灰毡毛忍冬MADS-box基因家族AGL15基因的克隆、生物信息学和表达分析

目的基于前期对灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides转录组测序结果,从灰毡毛忍冬RNA中克隆灰毡毛忍冬MADS-box基因家族蕾期延长相关基因AGL15,并对其进行生物信息学及表达分析。方法对灰毡毛忍冬总RNA进行反转录酶链式反应(reverse transcription-PCR,RT-PCR)和c DNA末端快速扩增反应(rapid amplification of c DNA ends,RACE),获得完整的开放阅读框(ORF)。运用生物信息学的方法对该序列进行同源性分析和相似性比较,预测编码蛋白,并对其进行各种理化性质分析。运用半定量PCR测得该基因在灰毡毛忍冬不同部位的表达情况。结果获得AGL15基因,ORF长795 bp,编码264个氨基酸,与葡萄Vitis vinifera中MADS-box基因家族AGL15基因相似性最高,且包含MADS和K-box的保守序列。AGL15蛋白无跨膜区域,定位于细胞质中,在灰毡毛忍冬各部位均有表达。结论首次从灰毡毛忍冬中克隆得到可能控制蕾期延长的基因,分析了其在灰毡毛忍冬不同部位表达差异性,为灰毡毛忍冬蕾期延长研究提供参考。

灰毡毛忍冬内参基因筛选和Mads-box家族基因AGL15的时空表达分析

目的筛选灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides基因表达分析的内参基因,研究其Mads-box基因家族AGL15基因(Lm AGL15)的时空表达特性。方法克隆灰毡毛忍冬内参基因18 S r RNA、Ubiquilin、Actin和Efl-β的基因片段,评价了4个基因在不同部位叶、茎和花蕾,以及4个基因在灰毡毛忍冬生长不同时期的稳定性,筛选内参基因,分析Lm AGL15基因的时空表达特性。结果 18 S r RNA表达最稳定,适宜作为内参基因,叶片、茎的Lm AGL15基因相对表达量较低,花蕾相对表达量较高。花蕾不同发育时期,Lm AGL15的相对表达量呈现逐渐降低的变化,20 d后Lm AGL15的相对表达量最低,然后依次是花蕾初期(15 d)、青绿色花蕾期(10 d)、绿白色花蕾期(5 d)。结论 18 S r RNA是适宜的内参基因。叶片、茎和花蕾中,Lm AGL15的相对表达量差异明显。花蕾发育不同时期,Lm AGL15的相对表达量呈逐渐降低的变化,与花蕾开放变化规律相似。