虚拟原子探针随机采样法用于氨基酸结构描述及其构效关系研究

考虑药物与蛋白质受体的3类非键作用模式,利用8类虚拟原子探针和MonteCarlo随机采样技术,得到了一套新的氨基酸侧链表面静电、立体及疏水势能场(ASSPF)参数.在此基础上对苦味二肽和血管舒缓激五肽进行了结构表征和QSAR研究,所建模型复相关系数R2和留一法交互检验复相关系数Q2LOOCV分别为0·8457,0·851和0·7688,0·7952,同时分析了肽链不同位置上氨基酸侧链对活性的影响,取得较好的结果.

一种基于Gamma模型的RNA-seq数据分析方法

随着下一代高通量的DNA测序技术的飞速发展,RNA-seq测序技术已成为转录组分析的标准技术.RNA-seq技术产生海量的测序数据,为生物信息学带来新机遇的同时也带来了巨大的挑战.RNA-seq技术中最为基本的应用是计算基因和转录本的表达水平,而读段在基因参考序列上非均匀分布以及多源映射为准确计算基因及转录本表达水平带来了挑战.本文首先设计出一种类似基因芯片的虚拟探针数据格式,基于此数据格式提出一种基于Gamma分布的双层概率模型(GamSeq)模拟读段数据的产生,并结合已知的基因和转录本注释信息,计算出基因和转录本表达水平.本文将GamSeq方法应用到多个数据集上,并与目前最流行的方法进行对比,实验结果显示GamSeq方法能够较为准确地计算基因和转录本表达水平.

近场光学虚拟光探针的数值分析

虚拟光探针是基于近场光学隐失场干涉原理产生的一种非实体探针，可以应用于近场光学超高密度存储、纳米光刻、近场光学成像、光谱探测、纳米样品的近场光学操作等领域。本研究采用三维时间域有限差分（FDTD）方法对近场光学虚拟光探针的光场分布特性进行了数值模拟计算和比较，分析了孔的形状、大小及偏振态等因素对虚拟光探针光场分布的影响，研究结果表明虚拟光探针的通光效率较普通的纳米孔径光纤探针提高10^2-10^4倍；其光场分布的中间峰的半峰全宽（即虚拟光探针的尺寸）在一定距离范围内基本保持不变，从而可以解决近场光学系统中纳米间距控制的难题，避免光学头与介质的磁撞。优化虚拟光探针的设计参量能有效的抑制虚拟光探针中的旁瓣。文章还给出了应用虚拟探针实现高密度光存储的原理方案。

眼镜、放大镜、显微镜、望远镜

P111.2 2003064450红外太阳望远镜封窗玻璃的变形分析=Deformation analysisfor hermetic window glass of IR solar telescope[刊,中]/程刚(中科院光电技术研究所.四川,成都(610209)),蒋世磊…∥光电工程.-2002,29(5).-33-36用有限元法对封窗玻璃进行力学分析计算,得出不同角度观测时的应力及变形数据,封窗玻璃在各个位置观测时受到的应力和变形相差很小,可近似认为变形后的表面是对称旋转变形。图5表1参7(杨妹清)TH741.8 2003064451相移干涉显微术测量表面微观形貌=Nanometer surfacemeasurement based on phase-shifting interference microscopy[刊,中]/惠梅(清华大学精密仪器与机械学系,精密测试技术与仪器国家重点实验室.北京(100084)),牛憨笨…∥光学技术.-2003.29(1).-2-4。