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宏蛋白质组学信息分析的基本策略及其挑战
被引量:
5
1
作者
徐洪凯
闫克强
+3 位作者
何燕斌
闻博
杨焕明
刘斯奇
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期23-35,共13页
宏蛋白质组学是一门新型科学,它运用质谱技术规模化地采集自然界微生物种群的蛋白质信息,并结合多种组学数据,开展微生物种群的遗传特征及其生物功能的研究.宏蛋白质组学的信息分析与传统蛋白质组学方法有较大的不同,亟需拓展新的分析思...
宏蛋白质组学是一门新型科学,它运用质谱技术规模化地采集自然界微生物种群的蛋白质信息,并结合多种组学数据,开展微生物种群的遗传特征及其生物功能的研究.宏蛋白质组学的信息分析与传统蛋白质组学方法有较大的不同,亟需拓展新的分析思路.由于宏蛋白质组的研究对象是复杂度极高的微生物样品,因此,需要构建尽可能囊括样本中所含微生物的基因组信息的物种数据库.面对庞大的数据库,必须考虑到分析过程中所消耗的计算资源和鉴定结果的质控标准,因此,需要高度优化库容量、搜库、假阳性控制等参数.鉴于宏蛋白质组数据中广泛存在复杂的同源蛋白质序列,因此,需要充分利用NCBI数据库中的分类信息进行匹配,并运用LCA算法过滤处理才能将蛋白质有效地归组到物种.本文立足于宏蛋白质组学信息分析,从宏蛋白质组的数据库建立、蛋白质归并、生物学意义发掘等几个方面着手,对该领域的发展现状、面临挑战以及未来研究方向进行了评述.
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关键词
宏
蛋白
质组学
数据库
数据分析
蛋白归并
物种分析
下载PDF
职称材料
题名
宏蛋白质组学信息分析的基本策略及其挑战
被引量:
5
1
作者
徐洪凯
闫克强
何燕斌
闻博
杨焕明
刘斯奇
机构
深圳华大生命科学研究院
中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室
沃森基因组研究院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期23-35,共13页
基金
国家重点基础研究发展计划(973)(2014CBA02002
2014CBA02005)资助项目~~
文摘
宏蛋白质组学是一门新型科学,它运用质谱技术规模化地采集自然界微生物种群的蛋白质信息,并结合多种组学数据,开展微生物种群的遗传特征及其生物功能的研究.宏蛋白质组学的信息分析与传统蛋白质组学方法有较大的不同,亟需拓展新的分析思路.由于宏蛋白质组的研究对象是复杂度极高的微生物样品,因此,需要构建尽可能囊括样本中所含微生物的基因组信息的物种数据库.面对庞大的数据库,必须考虑到分析过程中所消耗的计算资源和鉴定结果的质控标准,因此,需要高度优化库容量、搜库、假阳性控制等参数.鉴于宏蛋白质组数据中广泛存在复杂的同源蛋白质序列,因此,需要充分利用NCBI数据库中的分类信息进行匹配,并运用LCA算法过滤处理才能将蛋白质有效地归组到物种.本文立足于宏蛋白质组学信息分析,从宏蛋白质组的数据库建立、蛋白质归并、生物学意义发掘等几个方面着手,对该领域的发展现状、面临挑战以及未来研究方向进行了评述.
关键词
宏
蛋白
质组学
数据库
数据分析
蛋白归并
物种分析
Keywords
metaproteomics, database, data analysis, protein inference, species
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q71 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
宏蛋白质组学信息分析的基本策略及其挑战
徐洪凯
闫克强
何燕斌
闻博
杨焕明
刘斯奇
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2018
5
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