基于定量序效模型的计算机辅助虚拟疫苗库设计

给出了基于定量序效模型(QSAM)的计算机辅助虚拟疫苗库设计方案,并以此为基础成功组建了一个合理规模的HLA-A*0201限制性CTL表位库,其实现流程如下:(1)从天然氨基酸516种理化性质经主成分分析(PCA)得到一种新的氨基酸描述子:氨基酸综合性质得分(SP-score);(2)基于SP-score结合遗传-偏最小二乘(GA-PLS)技术建立QSAM模型;(3)利用QSAM模型作为评价工具采用遗传算法(GA)优化CTL表位种群;(4)统计优秀种群中20种氨基酸分别在抗原肽序列不同位置出现频率f;(5)保留f>F(F为平均出现概率,对于任意氨基酸为1/20)的氨基酸作为该位置的有利残基类型参与虚拟组合库的构建.