虚拟化合物的可专利性研究

先导化合物是现代新药研发的出发点,发现和寻找先导化合物有多种多样的途径和方法。虚拟化合物是一种基于受体结构的三维信息,采用计算机辅助药物设计技术设计出的能与受体特异性结合的先导化合物。是否保护专利化合物的虚拟形式使用和由此产生的虚拟化合物是决定这一全新药物设计方法广泛普及和向前发展的关键所在。

基于分子对接的苯丙素甙(PPGs)类化合物的虚拟筛选和合理设计

采用虚拟化合物生成法对抗肿瘤的苯丙素甙 (PPGs)类化合物进行了配体受体对接研究 .以三种不同的骨架结构为基础分别生成了五十个虚拟苯丙素甙 (PPGs)类化合物 ,并将它们与端粒DNA受体进行分子对接 ,分析已知结构的对接结果 ,通过虚拟筛选的方法得到了一批与受体相互作用能较高并且复合物能量较低的新的有潜力的活性化合物 .该方法可以弥补分子对接研究中 ,只能计算药物与受体的相互作用 ,无法有效设计新化合物的不足 .

虚拟活性化合物的自动生成

虚拟活性化合物的自动生成是从药效团和预先设定的结构碎片出发,通过碎片选择、碎片组装和柔性构象搜索来获得虚拟活性结构.经过对HIV-1蛋白酶抑制剂药效团进行虚拟活性化合物生成,得到了16个虚拟活性化合物,通过构象分析发现生成的化合物满足药效团的限制条件.说明这一方法能够有效的生成虚拟活性结构,与药效团检索结果对比发现生成的虚拟活性结构新颖易于合成.