DNA以及人工模拟带菌大豆种子样品中扩增到特异性条带,表明本研究所建立的双重PCR检测方法能同时检测出菜豆晕疫病菌和细菌性萎蔫病菌,可用于口岸进口大豆中2种检疫性细菌的检测。

利用TaqMan探针实时荧光PCR方法检测香石竹细菌性萎蔫病菌

根据香石竹细菌性萎蔫病菌基因组16S-23S rRNA保守序列,设计并合成了一对特异性引物和一条具有稳定点突变特异性探针,建立了对香石竹细菌性萎蔫病菌的TaqMan实时荧光PCR检测方法。除香石竹细菌性萎蔫病菌外,还对其他7种病原细菌菌株进行了荧光PCR检测。结果表明,只有香石竹细菌性萎蔫病菌产生荧光,其他病原细菌均没有荧光产生。与常规PCR相比,实时荧光PCR检测特异性强,灵敏度高,能检测到浓度为0.4 pg/μL的DNA,且能直接用于苗木等样品的检测,适合病害的快速诊断和口岸检验检疫应用。

三重PCR检测黄瓜炭疽病菌、菌核病菌和细菌性萎蔫病菌

本试验建立一种可同时检测黄瓜炭疽病(Colletotrichum orbiculare)、黄瓜菌核病(Sclerotinia sclerotiorum(Lib.)de Bary)和黄瓜细菌性萎蔫病(Erwinia tracheiphila)等黄瓜主要病害病原菌的三重PCR检测体系。采用正交试验设计方法,对三重PCR的影响因素分析研究,进行退火温度优化,并以3个引物组、Taq DNA聚合酶、dNTP和Mg2+共6因素3水平进行多重PCR体系优化,成功建立了适合黄瓜主要病害的三重PCR最佳检测体系,即25μL的反应体系中含有0.24μmol·L-1CY1/CY2;0.72μmol·L-1SSFWD/SSREV;0.336μmol·L-1ET-P1/ET-P2;1 U Taq聚合酶;0.15 mmol·L-1dNTP;1 mmol·L-1MgCl2,最适退火温度为63℃。该方法能够快速从田间黄瓜发病植株和根围土壤中将黄瓜炭疽病菌、黄瓜菌核病菌和黄瓜细菌性萎蔫病菌检测出来,灵敏度可以达到10 pg·μL-1。