测序反应中PCR产物纯化方法的比较

目的寻找最佳的PCR产物纯化方法,建立稳定的重亚硫酸盐直接测序技术平台。方法应用过柱、乙醇／醋酸钠及SAP-Exon Ⅰ 3种纯化方法,对10例PCR产物进行纯化。结果经配对资料t检验,乙醇／醋酸钠和过柱纯化与SAP-Exon Ⅰ纯化法比较,纯化后PCR产物损失量均有极显著性差异(P<0．01),测序结果也有显著性差异(P<0．05)。结论应用SAP- Exon Ⅰ纯化法,PCR产物损失量低,测序结果明显优于另外两种方法。

OPRM1基因PCR产物和测序产物三种纯化方法的比较

目的探讨一种快速、简便、效果好的OPRM1基因PCR产物和测序产物纯化方法，建立稳定的DNA测序技术平台。方法采用乙醇／醋酸钠、过柱和SAp-Exonuclease1结合BigDyeXterminatorPurificationKit3种纯化方法，对50份OPRMl基因PCR产物和测序产物进行纯化效果的比较。结果SAP—ExonucleaseI法对PCR反应产物进行纯化的回收率显著高于乙醇／醋酸钠和过柱法，分别为0．86±0．01，0．48±0．08，0．65±0．01（t=32．5，P〈0．001；t=86．1，P〈0．001）；BigDyeXterminatorPurificationKit法对测序产物进行纯化成功率显著高于乙醇／醋酸钠和过柱法，分别为100％，62％和84％（x2=23．46，P〈0．001；x2=8．70，P=0．003）。结论SAP—ExonucleaseI结合BigDyexterminatorPurifica—tionKit是一种快速、简便、效果好的测序纯化方法。

重亚硫酸盐修饰直接测序技术检测p16基因甲基化的研究

目的建立稳定的重亚硫酸盐直接测序技术,检测p16基因甲基化状况。方法提取正常人全血基因组DNA,建立起稳定的重亚硫酸盐直接测序平台,利用该技术检测结直肠癌细胞株p16基因甲基化状况。结果应用列联表的Fisher,ExactTest比较3种纯化方法的测序结果,乙醇/醋酸钠和过柱纯化与SAP-ExonI纯化法比较,测序结果差异有统计学意义(P<0.05);应用重亚硫酸盐直接测序技术,可检测出p16基因目的片段中CpG岛所有CpG位点的甲基化状况。结论应用SAP-ExonI纯化法,建立了稳定的重亚硫酸盐直接测序技术,并可检测出目的片段中CpG岛所有CpG位点的甲基化状况。