利用转录组测序分析茄子萼片刺相关差异基因

为了发掘茄子萼片刺形成的相关基因,为茄子萼片刺形成的机理和基因定位奠定基础,以萼片有刺和萼片无刺的2个自交系1607和1608为材料,构建了F2遗传分离群体,利用新一代高通量测序手段对双亲和2个混池的转录组进行了测序分析。通过转录组分析,共获得409363358个干净的高通量序列,其中比对到参考基因组的序列共有311756616个,比对效率均大于75.00%。发掘24310个新基因,其中获得注释信息的新基因总数为1540个。对转录组测序获得的全部基因表达量进行了分析,在双亲中共得到2438个差异表达基因,其中97个差异基因在2个混池中同时存在。通过对差异基因的注释分析,富集到了可能与茄子萼片刺形成的相关的候选基因3个:SmCKX(Eggplant_newGene_1802)、SmSTS(Sme2.5_09750.1_g00002)和SmFAR(Eggplant_newGene_4241)。SmCKX是一个茄子细胞分裂素氧化酶/脱氢酶相关基因,与番茄的Solyc04g080820.2和Solyc04g080810.3,拟南芥的AtCKX6具有同源性。SmSTS是茄子水苏糖合成酶相关的基因,与番茄的Solyc01g079300.3基因和拟南芥的AT4G01970.1基因同源性较高。SmFAR是一个脂肪酰辅酶A还原酶相关基因,与番茄Solyc11g067180.2基因(FARx相关基因)同源。以上同源基因参与了植物角质,小檗碱和蜡生物合成途径、细胞分裂素合成途径和水苏糖代谢途径,因此,茄子萼片刺的形成可能具有相同的代谢调控途径。