玉米杂交种与亲本雌穗花器官形成期蛋白差异表达谱分析

为探讨玉米穗粒数杂种优势形成的分子机制,以玉米强优势杂交种豫玉22及其亲本综3和87-1的花器官形成期雌穗为材料,采用高通量的2-DE和MALDI TOF MS技术,建立蛋白差异表达谱,并对差异蛋白进行了质谱鉴定。结果显示,在检测到的1290个蛋白点中,有114个(8.84%)在杂交种与亲本之间的表达差异达到显著水平,其中表现单亲沉默、偏高亲、中亲表达、偏低亲、杂种上调、杂种下调、亲本特异和杂种特异表达模式的蛋白点分别为27、25、15、13、11、11、10和2个。另外,成功鉴定出其中的104个差异表达蛋白点,涉及代谢、信号转导、能量、转录、蛋白质合成、蛋白运输与储藏、细胞生长与分裂、细胞结构、抗病防御、次生代谢、转座子及功能未知和假定蛋白等12个功能类别。玉米杂交种与亲本蛋白在丰度上的明显差异及涉及多个功能类别,可能与玉米穗粒数杂种优势的形成有关。

正常组织和胰腺癌组织中差异表达蛋白的鉴定

采用双向凝胶电泳和生物质谱技术,对12对胰腺癌组织和癌旁组织样品、3个胰腺良性疾病样品、3个正常胰腺组织样品的蛋白质进行了分离和鉴定,获得了重复性较好的双向凝胶电泳图谱;鉴定了胰腺癌和癌旁组织的差异表达蛋白质,发现了30个差异表达蛋白质;应用MALDI-TOF-MS/MS技术对差异表达蛋白质进行鉴定,共有24个蛋白质得到鉴定,其中15个蛋白质在胰腺癌组织中表达上调,9个蛋白质表达下调.这些蛋白质与胰腺癌的发生相关,可能成为胰腺癌的分子标志物和药物治疗的靶蛋白.

非肌层浸润性和肌层浸润性膀胱癌的双向电泳图谱的差异分析

背景与目的:膀胱癌是泌尿系统最常见的一种恶性肿瘤,不同分期的膀胱癌患者治疗和预后有明显不同。本研究旨在利用蛋白质组学的方法建立非肌层浸润性膀胱癌(non-muscle-invasive bladder cancer)和肌层浸润性膀胱癌(invasive bladder cancer)的差异蛋白质表达谱,并鉴定获得相关蛋白。方法:对30例人非肌层浸润性膀胱癌组织及20例肌层浸润性膀胱癌组织进行比较蛋白质组学研究。即利用双向凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)分离二者总蛋白质后,经图像分析识别差异表达的蛋白,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)鉴定差异蛋白质。结果:比较分析了非肌层浸润性膀胱癌及肌层浸润性膀胱癌组织的2-DE图谱,找到差异蛋白质点,对60个差异蛋白质点进行了肽质量指纹图分析。结论:成功鉴定了43个非肌层浸润性膀胱癌组织和肌层浸润性膀胱癌组织的差异蛋白,其中一些与肿瘤的生长、黏附、凋亡以及浸润转移相关,为进一步揭示膀胱癌进展的分子机制奠定了基础。

食管鳞癌的蛋白质组学

大部分食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)确诊时已发展至中晚期,临床治疗效果差,是导致我国华北地区ESCC死亡率居高不下的主要原因之一.因此,亟需筛查ESCC特异性、敏感性的生物标志物,以期用于ESCC早期诊断、个体化分子靶向治疗和预后评价.与相对稳定、携带遗传信息的基因组不同,蛋白质组具有时空变化特性,由此构成生命活动复杂性的物质基础.在病理情况下,蛋白质组能够精确反映患病组织器官的功能状态,因此为疾病的监测提供了窗口.本文总结了ESCC蛋白质组研究现状及差异表达的蛋白质谱,并探讨了ESCC候选分子标志物的潜在临床应用价值.

评价与改良牛乳品质的研究最终报告

该研究利用蛋白质组学的方法对中国荷斯坦奶牛、美国荷斯坦奶牛、娟姗牛和中国水牛的牛奶蛋白质进行了定性及定量的研究,其中包括初乳和常乳的牛奶乳清蛋白质及乳脂肪球膜蛋白质进行了细致的研究,建立牛乳清蛋白差异表达谱、乳脂肪球膜差异蛋白质表达谱,挖掘与乳品质改良相关的功能性蛋白,揭示不同奶牛品种乳蛋白质合成、分泌信号传导通路的差异,为牛乳品质的改良提供素材,同时通过牛乳蛋白质组技术平台和牛乳蛋白质数据库的建立,进行转基因牛奶蛋白质表达差异的食品安全研究。在4种牛乳初乳和常乳的乳清及乳脂肪球膜蛋白质中,利用高效液相色谱和质谱联用的方法,鉴定出1148种蛋白质;将娟珊牛与水牛中表达的全部蛋白质分别与荷斯坦牛进行比较,在水牛中特异表达的蛋白质有132种,在娟珊牛中特异表达的蛋白质有131种。对这些特异表达的蛋白质结合4种牛泌乳特性和牛奶的特性进行分析,发现了大量与乳脂肪合成分泌相关的蛋白质。采用同位素标记相对和绝对定量(i TRAQ)定量蛋白质组学质谱技术对这些蛋白质进行表达量的检测。对中国荷斯坦牛、美国荷斯坦牛、娟珊牛和水牛中初乳乳清和常乳乳清中168种具有定量结果的蛋白进行聚类及主成分分析,并根据聚类及主成分分析比较美国荷斯坦牛、娟珊牛及水牛与中国荷斯坦牛蛋白表达差异之间的相关性。在乳脂肪球膜蛋白质i TRAQ实验中,在8种乳脂肪球膜蛋白质样品中共有710种蛋白质具有定量的结果。我们以中国荷斯坦牛牛乳蛋白质相对表达量为本底,其他3种牛奶蛋白质相对含量与其比较。通过对差异表达蛋白的鉴定与功能分析我们找到了多个与脂代谢与炎症反应及其他疾病相关的蛋白,这些蛋白可以作为候选基因转入牛乳中,提高牛奶品质或增强奶牛抗病性,从而能够形成高品质牛奶生产种群。经建立了从样品收集、前期处理、高效液相色谱与质谱联用(LC-MS/MS)分析到后期样品质谱数据的分析处理等一整套全面系统的对乳制品进行蛋白质组学分析的流程。通过已经建立的乳蛋白质组学技术平台,我们还完成了对一种克隆牛奶、3种转基因克隆牛奶的乳清蛋白质表达谱的分析,为转基因牛乳食品安全评价提供了科学数据,也为转基因生物安全评价提供了技术分析手段。

光剥舌苔的差异蛋白质组学研究

目的利用蛋白质组学方法，识别剥苔差异表达的蛋白质，为进一步探讨病理舌苔产生机制奠定基础。方法运用固相pH梯度双向凝胶电泳技术分离正常组和剥苔组舌苔组织的总蛋白质、银染显色、凝胶扫描入计算机，ImageMaster2DPlatinum软件分析比较电泳图谱。应用图象分析软件比较分析，识别差异表达的蛋白质；应用质谱仪（massspectrometry）得到相应的肽质指纹图谱（脚tidemassfingerprint，PMF），搜索数据库鉴定差异蛋白质。结果建立正常舌苔和剥苔双向凝胶电泳图谱：对四组舌苔组织的蛋白质组进行分离分析，发现凝胶中可检测的蛋白质斑点数分别为1082±105个和1143±140个：较正常组8个蛋白质点表达上调、7个表达下调，鉴定出9种差异表达蛋白质。结论建立了分辨率和重复性均较好的双向电泳银染图谱：可识别和鉴定出一些与剥苔相关的差异表达蛋白质。

人肺鳞癌组织的比较蛋白质组学研究

目的利用蛋白质组学方法建立人肺鳞癌组织及其癌旁正常支气管上皮组织的差异蛋白质表达谱。方法对20例人肺鳞癌组织和配对的癌旁正常支气管上皮组织进行比较蛋白质组学研究,即利用双向凝胶电泳(2-DE)分离二者总蛋白质后,经图像分析识别差异表达的蛋白,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定差异蛋白质。结果(1)比较分析20例肺鳞癌及正常配对组织的2-DE图谱,找到差异蛋白质点76个;(2)对68个差异蛋白质点进行了肽质量指纹图分析,鉴定出一些与瘤基因、细胞周期调控、信号转导等有关的肺鳞癌相关蛋白;(3)肺鳞癌相关蛋白mdm2、c-Jun和表皮生长因子受体(EGFR)在人肺鳞癌组织中高表达,而在正常对照中均表达下调,与蛋白质组的分析鉴定结果是一致的。结论成功鉴定了68个肺鳞癌相关蛋白,为进一步筛选用于肺鳞癌诊断、治疗和预后评估的肺鳞癌分子标志物奠定了坚实的基础。