铜绿假单胞菌PIC－N萘降解基因的研究

铜绿假单胞菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）ＰＩＣ－Ｎ对萘、邻苯二甲酸、水杨酸等有较强的氧化能力。发现该菌株以禁为底物可诱导产生芳香烃分解酶系。菌株中存在一个５７．４ｋｂ的质粒，经限制性内切酶ＨｉｎｄⅢ处理可产生７个片段，用限制性内切酶ＥｃｏＲⅠ处理可产生８个片段。将以限制性内切酶ＨｉｎｄⅢ部分酶切的片段克隆至大肠杆菌质粒ｐＭＦＹ４３上，获得２９个克隆株。通过对含有菌株ＰＩＣ－Ｎ质粒ＨｉｎｄⅢ片段的７个重组质粒进行限制酶分析，绘出了该质粒ＨｉｎｄⅢ内切酶７个切点的酶切图谱。

萘降解细菌的分离及其降解和转座基因的分子检测

用富集培养法，从工业废水和活性污泥中分离到9个高效降解萘的细菌菌株（ND7～ND15）．对菌株ND7、ND8、ND9和ND10所进行的16SrDNA序列分析表明，它们都属于假单胞菌属（Pseudomonas）．PCR实验结果表明，上述4个菌株都含有蔡降解基因nahAc、nahG、nahH和catA，ND7和ND8菌株还含有萘降解基因nahU.DNA杂交实验结果表明，上述9个萘降解菌株都含有转座酶基因tnpA1和解体酶基因tnpR．这些结果表明，萘降解细菌的降解基因和转座基因具有高度的保守性．酶学实验证明，ND7、ND8、ND9和ND10菌株都具有儿茶酚1，2-双加氧酶活力和儿萘酚2，3-双加氧酶活力，但在不同菌株中这两种酶的比活力有明显不同．

污染土壤中主要石油降解基因AlkB和Nah定量检测方法的建立和应用

建立了SYBR Green I实时荧光定量聚合酶链式反应(Real Time-qPCR)检测油田污染土壤中烷烃降解基因AlkB和萘降解基因Nah的方法。比对相关降解石油菌株的GenBank序列,设计合成针对烷烃和萘降解基因扩增引物AlkBf/AlkBr和Nahf/Nahr。将纯化的常规PCR胶回收产物与pEASY-T1载体连接,转化到感受态细胞培养。提取并梯度稀释阳性克隆质粒,构建Real Time-qPCR标准测定曲线。25μL扩增体系最佳反应条件:前后引物终浓度为0.2μmol/L,12.5μL 2×TransStart Top Green qPCR SuperMix,AlkB和Nah基因最适退火温度分别为50℃和57℃。Real Time-qPCR技术显示出很高的灵敏性和重复性,比传统PCR技术灵敏度高100倍。对采集于某油田3个功能区的14土壤样品中AlkB定量检测显示,石油污染严重的采油区含有最高的AlkB拷贝数,污染较轻的生活区AlkB拷贝数最少;Nah基因分布均匀。